Он полностью контролировал ситуацию в стране, с тех пор как захватил власть в 1954 году в ходе переворота, с помощью партии Колорадо и армии. Папа во время своего визита должен был встретиться с оппозиционной группой «Строители общества». Но генерал Стресснер в письме к папскому нунцию, отменил встречу папы со «Строителями общества». Папа возвратился в Кочабамбу (Боливия), чтобы отслужить мессу. После мессы Иоанн Павел II встретился с Государственным секретарём Ватикана Казароли, его заместителем и своим представителем для связей с общественностью. Реакция Папы была однозначной. Иоанн Павел II продолжал выступления вне Парагвая в соответствии с программой. На следующий день нунций Новарро решил попытаться воздействовать на Стресснера через общественность. Новарро заявлял, что в настоящий момент он выражает возмущение провокацией, не имеющей прецедента, по отношению к пасторской деятельности Святого Отца. Давление общественности с помощью средств массовой информации было мастерски использовано для достижения целей папы. Иоанн Павел II призывал к нравственному очищению страны. Он говорил, что свобода, справедливость и участие народа являются непременными условиями построения подлинной демократии. Очевидно, это относилось к подстроенным президентским выборам, на которых победил Стресснер. Стресснер ответил же на это своим обычным способом, арестовав своих политических оппонентов и ужесточив репрессии в отношении Церкви и активистам, боровшимся за права человека. Но дни правления генерала оставались не долгими. Через девять месяцев после визита Иоанна Павла II в стране произошёл военный переворот. Генерал Андрес Родригес провёл общие выборы и был избран, по мнению оппозиции, без каких – либо систематически или крупных нарушений избирательной кампании. Родригес обещал управлять страной до до конца срока, на который был избран Стресснер, но в дальнейшем переизбираться не захотел. В 1993 году в Парагвае состоялись первые выборы соревнующихся оппонентов. В 90-е годы парагвайские епископы оставались борцами за демократию в условиях трудной экономической и политической ситуации в стране.
В августе 1988 года, Верховный Совет Литвы в одностороннем порядке аннулировал аннексию Литвы Советским Союзом. Хотя этот жест не имеет каких – либо немедленных последствий, он стал предвестником меняющейся политической ситуации в Восточной Европе. 10 сентября Венгрия открыла границу с Австрией, чтобы дать возможность беженцам переходить на Запад из Восточной германии. Более тридцати тысяч немцев бежали из ГДР через этот «железный занавес».
В тот же год Иоанн Павел II быстро использовал возможности, предоставляемые новым положением дел на востоке Центральной Европы и в СССР. 17 июля было объявлено об установлении полных дипломатических отношений между Польшей и Святым Престолом.
1 декабря 1989 года Иоанн Павел II принял в Ватикане советского руководителя Михаила Горбачёва. Горбачёв, вероятно, стал осознавать, что истинная перестройка немыслима без большей открытости, которая означала конец монополии Коммунистической партии на власть. Иоанн Павел II говорил о необходимости религиозной свободы, что он делал всегда во время предыдущих встреч с советскими представителями, а также о своём убеждении, что новая объединившаяся Европа от Урала од Атлантики должна возвратиться к нормально состоянию, восстановив свой истинный исторический путь. Папа говорил, что настало время принять решения советскому правительству и обновить внутреннее законодательство о религиозной свободе, чтобы советская практика была приведена в полное соответствие с международными соглашениями, которые подписал Советский Союз.
По этому же вопросу Папа ранее писал Леониду Брежневу в 1980 году, уговаривая его не входить в Польшу. В этот раз дело касалось не гарантии безопасности, но защиты человеческих прав в соответствии с хельсинским Заключительным актом. Произошло экстраординарное событие. Семьдесят лет ожесточённой антиватиканской пропаганды со стороны советского режима закончились сразу и бесповоротно, когда Горбачёв признал, что Святой Престол направляет усилия на решение общеевропейских проблем и на создание условий, которые позволяют выбирать народам свой путь. Затем Горбачёв сказал, что установление дипломатических отношений между Святым Престолом и СССР являются решённым вопросом и дипломатам с обеих сторон необходимо лишь урегулировать некоторые формальности. Далее Горбачёв пригласил папу посетить с визитом Советский Союз. Это был весьма напряжённый момент, и некоторые журналисты считали, что папа, не ответивший тут же на это предложение, потерял большую возможность. Иоанн Павел II прекрасно осознавал тонкость этого вопроса и знал, что должен получить приглашение в СССР от Русской Православной Церкви. Советский Президент, знакомый с историческими взаимоотношениями между его ведомством и управлением Московского Патриархата, полагал, что Патриархию в этом вопросе удастся обойти. Но этого не произошло до сих пор.
Широкий взгляд Папы на современное состояние человечества часто вызывало вопросы о том, что человек должен делать или изменить в себе, затрагивал вопросы морали. Это привело Папу к столкновению с теми теоретиками – демократами, для которых демократическая политика нейтральна по отношению к высшим ценностям и к человеческим ценностям вообще. Иоанн Павел II не уклонялся от этой конфронтации, заявляя о своей позиции совершенно не двусмысленно и даже с напористой прямотой.
Поскольку взгляд Иоанна Павла II на природу «холодной войны» отличался от большинства политиков и специалистов по международным отношениям, его представления о ситуации, сложившейся в мире после её окончания, тоже были другими. В представлении Папы фундаментальный кризис современности остался неразрешённым. После окончания «холодной войны» неотъемлемая ценность человеческой личности продолжала находиться под угрозой со стороны новых властей. Кроме этого оставался открытым вопрос о нравственном укладе свободного общества. Иоанн Павел II говорил, что Церковь уважат любую истину, которая имеется в мировых религиях и культурах. Он отмечал, что все истины указывают на единственную великую истину, проявленную Богом в Иисусе Христе.
1 марта 1990 году между Святым Престолом и СССР были установлены дипломатические отношения. А в 1991 году в СССР к власти пришёл Борис Ельцин, возглавив новое демократическое государство – Российскую Федерацию. Встречи папы Иоанна Павла II и Бориса Ельцина состоялись в 1991 и 1998 гг.
В сентябре 1992 года Святой Престол установил дипломатические отношения с Мексикой.
В конце этого года папа обратился к Международной конференции по проблемам питания, проходившей в штаб-квартире ООН по продовольствию и сельскому хозяйству (ФАО), расположенной в Риме. Хотя Иоанн Павел II не имел ввиду кризис, разразившейся в Сомали, куда были готовы высадиться подразделения американской армии, чтобы попытаться установить общественный порядок, необходимый для борьбы с голодом и смертью, ситуация в Сомали повлияла на общий тон выступлений. Голод, говорил Папа не может больше рассматривать как естественный процесс, ни как негативный результат перенаселения. Современная проблема касается не производства, а распределения продовольствия, которому препятствуют природные катаклизмы, коррупция, жесткая политика или протекционизм.