Сам Татищев настаивал на казни лишь двух выданных башкирами и неповинившихся вождей восстания: Кусяпы и Бепени, терроризировавших и собственно башкирское население. Допускал он вынесение и еще трех смертных приговоров по отношению к особо опасным «возмутителям», но оставлял решение на усмотрение правительства. С остальных, по мнению Татищева, достаточно взять клятву на Коране и отпустить. Чтобы не давать повода для раздражения башкир и злоупотреблений русских чиновников, сбор ясака и пошлин он предлагал передать башкирским старостам. Выборные старшины должны нести и ответственность за возможные преступления и уклонения от государственных повинностей. Инородцы, сохранившие верность правительству, должны получить равные права с башкирами.
Осложнение обстановки не изменило позиции Татищева. «Хотя Абул-Хаир-хан свою присягу нарушил, — сообщает он в Петербург, — однако я, взирая на глупую их дикость и опасаясь, чтоб других их салтанов и ханов жестокостью не остращать, намерен с ним ласково обойтиться и о погрешности его разговором выговорить». Однако эта его позиция вызвала в Петербурге крайнее раздражение. «Мы с великим удивлением и неудовольствием усмотрели, коим образом от бунтующих башкиров новые замешания начались, — говорилось в царском указе. — Вы в прежних своих доношениях именно обнадеживали весь башкирский народ добрым способом в усмирение и должное покорение привести и что ужо многие с повинными приходят и штрафных лошадей приводят». В указе прямо обвиняли Татищева и Соймонова в том, что они «нималого поиску (то есть обычных репрессий) над ними не учинили, и таким своим мешканьем дали им повод новые беспокойства заводить».
До самой смерти гуманизм Татищева будет оцениваться верхами как упущения по службе. А он продолжал стоять на своем. С Абул-Хаиром он очень хорошо побеседовал. Хану понравились подарки, а также то, что имя его известно всей России. Татищев заверил, что оно будет известно и всей Европе, поскольку о его возвращении в русское подданство будут извещены все русские резиденты при иностранных дворах. Со своей стороны, Абул-Хаир заверял, что он и не мыслил себя вне России. Пытаясь уклониться от посылки команд против восставших, Татищев жаловался в Петербург на то, что войску не отпускаются жалованье и провиант. Но из столицы с раздражением отвечали, что войску достаточно иметь ружья.
Более удовлетворяющий Петербург подход уже после отстранения Татищева продемонстрировал его преемник князь Урусов летом 1740 года. Было казнено 432 человека за те или иные провинности и еще 170 для «потомственного страха». Сожгли 107 деревень, роздали усмирителям в собственность 1862 человека и сослали в остзейские полки и на флот 135 человек.
Настаивая на добром отношении к местному населению, Татищев последовательно пресекал злоупотребления русской администрации. Он решительно возражал против прежней практики, когда все население края рассматривалось как «неприятель», победа над которым «по праву войны» позволяла распоряжаться имуществом побежденных. Он настаивал на том, чтобы из Петербурга было дано специальное разъяснение, дабы «командирам до башкирских пожитков не касаться, за тяжко поставили; и правда, если бы сие с регулярным неприятелем было, в бунтовщиках же весьма иное состояние, ибо многие невинные находятся».
К приезду Татищева за многочисленные служебные злоупотребления под военным судом находился капитан Житков. За грабеж башкирского населения «без всякой причины», за творимый его командой произвол и убийства населения по настоянию Татищева капитан был приговорен к смертной казни.
Сурового наказания требовал Татищев и майору Бронскому, который «принесших повинную и безборонных оступя, неколико сот побил, и пожитки себе побрал». Оказалось, что майор «не токмо по указам и уставам не наказан, но и не сужден». В итого же «многие, увидя, не токмо с повинною не пошли, но и новой бунт воздвигнули, коль же паче известно, что многие командиры для такого лакомства, забыв свою должность, мечутся за пожитками».
За взятки, казнокрадство и грабеж башкирского населения был предан суду и уфимский воевода Шемякин. Шемякин оказался весьма деятельным авантюристом, вовсе не склонным виниться или даже оправдываться. В совете он, защищая свою канцелярию, «спорил долго о том, что воеводы и подьячие жалованья не имеют и им брать не запрещено». В этом был определенный резон, и Татищев запросил кабинет-министров, как ему быть. Поскольку о неправедной деятельности Шемякина в Петербург приходило немало уведомлении и до этого, Шемякина отстранили от должности. По существовавшему установлению в числе судей не могли быть лица, враждебно относящиеся к подсудимому. Пытаясь устроить на людях шумную ссору, Шемякин заявился непосредственно к Татищеву и начал его оскорблять. Татищев, однако, проявил выдержку и спокойно выставил непрошеного гостя. После этого Шемякин стал усиленно распространять версию, будто он знает за Татищевым «такие важные дела, что или мне, или ему голову отрубят».
Резко пресекал Татищев и грубое самоуправство Тевкелева. Но занятый искоренением обычных пороков администрации своего времени, Татищев не заметил, как над ним самим собрались тучи и на него «повесили» те самые обвинения, которые он совершенно справедливо предъявлял местной администрации. Как это ни парадоксально, но в условиях, когда все от кабинет-министров до последнего чиновника промышляли (или вынуждены были промышлять) взятками, именно обвинение во взяточничестве, если ему дадут ход, могло реально повредить тому или иному деятелю аппарата.
Татищев все делал основательно, даже если исполнял какие-то обязанности временно. В данном случае его занимали долговременные отношения русского и нерусского населения в составе единого государства. Если правительство интересовали лишь отношения с феодальной верхушкой, то Татищев был озабочен установлением нормальных и дружественных отношений между самими народами. Этой цели должно было служить взаимное овладение языками: русским и инородческими. Татищев намечал создание ряда словарей, которые должны были помочь в такого рода общении. По его настоянию К. А. Кондратович, бывший «придворный философ» (а на самом деле «гусляр»), уже в 1734 году бежавший от двора на Урал, где нашлось место учителя Екатеринбургской школы, составил ряд таких словарей (позднее Кондратович выступает как не слишком талантливый, но весьма плодовитый литератор, перу которого принадлежало до десяти тысяч разных сочинений). Сам Татищев был достаточно осведомлен в угро-финских и тюркских языках. В Самаре при нем был составлен «Российско-татаро-калмыцкий словарь». Как историка Татищева интересовали памятники письменной и материальной культуры всех нерусских народов. Как политик и администратор, он стремился проникнуть в суть традиций и особенностей быта, порой оказывавшихся препятствием для сближения народов. Ему представлялось важным дать историю всех входящих в состав России народов, особенно в их отношении к России.
Еще в 1724 году в связи с нападениями башкир на русские поселения Татищев советовал «взять от лучших мурз детей» и учить их русской грамоте. Ученики будут привыкать к русскому образу жизни, а если обращаться с ними «ласкою и толкованием», то «без принуждения» примут и христианство.