В молчаливом и вдумчивом юноше рано сказались аскетические начала, любовь к размышлениям и глубокая религиозность. Италия в то время была охвачена гуманистическим движением, одним из крупнейших центров, которого была Флоренция, где гуманизм при Лоренцо отличался эпикурейско-языческим направлением. Светская жизнь и религиозно-нравственное падение Италии сильно возмущали С. Некоторые из его ранних стансов посвящены печальному состоянию церкви, порче нравов и разрушению добрых отношений между людьми. Неудачная любовь к дочери флорентийского изгнанника Строцци и увлечение средневековыми богословскими сочинениями (особенно Фомою Аквинатом) привели С. к решимости поступить в монастырь. В 1475 г. он тайно бежал из родного дома в Болонью, в доминиканский монастырь, оставив дома написанную им книгу «О презрении к свету». В монастыре он вел суровую жизнь, отказался от денег, которые имел, свои книги подарил монастырю, оставив себе только Библию, вооружался против монастырской роскоши и посвящал свободное от молитв время изучению отцов церкви. И в монастыре сказались поэтические наклонности С.: он написал стихотворение «О падении церкви», где указывал, что у людей нет уже прежней чистоты, учености, христианской любви, а главной причиной этому — порочность пап. Настоятель монастыря поручил С. обучать новичков и возложил на него обязанность проповедника. В 1482 г. его послали проповедовать в разные города, между прочим в Феррару, откуда, в виду начавшейся войны с Венецией, ему приказали отправиться по Флоренцию, в известный тогда монастырь Сан-Марко. Здесь С., уже славившийся как ученый, был назначен почетным чтецом при братии и наставником послушников. В 1483 г. С. неудачно проповедовал в церкви Сан-Лоренцо. Это заставило его заняться исправлением своих недостатков. Он отправился проповедовать, в небольшой городок Сан-Джемитано, где пробыл два года, увлекая слушателей своими речами. В 1486 г. С. явился в Брешии уже опытным и отважным проповедником, резко бичевавшим людей, властно призывавшим к покаянию и предвещавшим наказание Италии за ее грехи. В это же время С. познакомился в Реджио с Пико делла-Мирандола, который его страстно полюбил. Под влиянием Пико, Лоренцо Медичи вызвал С. из Генуи во Флоренцию (1490 г.), и он снова занял кафедру учителя в Сан-Марко. Монастырь быстро наполнился светскими слушателями; успех проповеди Савонарола был необычайный, не хватало места слушателям. 1 авг. 1490 г. С. произнес знаменитую проповедь, где с неслыханной до него уверенностью высказал мысли о необходимости и близости обновления церкви, о том, что скоро Бог поразит своим гневом всю Италию. Он утверждал, что, подобно ветхозаветным пророкам, передает лишь веление Божие, угрожал проклятием тому, кто не верит в его пророческое призвание, обличал испорченность нравов флорентийцев, не стесняясь в выборе выражений. В своих вдохновенных проповедях С. часто смешивал свои мысли с текстами Св. Писания, говоря в свое оправдание, что «слова эти недавно сошли с небес». Влияние его, ставшее огромным, усилилось благодаря исполнению некоторых его предсказаний — смерти папы Иннокентия, нашествию французского короля и др. Ласковое и сердечное обращение с братией сделали С. любимцем монастыря, и в 1491 г. он был единогласно избран настоятелем Сан-Марко. Он сразу поставил себя в независимое положение по отношению к Лоренцо Медичи, отказавшись явиться к нему с выражением почтения; Лоренцо пришлось уступить монаху. Известна речь Савонарола против роскоши женских нарядов, после которой все дамы перестали надевать в церковь украшения. Нередко богатые купцы возвращали, под влиянием проповеди С., несправедливо нажитое добро.
«Грехи Италии», говорил он, «силой делают меня пророком». Народ верил в его пророчества; из его сочинений: «0б истине пророчества» и «Об откровениях» видно, что он и сам был убежден в своем божественном призвании. Поэтому он властно громил священников, проповедников, отцов и матерей, князей, граждан и купцов, крестьян, солдат. «Рим — это Вавилон», говорил он. «Вместо христианства прелаты отдаются поэзии и красноречию. Вы найдете в их руках Горация, Вергилия, Цицерона»... Еще резче сделались угрозы С., когда, после смерти Лоренцо Медичи (1492), правителем Флоренции сделался его сын, Петр Медичи, а папой был избран Александр VI Борджиа. Петр Медичи запретил Савонароле говорить проповеди в течение поста; С. принужден был покинуть Флоренцию и отправиться в Болонью (1493 г.). Здесь он подвергся гневу со стороны жены правителя Болоньи: она приказала своим телохранителям убить С. за то, что он назвал ее в церкви дьяволом. Вернувшись во Флоренцию, С. занялся приведением в исполнение своей мечты — нравственного и государственного преобразования Флоренции. Сначала он занялся реформой монастыря Сан-Марко. Он продал церковное имущество, изгнал всякую роскошь из монастыря, обязал всех монахов работой. Для успеха проповеди язычникам С. учредил кафедры греческого, еврейского, турецкого и арабского яз. Александр VI пытался привлечь С. на свою сторону, предлагая ему сначала архиепископство во Флоренции, потом кардинальскую шапку; но С. не прекращал своих обвинений против Рима и папы. В 1494 г. французский король Карл VIII вступил в Италию, и в ноябре прибыл во Флоренцию. Петр Медичи был изгнан, как изменник; во главе посольства к французскому королю был поставлен С. В это тревожное время С. сделался настоящим повелителем Флоренции; под его влиянием во Флоренции были восстановлены республиканские учреждения. По своим политическим взглядам С. был республиканец, но он думал, что республика лишь тогда будет благом для Флоренции; когда граждане станут нравственнее: религиозное и нравственное очищение произведет и политическую реформу. С. указывал на несправедливое распределение налогов, нападал на богачей, говоря, что они «присваивают себе заработную плату простонародья, все доходы и налоги», а бедняки умирают с голода. Всякий излишек — смертный грех, так как он есть достояние бедных. Вся работа государственного переустройства Флоренции была выработана в проповедях С. и совершалась по его программе. По предложению С. были установлены Великий Совет и Совет восьмидесяти". 5 февраля 1495 г., по предложению С., великий совет заменил поземельный налог подоходным, в размере 10%. Заемщиков С. освободил от уплаты долгов, а в апреле 1496 г. основал заемный банк, потребовав, чтобы в годовой срок выехали из Флоренции все ростовщики и менялы, бравшие по 321/2%. Наконец, С. провозгласил сеньором и королем Флоренции Иисуса Христа, сам же он был в глазах народа избранником Христа. Политическим преобразованием С. закончил лишь часть своей задачи; ему предстояло еще нравственно возродить Флоренцию. Уже в 1494 году заметна была сильная перемена: флорентийцы постились, посещали церковь; женщины сняли с себя богатые уборы; на улицах, вместо песен, раздавались псалмы; читали только библию; многие из знатных людей удалились в мр С. Марко. С. назначал проповеди в часы, когда были назначены балы или маскарады, и народ стекался к нему. С жестокостью средневекового фанатика обрушивался С. на святотатцев, которым велел вырезывать языки, на азартных игроков, которых наказывал огромными штрафами; развратников он приказывал жечь живыми. В своем увлечении С. прибегал к шпионству, которое страшно развилось во Флоренции после него. На стороне С. были люди из простонародья, партия «белых», которых называли «плаксами» (piagnoni).