Таким образом Северояпонское море является почти замкнутым и только поверхностные слои воды в нем соединяются в двух местах с водой Охотского м. Вода в Северояпонском море значительно теплее нежели в Охотском, которое по своим свойствам приближается к полярным морям. Главной причиной низкой t° последнего моря заключается в массах льда, которые, зарождаясь в Гижигинской и Пенжинской губах, почти круглое лето держатся у сев. конца С. Эти льды сев. сахалинским течением, омывающим сев. часть о-ва и сев. половину его вост. берега, заносятся до широт среднего С. Влияние низких температурь Охотского м. не распространяется на Сев. Японское м., так как этому препятствует С. К тому же течение из Амура преграждает доступ льдам из Охотского м. в Татарский прол. Лаперузов прол., чрез который соединяются только поверхностные слои обоих морей, не способствует охлаждению Японского м. еще по той причине, что к нему подходит теплое японское течение Кура-сиво. Одна ветвь его заворачивает в Охотское м., а другая, поднимаясь вдоль зап. берега С., оказывает благотворное влияние на климат этой части о-ва. Физические свойства морей, омывающих С., определяют разницу в климатах разных частей о-ва. Сев. часть его, подходя близко к материку, в климатическом отношении находится под влиянием этого последнего. Сильное охлаждение Вост. Сибири в течете зимы, когда прол. Невельского замерзает сплошь, обусловливает на С. сильные С и СЗ ветра, под влиянием которых зимы в сев. части о-ва отличаются континентальной суровостью. Замерзание ртути здесь обыкновенное явление. Летом в сев. части о-ва преобладают ветра, дующие с холодного Охотского м., т. е. Ю и ЮВ, которые сильно понижают температуру лета. Таким образом в климатическом отношении сев. и средний С. поставлены в вдвойне невыгодные условия: эти части о-ва имеют суровые континентальные зимы и холодное лето приморских стран. Зима в сев. части по средней температуре приближается к зиме побережья Ледовитого ок. в Европе или южн. части Новой Земли; лето походит на лето берегов Белого м., хотя сев. конец С. находится приблизительно на широте Симбирска. В устье р. Тыми на вост. берегу о-ва и в Дуэ, почти на широте Саратова, встречается вечная мерзлота, чем далее на Ю от Дуэ, тем климат становится мягче, тем более он приобретает морской характер. Вместе с тем возрастает разница в климатах зап. берега о-ва и противолежащего берега материка Азии, разница, состоящая в том, что зимние холода на С. менее значительны, нежели на соответственной широте побережья Вост. Сибири. Однако, зима и лето южн. части о-ва напоминают по средней температуре те же времена года Архангельской и Олонецкой губ., хотя южн. конец С. находится па широте Одессы и Астрахани.
Помимо низкой температуры зимы и лета С. отличается еще тем, что весна гораздо холоднее осени, даже внутри о-ва, но особенно на юге его.
Несмотря на незначительную ширину С. и его вытянутость в меридиональном направлении, наблюдается большая разница в климате его вост. и зап. берегов. В этом именно и проявляется различное влияние морей, омывающих о-в. На вост. берегу, омываемом холодным Охотским м., где даже в июне встречаются плавающие льды, на широте устья р. Тыми, климат много суровее, зима и лето много холоднее, нежели на соответственной широте зап. берега. Это происходит оттого, что влияние холодного Охотского м., благодаря гористому характеру о-ва и меридиональному расположению хребтов, задерживающих ветра, не передается на зап. берег. Количество осадков на всем протяжении С. весьма значительно — ок. 500 мм. и даже более. Зима отличается обилием снега, а лето частыми дождями. Толщина снежного покрова доходит до 7 фт. В Кусуннае в течение года наблюдается до 150 ненастных дней, из них 60 дождливых и 90 снежных.
Летом частые туманы, более на вост. берегу, чем на зап. Поверхность С. почти сплошь гориста, и только между хребтами расположены низменности, по которым протекают довольно значительный реки. Горы, подходя к самому берегу, обусловливают скалистый характер берегов о-ва. Зап. берег от южн. оконечности, мыса Крильон состоит почти из сплошной каменной стены, возвышающейся местами 100 и 200 фт.; по всему протяжению здесь нет ни одного сколько-нибудь значительного залива, нет и о-вов, за исключением Моннерона, лежащего бл. южн. конца С. Такой характер зап. берег сохраняет до мыса Уанды, находящегося против зал. Де-Кастри. К сев. от этого мыса тянется плоский песчаный берег, простирающийся вдоль всего амурского лимана, но в Охотском м., бл. сев. оконечности С., берег становится снова гористым. На вост. берегу наблюдается подобная же смена крутых и плоских берегов и приблизительно в тех же широтах, но здесь имеются два обширные залива, именно: Ныйский и Терпения. В тех местах, где берег низмен, существует не мало озер, отделенных от моря низкими перешейками и соединенных с ним протоками. Эти протоки, а также устья больших рек, являются единственными местами, где небольшие суда могут находить себе пристанище, так как настоящих гаваней по всему побережью о-ва не существует. К таким береговым озерам относятся на сев.: Байкал и оз. Тамлаво; южнее: оз. Трайсиска, на берегу зал. Анива; зал. Буссе, оз. Тунайга, Вавай, Тинесани; в зал. Терпения: оз. Тарайка. На поверхности С. различают пять отдельных хребтов, из которых все тянутся в меридиональном направлении. В сев. части о-ва находится 1) Сев. центральный хребет, ср. выс. которого 1500, наибольшая до 2000 фт. 2) Зап. прибрежный, пролегающий по всему зап. берегу о-ва до юго-зап. оконечности, отличается острозубчатыми вершинами и крутыми, трудно доступными склонами. Высшие точки его достигают 3000 фт. высоты и более. 3) Вост. прибрежный хр. тянется по вост. берегу от мыса Терпения на сев. Между вост. и зап. прибрежными хребтами, внутри острова — обширная низменность, расширяющаяся по направлению на Ю и орошающая двумя величайшими реками о-ва: pp. Тыми и Поронаем. От поста Найбучи на Ю до зап. Анива на вост. берегу тянется 4-й хребет, по зап. сторону которого находится низменность, орошаемая небольшими pp. Сусуя и Оненай. В юго-вост. оконечности С. от мыса Тонина до м. Анива располагается 5-й хребет, ограничивающий с вост. третью большую низменность ова. Все реки С. носят характер горных потоков, они быстры и порожисты, так что только инородцы на долбленых лодках, при помощи шестов, могут плавать по ним. Наибольшие pp.: Тыми, бол. 200 вер. дл., впадающая в Ныйский зал., и Поронай, приблизительно той же длины изливающаяся в зал. Терпения. Низовья этих pp. на протяжении 60 — 70 в. от моря имеют медленное течение и достаточную глубину для того, чтобы по ним могли ходить небольшие суда. Возле Дуэ и Кусунная pp., замерзают в половине ноября и вскрываются в конце марта или начале апреля, но некоторые pp., напр. Тыми, в особенно быстрых местах не замерзают всю зиму, несмотря на морозы ниже точки замерзания ртути. В бухтах зап. берега преобладают осадочные горные породы с остатками различных организмов; мысы состоят из кристаллических пород, в особенности из диорита и породы, похожей на базальт. Самые древние осадочные пласты выступают на мысе Дуэ. Они состоят из серого мергеля с огромными аммонитами, Inoceramus, и принадлежат к меловой системе. Меловые пласты С., по мнению г. Шмидта, проявляют очевидное сходство с южноиндейскими медовыми отложениями. На Ю о-ва найдены пласты зеленого песчаника с ехинитами. Отложения третичной системы в виде пластов песчаника, сланцеватой глины и конгломерата со множеством остатков третичной флоры, напр.