В виду этого, не дожидаясь возвращения посольства, Помпей покидает Рим 17 января совсем почти сенатом, запечатав казну, в страшной спешке. Главной квартирой Помпея становится отныне Капуя. Отсюда он думал, взяв легионы в Луцерии, захватить Пицен и организовать там защиту. Но уже27-28 января Пицен, с его главным пунктом Авксимом, очутился в руках Цезаря. Гарнизоны занятых городов переходили к Цезарю; его войско росло, дух подымался. Помпей окончательно решил бросить Италию и организовать сопротивление на Востоке, где он мог командовать единолично, где меньше было помехи от всяческих коллег и советников; сенатором же не хотелось покидать Италию. Казну они оставили в Риме, рассчитывая на возвращение, против воли Помпея. Между тем посольство возвратилось от Цезаря ни с чем; на переговоры надежды больше не было. Надо было вынудить от Помпея защиту Италии. Домиций Агенобарб с 30 когортами запирается в Корфинии и зовет Помпея на выручку. За выручку сенат обещает потребованную Помпеем казну. Но Помпей пользуется временем, пока Ю. Цезарь осаждает Домиция, чтобы сосредоточить силы в Брундузии и организовать переправу. В середине февраля Корфиний взят; Ю. Цезарь спешит к Брундузию, где, все готово к защите. 9 марта начинается осада; 17-го Помпей ловким маневром отвлекает внимание противника, сажает войско на корабли и покидает Италию. С этого момента борьба переносится в провинции. За это время цезарианцы успели занять Рим и установить там нечто подобное правительству. Сам Цезарь появился в Риме только на короткое время в апреле, захватил кассу и сделал кое-какие распоряжения о действиях его легатов во время его отсутствия. В дальнейшем ему представлялось два способа действий: либо преследовать Помпея, либо обратиться против его сил на западе. Он выбрал последнее, очевидно потому что восточные силы Помпея были ему менее страшны, чем 7 старых легионов в Испании, Катон в Сицилии и Вар в Африке. Облегчало ему действия в Испании и то, что его тыл прикрывала Галлия, а успех в самом начале был особенно важен и дорог. Главную опасность представляла Испания, где командовали три легата Помпея — Афраний, Петрей и Варрон. В Галлии Цезаря задержала Массилия, ставшая на сторону Помпея. Терять время здесь Цезарю не хотелось; он оставил три легиона осаждать город, сам же ускоренно двинулся к р. Sicoris, где его ждал его легат Фабий, стоявший лагерем против укрепленного лагеря помпеянцев у гор. Илерды. После долгих и утомительных операций Цезарю удалось заставить помпеянцев покинуть свой крепкий лагерь. Быстрым маршем и гениальным обходом он сделал положение отступавшего к Эбро противника настолько трудным, что легатам Помпея пришлось сдаться. Варрону тоже ничего другого не оставалось. Здесь, как и в Италии, Ю. Цезарь не прибегнул к казням и жестокостям, что значительно облегчило возможность капитуляции войск в будущем. На возвратном пути Цезарь застал Массилию совершенно истощенной и принял ее капитуляцию. За время его отсутствия Курион вытеснил из Сицилии Катона и успел переправиться в Африку, но здесь, после эфемерных успехов, не выдержал натиска помпеянских войск и мавританского царя Юбы и погиб совсем почти своим войском. Цезарю предстояла теперь трудная задача. Силы Помпея были, правда, слабее, но за то он всецело владел морем и успел основательно организовать интендантскую часть. Большое преимущество давала ему также его сильная конница, союзные контингенты македонцев, фракийцев, фессалийцев и др. Путь сушею в Грецию, где утвердился Помпей, был закрыт; занимавший Иллирию Г. Антоний принужден был сдаться со своими 15 когортами. Оставалось и здесь надеяться на быстроту и неожиданность действий.
Главная квартира Помпея, главные его запасы были в Диррахии; сам он стоял в Фессалонике, его войско — в Перэе. Совершенно неожиданно, 6 ноября 49 г., Цезарь отплыл с 6 легионами из Брундузии, захватил Аполлонию и Орик и двинулся в Диррахию. Помпею удалось предупредить его и оба войска стали друг против друга у Диррахия. Положение Цезаря было незавидно; малочисленность войска и недостаток провианта давали себя чувствовать. Помпей, однако, со своим не очень надежным войском на битву не решался. Около весны удалось М. Антонию доставить остальные три легиона, но и это не изменило положения. Боясь прибытия Помпеева резерва из Фессалии, Цезарь послал против него часть своего войска, а с остальными попытался блокировать Помпея. Помпей блокаду прорвал, причем нанес сильное поражение Цезарю. После этого Цезарю оставалось только снять блокаду и уйти на соединение с своей фессалийской армией. Здесь Помпей нагнал его у Фарсала. Сенатская партия в его лагере настояла на том, чтобы дана была решительная битва. Превосходство сил было на стороне Помпея, но выучка и дух всецело на стороне 30000 армии Ю. Цезаря. Битва (6 июня48 г.) кончилась полным поражением Помпея; войско почти целиком сдалось, Помпей бежал в ближайшую гавань, оттуда на Самос и наконец в Египет, где был убит, по приказанию царя. Цезарь преследовал его и появился вслед за его смертью в Египте. С небольшим войском он вступил в Александры и вмешался во внутренние дела Египта. Египет нужен был ему, как богатейшая страна, и привлекал его своей сложной и искусной административной организацией. Задержала его и связь с Клеопатрой, сестрою и женой молодого Птолемея, сына Птолемея Авлета. Первым актом Цезаря было водворить во дворце прогнанную мужем Клеопатру. Вообще он распоряжался в Александрии как полновластные хозяин, как монарх. Это, в связи с слабостью Цезарева войска, подняло в Александрии на ноги все население; одновременна от Пелузия подступило к Александрии египетское войско, провозгласившее царицей Арсиною. Цезарь заперт был во дворце. Попытка путем захвата маяка найти выход в море не удалась, задобрить восставших отсылкой Птолемея — тоже. Выручило Цезаря прибытие подкреплений из Азии. В сражении близ Нила войско Египта было разбито и Цезарь сделался хозяином страны (27 марта 47 г.). Поздно весною Цезарь покинул Египет, оставив царицей Клеопатру и ее мужем младшего Птолемея (старший был убит в битве при Ниле). 9 месяцев пробыл Цезарь в Египте; Александрия — последняя эллинистическая столица — и двор Клеопатры дали ему немало впечатлений и много опыта. Несмотря на настоятельные дела в Малой Азии и на Западе, Цезарь из Египта отправляется в Сирию, где, как преемник Селевкидов, восстановляет их дворец в Дафне и вообще ведет себя как хозяин и монарх. В июле он покинул Сирию, быстро справился с восставшим понтийским царем Фарнаком и поспешил в Рим, где его присутствие было настоятельно необходимо. После смерти Помпея его партия и партия сената далеко не были сломлены. Немало было помпеянцев, как их называли, в Италии; опаснее были они в провинциях, особенно в Иллирике, Испании и Африке. Цезаревым легатам с трудом удалось подчинить Иллирик, где долго не без успеха вел сопротивление М. Октавий. В Испании настроение войска было явно помпеянское; в Африке собрались все видные члены сенатской парии, с сильным войском. Здесь были и Метелл Сципион, главнокомандующий, и сыновья Помпея, Гней и Секст, и Катон, и Т. Лабиен и др. Поддерживал их мавританский царь Юба. В Италии во главе помпеянцев стал прежний сторонник и агент Ю. Цезаря, Цэлий Руф.