Андреа с малыми мореходными судами удалось освободить дожа, его основных советников и тайно перевезти их в Лериси на южное побережье. К счастью, испанцы разбили французов в следующем году в Наварре, и те по условиям мирного договора были обязаны оставить Геную. Андреа вернулся на свой пост. Командуя шестью галерами, он вел в ближайших морях войну против турок и пиратов. В одном из походов моряк захватил три галеры корсаров-берберов и двух турецких купцов с драгоценностями, что положило начало и «флоту Дориа», и его большому личному богатству. Он в решительном бою разгромил корсара из Северной Африки Гад-Али, который в 1514—1516 годах терроризировал западное побережье Италии. В этой первой важной победе генуэзцев над пиратами были взяты семь арабских судов, включая флагманскую галеру и главу пиратов. Андреа Дориа возвратился подлинным героем, а трофейные суда пополнили его флот.
В 1516 году Андреа с двумя генуэзскими галерами принял участие в соединенном рейде христианских государств на пиратскую гавань в Бизерте, где базировалась флотилия Хайдреддина Барбароссы. Дориа участвовал в первоначальной атаке, но затем без согласования с архиепископом Фредерико Фрегозо, который командовал христианскими силами, уклонился от осады и захватил несколько одиночных турецких судов. Архиепископ прогнал слишком независимого генуэзца. Тот вернулся в Геную и продолжил операции против корсаров и турок в центре Средиземного моря.
В период Итальянских войн 1494—1559 годов Дориа, ставивший целью отстоять независимость Генуи, первоначально рассчитывал на помощь Франции и в 1522—1525 и 1527—1528 годах служил королю Франциску I. Франциск тогда воевал против испанского короля Карла V, который являлся также императором Священной Римской империи. Дориа скоро доказал свою ценность, прорвав блокаду Марселя и доставив в него конвой судов с продовольствием, что помогло защитникам продолжить сопротивление. В 1525 году он атаковал пятнадцать испанских галер у Генуи и тринадцать из них взял. Моряк был готов силой освободить попавшего в плен короля, но Франциск предпочел решить вопрос дипломатическим путем.
Через несколько месяцев, не получая от Франции денежных вознаграждений, Андреа, силы которого составляли шесть галер и две бригантины, перешел на службу к папе Клименту VII. Тот решил принять меры против берберских пиратов, которые активизировались под руководством Хайдреддина Барбароссы. С десятью своими и четырьмя папскими галерами моряк встретил Хайдреддина между мысом Пиомбино и островом Эльба. В стремительной атаке он захватил 15 из 16 пиратских кораблей Сам Барбаросса, видя поражение, бежал на быстроходном флагманском галиоте.
Через год папа заключил союз с Франциском I, республикой Венецией и герцогом Миланским в связи с наступлением императорских испанских войск Карла V на Северную Италию. В июле блокировавшие Геную силы столкнулись с Андреа, который по договору с папой имел 11 собственных, 16 венецианских судов, 16 галер и 4 галеона Франции. Вынужденный снять осаду, Карл послал из Испании под командованием Антонио Ланнея, вице-короля Неаполя, эскадру из 20 галер и 21 другого судна. 19 ноября 1529 года Андреа встретил испанские силы со своим флотом. Командуя правым флангом, он в разгаре боя поставил свою галеру между двумя испанскими, потопил одну и повредил вторую. К концу 4-часового беспощадного боя вице-король отступил. В сражении Дориа продемонстрировал не только личную храбрость, но и умелое управление соединенными силами.
Когда служба Андреа у папы Климента VII завершилась, Андреа возвратился со своим выросшим до 23 галер флотом во Францию, к Франциску I. Первоначально ему пришлось оказать помощь при изгнании испанцев из родной Генуи и восстановлении там французского влияния.
В августе 1527 года Андреа женился.
Тогда же в Геную прибыл особый посланник французского короля, чтобы сообщить Дориа о присвоении ему звания адмирала и вручить орден Святого Михаила. В следующем году Франциск I назначил его командовать объединенными франко-генуэзско-венецианскими силами с приказом освободить французский гарнизон, осажденный испанцами в Неаполе, затем захватить у Испании Сицилию. Экспедиция затянулась, операции у Корсики и Сардинии проходили с переменным успехом, плохая погода прервала военные действия. Это послужило поводом для критики Андреа при французском дворе, где многие завидовали его высокому положению. Возможно, из-за это была задержана выплата ему жалованья и расходов на галеры, несмотря на неоднократные его обращения к королю. Более того, французское командование захотело овладеть захваченными испанскими судами и схватить самого Андреа. Адмирал вывел свои суда из Марселя в Геную и предложил свои услуги императору. Карл V принял Андреа с распростертыми объятиями. Франциск I осознал по следствия своей ошибки и умолял папу помочь изменить решение Андреа, но тщетно. Карл V обрел нужного ему флотоводца. Никогда моряки Франциска I не одерживали против него побед.
С помощью испано-имперских войск Дориа в 1528 году освободил Геную от французов и добился восстановления Генуэзской республики. Благодарный город предложил Дориа стать постоянным дожем, но он отказался и, как человек много знающий о жизни, принял пост дожа-судьи. Андреа присвоили титул «Старший член совета, отец своей страны». В октябре того же года адмирал изгнал французов из ближайшей Савонны и захватил этот торговый город для Генуи. Чтоб ослабить вездесущих корсаров-берберов, Андреа сам штурмовал Черчел западнее Алжира. Неожиданное нападение генуэзцев оказалось успешным: мусульмане покинули город, оставив рабов-христиан и награбленное добро.
В 1532 году султан Сулейман Великолепный захватил Будапешт и готовился осадить Вену. Дориа предложил, используя десанты против форпостов Оттоманской империи в западной части Средиземного моря, отвлечь силы Сулеймана. Карл V принял предложение и в качестве цели указал вход в Патрасский залив на севере Пелопоннеса, которым завладели турки. Оттуда они постоянно угрожали Южной Италии и Венеции. Последняя от участия уклонилась, хотя являлась главным заинтересованным лицом. Однако, когда Андреа проходил остров Занте, венецианский адмирал Винченцо Капелло по собственной инициативе присоединился к нему с 60-ю галерами. 21 сентября флот приблизился к Корон, крепости у входа в Патрасский залив. Оттоманский флот бежал. Атакующие силы итальянской пехоты были немедленно высажены для штурма крепости. Несколько кораблей поставили под ее башни. Длинные реи латинских парусов опустили на их вершины и стены. Вольные моряки под прикрытием огня артиллерии галер по этим импровизированным мостикам взошли на центральную башню крепости. Скоро гарнизон окружили в центральном замке, и он сдался на следующий день. Андреа овладел укрепленными замками у входа в залив — Рио и Антирио и разрушил их. Корон же был значительно усилен и занят гарнизоном. После этого Андреа вернулся в Геную. Историки согласны с тем, что на отступление султана от Вены той зимой в значительной мере повлияли атаки христиан на окраинах его собственных средиземноморских владений.
Император Карл, восхищенный успехом, присвоил Андреа титул князя Мелфи. С этого времени испанскому правительству не следовало предпринимать в Италии важных военных действий без консультаций с адмиралом. Испанский флот в море должен был подчиняться Дориа.
Султан в следующем году послал эскадру из 60 галер и 30 меньших судов под командованием Люфти Пасция с требованием освободить Корон к середине лета.