Для обеспечения скрытности маневра войск или прикрытия их отхода Су-17 привлекались в качестве постановщиков дымовых завес. Для оценки результативности атак летчики не позднее чем через 5-10 минут после посадки, когда еще свежи были впечатления, должны были подать в штаб полка донесение, немедленно передававшееся на КП ВВС.
Еще одной задачей Су-17 стало минирование с воздуха опасных районов и горных троп. Наряду с разрушением перевалов бомбовыми ударами, их минирование затрудняло моджахедам передвижение, лишая преимущества в подвижности и неожиданности нападения. Для этого использовались КМГУ, каждый из которых нес по 8 блоков, вмещавших 1248 противопехотных фугасных мин. Разбрасывание мин Су-17 производили на скорости порядка 900 км/ч.
При выполнении боевых задач выявились и недостатки, снижавшие эффективность БШУ и увеличивавшие риск повреждении и потерь. Так, при освоении афганского театра боевых действии летчики, выполнив несколько успешных боевых вылетов, склонялись к переоценке своих сил, недооценке противника (особенно его ПВО) и начинали выполнять атаки однообразно без учета особенностей местности и характера целей. Сброс бомб производился не по единой методике, что приводило к их рассеиванию. Несколько звеньев Су-17 были даже возвращены на базы из-за низкой точности ударов и опасности попадания по своим войскам. Так, летом 1984 года под Кандагаром ведущий группы Су-17, отказавшийся от помощи авианаводчика, по ошибке сбросил бомбы на свой пехотный батальон. Погибли четыре человека и девять были ранены.
Другим недостатком было частое отсутствие точных данных о ПВО противника (по сведениям разведки, в районах базирования моджахедов в 1982 году насчитывалось до 30-40 зенитных средств, а в опорных пунктах - до 10). Зенитные пулеметы и ЗГУ маскировались, прятались в укрытиях и быстро выдвигались на огневые позиции. Шаблонность атак и затягивание времени на обработку цели в таких условиях становились опасными. В районе Кандагара летом 1983 года Су-17М3 был сбит при выполнении шестого (!) захода на цель. Другими причинами потерь были ошибки пилотирования и отказы техники.
Возросшее напряжение боев привело к большим нагрузкам на летчиков и техников самолетов. Специалисты НИИ авиакосмической медицины, изучавшие "человеческий фактор", определили, что чрезмерные нагрузки на организм в течение 10-11 месяцев интенсивных боевых вылетов приводят к "существенным функциональным сдвигам и нарушениям в сердечно-сосудистой и двигательной системах, у 45% летчиков отмечается переутомление и нарушения нормальной психической деятельности". Жара и обезвоживание приводили к потерям в весе (в некоторых случаях до 20 кг) - люди буквально высыхали на солнце. Медики советовали снизить летную нагрузку, сократить время ожидания перед вылетом и создать благоприятные условия для отдыха. Практически же единственной реализуемой рекомендацией стало соблюдение предельно допустимой летной нагрузки, определенной в 4-5 боевых вылетов за смену.
На основе накопленного опыта были сформированы смешанные группы, состоявшие из истребителей-бомбардировщиков, штурмовиков и вертолетов, дополнявших друг друга при поиске и уничтожении противника. С их применением в декабре 1981 - январе 1982 года была проведена тщательно подготовленная операция по уничтожению исламских комитетов "власти на местах" в провинции Фориаб, организовывавших вооруженное сопротивление Кабулу. Кроме сухопутных войск, к операции привлекался воздушный десант (1200 человек) и 52 самолета ВВС: 24 Су-17М3, 8 Су-25, 12 МиГ-21 и 8 Ан-12. От армейской авиации в операции участвовали 60 советских и 12 афганских вертолетов.
Вся операция готовилась в строгом секрете - уже был опыт нанесения ударов по пустым местам в случаях, когда в разработке планов участвовали афганские штабисты. На этот случай для них была разработана легенда, и только за 2-3 часа до начала операции афганских военных посвятили во все детали.
Масштабы операции потребовали, помимо группы подавления ПВО самолетами МиГ-21, выделения трех ударных групп, насчитывавших по 8 Су-17М3 (первой из них придавались еще и 8 Су-25, особенно эффективных при штурмовке), вооруженных ФАБ-250 и РБК-250 с шариковыми бомбами. Удар на этот раз наносился не только по складам с вооружением, позициям ПВО и опорным базам вооруженных отрядов. Уничтожению подлежали штабы исламских комитетов, жилые здания, где могли скрываться моджахеды, и сельские школы, в которых велась "антикабульская агитация". После отхода ударных групп местность обработали Ми-24Д, они же обеспечили огневую поддержку при высадке десанта с Ми-8Т и Ми-6. Несмотря на низкую облачность, действия авиации помогли добиться успеха - база в этом районе перестала существовать. Потери составили один Ми-24Д и два Ми-8Т, сбитые огнем из ДШК.
В апреле 1982 года подобная операция по уничтожению базового района моджахедов проведена была в Рабати-Джали (провинция Нимроз), а 16 мая начались боевые действия по очистке от вооруженных групп долины реки Панджшер. В них участвовали 12 000 человек, 320 танков, БМП и БТР, 104 вертолета и 30 самолетов, в том числе 12 Су-17М3. Успех второй панджшерской операции обеспечили разведчики, которые в течение 10 дней вели аэрофотосъемку района предстоящих действий, отсняв для составления подробных фотопланшетов около 2000 кв.км местности. Всего за время операции были израсходованы 10 549 авиабомб и 61 297 НАР.
Афганская кампания приобрела масштабы настоящей войны, в которой авиации приходилось выполнять разнообразные боевые задачи. Истребители-бомбардировщики Су-17 с афганских аэродромов и баз ТуркВО уничтожали объекты и базы противника, вели непосредственную поддержку войск, поддерживали штурмовые группы и десанты, проводили разведку, минирование с воздуха, целеуказание и постановку дымовых завес. При штурмовке и атаках с малых высот чаще применялись Су-25, обладавшие лучшей маневренностью и защищенностью. Однако успех очередной боевой операции оборачивался усилением оппозиции и активности ответных нападений. Безнадежность продолжения войны стала очевидной, но к ее прекращению Бабрак Кармаль относился резко отрицательно. Несмотря на предпринимавшиеся усилия по очистке провинций от вооруженных отрядов моджахедов и насаждению "народной власти", фактически под контролем находились только крупные города и патрулируемые зоны вокруг аэродромов, воинских частей и некоторых дорог. Карта, на которой летчикам указывались рекомендуемые места вынужденной посадки и катапультирования, красноречиво говорила о том, кто на самом деле является хозяином положения.
Это отлично видели и афганские летчики (на "сухих" летал 355-й авиаполк, стоявший в Баграме), без энтузиазма относившиеся к боевой работе. В воздух они поднимались крайне редко, в основном чтобы не утратить навыков пилотирования. По словам советских советников участие элиты афганской армии - летчиков - в боях больше напоминало цирк, а не работу. Справедливости ради надо сказать, что и среди них встречались смелые пилоты, не уступавшие в летной подготовке советским летчикам. Таким был заместитель командующего афганских ВВС генерал-лейтенант Мустафа, семью которого вырезали моджахеды. Летчика дважды сбивали, он получил тяжелые ранения, но продолжал летать на Су-22М много и охотно. Большинство же безо всякого энтузиазма относились к боевой работе, при зенитном огне стараясь не подходить к цели ближе чем на 15-20 км.