Во главе 42-й армии Жуковым был поставлен привезённый с собой И. И. Федюнинский. Ф. С. Иванов был отстранён и впоследствии арестован.
Отсчёт времени до момента снятия 4-й танковой группы с фронта уже пошёл на часы, поэтому немецкое командование прилагало все усилия для выполнения поставленных задач до погрузки людей и техники танковых и моторизованных дивизий в эшелоны. XXXXI моторизованный корпус был усилен переброшенной с красногвардейского направления дивизией СС «Полицай» и 58-й пехотной дивизией из состава 18-й армии. Приближение к Ленинграду также вводило наступающие немецкие части в радиус действия корабельной артиллерии Балтийского флота. В устье реки Невы и в гаванях торгового порта заняли огневые позиции линкор «Марат», крейсеры «Максим Горький» и «Петропавловск», лидер «Ленинград», эсминцы «Опытный» и «Сметливый». Из Кронштадтской группы кораблей вышли на позиции линкор «Октябрьская революция», крейсер «Киров», лидер «Минск», эсминцы «Сильный», «Суровый», «Свирепый», «Славный», «Стойкий», «Гордый» и «Стерегущий». Они могли обрушить на наступающих огонь двадцати четырех орудий калибра 305-мм линкоров, четырех 203-мм орудий крейсера «Петропавловск» (немецкой постройки), восемнадцати 180-мм пушек крейсеров советской постройки, более полусотни 130-мм орудий эсминцев и лидеров. Немецкой пехоте и танкам предстояло идти в атаку под огнём орудий, поднимавшим столбы земли размером в дом. По распоряжению Жукова на прямую наводку были поставлены зенитки ПВО Ленинграда. Концентрация артиллерии вполне отвечала директиве Г. К. Жукова: «Перемолоть противника артиллерийским, миномётным огнём и авиацией, не допустив прорыва нашей обороны».
17 сентября наступающие захватили Пушкин, и солдаты 1-й танковой дивизии вышли к конечной остановке ленинградского трамвая — немецкие танки стояли всего в 12 км от центра города. Однако времени на продвижение к городу и разгром 42-й армии уже не оставалось: соединения 4-й танковой группы снимались с фронта и отправлялись в тыл для погрузки в эшелоны или формирования маршевых колонн. Фронт покидали XXXXI моторизованный корпус вместе со штабом 4-й танковой группы.
Дальнейшие боевые действия к югу от Ленинграда носили характер выпадов той и другой стороны тактического значения. Оставшийся «без работы» VIII авиакорпус был перенацелен на корабли Краснознамённого Балтийского флота. В двадцатых числах сентября 1941 г. Ю-87 2-й эскадры пикирующих бомбардировщиков произвели несколько налётов на корабли КБФ. 21 сентября немецкие лётчики добились попадания в линкор «Октябрьская революция», находившийся в Морском канале. 23 сентября было достигнуто попадание в линкор «Марат», стоявший в Петровской гавани в Кронштадте, приведшее к взрыву носового погреба и посадке сильно повреждённого корабля на грунт. Помимо «Марата» был потоплен переживший Таллинский переход лидер «Минск». К 26 сентября линия фронта под Ленинградом стабилизировалась и оставалась практически неизменной до прорыва блокады в январе 1943 г.
В конце сентября войска Ленинградского фронта занимали следующее положение.
8-я армия, прочно удерживая приморский плацдарм в районе Ораниенбаума, совершенствовала оборону на рубеже Керново — Ломоносов — Мишелово — западная окраина Петергофа.
42-я и 55-я армии, прочно обороняя Ленинград с юга, совершенствовали оборону на рубеже Лигово — южная окраина Пулково — Бол. Кузьмин — Новая.
Невская оперативная группа частью сил обороняла рубеж по правому берегу р. Нева, а частью сил вела бои по расширению плацдарма на левом берегу р. Нева в районе Московская Дубровка.
23-я армия, прикрывая Ленинград с севера, совершенствовала оборону на Карельском перешейке по линии старой государственной границы 1939 г.
54-я армия, переданная Ставкой 26 сентября в состав Ленинградского фронта, вела боевые действия южнее Ладожского озера.
Борьба за острова в Балтийском море.
Советская методика косвенного воздействия на противника, вынуждавшая вермахт распылять силы, принимала различные формы. 1-й минно-торпедный авиаполк КБФ в ночь с 7 на 8 августа произвёл первый налёт на столицу Германии Берлин. Авиаудары продолжались до 5 сентября и имели важное политическое значение.
Аэродромы, с которых производились налёты, были выявлены, и решение по ним было принято высшим руководством немецких вооружённых сил. В подписанном начальником штаба Верховного командования вооружённых сил Кейтелем дополнении к директиве № 34 указывалось:
«Как только позволит обстановка, следует совместными усилиями соединений сухопутных войск, авиации и военно-морского флота ликвидировать военно-морские и военно-воздушные базы противника на островах Даго и Эзель. При этом особенно важно уничтожить вражеские аэродромы, с которых осуществляются воздушные налёты на Берлин»[23].
Планирование операции «Беовульф» (захват островов Эзель и Муху (Моон)) армия и военно-морские силы завершили к 13 сентября. К операции привлекались лёгкие силы кригсмарине на Балтике, 26 десантных паромов типа «Зибель», 182 штурмовых бота, 140 катеров. В состав лёгких сил входили на тот момент крейсера «Лейпциг», «Эмден» и «Кёльн», катера и тральщики. Командование финских ВМС выделило для проведения операции броненосцы береговой обороны «Ильмаринен» и «Вейнемейнен», два ледокола и несколько вспомогательных кораблей. Поддержку с воздуха должны были оказывать бомбардировщики I группы 77-й бомбардировочной эскадры, II группы 76-й эскадры пикировщиков.
Задача штурма Моонзундского архипелага, несмотря на изоляцию их защитников вследствие смещения линии фронта, была непростой. К началу сентября на островах было сооружено более 260 ДОТов и ДЗОТов, установлено около 24 тыс. мин и фугасов и более 140 км проволочных заграждений. Накануне боёв за острова гарнизоны их состояли из частей и соединений 8-й армии и флота общей численностью 23 663 человека. Острова Сааремаа и Муху оборонялись отдельной стрелковой бригадой, батальоном моряков, эстонским стрелковым батальоном, двумя инженерно-строительными батальонами и четырьмя отдельными ротами (всего 18 615 человек); острова Хийумаа и Вормси — двумя стрелковыми и двумя инженерно-строительными батальонами и подразделениями погранотряда (всего 5048 человек). Защитники островов располагали 142 орудиями береговой, полевой и зенитной артиллерии, 60 миномётами, 795 пулемётами. Береговая артиллерия состояла из 17 батарей (всего 54 орудия калибром от 100 до 180 мм). Для отражения десанта имелось восемь торпедных катеров и 12 самолётов-истребителей.
Высадка немецкого десанта началась в 4.00 14 сентября. Первой жертвой стал остров Муху (Моон). За ним последовал Эзель, который был почти полностью захвачен частями 61-й пехотной дивизии к 20 сентября. Защитники отошли на полуостров Сырве (Сворбе), соединявшийся с Эзелем узким перешейком. Начались затяжные позиционные бои. 26 и 28 сентября к подавлению батарей полуострова были привлечены крейсера «Лейпциг» и «Эмден». Бои за Сырве завершились только 5 октября. По немецким данным, в плен сдались 4000 человек.
Финскому броненосцу береговой обороны «Ильмаринен», вышедшему в море для решения наступательных задач во взаимодействии с немецким флотом, не повезло — 18 сентября он подорвался на мине и затонул в течение 7 минут, унеся с собой в холодные волны Балтики 217 человек.
К 12 октября 61-я пехотная дивизия перегруппировалась и высадилась на острове Даго. Бои на этом острове продолжались до 21 октября. В плен, по немецким данным, сдались 3388 человек.