Армейские летчики, введенные в заблуждение всплесками близких к кораблям взрывов бомб, донесли об уничтожении японского авианосца, но на самом деле попаданий в корабли достигнуто не было. Через 10 минут японские корабли были атакованы одиннадцатью бомбардировщиками Морской пехоты, но и они не добились попаданий.
"Наутилус"
В 08.24 Брокмэн поднял перископ и обнаружил, что лодка находится в центре японского соединения. Но присутствие здесь лодки не было секретом для японцев. Только что над ней прошел эсминец противника. Линейный корабль, находившийся слева по носу лодки, вел огонь по перископу, освещая его прожекторами. Дистанция до линейного корабля составляла около 4000 метров. Лодка выстрелила две торпеды, однако к цели пошла только первая. Вторая торпеда не вышла из аппарата. Линейный корабль отвернул - и торпеда прошла мимо. Лодку атаковал эсминец, и она ушла на глубину 45 метров, сопровождаемая взрывом глубинных бомб.
Ударное соединение
Примерно к этому времени Нагумо узнал, что к северо-востоку от него находится американский авианосец. Он приказал немедленно прекратить перезарядку самолетов для повторного удара по Мидуэю и вновь подвесить на самолеты торпеды и бронебойные бомбы. К этому времени стали возвращаться самолеты с Мидуэя. Многие из них были повреждены, а истребители имели очень мало горючего. Японские авианосцы развернулись против ветра, чтобы принять возвращающиеся самолеты.
"Наутилус"
В 09.00 "Наутилус" поднял перископ и в первый раз увидел японский авианосец. Дистанция до него составляла 14630 метров. Признаков повреждений на нем не было видно. Корабль маневрировал на большой скорости. Высоко над ним стелились черные шапки разрывов зенитных снарядов. Очевидно, это рвались снаряды с японского эсминца, который вел огонь по своим возвращавшимся на авианосец самолетам, приняв их за самолеты противника. Эсминец маневрировал неподалеку от "Наутилуса"; Брокмэн решил воспользоваться представившейся благоприятной возможностью и выпустил в него торпеду, все еще полагая, что перед ним крейсер. Торпеда прошла мимо. Эсминец атаковал лодку глубинными бомбами, и она, уйдя на глубину 46 метров, малым ходом пошла в направлении замеченного ею японского авианосца.
Атака американской авианосном авиации
Вскоре после 09.00 Нагумо повернул соединение на север, чтобы построить его в боевой порядок (который оказался нарушенным во время- маневрирования авианосцев для уклонения от атак и приема самолетов) и подготовить полетную палубу авианосца для подъема самолетов с целью удара по американскому авианосцу. Этот поворот на север оставил лодку позади соединения. Более того, поворот японского соединения спутал американцам все карты. Тем временем авианосцы "Хорнет", "Энтерпрайз" и "Йорктаун" подняли свои самолеты, которые несколькими группами шли на перехват японских авианосцев. Курс самолетов был проложен на основании первых данных о противнике, полученных от патрульного самолета. Никто не заметил, что японское соединение изменило свой курс. Бомбардировщики и истребители с "Хорнета", подойдя к месту предполагаемого нахождения противника и не обнаружив его, повернули на юг и оказались вне боя. Командир группы бомбардировщиков с "Энтерпрайза" Маклуски, прибывший позднее примерно на то же место, принял одно из самых важных решений дня. Он решил повернуть на север, исходя из предположения, что японские авианосцы запоздали. В результате бомбардировщики с "Энтерпрайза" появились над ударным соединением японцев в наиболее критический для противника момент.
Торпедоносцы с "Хорнета" первыми обнаружили ударное соединение противника. В 09.28 15 самолетов этой группы, не имея истребительного прикрытия, атаковали японские корабли.
Японские истребители "Зеро", в свою очередь, атаковали торпедоносцы. Несколько минут спустя 14 торпедоносцев с "Энтерпрайза", тоже без прикрытия, атаковали японские корабли ударного соединения 10 самолетов было сбито, и ни одна торпеда не достигла цели. Высланная позднее группа торпедоносцев с "Йорктауна" также вскоре появилась в районе ударного соединения вице-адмирала Нагумо. В 10.16 в атаку на корабли пошло 12 торпедоносцев. 10 из них были сбиты, причем истребители "Зеро" следовали за ними вплоть до самой воды. И на этот раз самолеты не добились попаданий в японские корабли.
К 10.20 бой с американскими торпедоносцами закончился, и Нагумо был готов обрушить удар на американский авианосец. Казалось, ударное соединение одержало еще одну победу. И действительно, японское соединение легко справилось с авиацией берегового базирования с Мидуэя, атаки подводных лодок оказались безуспешными, а торпедоносцы с авианосцев, которых Нагумо опасался больше всего, несмотря на решительность их атак, были уничтожены. Сброшенные ими торпеды были тихоходны и неустойчивы на курсе, что позволяло кораблям легко уклоняться от них. Огромные В-17, сбросившие свой груз на японские корабли, не причинили им никакого вреда. Нагумо теперь нужно было одно: уничтожить американский авианосец. В 10.24 он приказал поднять самолеты для удара. Вскоре первый истребитель "Зеро" поднялся в воздух. В этот момент сигнальщик на корабле закричал: "Бомбардировщики!" И тут же на японские авианосцы начали пикировать самолеты "Энтерпрайза". Почти одновременно японские корабли атаковали пикировщики "Йорктауна". Истребители типа "Зеро", отражавшие атаки тихоходных торпедоносцев, действовали на низких высотах, оставив без присмотра зоны действия пикирующих бомбардировщиков. Самолеты пикировали сквозь облака почти вертикально, встречая на своем пути только разрывы снарядов заградительного зенитного огня. Но все кончилось почти мгновенно. В течение трех минут казавшаяся неизбежной победа японцев превратилась в катастрофу. Авианосцы "Акаги", "Кага" и "Сорю" были объяты пламенем, ликвидировать которое было невозможно. Ударное соединение кончило свое существование.
"Наутилус"
В 10.00 "Наутилус" обнаружил, что вокруг него никого нет: авианосцы уже скрылись, а эсминцы удалялись за горизонт. В 10.29 Брокмэн перехватил радиограмму о нанесении повреждения японскому авианосцу. На горизонте он видел четыре больших столба дыма. "Наутилус" взял курс на ближайший к нему.
"Хирю" против "Йорктауна"
Пока американские пикировщики атаковали три японских авианосца, четвертый авианосец - "Хирю" - находился к северу от них. Это был флагманский корабль контр-адмирала Ямагучи, командира 2-й дивизии авианосцев. Когда Нагумо переносил свой флаг с обреченного "Акаги" на крейсер, Ямагучи поднял все самолеты. Последние (восемнадцать пикировщиков и шесть истребителей) были готовы нанести удар по американским авианосцам. В 12.20 они атаковали "Йорктаун", добившись попаданий двух бомб и потеряв при этом тринадцать бомбардировщиков из восемнадцати и три истребителя из шести. "Йорктаун", потеряв ход, стоял неподвижно, окутанный дымом. Теперь настала очередь Флетчера перенести флат с "Йорктауна" на крейсер.
Тем временем японцы поняли, что они имеют дело не с одним, а с тремя американскими авианосцами. Когда эта тревожная новость дошла до Ямагучи, он приказал поднять все оставшиеся самолеты (десять торпедоносцев и шесть истребителей) и атаковать американские авианосцы. Тем временем аварийной партии на "Йорктауне" удалось ликвидировать пожар, частично исправить повреждения, и в 13.40 авианосец снова был на ходу, идя со скоростью 18 узлов.
"Наутилус"
Все это время подводная лодка шла в направлении замеченного ею на горизонте дыма.