Хотя Духовенство Российское никогда сильно не изъявляло мирского властолюбия, всегда более угождая, нежели противясь воле Государей в самых делах церковных; хотя, со времен Иоанна III, Митрополиты наши в разных случаях отзывались торжественно, что занимаются единственно устройством богослужения, Христианским учением, совестию людей, спасением душ: однако ж, присутствуя в Думах земских, сзываемых для важных государственных постановлений — не законодательствуя, но одобряя или утверждая законы гражданские — имея право советовать Царю и Боярам, толковать им уставы Царя Небесного для земного блага людей — сии Иерархии участвовали в делах правления соответственно их личным способностям и характеру Государей: мало при Иоанне III и Василии, более во время детства и юности Иоанна IV, менее в годы его тиранства. Феодор, духом младенец, превосходя старцев в набожности, занимаясь Церковию ревностнее, нежели Державою, беседуя с Иноками охотнее, нежели с Боярами, какую государственную важность мог бы дать сану Первосвятительства, без руководства Годунова, при Митрополите честолюбивом, умном, сладкоречивом? ибо таков был Дионисий, прозванный мудрым Грамматиком . Но Годунов не для того хотел державной власти, чтобы уступить ее Монахам: честил Духовенство, как и Бояр, только знаками уважения, благосклонно слушал Митрополита, рассуждал с ним, но действовал независимо, досаждая ему непреклонностию своей воли. Сим объясняется неприязненное расположение Дионисия к Годунову и тесная связь с Шуйскими. Зная, что правитель велик Царицею — думая, что слабодушный Феодор не может иметь и сильной привязанности, ни к Борису, ни к самой Ирине; что действием незапности и страха легко склонить его ко всему чрезвычайному — Митрополит, Шуйские, друзья их тайно условились с гостями Московскими, Купцами, некоторыми гражданскими и воинскими чиновниками именем всей России торжественно ударить челом Феодору, чтобы он развелся с неплодною супругою, отпустив ее, как вторую Соломонию, в монастырь, и взял другую, дабы иметь наследников, необходимых для спокойствия Державы. Сие моление народа, будто бы устрашаемого мыслию видеть конец Рюрикова племени на троне, хотели подкрепить волнением черни. Выбрали, как пишут, и невесту: сестру Князя Федора Ивановича Мстиславского, коего отец, низверженный Годуновым, умер, в Кирилловской области. Написали бумагу; утвердили оную целованием креста… Но Борис, имея множество преданных ему людей и лазутчиков, открыл сей ужасный для него заговор еще вовремя, и поступил, казалось, с редким великодушием: без гнева, без укоризн хотел усовестить Митрополита; представлял ему, что развод есть беззаконие; что Феодор еще может иметь детей от Ирины, цветущей юностию, красотою и добродетелию; что во всяком случае трон не будет без наследников, ибо Царевич Димитрий живет и здравствует. Обманутый, может быть, сею кротостию, Дионисий извинялся, стараясь извинить и своих единомышленников ревностною, боязливою любовию к спокойствию России, и дал слово, за себя и за них, не мыслить более о разлучении супругов нежных; а Годунов, обещаясь не мстить ни виновникам, ни участникам сего кова, удовольствовался одною жертвою: несчастную Княжну Мстиславскую, как опасную совместницу Ирины, постригли в Монахини. Все было тихо в столице, в Думе и при дворе; но недолго. Чтобы явно не нарушить данного обещания, Годунов лицемерно совестный, искал другого предлога мести, оправдываясь в уме своем злобою врагов непримиримых, законом безопасности собственной и государственной, всеми услугами, оказанными им России и еще замышляемыми в ревности к ее пользе — искал и не усомнился прибегнуть к средству низкому, к ветхому орудию Иоаннова тиранства: ложным доносам. Слуга Шуйских, как уверяют, продал ему честь и совесть; явился во дворце с изветом, что они в заговоре с Московскими купцами и думают изменить Царю. Шуйских взяли под стражу; взяли и друзей их, Князей Татевых, Урусовых, Колычевых, Быкасовых, многих Дворян и купцев богатых.
Слуга Шуйских, как уверяют, продал ему честь и совесть; явился во дворце с изветом, что они в заговоре с Московскими купцами и думают изменить Царю. Шуйских взяли под стражу; взяли и друзей их, Князей Татевых, Урусовых, Колычевых, Быкасовых, многих Дворян и купцев богатых. Нарядили суд; допрашивали обвиняемых и свидетелей; людей знатных и чиновных не коснулись телесно, купцев и слуг пытали, безжалостно и бесполезно: ибо никто из них не подтвердил клеветы доносчика — так говорил народ; но суд не оправдал судимых. Шуйских удалили, хваляся милосердием и признательностию к заслуге Героя Псковского: Князя Андрея Ивановича, объявленного главным преступником, сослали в Каргополь; Князя Ивана Петровича, будто бы им и его братьями обольщенного, на Белоозеро; у старшего из них, Князя Василия Федоровича Скопина-Шуйского, отняли Каргопольское Наместничество, но дозволили ему, как невинному, жить в Москве; других заточили в Буй-городок, в Галич, в Шую; Князя Ивана Татева в Астрахань, Крюка-Колычева в Нижний Новгород, Быкасовых и многих дворян на Вологду, в Сибирь, в разные пустыни; а купцам Московским (участникам заговора против Ирины), Федору Нагаю с шестью товарищами, отсекли головы на площади. Еще не трогали Митрополита; но он не хотел быть робким зрителем сей опалы и с великодушною смелостию, торжественно, пред лицом Феодора назвал Годунова клеветником, тираном, доказывая, что Шуйские и друзья их гибнут единственно за доброе намерение спасти Россию от алчного властолюбия Борисова. Так же смело обличал Правителя и Крутицкий Архиепископ Варлаам, грозя ему казнию Небесною и не бояся земной, укоряя Феодора слабостию и постыдным ослеплением. Обоих, Дионисия и Варлаама, свели с престола (кажется, без суда): первого заточили в монастырь Хутынский, второго в Антониев Новогородский, посвятив в Митрополиты ростовского Архиепископа Иова. Опасаясь людей, но уже не страшась Бога, Правитель — так уверяют Летописцы — велел удавить двух главных Шуйских в заточении: Боярина Андрея Ивановича, отличного умом, и знаменитого Князя Ивана Петровича… Спаситель Пскова и нашей чести воинской, муж бессмертный в Истории, коего великий подвиг описан современниками на разных языках Европейских ко славе Русского имени, лаврами увенчанную главу свою предал срамной петле в душной темнице или в яме! Тело его погребли в обители Св. Кирилла… Так начались злодейства; так обнаружилось сердце Годунова, упоенное прелестями владычества, раздраженное кознями врагов, ожесточенное местию! — Надеясь страхом обуздывать недоброжелательство, милостями умножать число приверженников и мудростию в делах государственных сомкнуть уста злословию, Борис дерзнул тогда же на обман вероломный и новую лютость. Мнимый, единственный в Истории Король Ливонский, бедный Магнус, еще в Иоанново время кончил жизнь в Нильтене, где вдовствующая супруга его, Мария Владимировна, и двулетняя дочь Евдокия оставались без имения, без отечества, без друзей: Годунов призвал их в Москву, обещая богатый Удел и знаменитого жениха юной вдове, Марии; но предвидя будущее — опасаясь, чтобы, в случае Феодоровой и Димитриевой кончины, сия правнука Иоанна Великого не вздумала, хотя и беспримерно, хотя и несогласно с нашими государственными уставами, объявить себя наследницею трона (коим он уже располагал в мыслях) — Борис, вместо удела и жениха, представил ей на выбор монастырь или темницу! Инокиня неволею, Мария требовала одного утешения: не быть разлученною с дочерью; но скоро оплакала ее смерть неестественную , как думали, и еще жила лет восемь в глубокой печали, с горькими слезами воспоминая судьбу родителей, мужа и дочери. Сии две жертвы подозрительного беззакония, Мария и Евдокия, лежат в Троицкой Сергиевой Лавре, близ того места, где, вне храма, видим и смиренную, как бы опальную могилу их гонителя, ни величием, ни славою не спасенного от праведной мести Небесной!
Но сия месть еще ожидала дальнейших преступлений… Смирив двор опалою Шуйских, Духовенство свержением Митрополита, а граждан столицы казнию знатных гостей Московских — окружив Царя и заняв Думу своими ближними родственниками, Годунов уже не видал никакого сопротивления, никакой важной для себя опасности до конца Феодоровой жизни — или дремоты: ибо так можно назвать смиренную праздность сего жалкого Венценосца, которую современники описывают следующим образом:
«Феодор вставал обыкновенно в четыре часа утра и ждал духовника в спальне, наполненной иконами, освещенной днем и ночью лампадами.