После ремонта в Ливорно быстроходный «Агамемнон» атаковал и взял в двухдневном бою более сильный французский корабль «Са Ира». До конца 1795 года Нельсон крейсировал по Средиземному морю, охраняя судоходство, оказывая помощь союзникам и блокируя порты противников. Прибывший на смену Худу в 1796 году Джервис, которому понравился моряк, поручал ему самостоятельные операции, назначил на 74?пушечный корабль «Капитан» и произвел в коммодоры.
Нельсон особенно отличился в сражении 14 февраля у мыса Сан?Винсенти против испанской эскадры. Джервис поступил неожиданно. Он приказал британской линии разрезать неприятельский строй, чтобы разбить его по частям. Испанцы попытались восстановить линию. Однако тут вмешался Нельсон, который нарушил заповедь: не оставлять линию без приказа флагмана. Его «Капитан», третий от конца, сначала отошел от строя, затем круто повернул и, пройдя сквозь арьергард противника, вошел в разрыв вражеской линии. Некоторое время ему пришлось выдерживать бой против 7 неприятельских кораблей, в том числе 4 100?пушечных, пока не подошли еще три британских корабля. Из 4 взятых испанских кораблей 2 овладел Нельсон. Он сам участвовал в абордажной схватке. Уже через неделю Нельсон получил чин контр?адмирала синего флага и титул рыцаря ордена Бани, возводивший его в дворянское достоинство, тогда как сэр Джон Джервис благодаря ему стал графом Сан?Висенти. Особенно Нельсона радовала золотая медаль, которую получили старшие офицеры — участники сражения.
Позднее вместе со Средиземноморским флотом Нельсон, подняв флаг на корабле «Тезей», блокировал Кадис, дважды в июле 1797 года обстреливал ночами порт из пушек и мортир и даже участвовал в рукопашной схватке. Временами моряка «заносило». Он задумал высадить под прикрытием огня артиллерии десант на остров Тенерифе и захватить стоявшее в гавани судно с золотом из Мексики. Но расчет на внезапность не оправдался, экспедиция не удалась, а Нельсон лишился руки, раздробленной пулей.
Павший духом моряк считал, что однорукий адмирал не нужен флоту. Но в Англии его встретили как героя. Уже в конце 1797 года, воспрянув духом и окрепнув, Нельсон обратился в адмиралтейство за назначением, а в апреле следующего года поднял флаг на линейном корабле «Вэнгард» и отправился с эскадрой на Средиземное море, где в Тулоне французы накапливали корабли. Моряку следовало выяснить их намерения.
Шторм разбросал корабли эскадры, что позволило французскому флоту оставить Тулон незамеченным. Наскоро отремонтировав корабли, получив от графа Сан?Висенти подкрепления и приказ уничтожить неприятельский флот, контр?адмирал приступил к поискам, пока не узнал, что французский флот в Александрии и 1 августа появился перед мысом Абукир, где стояли корабли Брюэса. Нельсон, найдя противника, решил атаковать немедленно, не дожидаясь отставших кораблей. Он заявил командирам кораблей: «Завтра в это время я заслужу или титул лорда, или Вестминстерское аббатство».
Уверенный в победе, Нельсон атаковал, несмотря на малочисленность флота и приближающуюся ночь. Свои корабли он приказал обозначить для распознавания во тьме четырьмя фонарями. Французский флагман, хотя и обсуждал недавно с Наполеоном Бонапартом неудобства стоянки на открытом рейде, принял бой, не меняя строя. Он рассчитывал на близость отмелей и береговые батареи. Английскому флотоводцу помогла необычная тактика. Его корабли обошли часть неприятельских с двух сторон. Вскоре был выведен из строя передовой корабль, через два часа из строя вышла половина эскадры.
В ходе Абукирского сражения Нельсон, раненный осколком в голову, был уверен, что умирает, однако на перевязочном пункте потребовал, чтобы перевязали тех, кто поступил ранее. Ранение оказалось неопасным, и флотоводец смог диктовать донесение о бое, а затем поднялся на палубу и наблюдал взрыв неприятельского флагманского корабля «Ориан». К утру от французского флота уцелели два корабля и два фрегата, ушедшие в море. Английская эскадра из?за повреждений не могла их преследовать.
Победа при Абукире разрушила планы генерала Бонапарта удержать Египет и развернуть наступление на Индию. Нельсон стал национальным героем, пэром Англии, бароном Нила и Бернем?Торпа, получил пожизненную пенсию — 2000 фунтов в год, был произведен в контр?адмиралы красного флага. Свои поздравления и подарки прислали союзные монархи, а Ост?Индская компания за избавление Индии от вторжения выдала ему 10000 фунтов. Командир одного корабля эскадры, своеобразно выражая свое уважение, преподнес флагману дубовый гроб, изготовленный из обломка мачты «Ориана». Позднее Нельсон возил гроб с собой на корабле; он и стал его последним пристанищем.
При дворе были поражены победой, всю Англию охватило ликование. Пришло восторженное поздравление и от Эммы Гамильтон, поддерживавшей переписку с флотоводцем. 22 сентября эскадра во главе с «Вэнгардом» вступила на рейд Неаполя. Среди участников торжественной встречи оказалась леди Гамильтон, ставшая судьбой Нельсона до конца жизни. Она ухаживала за страдавшим от лихорадки и раны на лице контр?адмиралом, организовала великолепное празднование его сорокалетия.
Через три недели эскадра направилась к Мальте. Угрожая обстрелом, Нельсон заставил капитулировать французский гарнизон острова Гоцо. Однако защитники Мальты продолжали удерживать остров, и флотоводец вернулся в Неаполь.
Вновь поставленный на ноги заботами Эммы Гамильтон, Нельсон подтолкнул короля Фердинанда к активным действиям. Неаполитанская армия быстро освободила Рим, а Нельсон перебросил 5000 войск в Ливорно для наступления французам в тыл. Однако французское контрнаступление отбросило неаполитанцев к границе королевства и создало угрозу самому Неаполю. Король с семьей и ценностями тайно перешел на эскадру Нельсона, которая доставила монарха в Палермо на Сицилии. С ним прибыли леди Гамильтон и британский посол лорд Гамильтон. Вскоре французы овладели Неаполем и провозгласили Партенопейскую республику. Только после освобождения Неаполя Нельсон вернулся туда с королевской семьей. По требованию королевы Марии?Каролины Нельсон приказал повесить итальянского мятежного адмирала на рее, не препятствовал кровавой бойне, которую развернули в Неаполе против республиканцев королевские войска. Увлеченный личными делами, флагман даже не выполнил приказ идти к Менорке, и его спасло только то, что острову никто не угрожал.
В благодарность король Фердинанд по совету леди Гамильтон присвоил флотоводцу титул герцога Бронте, присоединив к титулу небольшое имение у подножья Этны на Сицилии, которое приносило три тысячи фунтов годового дохода. Контр?адмирал получил также от султана орден Турецкого полумесяца с большой звездой — высшую награду Турции немусульманину.
Главнокомандующий лорд Кейт считал, что Нельсон этого времени, увешанный орденами, выглядел жалко. Он доверил контр?адмиралу командование на Средиземном море. Но пока Нельсон оставался в Палермо с королевской семьей, опасавшейся жить в Неаполе, Наполеон Бонапарт морем прибыл во Францию и утвердил свою власть в качестве первого консула. Кейт вернулся в Ливорно к началу 1800 года, вызвал Нельсона, чтобы заставить его действовать, прибыл с ним в Палермо, откуда через несколько дней эскадра Нельсона во главе с Кейтом направилась к Мальте. По пути встретили они французский 74?пушечный корабль «Женере», один из спасшихся при Абукире, и Нельсон без приказа Кейта погнался и овладел им. Кейт отправился на север — помогать австрийской армии осаждать Геную. На Нельсона он возложил ответственность за блокаду Мальты. Через несколько недель Нельсон, не выдержав разлуки, сказался больным и вернулся в Палермо. Флагманский корабль он направил обратно, и командир «Фоудройанта» по пути к Мальте овладел последним французским кораблем, уцелевшим при Абукире. Эта удача на время успокоила критику в адмиралтействе действий Нельсона, который дошел до того, что продемонстрировал Гамильтонам предпринятый им специально обстрел Валетты с моря, а затем совершил с ними прогулку по морю.
Наконец терпение адмиралтейства лопнуло. Моряка вызвали на лечение в Англию. Последней почестью короля Фердинанда явился орден Святого Фердинанда с большой золотой звездой, который он учредил специально для моряка. Так как Нельсону с Гамильтонами для переезда не предоставили военный корабль, они направились по суше. Путешествие по Европе вылилось в триумф флотоводца. Восторженно встречал его и народ на родине. 6 ноября Нельсон прибыл в Ярмут. Основной трудностью являлись взаимоотношения с женой и любовницей, вызывавшие недовольство двора. Потому сразу же по прибытии вице?адмирал направил в адмиралтейство просьбу о незамедлительном назначении.
Вскоре дело для моряка нашлось. Организованный Павлом I союз вооруженного нейтралитета России, Швеции и Дании был направлен против интересов Великобритании. Нельсона произвели в вице?адмиралы синей эскадры и направили заместителем командующего флотом на Балтике адмирала Хайда Паркера. Флотоводец поднял флаг на корабле «Сан?Жозеф», который сам он взял в сражении у Сан?Висенти. Вскоре Нельсон выехал в Портсмут, где готовилась эскадра. Он торопился начать и быстрее закончить кампанию. Однако Хайд Паркер откладывал поход. Нельсон написал другу в адмиралтейство, что задержки грозят соединением шведского и датского флотов с русским. Предупреждение подействовало: 13 марта флот из Ярмута направился к Копенгагену. Хайд Паркер вновь не торопился действовать, а затем поручил Нельсону возглавить атаку датского флота с 10 кораблями, бомбардирскими судами и брандерами. Вечером 1 апреля, осмотрев датские укрепления, вице?адмирал считал, что истребит их огнем корабельной артиллерии. Флотоводец намеревался применить ту же тактику, что и при Абукире: пройти вдоль линии части кораблей датского флота, начиная с арьергарда, взорвать их и перейти к следующим. Удачная перемена ветра позволила ему в сражении 2 апреля 1801 года занять нужную позицию. Но и датчане, поддержанные огнем батарей, чувствовали себя уверенно. Паркер, наблюдая обрушившийся на англичан шквал огня, поднял сигнал прекратить сражение. Нельсон на флагманском корабле «Элефант», приняв сигнал, не подчинился. Вскоре датский флагман «Даннеброг» загорелся, обрубил якоря и, отнесенный на середину пролива, взорвался. Были потоплены и выведены из строя 17 неприятельских кораблей. К вечеру вице?адмирал готовился атаковать датчан брандерами, однако первоначально предложил им капитулировать, угрожая сжечь плавучие батареи. Флотоводец блефовал, ибо несколько его кораблей стояли на мели под огнем батарей. Однако принц Фредерик согласился сдать корабли и выполнить другие требования.