Морильо и Сан-Мартин действовали настолько безжалостно и настолько пренебрегали справедливостью и соблюдением даже элементарных правил судебной процедуры, что в конце концов сам папа в январе 1482 года обратился к монархам с письмом протеста.
Эдикт, предписывавший дворянам арестовывать всех, кто бежал из Севильи, заставил многих «новых христиан» отправиться еще дальше в поисках безопасности. Некоторые уехали в Португалию, другие пересекли Средиземное море и нашли убежище в Марокко, тогда как еще одна значительная часть, собрав волю в кулак, бросилась искать спасение в самом Риме, у ног Его Святейшества, Прочие беглецы появились уже после того, как трибунал приступил к своей страшной работе. Все они шумно выражали свои жалобы и протесты: несмотря на невиновность, им пришлось покинуть государство, бежать от ненависти и несправедливости инквизиторов и направиться в поисках защиты к наместнику Христа, в чьих руках было право и обязанность защищать всех христиан и верных католиков.
Они подробно ознакомили папу с методами преследования; жаловались, что инквизиторы в своем стремлении добиться обвинительного приговора действуют исключительно по собственной инициативе, без согласования с экспертом и епископским судьей, чье присутствие при разбирательстве дел, затрагивающих вопросы веры, считалось обязательным; описывали, как их изгоняли со всех официальных постов, несправедливо сажали в тюрьму, жестоко пытали, ложно порочили как еретиков, после чего передавали в руки гражданских властей для приведения приговора в исполнение и конфисковывали имущество, из-за чего их дети, заклейменные позором, оказывались в полной нищете.
Папа внял этим стенаниям, убедившись в их правоте, и выразил свой протест Фердинанду и Изабелле. Он заявил в своем бреве
Этот декрет вполне естествен: поводом для него послужили частые браки между христианами и обращенными. Многие из этих браков заключались между христианами «без примеси» и дочерями искренне принявших крещение евреев. Отметим, что сей декрет полностью противоречит утверждению Пулгара, будто и сам Торквемада был еврейского происхождения.
Назначение Манрике апелляционным судьей ничего не изменило. В августе того же года пришла еще одна папская грамота, констатирующая, что, несмотря на это назначение, беглецы из числа «новых христиан» из архиепископства Севильи продолжают прибывать в Рим, чтобы обратиться с апелляцией к папскому суду, заявляя, что не осмеливаются адресовать их созданному в Севилье трибуналу из страха попасть в еще большую немилость.
Многие утверждали, что покинули город из-за наложенной на них анафемы, ибо боялись, что их бросят в тюрьму, даже не выслушав оправдательных доводов. Другие уже были приговорены к сожжению в виде кукол и теперь полны страха, что, обратившись с апелляцией, будут без промедления отправлены на костер во исполнение уже вынесенного приговора.
Тогда папа приказал Манрике рассматривать все апелляции, не учитывая ранее вынесенные приговоры и решения суда.
Если бы эти распоряжения возымели действие, наносимый инквизицией урон был бы существенно меньше, поскольку не пострадал бы никто, кроме упорствующих отступников. Однако это бреве не было даже отправлено. Едва сей милосердный декрет был написан, об этом пожалели и отменили его. Одиннадцать дней спустя Сикст написал Фердинанду, извещая его о содержании бреве, предназначенного для Манрике, и разъясняя, что этот документ еще недостаточно продуман и потому временно приостановлен.
Для монархов становилась нестерпимой позиция Святой палаты, управляемой из Рима, что делало ее непредсказуемым, непоследовательным элементом, чрезвычайно дестабилизирующим ситуацию в государстве – особенно теперь, когда значимость инквизиции быстро возрастала. Поэтому Изабелла отправила новое письмо, умоляя Святого Отца придать этому институту надлежащую форму. Папа согласился, по-видимому, осознав необходимость затребованных действий. Для руководства предполагаемой новой структурой нужен был единоначальник, и фра Томас де Торквемада, известный праведным образом жизни, искренним и бескорыстным служением Богу, блистательным умом и пламенным красноречием, оказался назначенным на этот важнейший пост. В соответствии с процедурой, его рекомендовали папе монархи, и уже по распоряжению Сикста он был назначен сначала Великим инквизитором Кастилии, а вскоре (буллой от 17 октября 1483 года) и Арагона. Так он встал во главе Святой палаты в Испании и приобрел огромнейшую власть. Ему принадлежало право подбирать, смещать и заменять нижестоящих инквизиторов, а те в своих действиях подчинялись лишь ему. Льоренте пишет о Торквемаде:
«Результат оправдал такой выбор. Казалось просто невозможным подобрать другого человека, способного одновременно воплотить в жизнь замыслы короля Фердинанда относительно многочисленных конфискаций, намерения римской курии, которая жаждала распространить на Испанию свою власть и удовлетворить денежные интересы, а также достичь цели инициаторов инквизиции – вдохновить террор аутодафе».
Отныне Торквемада получил власть, сравнимую с властью монархов, и испанская инквизиция вступила в новую фазу. Под управлением и контролем этого человека с железной волей и кротким взглядом сам характер Святой палаты круто изменился.
Сразу после своего назначения он начал переустраивать ее так, чтобы она соответствовала пожеланиям монархов.
В помощь себе он назначил экспертов-юрисконсультов Хуана Гутиереса де Лагавеса и Тристана де Медину и учредил четыре постоянных трибунала: один – в Севилье, под руководством Морильо и Сан-Мартина, которых он оставил на прежних постах, но подчинил новым управляющим органам, созданным для централизованного ведения дел; один – в Кордове, под руководством Педро Мартинеса де Баррио и Антона Руиса Моралеса с фра Мартином де Касо в качестве эксперта; один – в Хаэне, с Хуаном Гарсиа де Канасом и фра Хуаном де Ярса во главе; один – в Вилья-Реале