Після загибелі першого чорноморського кошового отамана Сидора Білого, його замінив Захарій Чепіга. Тільки-но привів він запорожців на Кубань, як вийшов наказ вирушати в похід у Польщу двом козацьким кінним полкам разом з кошовим. Виступили вони проти ворога 14 червня 1794 р., довго воювали і після тривалих військових дій повернулися на Кубань. Там, у Катеринодарі, 14 січня 1797 р. після 50 років безперервного служіння козацтву помер Захар Чепіга. Цей улюбленець козаків — батько Харко, — можливо, був останнім серед отаманів Запорожжя, які були першими серед рівних. Нічого Чепіга не бажав для себе і по смерті залишив тільки вбогу турлучну землянку в Катеринодарі. Без родини і без майна прожив він своє життя, але назавжди залишився Чепіга для кубанців найулюбленішим отаманом. Портрета цього кремезного характерника не залишилося: коли запропонували його намалювати, Чепіга вимовився: "Тільки богів малюють".
З усіх куренів йшли козаки ховати свого батька. Попереду останнього отаманського почту йшли священики, за ним Головатий Антін: "він нам голова, він наш і батько — він нам поголив голови гладко".
Перський похід, що приніс смерть Головатому і багатьом чорноморцям, був однією з примх катерининських фаворитів. Вважали, що його замислив фаворит Катерини Платон Зубов, з тим, щоб зробити швидку кар'єру своєму брату Валеріану Зубову. Валеріан був призначений головнокомандуючим царською армією, незважаючи на свій 22-річний вік.
Вирушивши з Катеринодара 26 січня 1796 р. козаки у червні добрались до Баку. За цей час серед них багато померло від різних хвороб. Цей тяжкий похід закінчився тільки у травні 1797 р., коли чорноморці майже без бою втратили багато хоробрих воїнів, в тому чисті й Головатого.
Загальне незадоволення козаків вилилося в справжнє повстання, що ввійшло в історію війська як Перський бунт. Коли чорноморці повернулися з походу, то побачили, що отаманом у Катеринодарі вже призначений Тимофій Котляревський, колишній військовий писар, який, власне, нічим особливо й не виділявся, хоч і був на Січі з 1760 р.
Попри всі козацькі традиції він став отаманом не за наказом військової ради, а імператора Павла І. Тимофій Котляревський був у Петербурзі під час коронування царя і за це отримав від нього отаманську булаву. На той час старшина і царські чиновники, котрі понаїжджали в Катеринодар, чинили переселенцям усілякі утиски, наживалися за їхній рахунок.
Незадоволення козаків, які повернулися з Персії, підтримали прості чорноморці. Коли вони вимагали поновлення своїх збитків, Т. Котляревський наказав заарештувати незадоволених. У відповідь на це чорноморці повстали — старшини ледь встигли поховатися від розлючених козаків, а сам Котляревський дивом втік в Усть-Лабинську фортецю під охорону солдатського гарнізону.
Козаки заспокоїлися лише тоді, коли Котляревський і царський полковник Пузиревський пообіцяли відправити делегацію від незадоволених чорноморців до Петербурга. Повіривши цьому, козаки прибули до столиці, де й були заарештовані.
Декілька років тривало слідство над ними. Доки козацьких депутатів катували у Петропавлівській фортеці, по кубанських куренях розпочалися нові арешти учасників виступу. Чорноморців кидали в ями Усть-Лаби і тримали в дуже жорстоких умовах. За короткий час з 222 заарештованих померло 55 чоловік. 30 козаків зробили підкоп і втекли на Задунайську Січ.
Так по-звірячому був придушений виступ чорноморців. Але заворушення на Кубані було настільки сильне, що влада не наважилася жорстоко покарати заарештованих депутатів, одні з яких були приречені на страту, інші — на каторгу на галерах. Тільки депутати Собакар і Половий пішли до Сибіру, решта козаків була звільнена.
Після того старшина вже боялася зачіпати козацтво, а чорноморці засвідчили, що вони до кінця стоятимуть за свої привілеї і волю.
Тимофій Котляревський потім жив у Петербурзі і в 1799 р. передав свою булаву здібному військовому скарбничому Федору Яковичу Бурсаку. Син священика, він прийшов на Січ у 1764 р. і разом з усіма запорожцями пройшов шлях з Дніпра на Кубань.
Отаман Бурсак перший ходив за Кубань воювати з черкеськими нападниками. Завдяки йому на Кубані почали з'являтися кінні та овчарні заводи, суконна фабрика, а 14 грудня 1806 р. відкрилося перше училище для дітей в Катеринодарі.
1807 р. чорноморці воювали з турками на Дунаї, де загинув відомий козацький полковник Паливода.
Не минула козаків і війна з Наполеонам 1812 р. Ще в березні того ж року для служби в Петербурзі отаман Бурсак сформував імператорську чорноморську сотню з могутніх і показних козаків. Сотником був призначений син отамана Афанасій Бурсак.
Сотня Афанасія Бурсака брала участь майже в усіх баталіях 1812—1814 рр. Тільки на початку війни, наприкінці червня, чорноморці на очах у Наполеона порубали багато французьких кіннотників і захопили гарматну батарею.
Під час Бородинського бою Афанасій Бурсак із сотнею знищили декілька ворожих батарей. За відвагу під час цієї атаки хорунжий Заводовський і осавул Перехрест отримали нагороди. 28 жовтня на Єльнинському шляху чорноморці захопили в полон генерала Ожеро з його бригадою, потім розігнали французький відділ в 500 чоловік, який ішов на допомогу генералу. Після перемоги козаки привезли як трофеї 700 кірас.
У 1813 р. козаки брали участь у "битві народів" під Лейпцігом, Разом з двома донськими сотнями вони зупинили прорив французької кавалерії, за що сотник Бурсак отримав від пруського короля орден "За заслуги". Наприкінці війни козаки 2 місяці стояли биваком у Парижі.
Подальша доля полковника Бурсака склалася трагічно. Повернувшись на Кубань, молодий, прославлений чорноморець намагався поліпшити долю козаків, яких розорювали безперервні війни та чиновницьке свавілля. Не маючи змоги відстояти перед вельможами чорноморців, а особливо їхній демократизм і волелюбність, полковник Афанасій Бурсак 28 березня 1825 р, покінчив життя самогубством. "Какую последнюю думу думал бувалий казак, осталось на дне глубоких кубанских водоворотов", — писав про це історик Іван Попко.
Місце на березі Кубані, з якого кинувся козацький полковник у річку, й досі називають "Бурсакова скачка". Далекий нащадок отаманського роду Бурсаків живе нині у Франції.
Після смерті отамана Федора Бурсака у 1816 р. отаманську булаву отримав колишній кріпак графів Розумовських Григорій Матвеєв, він ще юнаком втік до чорноморців. Під час одного з походів козацькі старшини випадково зустріли серед солдатів рідного брата Матвєєва, але решту родини вже сам козацький отаман у всевладних поміщиків так і не зміг викупити.
На відміну від Бурсака, Матвєєв не мав ні військових, ні адміністративних здібностей. Козаки навіть підозрювали, що отаман за хабарі дозволяв черкесам нападати на козацькі землі. Коли черкеси знищили хутір Осічки, про Матвєєва казали: "Проміняв Осічки на срібляні жучки" (ґудзики).
Після Матвеєва у 1827 р. отаманом став Олексій Безкровний, який походив із старовинного запорозького роду. Козаком служити він почав з 1800 р., маючи лише 15 років. Бувалих запорожців Безкровний вражав своїм велетенським зростом і надлюдською силою. Йдучи завжди попереду, він як могутній таран пробивався з шаблею або з ратищем крізь ворожі ряди. Безкровний пройшов усю війну 1812 р. і разом з табором чорноморців два місяці стояв на Єлисейських полях у Парижі.
Особливо прославився отаман 28 травня 1828 р. при облозі турецької фортеці Анапи, коли з 300 чорноморцями відрізав від фортеці турків і в тяжкому рукопашному бою знищив їх.
Безліч разів ходив отаман Безкровний і проти черкесів. Неодноразово намагалися ті захопити казкового запорожця в полон. Одного разу це їм майже вдалося, але Безкровний, маючи вже декілька вогнепальних та рубаних ран, зміг відбитися від десятка нападників шаблею. З гордістю казали козаки про нього: "Та це ж у чорноморців отаман не Безкровний, а Безсмертний".
Незважаючи на таку військову вдачу, Безкровний ніколи не відмовляв людям у допомозі, адже мав чуйне і добре серце.
Перебуваючи у Польщі, Безкровний зі своїми козаками врятував місто Млаву від пожеж; на коні він кинувся у розбурхане море і врятував потопаючих моряків.
Але що не змогли зробити черкеські шаблі, французькі кулі і турецькі ятагани, зробили царські чиновники, яких чорноморський отаман нещадно переслідував за хабарництво і здирство.
Граф Паскевич Єріванський, царський намісник на Кавказі "по важности оных признал удалить генерал-майора Безкровного от должности наказного отамана" . Ця підступність і несправедливість настільки вразили щирого козака, що він тяжко захворів і помер, залишивши війську все своє майно — на будівництво у Катеринодарі богадільні для старих і бідних козаків. Цей двоповерховий будинок і нині стоїть у Краснодарі, нагадуючи про славного отамана, який брав участь у 13 війнах і 100 битвах. Затравлений чиновницькою підступністю, Безкровний прожив лише 48 років.
Назавжди ввійшов в історію Кубані і наказний отаман Григорій Антонович Рашпиль — різнобічно обдарована людина. Його авторитет був настільки високим серед козаків і черкесів, що горці навіть приїздили до нього за порадами. Саме завдяки Рашпилю стосунки між козаками і черкесами покращали, хоча й ненадовго, Рашпиль уважно вивчав горські традиції і навіть склав збірник черкеських законів — алат. Отаман заохочував торгівлю між горцями й чорноморцями і ті привозили на ярмарок сотні гарб зі своїми виробами, приходили в курені на заробітки.
Багато дбав отаман і про розвиток освіти серед козаків, відкрив військову гімназію, платив за освіту дітей бідних козаків.
Особливо вдячні чорноморці своєму отаману за те, що вирішив земельні непорозуміння між хуторами й станицями. Часто старшини осідали на хуторах і захоплювали козацькі землі. Рашпиль чітко розмежував, усі землі на користь громадських земельних володінь.
Але всіх чорноморських отаманів ніби переслідував тяжкий рок — з одного боку, маючи козацьке походження, вони дбали про козаків згідно з традиційним волелюбством часів Січі, а з другою боку, самодержавний устрій зминав намагання отаманів захистити демократизм чорноморців.
Це ж спіткало і Рашпиля. Він втомився від боротьби з бюрократизмом царських намісників на Кубані; згорьоваяний Григорій Антонович помер від старих ран.
Останнім наказним отаманом Чорноморського козацького війська був відомий письменник, розумний і хоробрий воїн Яків Кухаренко. Народився він у 1799 р, і вже в п'ятнадцять років, як і Безкровний відчув на собі що таке козацька доля. У 1851 р. Кухаренка обрали отаманом нащадків задунайських козаків, з яких було сформовано Азовське військо. А вже через рік, після смерті його друга Рашпиля, Кухаренка призначено отаманом Чорноморського козацького війська.
Та не за походи й перемоги прославився отаман Яків Кухаренко. Пам'ять про нього, відомого письменника, кубанці зберігають як і пам'ять про Тараса Шевченка, який був у чорноморців найулюбленішим поетом. У кожній козацькій хаті обов'язково висів уквітчаний рушниками портрет Тараса Григоровича, а "Кобзар" був настільною книгою кубанців. Козаки надзвичайно пишалися, що їхній отаман був кращим другом великого поета.
А познайомилися вони приблизно у 1840 р. в Петербурзі в гурті земляків-українців. Треба зазначити, що козаки підтримували дуже тісні зв'язки з Україною. Кубанці не втрачали родинних зв'язків з своїми родичами, які залишилися в Україні, Якщо козаки потрапляли в Петербург або Москву, то одразу опинялися серед українців. Тому для Кухаренка молодий поет був вісником з матері Чорноморії України, про яку на Кубані ніколи не забували і яка завжди залишалася для козаків далекою Батьківщиною.
Поступово знайомство перейшло у вірну і щиру дружбу. З часів товаришування у Петербурзі доля так і не звела друзів, але дружба їхня продовжувалась через листування аж до самої смерті поета.
Не забував Кухаренко свого друга і в часи, коли з опальним поетом заборонялось підтримувати будь-які зв'язки. Надсилав Тарасу Григоровичу листи, святкові подарунки, допомагав грошима, книгами, полегшуючи йому тяжке заслання. У своїх листах Кухаренко так звертався до поета: "брате курінний товаришу", "готов душу свою послати до тебе", "твій поки світить сонце", "любящей і поважающий навік", "певний друже".
Шевченко бачив у Кухаренкові представника славного козацького війська, яке продовжувало традиції Січі, талановитого і відважного козака-запорожця.
Кухаренко був цікавій і як оригінальний та самобутній письменник, який написав у 1836 р. цікаву п'єсу з життя козаків "Чорноморський побут". Пізніше ця п'єса в поетичній обробці Михайла Старицького (музика Миколи Лисенка) стала популярною і відомою оперою.
У своєму щоденнику поет записав: "
Бачив місяць як учора
Могилу копали.
І в могилу домовину
Тараса спускали.
Прощай, славний наш Тарасе,
Прощай, рідшій брате
Справді легше в своїй землі
І костям лежати.
Зачинилось по Україні
Укутне віконце..
Заховались під землею
Українське сонце.
Спи, Тарасе, батьку рідний,
Лики час не збуде.
Твої думи, твої пісні
Вовік не забудем.
Яків Григорович Кухаренко пережив свого друга тільки на рік і сім місяців. У ніч на 19 вересня 1862 р. за станицею Казанською на чорноморського отамана і двох козаків, які їхали в сусідню станицю, напали черкеси. Отаман з козаками відбивалися, але сили були не рівні — козаки були вбиті, а поранений Кухаренко потрапив у полон і через декілька днів помер.
Кубанський козак, бандурист Дмитренко-Бут пізніше склав пісню про смерть отамана:
У п'ятницю на базарі всі заговорили.
Що черкеси Кухаренка взяли-полонили.
Про трагічну смерть Кухаренка співали кубанці ще одну пісню:
Де не взялася орда, порубала козака,
Порубала, посікла і в полон зайняла.
А кубанські бандуристи склали думу:
Ой не добре козацька голова знала
Що без війська козацького вмирала.