Хотя Иван IV и не ждал противодействия со стороны напуганного духовенства, все же накануне суда он предпринял шаги, которые послужили предостережением для недовольных церковников. Опричники обезглавили рязанского архимандрита и взяли под стражу еще несколько членов священного собора. Всем памятно было, что Пимен председательствовал на соборе, осудившем Филиппа. Теперь он разделил участь своей жертвы. Покорно следуя воле царя, высшие иерархи церкви лишили новгородского архиепископа сана и заточили в небольшом монастыре под Тулой, где он вскоре же умер.
Арестованные в Новгороде «сообщники» Пимена в течение нескольких месяцев томились в Александровской слободе. Розыск шел полным ходом. Царь делил труды с Малютой Скуратовым, проводя дни и ночи в тюремных застенках. Опальные подвергались мучительным пыткам и признавались в любых преступлениях. Как значилось в следственных материалах, «в том деле с пыток (!) многие (опальные) про ту измену на новгородского архиепископа Пимена и на его советников и на себя говорили».
Кровавый погром Новгорода усилил раздор между царем и верхами земщины. По возвращении из новгородского похода Грозный имел длительное объяснение с государственным печатником Иваном Висковатым. Выходец из низов, Висковатый сделал блестящую карьеру благодаря редкому уму и выдающимся способностям. С первых лет казанской войны дьяк возглавлял Посольский приказ. Иван IV, как говорили в Москве, любил старого советника, как самого себя. Печатник отважился на объяснение с Грозным после того, как опричники арестовали и после жестоких пыток казнили его родного брата. Он горячо убеждал царя прекратить кровопролитие, не уничтожать своих бояр. В ответ царь разразился угрозами по адресу боярства. "Я вас еще не истребил, а едва только начал, " заявил он, « но я постараюсь всех вас искоренить, чтобы и памяти вашей не осталось!».
Дьяк выразил вслух настроения земщины, и это встревожило Грозного, Оппозиция со стороны высших приказных чинов, входивших в Боярскую думу, явилась неприятным сюрпризом для царских приспешников. Чтобы пресечь недовольство в корне, они арестовали Висковатого и нескольких других земских дьяков, объявив их «советниками» Пимена. Так новгородский процесс перерос в «московское дело». Суд над московской верхушкой завершился в течение нескольких недель. 25 июля 1570 г. осужденные были выведены на рыночную площадь, прозывавшуюся в народе Поганой лужей. Царь Иван явился к месту казни в окружении конных стрельцов. Приготовления к экзекуции и появление царя с опричниками вызвали панику среди столичного населения. Люди разбегались по домам. Такой оборот дела озадачил Грозного, и он принялся увещевать народ «подойти посмотреть поближе». Паника понемногу улеглась, и толпа заполнила рыночную площадь. Обращаясь к толпе, царь громко спросил: «Правильно ли я делаю, что хочу покарать своих изменников». В ответ послышались громкие крики:
«Живи, преблагой царь! Ты хорошо делаешь, что наказуешь изменников по делам их!». «Всенародное одобрение» опричной расправы было, конечно, фикцией.
Стража вывела на площадь примерно 300 опальных людей, разделенных на две группы. Около 180 человек были отведены в сторону и выданы на поруки земцам. Царь «великодушно» объявил народу об их помиловании. Вслед за тем дьяк стал громко «вычитывать вины» прочим осужденным, и начались казни. Печатника Висковатого привязали к бревнам, составленным наподобие креста. Распятому дьяку предложили повиниться и просить царя о помиловании. Но гордый земец ответил отказом. «Будьте прокляты, кровопийцы, вместе с вашим царем!» " таковы были его последние слова. Печатника разрезали на части живьем. Государственный казначей Никита Фуников также отказался признать себя виновным и был заживо сварен в кипятке. Затем палачи казнили главных дьяков московских земских приказов, бояр архиепископа Пимена, новгородских дьяков и более 100 человек новгородских дворян и дворцовых слуг.
Казнь московских дьяков была лишь первым актом «московского — дела». За спиной приказных людей маячила боярская знать. Висковатый и Фуников получили свои чины благодаря покровительству бояр Захарьиных, сосредоточивших в своих руках управление земщиной и распоряжавшихся при дворе наследника царевича Ивана, их родственника по материнской линии.
Опричники готовились учинить в Москве такой же погром, как и в Новгороде. В день казни Висковатого царь объявил народу с Лобного места, что в мыслях у него было намерение погубить всех жителей города, но он сложил уже с них гнев. Перспектива повторения в столице новгородских событий пугала руководителей земщины. Возможно, Захарьины пытались использовать свое влияние на наследника, чтобы образумить царя и положить предел чудовищному опричному террору.
Отношения между царем и наследником были натянутыми. Вспыльчивый и деспотичный отец нередко поколачивал сына. Между тем царевичу исполнилось семнадцать лет, и он обладал нравом не менее крутым, чем отец. Грозный давно не доверял Захарьиным и боялся, как бы они не впутали его сына в придворные распри.
Подозрения царя насчет тайных интриг окружавшего царевича боярства зашли столь далеко, что за месяц до московских казней он публично объявил о намерении лишить сына прав на престол и сделать своим наследником «ливонского короля» Магнуса. Достаточно проницательные современники отметили, что царь хотел лишь нагнать страху на земских бояр и припугнуть строптивого сына. Однако его опрометчивые заявления, сделанные в присутствии бояр и послов, вызвали сильное раздражение в окружении наследника.
В памяти народа сохранилось предание о том, как и почему грозный царь разгневался на сына. Из уст в уста передавали народные сказители историю о том, как царь Иван Васильевич вывел измену из Пскова и из Новгорода и призадумался над тем, как бы вывести измену из каменной Москвы! Малюта " злодей Скуратов сказал тогда царю, что не вывести ему изменушку до веку, пока сидит Супротивник (сын) супротив него. Поверив Малюте, Грозный велел казнить наследника, но за него вступился боярин Никита Романович:
«Ты, Малюта, Малюта Скурлатович! Не за свой ты кус примаешься, ты етим кусом подавишься!». Благодаря заступничеству дяди царский сын был спасен.
В основе «сказов» лежали реальные факты. Бежавший в Польшу слуга царского лейб-медика, осведомленный обо всех дворцовых тайнах, сообщил полякам, что после новгородского похода в царской семье начался глубокий раздор: «Между отцом и старшим сыном возникло величайшее разногласие и разрыв, и многие пользующиеся авторитетом знатные люди с благосклонностью относятся к отцу, а многие к сыну, и сила в оружии!». Так как сила была на стороне царя, он подверг сторонников сына жестоким гонениям. Боярин С. В. Яковлев-Захарьин состоял в родстве с наследником. Опричники убили его вместе с малолетним сыном Никитой. Московское дело скомпрометировало земского боярина В.М.Юрьева-Захарьина. Сам Юрьев несколько лет как умер, но царь выместил гнев на членах его семьи. Он велел убить дочь Юрьева и его внука и не позволил похоронить их тела по христианскому обычаю. Для царевича Ивана казнь троюродной сестры должна была послужить уроком.
На рубеже 1560 " 1570-х годов в России воцарилась разруха. Причиной ее были стихийные бедствия, приведшие к двухлетнему неурожаю. Голодная смерть, а затем эпидемия чумы косили население городов и деревень.
Соседи использовали ослабление России. В 1571 г. крымский хан со своей ордой вторгся в русские пределы и сжег дотла Москву, В следующем году татары попытались захватить русскую столицу, но были наголову разгромлены объединенным земским и опричным войском в многодневном сражении на подступах к Москве.
Стихийные бедствия и татарские набеги приносили неописуемые бедствия. Но опричники были в глазах народа страшнее татар. Царь оправдывал введение опричнины необходимостью искоренить «неправду» бояр-правителей. Как говорят очевидцы, земские суды получили от царя распоряжение, которое дало новое направление всему правосудию. Распоряжение гласило: «Судите праведно, наши виноваты не были бы». Следуя таким указаниям, судьи перестали преследовать грабителей и воров из числа опричников. В годы опричнины процветали, как никогда, политические доносы. Опричник мог подать жалобу на земца, будто тот позорит его и всю опричнину. Земца в этом случае ждала тюрьма, а его имущество доставалось доносчику. В разоренной чумой и голодом стране, где по дорогам бродили нищие и бродяги, а в городах не успевали хоронить мертвых, опричники безнаказанно грабили и убивали людей. Разумеется, царь Иван и его приспешники не поощряли прямой разбой, но они создали опричные привилегии и подчинили им право и суд, возвели кровавые погромы в ранг государственной политики. Следовательно, на них лежала главная вина за беззакония опричнины.
Историческое значение опричнины определялось тем, что она ускорила становление самодержавных порядков в России. Ее террор нанес большой ущерб экономике и культуре страны. От казней Грозного пострадали прежде всего города, являвшиеся центрами средневековой цивилизации. Кровавый кошмар наложил печать на все стороны политической жизни русского общества.
Существенным следствием опричной политики было расширение фонда государственной земельной собственности в России. Важное значение имели также массовые выселения помещиков из опричных уездов.
Вотчина существовала на Руси в течение столетий. Традиции и правовые нормы вотчинной земельной собственности, разработанные значительно лучше, чем нормы поместного права, оказывали прямое воздействие на поместную практику. Помещики стремились превратить поместье в традиционную наследственную форму собственности. Однако преодолеть сопротивление государства им не удалось. Опричнина с ее насильственными массовыми переселениями помещиков из одних уездов в другие стала важнейшим этапом истории формирования государственной земельной собственности в России. Опричные насилия явились веским доказательством того, что после столетнего существования поместной системы казна сохранила реальное право собственности на все поместные земли и распоряжалась ими, нисколько не считаясь с правами временных держателей земли " помещиков. В поместной практике уже в XVI в. появились черты, сближавшие ее с вотчинной формой землевладения. Но процесс сближения поместной и вотчинной собственности резко усилился лишь в XVII в.
Нарастание самодержавных тенденций в XVI в. было неразрывно связано с образованием и расширением колоссального фонда государственной земельной собственности.
Новгородское дело вызвало страх и замешательство среди вождей опричнины, сохранивших способность сообразовывать свои действия со здравым смыслом. Афанасий Вяземский тайно предупредил новгородского архиепископа Пимена о грозившей ему опасности. Открыто возражать против планов царя Вяземский не решился. Только поэтому он и смог сопровождать Грозного в новгородском походе. Но в опричном правительстве были люди, значительно более независимые в своих суждениях и поступках, чье влияние основывалось на подлинных заслугах. К их числу принадлежал выдающийся воевода боярин А. Д. Басманов, не участвовавший в карательном походе. Когда царь дознался, что Вяземский поддерживал тайные сношения с Пименом, он окончательно убедился, что измена проникла в его ближайшее опричное окружение. Воображение рисовало Грозному картину грандиозного заговора, объединившего против него всех руководителей земщины и опричнины.
Падение старого опричного руководства, несомненно, было следствием интриг со стороны руководства сыскного ведомства опричнины " Малюты Скуратого-Бельского и Василия Грязнова. Эти люди были типичными представителями низшего дворянства, выдвинувшегося в годы опричнины. В отличие от Басмановых и Вяземского они не играли никакой роли при учреждении опричнины. Лишь разоблачение новгородской «измены» позволило им получить низшие думные чины, а затем устранить старых и наиболее авторитетных вождей опричнины и захватить руководство опричным правительством.
Те, кто затеял опричный террор, сами стали его жертвами. Боярин А. Д. Басманов был умерщвлен собственным сыном, послушно выполнившим царский приказ. Оружничий Вяземский умер в тюрьме, ясельничий Зайцев был повешен на воротах собственного дома. Среди высших дворцовых чинов уцелел один постельничий Дмитрий Годунов. Его выручил свояк Малюта Скуратов.