Когда Борису донесли о появлении самозванца в Польше, он не стал скрывать своих подлинных чувств и сказал в лицо боярам, что это их рук дело и задумано, чтобы свергнуть его. Кажется непостижимым, что позже Годунов вверил тем же боярам армию и послал их против самозванца. Поведение Бориса не было в действительности необъяснимым.
Голод обострил социальные противоречия в стране. Бунты в южных крепостях и уездах России и восстание казачьей окраины от Дона до Яика несли опасность государству. В такой ситуации господствующее феодальное сословие волей-неволей должно было сплотиться вокруг династии ради защиты собственных интересов. Дворянство в массе своей настороженно отнеслось к самозваному царьку. Лишь несколько воевод невысокого ранга перешли на его сторону. Чаще крепости самозванцу сдавали восставшие казаки и посадские люди, а воевод приводили к нему связанными.
Покинутый большей частью наемников, Отрепьев спешно сформировал армию из непрерывно стекавшихся к нему казаков, стрельцов и посадских людей. По словам очевидца Якова Маржарета, самозванец стал вооружать крестьян и включил их в свое войско. Новая армия Лжедмитрия была наголову разбита царскими воеводами в битве под Добрыничами 21 января 1605 г. При энергичном преследовании воеводы могли бы захватить самозванца или изгнать его из пределов страны, но они медлили и топтались на месте. Бояре не предали Бориса, но им пришлось действовать среди враждебного населения, восставшего против государя. Несмотря на поражение Лжедмитрия, его власть вскоре признали многие южные крепости. Казачьи отряды грозили коммуникациям царской армии. Полки были утомлены длительной кампанией, и дворяне самовольно разъезжались по домам. В течение почти полугода воеводы не сумели взять Кромы, в которых засел атаман Корела с донцами. Под обгорелыми стенами этой крепости, по образному выражению С. Ф. Платонова, решилась судьба династии.
Иван Грозный кончил тем, что издал особый указ против холопских доносов на господ. Борис стал возводить доносчиков-холопов в дворянское достоинство и жаловал их поместьями. О награждении доносчиков власти объявляли публично на площади перед Челобитным приказом. После смерти Бориса Лжедмитрий издал особый указ о конфискации поместий у новых дворян холопского происхождения, появившихся при Годунове. По словам современников, от холопских доносов в царстве началась «великая смута».
Некогда Годунов снискал поддержку страны, распустив «двор» " последыш опричнины " и тем самым покончив с политическим наследием Грозного. Правитель справился с боярской оппозицией, не прибегая к погромам и казням. Но все переменилось, едва в стране началась гражданская война. Тысячи казаков и комарицких мужиков, попавших в плен к воеводам после битвы под Добрыничами, были повешены. Множество мирных крестьян, их жен и детей в Комарицкой волости были перебиты без всякой вины с их стороны. Жестокость стала неизбежным спутником гражданской войны. Своими успехами Лжедмитрий был обязан более всего поддержке низов общества. Годунов сознавал, с какой стороны ему грозит смертельная опасность, и стремился силой подавить выступления черни. В конце концов правительство утратило популярность и лишилось поддержки большинства народа.
Отношение к дворянству было совсем иным. Борис щадил дворянскую кровь совершенно так же, каки самозванец. Крайние меры применялись лишь к немногим дворянам-перебежчикам, к лицам, захваченным на поле боя с оружием в руках, посланцам «вора», подстрекавшим народ к мятежу. Последних вешали без суда на первом попавшемся дереве.
Нарастание репрессий привело к тому, что сыскное ведомство расширило свои политические функции. Сохранились сообщения о том, что глава этого ведомства Семен Годунов настаивал на казни заподозренных в измене руководителей Боярской думы. Между тем дума была высшим органом государства, а Сыскной приказ " лишь одной из ее многочисленных комиссий.
Прежде деятельный и энергичный, Борис в конце жизни все чаще устранялся от дел. Он почти не покидал дворец, и никто не мог его видеть. Прошло время, когда Годунов охотно благоволил сирым и убогим, помогал им найти справедливость и управу на сильных. Теперь он лишь по великим праздникам показывался на народе, а когда челобитчики пытались вручить ему свои жалобы, их разгоняли палками.
Фатальные неудачи порождали подозрительность, столь чуждую Борису в лучшие времена. Царь перестал доверять своим боярам, подозревал в интригах и кознях своих придворных и все чаще обращался за советами к прорицателям, астрологам, юродивым. Еще Горсей отмечал склонность Бориса к чернокнижию. Один из членов польского посольства в Москве в 1600 г. писал: «Годунов полон чар и без чародеек ничего не предпринимает, даже самого малого, живет их советами и наукой, их слушает…».
Члены английского посольства, видевшие Годунова в последние месяцы его жизни, отметили многие странности в его характере. Будучи обладателем несметных сокровищ, царь стал выказывать скупость и даже скаредность в мелочах. Живя отшельником в кремлевском дворце, Борис по временам покидал хоромы, чтобы лично осмотреть, заперты ли и запечатаны ли входы в дворцовые погреба и в кладовые для съестных припасов. Скупость, по словам очевидцев, стала одной из причин утраты им популярности.
Многие признаки в поведении Годунова указывали на его преждевременно наступившее одряхление. На торжественной аудиенции во дворце в честь посла английского короля Якова I царь, говоря об умершей королеве Елизавете, ударился в слезы. В конце жизни Годунов, тревожась за будущее сына, держал его при себе неотступно, «при каждом случае хотел иметь его у себя перед глазами и крайне неохотно отказывался от его присутствия». Один из ученых иноземцев попытался убедить Годунова, что ради долголетия царевича и просвещения его ума ему надо предоставлять некоторую самостоятельность в занятиях. Однако Борис неизменно отклонял такие советы, говоря, что "один сын « все равно, что ни одного сына», и он не может и на миг расстаться с ним.
В последние дни Годунова более всего мучили два вопроса. Твердо зная, что младший сын Грозного мертв, царь все же по временам впадал в сомнение, «почти лишался рассудка и не знал, верить ли ему, что Дмитрий жив или что он умер». Другой вопрос « сподобится ли он вечного блаженства на том свете» Ответ на этот вопрос Годунов искал в беседах не только со своим духовником, но и с учеными немцами. Невзирая на различие вер, царь просил их, «чтобы они за него молились, да сподобится он вечного блаженства». После таких бесед Борис нередко приходил к мысли, что для него «в будущей жизни нет блаженства».
Годунов занял трон, будучи тяжело больным человеком. Недуг едва не свел царя Бориса в могилу в 1600 г., когда по всей Москве распространилась весть о его кончине. После выздоровления он ходил, подволакивая ногу. Пользовали царя как европейские врачи, так и народные знахари. В письме к королеве Елизавете Борис писал, что присланный ею в Москву доктор Кристофер Рихтингер, «венгерец» родом, излечил его от опасной болезни. Одновременно с «венгерцем» Бориса лечил крестьянин Гриша Меркурьев, привезенный из глухих северных погостов в Заонежье. По случаю выздоровления царь в 1601 г. выдал знахарю грамоту, освободив его деревню от всех податей на веки вечные. В семье знахаря сохранилось предание, что тот «зализал раны на ноге Бориса». В последние годы жизни царь под влиянием неудач и по причине недомогания все чаще погружался в состояние апатии и уныния. Физические и умственные силы его быстро угасали.
Недруги распространяли всякого рода небылицы по поводу смерти Бориса, последовавшей 13 апреля 1605 г. Годунов будто бы принял яд ввиду безвыходности своего положения. По другой версии, он упал с трона во время посольского приема. Осведомленные современники описывают кончину Годунова совсем иначе: «Царю Борису, вставши из-за стола после кушанья, и внезапу прииде на нево болезнь люта, и едва успе поновитись и постричи, и два часа в той же болезни и скончась». Как записал автор Хронографа, Годунов умер после обеда, «по отшествии стола того, мало времени минувшю: царь же в постельной храмине сидяшу, и внезапу случися ему смерть». Борис умер скоропостижно, и монахи лишь «успели запасными дары причастити» умирающего.
Члены английского посольства описали последние часы Годунова со слов лечивших его медиков. По обыкновению врачи находились при царской особе в течение всего обеда. Борис любил плотно покушать и допускал излишества в еде. Убедившись в добром здравии государя, доктора разъехались по домам. Но через два часа после обеда Борис почувствовал дурноту, перешел в спальные хоромы и сам лег в постель, велев вызвать лекарей. Тем временем бояре, собравшиеся в спальне, спросили государя, не желает ли он, чтобы дума в его присутствии присягнула наследнику. Умирающий, дрожа всем телом, успел промолвить: «Как Богу угодно и всему народу». Вслед за тем у Бориса отнялся язык, и духовные особы поспешно совершили над умирающим обряд пострижения. Близкий к царскому двору Я. Маржарет передает, что Годунов скончался от апоплексического удара.
Смерть Бориса дала толчок к дальнейшему развитию Смуты в Русском государстве. Незадолго до кончины Годунов решил вверить командование армией своему любимцу Петру Басманову, отличившемуся в первой кампании против самозванца. Молодому и не слишком знатному воеводе предназначалась роль спасителя династии. Последующие события показали, что Борис допустил роковой просчет.
Сын знаменитого опричного фаворита Грозного, Басманов был всецело поглощен собственной карьерой и плохо помнил благодеяния. Будучи принужден считаться с местническими традициями, Борис формально поставил во главе армии боярина князя Михаила Катырева-Ростовского, всецело обязанного своей карьере новому царю. Петр Басманов числился его помощником. После блистательного взлета в опричнине Басмановы надолго сошли со сцены, и Петру Басманову предстояла жестокая борьба, чтобы возродить былую «честь» фамилии. Явившись в армию уже после смерти Бориса, Басманов заявил резкий протест против назначения в его армию боярина Андрея Телятевского, которое, по его мнению, наносило ущерб его местническому положению.
«Потерька» фамильной чести беспокоила новоиспеченного главнокомандующего гораздо больше, чем тяжелое положение войска. В присутствии бояр он заявил, что Семен Годунов выдал его в «холопи» своему зятю Андрею Телятевскому, но он, Басманов, предпочитает смерть такому позору. Молодой воевода не мог сдержать чувств и, упав посреди «разрядного» шатра, «плакал с час, лежа на столе». Тяжба с зятем всесильного Семена Годунова привела Басманова в лагерь оппозиции, давно образовавшейся в действующей армии. Наибольшее недовольство выражали рязанские и северские дворяне, в большом числе уклонившиеся от присяги Федору Годунову. Во главе заговора недовольных дворян встали «большие» рязанские дворяне Ляпуновы. При Годунове они неоднократно подвергались наказаниям за участие в столичных беспорядках и незаконную продажу оружия казакам на Дон. Теперь Ляпуновы затеяли тайные переговоры с донцами, осажденными в Кромах.
Заговорщики подняли мятеж, едва к ним примкнули воеводы Басманов и братья Голицыны. По сигналу донские казаки произвели вылазку из Кром и ударили по царскому лагерю. Тем временем мятежники проникли в воеводский шатер посреди лагеря и связали воеводу Ивана Годунова. Из-за начавшейся паники верные воеводы князь Михаил Катырев-Ростовский и Телятевский не сумели организовать отпор кучке мятежников и бежали из лагеря.
Дворянское ополчение в массе не поддержало заговорщиков, но новгородцы и псковичи, преобладавшие в армии, не выказали большого желания сражаться за дело Годуновых. В течение трех дней остатки бежавших из лагеря полков шли через Москву на север. Правительство Федора Годунова не смогло провести новую мобилизацию, и его военная опора рухнула.
Присяга Федору Годунову прошла в Москве без затруднений. Казна раздала населению громадные суммы на помин души Бориса, на самом же деле " чтобы успокоить столичное население. Несмотря на это, волнения нарастали день ото дня. Знать спешила использовать междуцарствие, чтобы избавиться от неугодной ей династии. Вызванный из армии Федор Мстиславский вел себя столь двусмысленно, что Семен Годунов отдал приказ о его тайной казни, который, однако, не был исполнен. Лишившись поддержки дворянского ополчения, Годуновы утратили контроль за положением в столице. Боярская дума и народ добились указа об общей амнистии. В столицу вернулись многие опальные, которых Борис держал в ссылке. Самым опасным из них был Богдан Бельский.
Между тем Лжедмитрий медленно продвигался к Москве, посылая вперед гонцов с письмами к столичному населению. Когда разнесся слух о приближении «истинного» царя, Москва «загудела, как пчелиный улей»: кто спешил домой за оружием, кто готовился встречать «сына» Грозного. Федор Годунов, его мать и верные им бояре, «полумертвые от страха, затворились в Кремле» и усилили стражу. Военные меры имели своей целью «обуздать народ», ибо, по словам очевидцев, «в Москве более страшились жителей, нежели неприятеля или сторонников Дмитрия».