При своем назначении на должность сибирского генерал-губернатора И. О. Селифонтов получил особую инструкцию, разработанную М. М. Сперанским и В. П. Кочубеем. Данная инструкция предоставляла ему расширенный круг полномочий. Генерал-губернатор назывался в ней "хозяином" вверенных ему губерний. Для содействия себе он мог создавать совет из высших чиновников Сибирской администрации, который имел только совещательные функции и не обязывал своими решениями генерал-губернатора.
И. О. Селифонтов был наделен правомочием назначать на должности в Сибирском управлении и смещать с них всех чиновников, кроме губернаторов, вице-губернаторов и начальников губернских палат, имевших свои "особенные начальства" в столице. На генерал-губернатора Сибири возлагался надзор за снабжением продовольствием населения и войск. Однако командование как военно-сухопутными, так и военно-морскими силами оставлялось при этом в подчинении военных.
Из-за малочисленности сибирского дворянства в Сибири не были сформированы предусмотренные "Учреждениями для управления губерний Всероссийской империи" органы дворянского самоуправления. Данное обстоятельство в сочетании с большой удаленностью сибирских губерний от столицы давало генерал-губернатору Сибири возможность действовать совершенно произвольно. В этих условиях российскому императору "не осталось иного делать, как избрать особу, заслуживающую доверие, и снабдить довольною властью разрешаться сами собою во всем том, что не терпит отлагательства".
Основываясь на результатах своей поездки в Сибирь в качестве "особенного чиновника", Селифонтов выступил с предложением об организации здесь в дополнение к Иркутской и Тобольской губерниям Томской губернии. Решение об этом было принято государем 6 июня 1803 года. 26 февраля 1804 года император Александр издал Указ "Об учреждении Томской губернии", гласивший: "Повелеваем: 1. Все пространство, составляющее ныне Тобольскую губернию, разделить… на две части, из коих первая, из девяти уездов, составлять будет губернию Тобольскую, а вторая, из восьми уездов, составит губернию Томскую".
Создание министерств по Указу от 8 сентября 1802 года привело к возникновению в местном управлении административных органов, подотчетных соответствующим министерствам и не подчинявшихся генерал-губернатору. Это порождало условия для конфликтов между двумя ветвями власти. Особенно остро подобные конфликты должны были протекать в Сибири, где генерал-губернатор считался "хозяином" и обладал самой широкой властью.
И первый крупный конфликт такого рода разразился в 1804 году, когда генерал-губернатор Селифонтов захотел удалить из своего края строптивого иркутского прокурора С. А. Горновского. На защиту последнего встал министр юстиции П. В. Лопухин, заявивший: "Я с моей стороны никак не позволю себе располагать участью чиновников, мне вверенных, при всем уважении к донесениям управляющих губерний, по одному их взгляду, по одному поверхностному обозрению". Министр внутренних дел В. П. Кочубей, которому непосредственно подчинялся Селифонтов, в ответ выразил мнение, что генерал-губернатор "есть первый и главный прокурор вверенных ему губерний". Одновременно он пояснил П. В. Лопухину: "Составляя в министерстве одно целое, мы не можем действовать раздельно, и как нет в губерниях ни ваших, ни моих чиновников, а все они служат равно Государю и Отечеству".
Стремление генерал-губернатора Селифонтова усилить свою власть и распространить ее на все сферы сибирского общества превратило его правление в борьбу всех против всех. Раздорами были охвачены даже его отношения с губернаторами. Особенно сильно конфликтовал он с руководителями Иркутской губернии, поскольку именно в Иркутске находилась резиденция генерал-губернатора. С 1802 по 1806 год на должности иркутскою губернатора побывало шесть человек.
Император Александр всерьез обеспокоился состоянием дел в Сибирской администрации в начале 1805 года. 20 мая указанного года его величество направил отправлявшемуся в Китай главе российского посольства графу Ю. А. Головкину секретное письмо, в котором сообщил, что до него дошли вести о беспорядках и злоупотреблениях в Иркутске. Государь поручил Головкину понаблюдать за действиями сибирского генерал-губернатора. В своих инструкциях ревизору Александр I заявлял: "Отдаленность сего края и особенные местные его положения делают весьма уважительными все способы, кои могут представиться к точнейшему познанию его нужд и к лучшему его устройству".
Ознакомившись на месте с деятельностью сибирской администрации, Ю. А. Головкин пришел к выводу о том, что Сибирью невозможно управлять на основании "Учреждений для управления губерний Всероссийской империи" и что поэтому этот край должен стать "отдельною и особливою частию в общем государственном управлении". По его мнению, Сибирью необходимо управлять не как губернией, а в качестве казенного поместья.
Данный вывод был сделан на основе весьма поверхностного обозрения Сибирского края и под влиянием бытовавших тогда в столичном обществе убеждений, согласно которым этот край населен отсталыми в своем развитии народами.
Недостатки сибирского управления связывались в донесении Головкина с личностью генерал-губернатора. Поверив данному донесению, император Александр не мог найти ничего лучшего для исправления недостатков, как отстранение И. О. Селифонтова от должности за допущенные им злоупотребления своей властью.
Между тем злоупотребления властью со стороны сибирского генерал-губернатора были при тех условиях неизбежными. Назначенный управлять огромным краем, он не имел четких инструкций, определявших его полномочия. Он не обладал правом издавать имевшие юридическую силу на вверенной ему в управление территории постановления или инструкции, изменять численность штатов административных органов, распоряжаться финансовыми средствами. Поэтому даже в "чистых" делах ему приходилось нарушать законы. А без их нарушения управлять было невозможно.
Поставленный в такие условия генерал-губернатор опирался, в сущности, только на доверие государя. Именно поэтому недруги генерал-губернатора старались в борьбе с ним разрушить доверие, которым он пользовался у императора.
В связи с этим и главным средством данной борьбы были жалобы, доносы на генерал-губернатора его императорскому величеству.
В этих условиях генерал-губернатор вынужден был предпринимать специальные меры для того, чтобы прекратить поток порочивших его доносов в столицу. С другой стороны, он мог управлять при таких обстоятельствах, только опираясь на всецело преданных ему людей, создавая в своем окружении атмосферу страха и рабской покорности. Иначе говоря, любой заступавший на пост генерал-губернатора Сибири человек неминуемо обрекался на постоянную борьбу за свою власть, которую он должен был сначала завоевать, а потом постараться удержать в своих руках.
3 марта 1806 года на должность сибирского генерал-губернатора был назначен вместо И. О. Селифонтова И. Б. Пестель. Перемена личности на этом посту ничего не переменила в характере управления Сибирью. Заняв должность сибирского генерал-губернатора, Иван Борисович развернул во вверенном ему в управление крае борьбу против всех, кто не позволял или был в состоянии не позволить ему властвовать так, как ему хотелось. Краткое описание его деятельности на этом посту, данное в мемуарах И. И. Дмитриева, напоминает сводку боевых действий: "Сенатор и Сибирский генерал-губернатор Иван Борисович Пестель, человек умный и вероятно бескорыстный, наклонный к раздражительности и самовластию, в короткое время пребывания своего в Сибири сделался грозою целого края, преследуя и предавая суду именитых граждан, откупщиков и гражданских чиновников. Он уничтожал самопроизвольно контракты частных людей с казною, ссылал без суда за Байкальское озеро; служащих в одной губернии отправлял за три тысячи верст в другую и отдавал под суд тамошней Уголовной Палаты, наконец, восстал и против своих губернаторов, из коих два, по его представлению, были отрешены от должности и судимы Сенатом".
За первые два года своего генерал-губернаторства И. Б. Пестель сумел заменить всех трех губернаторов. Нового иркутского губернатора Н. И. Трескина он привез с собой. Иван Борисович знал Николая Ивановича еще по службе своей на посту главы Московского почтового ведомства, который он занимал с 1789 по 1798 год. Он взял Николая Трескина в первый же год своего пребывания в этой должности из Рязанской духовной семинарии помощником себе.
В момент назначения Пестеля в Сибирь Трескин являлся смоленским вице-губернатором. По слухам, ходившим в Петербурге, Иван Борисович не соглашался принять должность сибирского генерал-губернатора, если не поставят на место иркутского губернатора именно Трескина. "Я его, так сказать, образовал к службе, - говорил о нем Пестель, - и знал его правила, его строгую честность и искреннее благочестие. Нельзя было найти человека надежнейшего, который бы был мне более предан и даже, из благодарности, более привязан".
Должность губернатора в Иркутске занимал с 1805 года А. М. Корнилов - его переместили на губернаторство в Тобольск.
В 1808 году новому генерал-губернатору Сибири удалось добиться отрешения В. С. Хвостова от должности томского губернатора "за медленное исполнение приказов" и поставить на нее своего зятя Ф. А. Брина. В 1809 году И. Б. Пестель выжил с поста тобольского губернатора А. М. Корнилова - его зять перешел на этот пост, оставив губернаторство в Томске. Томским же губернатором стал в 1812 году Д. В. Илличевский.
18 августа 1807 года И. Б. Пестель выехал из Иркутска в Санкт-Петербург и больше в Сибирь не возвращался. Дистанционное управление вверенным ему краем сибирский генерал-губернатор осуществлял более одиннадцати лет без перерыва. По этому поводу в столичном обществе ходило множество шуток и анекдотов. Сказывали, например, что в 1820 году император Александр, обедая в доме графа Нарышкина, где был также и Пестель, заметил в беседе: "Граф, временем я чувствую необходимость в очках, но не решаюсь". Нарышкин тут же отреагировал: "Я знаю удивительные очки!" - "У кого?" - вопросил Александр. Нарышкин тогда встал и, указывая рукой через стол, воскликнул: "В-о-н у Пестеля! Он тринадцать лет живет здесь и видит все в Сибири!"
Между тем пребывание И. Б. Пестеля в столице имело вполне рациональное объяснение. Как ни странно, при той системе управления, которая существовала тогда в России, было удобнее управлять Сибирью из расположенного на многие тысячи верст от нее Санкт-Петербурга. Главные сибирские проблемы оказывалось невозможным решать без императора, а для этого требовалось время от времени бывать у его величества на приемах. И. Б. Пестель, благодаря тому, что находился в столице, часто приглашался в царский дворец на обеды, стал членом Сената и Государственного совета, мог присутствовать при рассмотрении сибирских дел в Комитете министров. В 1814 году он был назначен членом особого комитета по откупным делам, предмет деятельности которого затрагивал интересы и сибирской администрации.
Кроме того, Иван Борисович обосновался в Санкт-Петербурге еще и потому, что хотел получить для себя новую инструкцию, которая позволила бы ему на вполне законных основаниях властно вмешиваться в деятельность всех отраслей местного управления. Инструкция, данная в 1803 году И. О. Селифонтову, его не устраивала тем, что слишком ограничивала власть генерал-губернатора Сибири. В ней, по его словам, "заключались все семена неудовольствий и несогласий между генерал-губернатором и министрами, от коих зависели отдельные части Сибирского управления". Впрочем, и предшественник И. Б. Пестеля на посту сибирского генерал-губернатора называл инструкцию от 23 мая 1803 года "предварительной". В автобиографии Иван Борисович прямо признавал, что просил у императора новой инструкции для того, "чтобы спасти себя на будущее время от одинаковой участи с моими несчастными предшественниками".
Проект инструкции, устраивавшей И. Б. Пестеля, был разработан к 1812 году, но по разным причинам так и не получил высочайшего утверждения, несмотря на то, что Иван Борисович прилагал постоянные усилия для того, чтобы добиться этого.
Помимо заботы о новой инструкции для сибирского генерал-губернатора, И. Б. Пестель имел - по крайней мере, в течение последних восьми лет своего генерал-губернаторства - еще одно увлекавшее его занятие. Он вел судебное преследование бывших сибирских губернаторов А. М. Корнилова и В. С. Хвостова, смещенных им за стремление к самостоятельности. Только после того как Иван Борисович оставил пост генерал-губернатора, эти дела были прекращены за невиновностью обвинявшихся. По представлению Сперанского, Корнилов и Хвостов были восстановлены в должностях, стали тайными советниками и сенаторами, им выплатили жалованье за все годы отставки.
Для обеспечения прочности своего положения на посту генерал-губернатора И. Б. Пестель старался поддерживать самые добрые отношения с петербургской любовницей Аракчеева госпожой В. П. Пукаловой, которая, к его генерал-губернаторскому счастью, была соседкой его по дому. Всемогущий граф вплоть до 1817 года покровительствовал сибирскому генерал-губернатору И. Б. Пестелю, а когда переменил к нему отношение, Ивану Борисовичу пришлось уйти в отставку.
Любопытно, что при всем своем деспотизме И. Б. Пестель считал себя чрезвычайно честным и справедливым по натуре человеком. Бывало так, что, просмотрев в театре пьесу, где показывались гонения и притеснения людей, бессовестность и продажность судей, он приходил в такое сильное негодование на несправедливость, что не спал целыми ночами.
Судьба наказала Ивана Борисовича за такое двуличие на редкость необычно: сыну его Павлу угодно было стать, по ее велению, руководителем тайного революционного общества, поставившего одной из своих целей ликвидацию в России деспотического произвола властей.
Пребывание в Петербурге дорого обходилось Ивану Борисовичу. Генерал-губернаторское жалованье его составляло 12 тысяч рублей в год. В дополнение к нему он получал ежегодно 6 тысяч рублей на объезд губерний, 3 тысячи рублей сенаторского жалованья, 3 тысячи рублей пенсии, 3 тысячи рублей столовых. Столичная жизнь многочисленного Пестелева семейства поглощала всю эту довольно значительную по тем временам сумму и еще сверх нее. 200 тысяч рублей долгу нажил со своим семейством Пестель, когда грянула для него отставка со службы, которая лишила его разом всех жалований и доплат. Вынужденный довольствоваться отныне лишь 3 тысячами рублей пенсии, он покинул Санкт-Петербург и поселился в небольшом (149 душ крепостных) имении своей жены в Смоленской губернии. Павел Пестель, узнав об отставке своего отца, тотчас написал родителям письмо, в котором слезно просил их переписать на его имя все их долговые расписки, а вотчину завещать в безраздельное владение сестре Соничке. "Тот день, когда я подпишу все ваши заемные письма без исключения, будет, без сомнения, прекраснейший день моей жизни, - уговаривал он родителей. - Мне еще нет 30 лет, я могу еще иметь успех в жизни; для вас же нужен покой после беспрестанных бурь, которые до сих пор потрясают вашу жизнь. Пусть все ваши долги без исключения будут переведены на меня".
Смерть любимого сына на эшафоте у стен Петропавловской крепости стала для Ивана Борисовича двойным ударом. Долги его семейства легли на него одного и поглотили всю его оставшуюся жизнь. "Я молю Бога о том, чтобы мне прожить только до тех пор, когда я уплачу все мои долги", - часто говаривал он окружающим. 18 мая 1836 года умерла его жена, так и не оправившаяся от удара, которым стала для нее потеря сына Павла. В конце апреля 1843 года Иван Борисович уплатил последний долг, а 18 мая, в день семилетия смерти жены, скончался.
В отсутствие генерал-губернатора в Сибири неограниченно правили местные губернаторы: иркутский, томский, тобольский. Главную роль в проведении своей политики пребывавший в столице генерал-губернатор отводил иркутскому губернатору Н. И. Трескину. Николай Иванович был, кажется, полным единомышленником своего начальника в том, что касалось методов управления губернией. В. И. Штейнгейль писал о них: "Пестель и Трескин строго держались истины: "Кто не за нас, тот против нас"; а кто против, того надобно душить… и душили, как говорится, в гроб. Все, что с этой стороны можно сказать в их извинение, так разве одно то, что в них было некоторого рода предубеждение, на благонамеренности основанное: они боялись, что без сильных мер и без введения во все места людей преданных и, как говорится, надежных не успеют ничего путного сделать для Сибири. По крайней мере, я неоднократно слышал подобное суждение из уст Трескина. Ни Пестеля, ни Трескина нельзя назвать злыми людьми. Они, кажется, по совести думали, что душат негодяев, злодеев, ябедников "для блага целого края"".
По свидетельству М. М. Геденштрома, служившего чиновником в администрации Н. И. Трескина, "все делалось по личному усмотрению, народ принимался за малолетних, наказания были строгие, пьянства и преступлений не было".
Один из чиновников губернского правления в Тобольске, лично знавший сибирского генерал-губернатора И. Б. Пестеля, вспоминал впоследствии о нем: "Отдавая должную справедливость достоинствам Пестеля, нельзя скрыть, что он был властолюбив, восприимчив и желчен; отсюда проистекали все порывы самовластия его. По ложному расчету он хотел управлять более страхом. Будучи сам деятелен и честен, он не любил в службе ленивых и взяточников: первых называл трутнями и удалял от дела, а последних - пиявицами и преследовал их до могилы… Но при сем том я убежден, что он не был злонамеренным начальником. Другие дела и другие люди - он управлял бы справедливее и умереннее, потому что был умен, деятелен и бескорыстен, в чем отдают ему справедливость самые враги его; даже бывший министр юстиции И. И. Дмитриев".
Одним из результатов политики, проводившейся И. Б. Пестелем и его сторонниками в Сибирском управлении, стало резкое ограничение господства купечества. Самые влиятельные из купцов, посмевшие выступить против генерал-губернатора и его ставленников на постах губернаторов в Иркутске, Тобольске и Томске, были отданы под суд. Судебное преследование сибирских купцов облегчалось тем, что в стремлении к наживе они преступали не только закон, но и элементарные нормы морали. Они беззастенчиво грабили местное население, повышая цены на свои товары и навязывая ему некачественные продукты.
Господство купечества в Сибири сменилось в период правления генерал-губернатора Пестеля господством чиновничества. Эта перемена выразилась в снижении на какое-то время цен на хлеб и другие продукты питания, а также в заметном повышении материального благосостояния работников Сибирской администрации.