Успешные действия трех союзных стран в Европе потребовали решения ряда проблем, как военных, так и политических. Для этого было решено провести Ялтинскую (Крымскую) конференцию. Николай Герасимович узнал о конференции в Ставке в январе 1945 года. На наркома ВМФ возложили обязанность подготовить флотский аэродром, обеспечить самолеты, на которых прибудут главы иностранных правительств, а также безопасность союзных кораблей, прибывающих на Черное море для поддержания связи. Поэтому Н.Г. Кузнецов немедленно направил в Крым для подготовки аэродрома командующего авиацией ВМФ генерал-полковника С.Ф. Жаворонкова, а сам прибыл в Севастополь за неделю до конференции.
2 февраля специальный поезд доставил в Крым И.В. Сталина и В.М. Молотова, а 3 февраля прибыли самолеты с У. Черчиллем и Ф.Д. Рузвельтом. Кузнецов лично встречал английского адмирала флота Э. Каннингхэма; вместе два адмирала встретили американского адмирала Э. Кинга. На автомобилях делегации прибыли в Ялту. Сталин не встретил гостей. Кузнецов считал, что так он выразил недовольство тем, что союзники долго не открывали второй фронт.
В полном составе делегации собирались только на пленарных заседаниях, а в другие дни военные и морские представители встречались отдельно и готовили свои предложения для глав делегаций. Первое пленарное заседание состоялось 4 февраля. На нем обстановку на советско-германском фронте изложил генерал армии А.И. Антонов. Он напомнил, что наступление советских войск началось ранее срока, чтобы помочь союзникам, терпевшим поражение в Арденнах. Три фронта успешно продвигались на 25–30 километров в сутки, тогда как союзникам в Арденнах лишь удалось выйти на прежнюю занятую ими линию. Выступавший адмирал Э. Каннингхэм рассказывал о трудностях борьбы с германскими подводными лодками и просил быстрее взять Данциг, в котором строилось большинство этих лодок. Сталин заверил, что скоро Данциг будет взят, чем удовлетворил Черчилля. Так как разногласий по военным вопросам не было, остальные семь заседаний были посвящены вопросам политическим.
На Крымской конференции 4–11 февраля 1945 года в Ялте главы СССР, США и Великобритании решали широкий круг военных и политических вопросов. Первейшей задачей являлась координация действий вооруженных сил трех стран в окончательном разгроме гитлеровской Германии. Однако, так как советские войска стояли в 60 километрах от Берлина, вставали вопросы и послевоенного урегулирования. Руководители трех стран договорились о требовании безоговорочной капитуляции Германии после ее поражения, разделении страны на три зоны ответственности, причем Берлин оказывался зоной международного управления. Участники конференции провозгласили своей целью уничтожение германского нацизма и милитаризма, для чего следовало ликвидировать германские вооруженные силы и провести другие шаги по демилитаризации страны. Однако три страны заявили, что в их цели не входит уничтожение германского народа, которому только избавление от нацизма и милитаризма откроет возможность достойного существования в сообществе наций. На конференции стороны рассматривали вопросы о репарациях с Германии в качестве частичного погашения ущерба СССР и другим союзным странам антигитлеровской коалиции, о создании Организации Объединенных Наций и основных принципах ее деятельности, о Польше и Югославии.
Так как война еще не завершилась, 6 февраля главы правительств пришли к решению, что Советский Союз вступит в войну против Японии. Американский адмирал флота Э. Кинг заявил, что необходимо быстрее кончать войну в Европе против Германии и общими силами действовать против японцев. Союзники не рассчитывали на быстрое окончание войны. Когда Кузнецов на вопрос Кинга, когда окончится война, предположил, что Германия капитулирует в конце 1945 года, а Япония несколько позднее, его сочли оптимистом. Союзников обрадовало заявление советских руководителей, что через два-три месяца после завершения войны на Западе СССР вступит в войну на Востоке. Нарком ВМФ решил, что время подходящее, чтобы обратиться к союзникам с предложением получить от США по ленд-лизу боевые корабли для усиления Тихоокеанского флота. Сталин посчитал такое предложение преждевременным. Позднее он вызвал Кузнецова и спросил, готов ли тот вести разговор о кораблях. Когда главы союзных правительств требовали скорейшего открытия боевых действий на Тихом океане, Сталин и поднял вопрос о поставках кораблей. Вопрос был решен в принципе с Рузвельтом, и Кузнецову оставалось только согласовать детали с Э. Кингом. В результате Советский Союз получил более 250 единиц фрегатов, тральщиков, катеров и десантных судов, за которыми были вскоре направлены в Америку команды.
12 февраля Ф.Д. Рузвельт, а за ним и У. Черчилль оставили Севастополь. Н.Г. Кузнецов мог спокойнее вздохнуть, когда последний самолет и корабль союзников покинули пределы Крыма.
Вскоре после возвращения из Ялты Кузнецова вызвали в Кремль, где А.Н. Поскребышев сообщил, что 2 февраля Ставка Верховного Главнокомандования приняла решение ввести в свой состав А.М. Василевского, А.И. Антонова и Н.Г. Кузнецова. Николая Герасимовича удивило, что ни прежний, ни новый начальник Генерального штаба не был членом Ставки. Для самого же наркома ВМФ почти ничего не изменилось. Он вспоминал позднее: "Как нарком, я и до этого бывал на совещаниях Ставки и Государственного Комитета Обороны, куда меня вызывали по флотским вопросам. Нередко я обращался в Ставку сам, когда добивался нужного мне решения правительства или Верховного Главнокомандования. Иногда я звонил И.В. Сталину, если обстановка требовала немедленного доклада. И, несмотря на занятость, Верховный всегда находил время выслушать меня и дать исчерпывающий ответ".
Николай Герасимович оставил описание деятельности Ставки, как она виделась ему. Все основные вопросы решал сам Верховный главнокомандующий И.В. Сталин. Как правило, он не собирал на заседание всех членов Ставки. Кузнецов заметил, что постоянно на заседаниях присутствовал начальник Генерального штаба. Именно Генштаб являлся основной опорой в работе Верховного главнокомандующего. Других участников вызывали в зависимости от обсуждаемого вопроса. Среди них были представители Ставки, которых Сталин направлял на фронты в важные моменты, командующие фронтами и армиями, которым предстояло выполнять операцию или директиву. Прежде чем принять решение, Сталин тщательно выяснял обстановку у тех, кто имел к нему отношение. Кроме представителей Ставки, на фронты посылали и других ответственных работников аппарата. Не раз Верховный главнокомандующий направлял на флоты заместителей наркома ВМФ, а то и самого наркома и требовал указать, когда тот выезжает. Приглашали на заседания наряду с военными наркомов различных отраслей промышленности, директоров заводов, что устанавливало связь фронта и тыла. Государственный Комитет Обороны фактически сливался со Ставкой, образуя одно целое. Вызывая исполнителей, Сталин интересовался мнением и рядовых летчиков, танкистов, артиллеристов, от которых добивался оценки того или иного вида оружия. От каждого вызванного он требовал исчерпывающего доклада. В частности, от наркома ВМФ он ожидал подробностей о движении конвоев, о доставке в советские порты трофейных кораблей и т. д. Временами Сталин не терпел возражений, однако в большинстве случаев терпеливо выслушивал собеседника и мог согласиться с хорошо обоснованной точкой зрения. Он резко прерывал докладчика, если считал, что тот плохо знает вопрос.
Зимой – весной 1945 года советские войска продолжали наступление на Берлин и против группировки германских войск в Померании и Восточной Пруссии. В боевых действиях, включая взятие Берлина, участвовали моряки.
В ходе Висло-Одерской операции 12 января – 3 февраля 1945 года советские войска вышли на границу с Германией и начали форсирование Одера. Одновременно с 13 января началась Восточно-Прусская операция 2-го, 3-го Белорусских фронтов и Балтийского флота, проходившая до 25 апреля. По решению Ставки войска 2-го Белорусского фронта совершали обходной маневр на Мариенбург, а 3-му Белорусскому фронту при содействии 2-го Прибалтийского фронта и Балтийского флота следовало ударом на Кенигсберг отсечь и уничтожить по частям восточно-прусскую группировку противника. Одновременно следовало разгромить данцигско-гдынскую группировку неприятеля. 1-му и 2-му Прибалтийским фронтам предстояло блокировать курляндскую группировку противника и не допустить переброски ее войск на другие направления.
Балтийский флот после выхода из войны Финляндии получил возможность действовать подводными лодками и надводными кораблями из финских портов. Подводники делали все возможное, чтобы не допустить эвакуации неприятельских войск из блокированных с суши портов. Наибольшего успеха добился командир подводной лодки С-13 А.И. Маринеско; он 30 января недалеко от Данцига потопил лайнер "Вильгельм Густлов", на котором вывозили гитлеровцев, в том числе подготовленные команды подводников, а 9 февраля – транспорт "Генерал Штойбен".
28 января войска 2-го Прибалтийского фронта освободили порт Мемель (Клайпеда). При взятии города отличилась морская артиллерия. Два железнодорожных дивизиона поддерживали сухопутные войска и переправу их на косу Фриш-Нерунг, обстреливали корабли в порту и мешали эвакуировать войска морем.
10 февраля – 4 апреля проходила Восточно-Померанская операция 1-го и 2-го Белорусских фронтов. 28 марта 1945 года войска 2-го Белорусского фронта освободили город Гдыню, 30 марта – Данциг (Гданьск). Однако противник располагал еще Либавой, через которую сначала доставлял подкрепления, а затем начал эвакуацию войск и имущества. Морякам следовало прервать эти перевозки. Ставка подготовила совместно с Главным морским штабом директиву для Балтийского флота, в которой было указано: "Операционной зоной флота является все Балтийское море вплоть до проливов". Флоту следовало поддерживать наступающие войска огнем, высаживать десанты и уничтожать корабли и суда противника. Действия флота имели важное значение, так как войска 3-го Белорусского фронта готовились к разгрому кенигсбергской группы врага. Кузнецов лично выехал в Палангу (западнее Либавы), откуда командующий Краснознаменным Балтийским флотом В.Ф. Трибуц руководил действиями моряков. Именно мимо Паланги проходили морские коммуникации курляндской группировки. С пирса курортного городка можно было наблюдать, как транспорты входят в Либавский порт. Морская авиация наносила удары по портам, в то время как подводные лодки и торпедные катера действовали против судов в море. Однако неприятель, уклоняясь от атак торпедных катеров, проложил маршруты мористее. Поэтому нарком ВМФ предложил выделить больше воздушных сил для борьбы с судоходством и для ударов по портам в период формирования конвоев. В море авиации следовало взаимодействовать с подводниками и катерниками. От использования крупных надводных кораблей пришлось отказаться: слишком велика оставалась минная опасность. Кроме того, командование считало, что лучше истребители использовать для прикрытия действий против Либавы и позиций противника, чем для охранения кораблей. Несмотря на то что авиация Балтийского флота была вдвое сильнее неприятельской и добилась значительных успехов, нарком ВМФ обратился к начальнику Генерального штаба с просьбой выделить три дивизии бомбардировщиков и дивизию истребителей.
Германское командование попыталось перебросить часть войск из курляндской группировки. 21 марта из Либавы вышли пять транспортов с охранением из сторожевых кораблей и тральщиков. Однако конвой обнаружили балтийские летчики, и ударная авиагруппа потопила 4 транспорта и 2 сторожевика из состава этого конвоя. Всего с января по май, по данным журнала боевых действий группы армий "Север", советская авиация уничтожила 158 судов и 20 повредила.
9 апреля пал Кенигсберг. В его штурме принимала значительное участие морская железнодорожная артиллерия. Пушки калибром до 180 миллиметров не только разрушали долговременные укрепления противника, но и препятствовали движению судов в Кенигсбергском канале. После падения Кенигсберга морская артиллерия содействовала взятию порта Пиллау. А 26 апреля войска 2-го Белорусского фронта взяли Штеттин (Щецин).
25 апреля советские войска завершили окружение Берлина, а 2 мая овладели городом. Во взятии столицы Германии принимали участие моряки Днепровской флотилии, которую возродили осенью 1943 года. В марте 1944 года флотилия начала действовать на реках Припять, Птичь, Березина. Днепровцы содействовали войскам огнем артиллерии, высадками десантов и перевозками войск и техники. Флотилия была награждена орденом Красного Знамени. К началу Берлинской операции по рекам и каналам суда флотилии, проделав пятисоткилометровый путь, прибыли на Одер, обеспечивали переправу войск через реку. Затем часть катеров послали на Шпрее. Моряки вели бои во взаимодействии с сухопутными войсками на подступах к Берлину, а затем и внутри города. За успешные действия на Берлинском направлении флотилию наградили орденом Ушакова I степени.
С падением Берлина и даже после капитуляции Германии боевые действия не совсем завершились. В последние дни войны гроссадмирал Дёниц, который стал главой правительства после самоубийства А. Гитлера, направил генерал-адмирала фон Фридебурга с группой офицеров к фельдмаршалу Монтгомери с предложением принять капитуляцию германского флота. Тот, очевидно по указанию Черчилля, приказал с 4 мая прекратить действия английской авиации против германского флота. Пользуясь этими обстоятельствами, 7 мая Дёниц приказал всем германским кораблям на Балтике покинуть порты и базы, которым угрожали советские войска, до полуночи 9 мая; корабли и суда, не имевшие возможности уйти, следовало уничтожить. Даже после подписания Акта о безоговорочной капитуляции продолжали сопротивляться отдельные группировки неприятельских войск, отказывавшиеся сдаваться советским войскам. В морях действовали германские подводные лодки, командование которых не знало о капитуляции. В частности, о появлении немецкой подводной лодки в зоне действия Северного флота А.Г. Головко сообщал еще в середине мая. На датском острове Борнхольм противник продолжал сопротивляться и 9 мая. Но флотская авиация атаковала неприятельские войска и суда на острове, а затем была высажена рота бойцов. Германское командование приступило к оформлению капитуляции. Однако советским катерникам и подводникам приходилось перехватывать суда с войсками, пытавшиеся уходить к берегам Швеции.
Как нарком ВМФ, Н.Г. Кузнецов участвовал в Потсдамской конференции глав правительств союзных держав 17 июля – 2 августа 1945 года. Получив через начальника Генерального штаба указание готовиться к поездке, 14 июля он вылетел в Берлин. До начала конференции Николай Герасимович успел осмотреть столицу Германии. Он встречался с начальником Генерального штаба А.И. Антоновым, который уже занимался Тихим океаном. Антонов говорил, что, возможно, Кузнецову придется выехать на Восток.
17 июля состоялось первое заседание, в котором участвовали Сталин, Трумэн и Черчилль. Сразу возникли проблемы. После окончания войны Черчилль не чувствовал большой нужды в Советском Союзе. Г. Трумэн был осторожнее, так как рассчитывал на советскую помощь в борьбе с Японией. Кузнецов, в частности, не раз вел разговоры с Э. Кингом о предстоящих совместных действиях на Тихом океане.
Одним из камней преткновения стал вопрос о разделе трофейного германского флота. Сталин уже в апреле 1945 года поинтересовался у Кузнецова, готовят ли моряки новую программу кораблестроения, и велел представить при первой возможности наметки программы, а также планы, как можно использовать трофейные суда. В Потсдам нарком взял данные о местонахождении неприятельских судов, собранные Главным морским штабом. На одном из первых заседаний Сталин поставил вопрос о разделе трофейных кораблей. Дальнейшее Н.Г. Кузнецов описал следующими словами:
"Помнится, как болезненно воспринял У. Черчилль даже постановку этого вопроса. Он считал, что раздел трофейного немецкого флота между союзниками на равные части вообще не правомерен. При этом он в качестве аргумента ссылался на то, что англичане во время войны понесли огромные потери на море, к тому же к моменту капитуляции большая часть немецкого флота оказалась в портах Англии и в оккупированных англичанами военно-морских портах Германии, Дании, Норвегии и Франции.
Возникла полемика. Мне никогда прежде не приходилось видеть Сталина таким рассерженным. А Черчилль даже вскочил, чуть не уронив кресло. Лицо его налилось кровью, он бросал резкие негодующие реплики. Сталин посоветовал на время отложить рассмотрение этого вопроса".
Когда Кузнецов вновь подошел со списками кораблей к Сталину, тот предложил подождать. Вскоре после неудачи Черчилля на выборах его сменил в качестве премьер-министра Эттли. Он более спокойно отнесся к проблеме раздела германского флота. Однако в ходе заседания глав правительств родилась расплывчатая формулировка: "Участники конференции в принципе договорились относительно мероприятий по использованию сдавшегося германского флота и торговых судов. Было решено, что три правительства назначат экспертов, которые совместно выработают детальные планы осуществления согласованных принципов". Встревоженный Кузнецов высказал Сталину мнение, что, если сразу не решить вопрос, он может бесконечно затянуться. Сталин согласился, и главы правительств поручили военно-морским представителям согласовать вопрос на конференции.