Для маскировки цели операции командующий эскадрой контр-адмирал Л.A. Владимирский и командир Отряда легких сил капитан 1-го ранга Н.Е. Басистый подготовку экипажей к погрузке и выгрузке войск объясняли тем, что необходимо сократить время высадки подкреплений в Севастополе. Артиллеристов кораблей обучали обстрелу береговых объектов с помощью корректировщиков. На кораблях заменили поврежденные шлюпки, поставили новые стволы зенитных автоматов. Планировали провести высадку одновременно в двух направлениях. Однако германский штурм Севастополя потребовал перебросить для защиты главной базы часть подготовленных к высадке войск. Для перевозки использовали часть кораблей, необходимых для обеспечения десанта. Поэтому 26 декабря начали высадку только на северном побережье силами отряда кораблей "Б". К 30 декабря были высажены до 20 тысяч человек 51-й армии. Но наступление не давало большого успеха, пока не началась высадка в Феодосии.
28 декабря корабли в Новороссийске приняли два полка передового отряда и вечером вышли в море. Для маскировки сначала суда направлялись к Севастополю и только с темнотой повернули на Феодосию. Лишь в море десантникам сообщили о цели похода. В 3.48 29 декабря корабли отряда поддержки открыли огонь по Феодосии, а Басистый передал по радио приказ: "Катерам следовать в порт". Противник не ожидал нападения и открыл огонь по кораблям в море с задержкой. Катера без сопротивления высадили в порту передовые группы, которые успешно начали наступление. На очищенный от противников мол высадили войска с эсминцев и тральщика "Щит". Крейсер "Красный Кавказ" с трудом пришвартовали к молу. Десантников с крейсера "Красный Крым" перевозили в порт "Щит" и баркасы. Все это происходило под обстрелом противника. Снаряды, мины повреждали корабли. Крейсера не только высаживали десант, но и обстреливали противника, поддерживая наступающих десантников. После высадки войск корабли вышли на внешний рейд и в течение дня маневрировали, обстреливая цели на берегу. Под их прикрытием в порту провели высадку войск с двух отрядов транспортов, несмотря на то что корабли покрывались льдом. С 26 по 31 декабря были доставлены на Керченский полуостров основные силы двух армий.
В бою Басистый находился под огнем на крейсере "Красный Кавказ". Когда крейсера ушли в базу, моряк остался на эсминце "Сообразительный" и руководил артиллерийской поддержкой десанта. После высадки моряк разместился со штабом вблизи Феодосийского порта. Штаб занимался приемом и разгрузкой транспортов, отправкой раненых, обеспечивал связь с командованием 44-й армии и поддержку войск артиллерией кораблей.
В сводке Совинформбюро 31 декабря 1941 года об освобождении Керчи и Феодосии было написано: "При занятии особенно отличились войска… и группа военно-морских сил во главе с капитаном 1-го ранга Басистым".
3 января 1942 года Н.Е. Басистого произвели в контр-адмиралы.
Параллельно Отряд легких сил продолжал помощь Севастополю, который стал основной целью для 11-й армии противника в Крыму. 1 января, 5 января крейсер "Молотов" ("Слава") с эсминцами приходил в Севастополь, доставлял подкрепления, конвоировал транспорты и обстреливал неприятельские позиции. В феврале было запрещено использовать линкор и новые крейсера для обстрелов береговых объектов без разрешения командующего флотом; каждый из них следовало сопровождать несколькими эсминцами. Но в период мартовского наступления в Крыму линкор, крейсера и эсминцы провели 11 стрельб, в которых участвовал и крейсер "Молотов". В ночь на 10 и 11 мая крейсер "Ворошилов" с 2 лидерами обстреливал цели на берегу. Однако поддержка флота не помогла. Германские войска перешли в наступление на Керченском полуострове и 14 мая подошли к окраине Керчи. 16 мая лидер "Харьков" поддерживал арьергарды 44-й армии, которая оставляла Керчь.
Когда германские войска овладели Феодосией, Басистый покинул порт на последнем транспорте. В мае он вновь поднял флаг на крейсере "Молотов".
После взятия Керченского полуострова германское командование сконцентрировало усилия на Севастополе. На Черное море прибыли германские и итальянские подводные лодки и катера, которые совместно с авиацией действовали на советских коммуникациях. Поэтому каждый поход с грузами в Севастополь превращался в боевую операцию. В перевозках участвовали и крейсера, и эсминцы Отряда легких сил. К примеру, крейсер "Молотов" доставлял подкрепления 12, 15 июня, "Ворошилов" – 27 мая. Лидеры и эсминцы ходили в Севастополь чаще.
В походе "Ворошилова" участвовал и Н.Е. Басистый. 19 мая он получил приказ доставить в Севастополь 9-ю бригаду морской пехоты. Следовало использовать быстроходные крейсер и 2 эсминца, чтобы они прибыли к цели около часу ночи, а через два часа после спешной разгрузки вышли обратно. Контр-адмирал решил погрузить 26 мая основную массу войск и грузов на крейсер, а на эсминцы – по 300 бойцов и по 30 тонн грузов. Отряду следовало выйти из Батуми в 2.00 27 мая курсом на запад, повернуть у берегов Анатолии на север и полным ходом идти к Севастополю. В порту следовало корабли отшвартовать к Угольному причалу кормой, носом на выход. Его решение было утверждено. Сразу после погрузки провели тренировки по выгрузке техники. Операция началась в 1.45. Басистый находился на "Ворошилове", который сопровождали эсминцы "Сообразительный" и "Свободный". Корабли двигались по плану. Вечером 27 мая на подходах к Крыму отряд неоднократно атаковали бомбардировщики и торпедоносцы, но он успешно дошел до цели и за 1,5 часа высадил бригаду. Приняв на борт 406 раненых, крейсер вышел из бухты. И на этом переходе до Туапсе корабли не раз подвергались атакам самолетов, но моряки успешно маневром и огнем отбивали атаки. Опыт перехода был одобрен Военным советом флота.
11–12 июня "Молотов" и эсминец "Безупречный" перебросили в Севастополь 138-ю отдельную стрелковую бригаду. 15 июня Басистый сам ходил в Севастополь на "Молотове" с эсминцем "Безупречный". Корабли доставили около 4 тысяч человек маршевых подкреплений и грузы. Чтобы избежать атак с воздуха, Басистый провел отряд в главную базу с юго-запада, благополучно достиг цели и возвратился.
Командуя Отрядом легких сил, Басистый не раз водил свои корабли, доставляя подкрепления в Севастополь и вывозя раненых. Каждый поход проходил в условиях отражения атак авиации, торпедных катеров и подводных лодок. С июля 1942 по март 1943 года Басистый командовал бригадой крейсеров. Бригада решением наркома ВМФ Н.Г. Кузнецова была создана на основе Отряда легких сил.
Вскоре Басистый выполнял новое задание. Чтобы воспрепятствовать переправе противника через Керченский пролив, командующий эскадрой Л.A. Владимирский получил приказ послать крейсер "Молотов" и лидер "Харьков" для уничтожения судов и плавучих средств, которые были сосредоточены неприятелем в порту Феодосии и Двуякорной бухте. Обстрел следовало провести в ночь на 3 августа. Военный совет флота утвердил предложенный план действий. Отряду следовало перейти из Поти в Туапсе, выйти на запад вечером 2 августа, с наступлением темноты повернуть на Крым. "Харькову" предстояло выпустить 100 130-мм снарядов по Двуякорной бухте, "Молотову" – 180–180-мм снарядов по Феодосийскому порту. Следовало уложить обстрел за 15 минут. "Харьков", отстрелявшись ранее, должен был прикрывать крейсер. Возвращаться в Поти корабли должны были форсированным ходом, чтобы быстрее оказаться в сфере деятельности своей авиации.
Поход начался по плану. Утром 2 августа корабли прибыли в Туапсе, где их обнаружили германские разведчики. В 17.38 отряд выступил на запад под прикрытием самолетов и торпедных катеров. Передовым шел "Харьков". Басистый находился на крейсере "Молотов". Вскоре неприятельские разведчики обнаружили корабли. Попытки брать курс на Новороссийск не обманули немцев, ибо перед этим не раз торпедные катера и авиация нападали на Двуякорную бухту, да и береговые радиолокаторы видели советские корабли. До полуночи отряд Басистого не смог обнаружить район обстрела. Только после 0.49 3 августа, когда Феодосию атаковала авиация, командир крейсера приготовился стрелять по приблизительной обсервации. По приказу Басистого "Харьков" открыл огонь и выпустил 59 снарядов по Двуякорной бухте. Крейсер так и не стрелял по Феодосии, ибо ему пришлось несколько раз уклоняться от атак торпедных катеров. На отходе одна из торпед, сброшенных двумя торпедоносцами, попала в корму "Молотова" и оторвала ее вместе с рулями. Управляясь машинами, крейсер направился к Поти, отбивая атаки катеров и самолетов. Вместе с "Харьковом" он отразил 23 атаки противника, пока не оказался в сфере, в которой ему могли оказать помощь надводные корабли и авиация. Кораблю удалось уклониться от 21 торпеды; артиллеристы уничтожили 2 торпедных катера и 3 самолета. Тем не менее крейсер вышел из строя надолго, и Басистый задумался, при каких обстоятельствах можно отказаться от выполнения боевой задачи. Позднее стало известно, что гитлеровцы вывели суда из Феодосии и Двуякорной бухты после предыдущих нападений.
Бригада крейсеров, как и вся эскадра, в августе обеспечивала эвакуацию ценностей из Новороссийска, в сентябре-октябре огнем поддерживала оборонявших город-порт, перевозила войска в Туапсе и Сочи, обстреливала районы расположения врага на Крымском полуострове. Только в августе "Красный Кавказ" перевез 9718 человек, "Красный Крым" – 1143 человека.
19 ноября 1942 года нарком ВМФ Н.Г. Кузнецов потребовал подготовить несколько отрядов кораблей для действий против коммуникаций противника у западных берегов Черного моря, чтобы на время прервать неприятельские перевозки. Уменьшение численности германской авиации, отвлеченной действиями на других участках фронта, способствовало выполнению замысла. Штаб эскадры подготовил план набега 29 ноября. По плану крейсеру "Ворошилов", лидеру "Харьков" и эсминцу "Сообразительный" следовало утром 1 декабря обстрелять Сулину в устье Дуная, разрушить радиостанцию на острове Змеиный, уничтожать плавучие средства у берегов Румынии и по возможности обстрелять Бургас. Эсминцам "Беспощадный" и "Бойкий" предстояло искать плавсредства между мысами Калиакрия и Шаблер, обстрелять порт Мангалия и продолжать поиск до Констанцы. Авиация должна была производить разведку и наводить корабли на цели; для воздушного прикрытия на самолеты ДБ-Зф поставили дополнительные пулеметы. Однако из-за плохой погоды использовать авиацию оказалось сложно. Погода как помогла скрытно подойти к цели, так и затруднила определение места. Отряд из двух эсминцев южнее мыса Шаблер обстрелял артиллерией и затем дважды атаковал торпедами силуэты транспортов на рейде. Так как противник никак не реагировал, вероятно, в темноте за транспорты приняли очертания берега. В то же время группа "Ворошилова", которой командовал сам Л.A. Владимирский, разрушила радиостанцию на острове Змеиный. Так как взрывы мин в параванах нанесли повреждения крейсеру, отряд прекратил операцию, и утром 2 декабря корабли вернулись в Батуми. В декабре еще дважды корабли эскадры ходили к берегам Румынии, вели обстрел портов в Крыму.
27 января 1943 года Черноморская группа войск начала операцию по освобождению Новороссийска и Тамани. В этой операции Черноморскому флоту предстояло огнем корабельной артиллерии способствовать наступлению сухопутных войск под Новороссийском и высадить десант в районе Южной Озерейки, чтобы совместно с 47-й армией освободить Новороссийск. Флоту также предстояло обеспечить морские перевозки вдоль кавказского побережья и прервать неприятельские морские коммуникации.
С конца 1942 года Басистый участвовал в разработке плана высадки десанта под Новороссийском. Он высказывался против десанта у Южной Озерейки, в 30 километрах от Новороссийска, где бухта была открыта для штормов. Вместе с Л.A. Владимирским моряк предложил организовать основную высадку в Станичке, вблизи города. Однако был избран вариант, предложенный штабом флота.
В ночь на 1 февраля отряд кораблей эскадры обстрелял позиции противника под Новороссийском. Но и эта поддержка не помогла войскам 47-й армии прорвать линии обороны неприятеля. Чтобы помочь наступающим, командующий Закавказским фронтом приказал высадить десант ранее, чем войска вышли на запланированные рубежи. Главные силы высаживали у Южной Озерейки, а вспомогательный десант – у Станички, на Суджукской косе. Отряд огневого содействия десанту возглавил вице-адмирал Л.A. Владимирский. Н.Е. Басистый командовал высадкой, в том числе отрядом огневой поддержки из 2 старых эсминцев, 3 канонерских лодок, тральщика и 4 сторожевых катеров. Флаг Басистый поднял на эсминце "Незаможник". Ему предстояло со своим отрядом высадить первый эшелон десанта в районе Южной Озерейки и поддержать его огнем. Высадку намечали на 1.00 4 февраля. Первым вышел из Батуми отряд огневого содействия. Отряд корабельной поддержки выступил из Геленджика вечером 3 февраля. Флагманский "Незаможник" шел во главе отряда. Басистого беспокоили маломореходные суда с десантом. 3 тральщика буксировали плашкоуты-болиндеры с танками. 3 малых буксира, 10 сторожевых катеров, 5 сейнеров, 6 баркасов имели разные скорости и на волнении двигались медленно. Они не успевали подойти к Южной Озерейке вовремя, и Басистый радировал Владимирскому и Октябрьскому с просьбой перенести время высадки. Около полуночи, когда отряд приближался к цели, Владимирский получил просьбу командира высадки отложить начало операции на 1,5 часа. Разномастные суда с десантом не успевали к сроку. Владимирский сообщил об этом командующему флотом, но Октябрьский не изменил план. Корабли маневрировали в море, а авиация нанесла удар по плану. Из-за того, что самолеты-корректировщики улетели ранее, чем отряд огневого содействия открыл огонь, стрельба оказалось малоэффективна. После ухода отряда огневого содействия основная тяжесть легла на корабли Басистого. Противник, предупрежденный авиационным налетом и обстрелом, оказал в районе Южной Озерейки упорное сопротивление. Условия местности позволяли противнику простреливать участок высадки десанта из орудий, расположенных на обратных скатах высот, не доступных для артиллерии эсминцев. Высадили к 6.00 только часть войск. В 6.20 по приказу командира высадки отряд корабельной поддержки начал отход. Десант у Станички, высаженный по плану, прошел успешно, и со временем занятый им плацдарм стал Малой Землей. А войска, высаженные в районе Южной Озерейки, почти все погибли в боях с противником.
Увидев опасность потерять высаженные войска, Басистый принял решение отказаться от продолжения высадки у Южной Озерейки и возвращаться. 6 февраля он с отрядом выступил в море и успешно высадил у Станички 255-ю бригаду морской пехоты. Однако к этому времени противник уже укрепился, и взять Новороссийск не удалось. Позднее на Малую Землю перевезли войска, составившие 18-ю десантную армию.
После неудачи десанта в Москве решили сменить Ф.С. Октябрьского во главе Черноморского флота. 10–28 марта флотом временно командовал Н.Е. Басистый. После на пост командующего вступил Л.A. Владимирский.