В 7 часов 15 минут по указанию Сталина члены Главного военного совета маршал Тимошенко, генерал армии Жуков и Маленков подписали директиву № 2, которая была адресована военным советам Ленинградского, Прибалтийского Особого, Западного Особого, Киевского Особого, Одесского военных округов и в копии наркому ВМФ. В директиве требовалось всеми силами и средствами обрушиться на вражеские силы и уничтожить их в районах, где они нарушили советскую границу. Впредь до особого распоряжения наземными войсками границу переходить не разрешалось. Мощными ударами бомбардировочной и штурмовой авиации на глубину германской территории до 100–150 км приказывалось уничтожить авиацию на аэродромах противника и разбомбить основные группировки его наземных войск, а также Кёнигсберг и Мемель.
Об атмосфере, сложившейся в Генштабе в начале войны, свидетельствует А. М. Василевский. Основная нагрузка легла на Оперативное управление Генштаба. По образному выражению Александра Михайловича, оно "превратилось в некий улей, куда прилетавшие с линии фронта "пчелы" доставляли информацию, подлежащую немедленной обработке". Она поступала в зал заседаний, где вдоль стен были расставлены рабочие столы. Операторы вели карты обстановки, передавали в войска указания, принимали новую информацию, писали справки и донесения. Группа операторов во главе с полковником В. В. Курасовым обобщала все эти материалы и готовила доклады в Ставку.
Маршал Тимошенко и генерал армии Жуков, учитывая, что вооруженная борьба приобретает все более широкий размах, пришли к выводу, что один человек не в состоянии осуществлять руководство действующей армией. Об этом они в 9 часов утра доложили Сталину, предложив создать Ставку Главного командования. Проект директивы к этому времени уже был разработан в Генштабе. Однако Сталин решение по этому вопросу тогда не принял, хотя прекрасно понимал, что те, кто по долгу службы должен был руководить военными действиями, ни шагу не сделают без его разрешения. Так, терялось самое драгоценное в той обстановке - время!
Задачи, определенные в директиве № 2 Главного военного совета, были нереальными. Большая часть стрелковых дивизий первого стратегического эшелона была расчленена противником, некоторые оказались в окружении. Механизированные корпуса, способные нанести ощутимые встречные удары, находились на большом удалении от участков прорыва противника. Авиация Красной Армии потеряла около 1200 самолетов, в том числе Западный Особый военный округ - 738 самолетов. Ситуацию усугубляло и то, что Генштаб не имел точных разведывательных данных о противнике и характере его действий, так как связь со штабами фронтов часто прерывалась. Несмотря на это, первый заместитель начальника Генштаба генерал-лейтенант Ватутин, руководствуясь планом стратегического развертывания, подготовил директиву № 3 военным советам Северо-Западного, Западного, Юго-Западного и Южного фронтов. Эта директива была отправлена адресатам в 21 час 15 минут 22 июня за подписями маршала Тимошенко, генерала армии Жукова и Маленкова. В директиве ближайшей задачей войск на 23–24 июня ставилось: "а) концентрическими сосредоточенными ударами войск Северо-Западного и Западного фронтов окружить и уничтожить сувалкскую группировку противника и к исходу 24.6 овладеть районом Су валки; б) мощными концентрическими ударами механизированных корпусов, всей авиации Юго-Западного фронта и других войск 5 иб А (армий. - Авт.) окружить и уничтожить группировку противника, наступающую в направлении Владимир-Волынский у Броды. К исходу 24.6 овладеть районом Люблин". В полосе от Балтийского моря до границы с Венгрией разрешались ее переход и действия, не считаясь с границей.
В целях оказания помощи командующим фронтами по указанию Сталина на Западный фронт были направлены маршалы Б. М. Шапошников и Г. И. Кулик, а на Юго-Западный фронт - генерал армии Жуков. Таким образом, Генштаб второй день войны встретил без своего начальника. Вся нагрузка теперь легла на Ватутина, который согласовывал свои действия с Жуковым.
23 июня Сталин наконец-то принял предложение Тимошенко и Жукова о создании Ставки. Оно было оформлено протоколом № 34 Политбюро ЦК ВКП(б) в виде постановления СНК СССР и ЦК ВКП(б). В документе говорилось:
"Создать Ставку Главного Командования Вооруженных Сил Союза ССР в составе тт.: наркома обороны маршала Тимошенко (председатель), начальника Генштаба Жукова, Сталина, Молотовау маршала Ворошилова у маршала Буденного и наркома ВоенноМорского Флота адмирала Кузнецова.
При Ставке организовать институт постоянных советников Ставки в составе тт.: маршала Кулика, маршала Шапошникова, Мерецкова у начальника Военно-Воздушных Сил Жигарева, Ватутина, начальника ПВО Воронова, Микояна, Кагановича, Берия, Вознесенского, Жданова, Маленкова, Мех лис аь.
Таким образом, юридически функциями Главнокомандующего был наделен нарком обороны. Однако без санкции Сталина он не имел права отдавать приказы действующей армии. Поэтому фактически Главнокомандующим был Сталин. Все это не только усложняло управление войсками, но и приводило к запоздалым решениям в быстро меняющейся обстановке на фронте.
Основным рабочим органом Ставки по стратегическому планированию и руководству вооруженной борьбой стал Генштаб.
24 июня на генерала Василевского и начальника Разведывательного управления генерала Голикова была возложена подготовка проектов правительственных сообщений о событиях на фронтах для Советского информационного бюро, созданного в соответствии с постановлением СНК СССР и ЦК ВКП(б). Кроме того, с конца июня Александру Михайловичу приходилось во исполнение приказаний наркома обороны, начальника Генштаба и его заместителей подписывать директивы Генштаба различного содержания.
30 июня в Генштабе произошла новая перетасовка кадров. Первый заместитель начальника Генштаба генерал Н. Ф. Ватутин был назначен начальником штаба Северо-Западного фронта, а начальник Оперативного управления генерал Г. К. Маландин - начальником штаба Западного фронта. Его сменил генерал-лейтенант В. М. Злобин. Все это сказывалось на качестве работы Генштаба. "В июньские и июльские дни 1941 года мне, как первому заместителю начальника Оперативного управления, приходилось не раз за сутки бывать у нового начальника Оперативного управления В. М. Злобина, - вспоминал Василевский. - Я его хорошо знал по учебе в Академии Генерального штаба и по совместной поездке в Германию в 1940 году. Это был очень способный, подготовленный, опытный и трудолюбивый, судя по прежней и последующей работе, командир, отличный штабист и хороший товарищ, пользовавшийся авторитетом в коллективе наркомата. Но когда я докладывал ему сведения, получаемые с фронта, и проекты предложений по ним от себя и работников управления, меня каждый раз поражало его спокойствие, казавшееся равнодушием ко всему происходящему".
На фронтах события развивались следующим образом. С 23 июня войска Северо-Западного, Западного и Юго-Западного фронта приступили к проведению контрударов в целях разгрома вклинившихся группировок врага и перенесения военных действий за пределы СССР. Но наспех организованные контрудары в районах Шяуляя, Даугавпилса, Гродно, Луцка и Бродов, при господстве в воздухе авиации противника, лишь незначительно задержали его наступление на некоторых участках. Положение усугубляла потеря управления войсками на ряде направлений Ставкой, командующими фронтами и армиями. В результате приграничные сражения закончились крупным поражением войск Северо-Западного (его армии оказались расчлененными) и Западного (главные силы были окружены западнее Минска и в основном уничтожены) фронтов. Большие потери понес и Юго-Западный фронт, войска которого были вынуждены отойти на рубеж старой государственной границы СССР. Только Северный и Южный фронты сохранили большую часть своих основных сил.
Быстротечность военных действий, резкие изменения обстановки на громадном по протяженности фронте требовали оперативного, решительного и строго централизованного руководства. С этой целью по постановлению ГКО от 10 июля Ставка Главного командования преобразуется в Ставку Верховного командования. В ее состав вошли: Сталин, Молотов, маршалы Тимошенко, Буденный, Ворошилов, Шапошников и генерал армии Жуков. Персональные функции членов Ставки юридически не были определены. Однако решающее слово принадлежало Сталину - Генеральному секретарю ЦК ВКП(б), Председателю ГКО и СНК СССР. Снова принимается половинчатое решение. Одновременно создаются Главные командования Северо-Западного (маршал Ворошилов), Западного (маршал Тимошенко) и Юго-Западного (маршал Буденный) направлений. 19 июля Сталин был назначен наркомом обороны.
22 июля вражеские самолеты осуществили первый налет на Москву. В подвале здания Генштаба было оборудовано бомбоубежище, но оно оказалось совершенно неприспособленным для работы сотрудников Генштаба. Поэтому было принято решение на ночь Генштабу перебираться в помещение станции метро "Белорусская", где на одной половине перрона были оборудованы командный пункт и узел связи. Другая половина перрона, отгороженная от первой только фанерной перегородкой, с наступлением сумерек заполнялась жителями Москвы, в основном женщинами и детьми. Работать в таких условиях было, конечно, не очень удобно, а самое главное - при ежедневных сборах и переездах терялось драгоценное время, нарушался рабочий ритм. Вскоре сотрудники Генштаба перебрались в здание на улице Кирова, а затем в их распоряжение была передана и станция метро "Кировская". Поезда здесь уже не останавливались. Перрон, на котором расположились сотрудники Генштаба, был отгорожен от путей высокой фанерной стеной. В одном его углу - узел связи, в другом - кабинет Сталина, рядом место для начальника Генштаба, а в середине - шеренги столиков для сотрудников Генштаба.
В условиях развернувшихся сражений, особенно в связи с неблагоприятно сложившейся обстановкой на фронтах и вынужденным переходом войск Красной Армии к стратегической обороне, объем и содержание работы Генштаба чрезвычайно возросли и усложнились. Необходимо было либо вводить новые структурные подразделения в Генеральном штабе, либо передавать эти функции другим органам. Поэтому пошли по второму пути.
28 июля Государственный Комитет Обороны принял постановление № 300, которое определяло организационную структуру и задачи Генштаба, место и роль его начальника в общей системе военного руководства. Он наделялся правом подписывать вместе с председателем Ставки приказы и директивы Ставки или отдавать распоряжения по ее указанию. Как заместитель наркома обороны и член Ставки, начальник Генштаба объединял и координировал деятельность управлений наркоматов обороны и ВМФ, готовил заключение о соответствии решениям Ставки намечаемых ими оперативных и организационных мероприятий. В целях освобождения Генштаба от решения задач, не влиявших непосредственно на руководство военными действиями фронтов, из его состава были исключены пять управлений (организационное, мобилизационное, укомплектования войск, военных сообщений и автодорожное).
Реорганизация Генштаба совпала с неожиданным для Василевского изменением его служебного положения. Оно напрямую было связано с отставкой генерала армии Жукова. 29 июля он, докладывая Сталину о сложившейся обстановке, предложил с целью спасения войск Юго-Западного фронта отвести их за Днепр и сдать Киев. Это предложение вызвало у Сталина ярость. Как можно додуматься сдать Киев! В свою очередь, Жуков тоже вспылил и попросил освободить его от обязанностей начальника Генштаба и послать на фронт. Эта просьба была оформлена постановлением № 325с. Жукова отправили командовать Резервным фронтом, а заместителя наркома обороны маршала Шапошникова поставили начальником Генштаба. Комментируя это решение, Василевский отмечал: "Во главе всего штабного аппарата встал тот, кто в те месяцы мог, пожалуй, лучше, чем кто-либо, обеспечить бесперебойное и организованное его функционирование".
По инициативе Шапошникова 1 августа Василевский получил назначение на должность начальника Оперативного управления и заместителя начальника Генштаба. Генерал Злобин был переведен в Сибирский военный округ заместителем командующего по военно-учебным заведениям.
Итак, не прошло и полутора месяца с начала войны, как А. М. Василевский поднялся на новую ступень в военной иерархии. Причем он возглавил наиболее ответственный участок работы в Генштабе. Роль самого Генштаба к этому времени существенно возросла. 8 августа Ставка Верховного командования была переименована в Ставку Верховного Главнокомандования (ВГК), а Сталин назначен Верховным Главнокомандующим. С этого времени был установлен порядок, по которому приказы Ставки подписывались им и начальником Генштаба. Под руководством Шапошникова было разработано Положение о Генштабе, утвержденное 10 августа наркомом обороны Сталиным. В положении говорилось: "Генеральный штаб Красной Армии является центральным органом управления Народного комиссара обороны Союза ССР по подготовке и использованию Вооруженных Сил Союза ССР для обороны страны. Начальник Генштаба, в соответствии с указаниями и решениями Народного комиссара обороны, объединяет деятельность всех управлений Народного комиссариата обороны, дает им задания и указания". В функции Генштаба входили: разработка директив и приказов Ставки по оперативному использованию Вооруженных Сил и планов войны на театрах военных действий; организация и руководство деятельностью всех видов разведки, обработка разведывательных данных и информация нижестоящих штабов и войск; руководство строительством укрепрайонов, военно-топографической службой и ее снабжение топографическими картами, оперативной подготовкой родов войск, штабов, служб и органов тыла; организация и устройство оперативного тыла действующей армии; разработка вопросов ПВО, положений о вождении армейских соединений, наставлений и руководств по штабной службе, издание описаний театров военных действий; сбор и обработка материалов по изучению боевого опыта, разработка приказов, директив и указаний по его использованию; организация и руководство шифровальной службой и обеспечение скрытого управления войсками.
В соответствии с новым положением Генштаб включал шесть управлений (Оперативное, Разведывательное, устройства оперативного тыла, строительства укрепленных районов, Военно-топографическое и Шифровальное), три отдела (военно-исторический, общий, кадров) и группу офицеров Генштаба на правах отдела Генштаба. Ведущим органом Генштаба по-прежнему являлось Оперативное управление. Развертывание на каждом из стратегических направлений по нескольку фронтов потребовало выделение на каждый фронт специальной группы операторов во главе с опытным начальником. В этой связи система отделов по направлениям (Северо-Западное, Западное и Юго-Западное) перестала отвечать своему назначению. Поэтому они были упразднены и созданы направления на каждый фронт (группу фронтов) в составе начальника направления, его заместителя и 5–10 офицеров-операторов. В ноябре 1941 г. под руководством Василевского была разработана специальная инструкция для начальников направлений Оперативного управления. Наряду с этим в Оперативном управлении по-прежнему оставались специальные отделы (авиации, противовоздушной обороны, связи) и, кроме того, были созданы новые отделы - оперативных перевозок, оргучетный и резервов.
В целях обеспечения эффективной деятельности отделов, управлений и в целом Генштаба был определен порядок его круглосуточной работы. Об этом Сталину докладывал еще Жуков в бытность его начальником Генштаба. Распорядок дня Генштаба, привязанный к регламенту Верховного Главнокомандующего, был определен приказами № 0095 и № 006 955 за подписью начальника Оперативного управления генерала Василевского. Этот распорядок был одобрен Сталиным и никогда не нарушался.