И только около семи часов утра 9 сентября Сталин разрешил командующему Юго-Западным фронтом отвести 5-ю армию и правый фланг 37-й армии на р. Десну на участке Брусилово, Воропаево с обязательным удержанием рубежа Воропаево, Тарасовичи и киевского плацдарма.
В полосе Западного фронта в окружение попали войска 22-й армии генерала Ф. А. Ершакова. После тяжелых боев ее остатки сумели к 3 сентября выйти из окружения. Не имело успеха и наступление войск 16-й армии генерала К. К. Рокоссовского, предпринятое в начале сентября.
В эти дни Сталина порадовал только командующий Резервным фронтом генерал армии Жуков. Войска 24-й армии этого фронта под командованием генерала К. И. Ракутина 30 августа приступили к проведению Ельнинской операции. В ходе ожесточенных боев они к утру 6 сентября освободили Ельню, а к исходу дня 8 сентября вышли к заблаговременно подготовленному противником оборонительному рубежу по рекам Устрой и Стряна. Ельнинская операция была одной из первых успешных наступательных операций войск Красной Армии в Великой Отечественной войне. За стойкость в обороне и решительность в наступлении, высокую дисциплину и массовый героизм, проявленные личным составом, 100, 127, 107 и 120-я стрелковые дивизии 24-й армии в числе первых получили почетное наименование гвардейских и соответственно новые названия: 1, 2, 5 и 6-я гвардейские стрелковые дивизии.
После завершения Ельнинской операции Сталин поручил Жукову немедленно выехать в Ленинград, где вступить в командование войсками Ленинградского фронта. 10 сентября Сталин, учитывая усталость войск, принял решение о переходе к обороне на Западном, Резервном и Брянском фронтах. Одновременно он потребовал любой ценой удерживать Киев. Маршал Буденный был освобожден от обязанностей главкома Юго-Западного направления и назначен командующим Резервным фронтом. Юго-Западное направление возглавил маршал Тимошенко, руководивший до этого Западным направлением. Генерал Конев, командовавший 19-й армией, по рекомендации Жукова был назначен командующим Западным фронтом.
Жесткая позиция Сталина в отношении обороны Киева стала одной из причин поражения войск Юго-Западного фронта. 12 сентября из района Кременчуга перешла в наступление 1-я танковая группа, нанося удары в северном направлении. Навстречу ей двигались дивизии 24-го моторизованного корпуса 2-й танковой группы. На северо-западе войска группы армий "Север" вынудили соединения 42-й армии оставить Красное Село и вышли на ближние подступы к Ленинграду. Сталин, получив сведения об этом, посчитал, что одной из причин неудач войск Красной Армии является недостаточная стойкость бойцов и командиров. Военным советам фронтов была направлена директива № 001 919, которая требовала в пятидневный срок создать в каждой стрелковой дивизии "заградительный отряд из надежных бойцов, численностью не более батальона (в расчете по 1 роте на стрелковый полк)", придав ему грузовики и несколько танков или бронемашин.
Сталин, полагая, что пройдет еще несколько дней и "Ленинград придется считать потерянным", 13 сентября направил военному совету Ленинградского фронта директиву № 001 931 об утверждении плана "мероприятий по уничтожению флота на случай вынужденного отвода из Ленинграда". Ответственность на подачу сигнала к выполнению плана была возложена на командующего Ленинградским фронтом.
Обстановка же на юго-западном направлении еще более осложнилась. 15 сентября противник в районе Лохвицы замкнул кольцо окружения войск Юго-Западного фронта. Около двенадцати часов ночи 17 сентября Сталин, наконец-то, разрешил оставить Киевский укрепрайон и Киев и отойти на восточный берег р. Днепр. Но время было упущено. По уточненным данным потери советских войск в Киевской оборонительной операции составили: безвозвратные - 616 304 человека, санитарные - 84 240 человек, 411 танков, 28 419 орудий и минометов, 343 самолета. Среди погибших были командующий Юго-Западным фронтом генерал-полковник М. П. Кирпонос, начальники штаба фронта генерал В. И. Тупиков и штаба 5-й армии генерал Д. С. Писаревский. В плен попал командующий 5-й армией генерал М. И. Потапов.
В результате неудачного исхода Киевской оборонительной операции противник продвинулся в глубь Украины на 600 км. Однако длительная и упорная оборона армий Юго-Западного фронта вынудила его снять значительные силы с московского направления, что задержало наступление на Москву.
Тяжелые бои развернулись на подступах к Ленинграду. 18 сентября войска группы армий "Север" генерал-фельдмаршала фон Лееба овладели г. Пушкином. Однако это был последний существенный успех врага. В тот же день командующему 4-й танковой группой было приказано вывести соединения из сражения для их переброски на московское направление. Это было явно поспешное решение. 25 сентября фон Лееб доложил главнокомандующему сухопутными войсками, что имеющимися силами он не в состоянии развивать наступление на Ленинград.
В конце сентября в Оперативном управлении состоялось очередное партийное собрание. С докладом на тему "Текущий момент и задачи коммунистов" выступил А. М. Василевский. В своем докладе он отметил:
- Товарищи, обстановка создалась архитяжелая, требующая от каждого отдачи всех сил, а может быть, и жизни. Дальше будет, возможно, еще труднее. Но падать духом не следует. Ленинград стойко держится, враг там не прошел. Это позволяет думать, что никаких новых фронтов севернее Москвы не возникнет и наши резервы, припасенные про черный день, останутся в сохранности.
Однако Генштаб, по признанию Василевского, не сумел точно предугадать замысла действий противника на западном стратегическом направлении. Еще 6 сентября Гитлер подписал директиву № 35, которая требовала от группы армий "Центр" в конце сентября перейти в наступление и "уничтожить противника, находящегося в районе восточнее Смоленска, посредством двойного окружения в общем направлении на Вязьму при наличии мощных танковых сил, сосредоточенных на флангах". После этого намечалось преследовать советские войска на московском направлении, примыкая правым флангом к р. Оке, а левым - к верхнему течению Волги. Группа армий "Юг" должна была выдвинуть подвижные соединения на северо-восток для прикрытия с юга главных сил группы армий "Центр", а обеспечение их с севера возлагалось на группу армий "Север".
Директива Гитлера легла в основу плана операции "Тайфун", разработанного штабом группы армий "Центр" и нашедшего отражение в приказе № 1620/41 фон Бока от 26 сентября. Согласно ему войска 2-й танковой группы должны были перейти в наступление 30 сентября и начать наступление в полосе 2-й танковой группы, а остальные силы группы армий "Центр" - 2 октября. "Эта разница во времени начала наступления была установлена по моей просьбе, - вспоминал генерал Гудериан, - ибо 2-я танковая группа не имела в районе своего предстоящего наступления ни одной дороги с твердым покрытием. Мне хотелось воспользоваться оставшимся коротким периодом хорошей погоды для того, чтобы до наступления дождливого времени по крайней мере достигнуть хорошей дороги у Орла и закрепить за собой дорогу Орел - Брянск, обеспечив тем самым себе надежный путь для снабжения".
За счет резервов и войск, снятых с других участков Восточного фронта, группа армий "Центр" была значительно усилена. Она насчитывала до 1800 тыс. человек, 14 тыс. орудий и минометов, 1,7 тыс. танков, на поддержку которых было выделено 1390 самолетов. Это составляло 42 % солдат и офицеров, 33 % орудий и минометов, 75 % танков, более 50 % авиации от общего количества сил вермахта на советско-германском фронте.
Войскам группы армий "Центр" противостояли Брянский, Резервный и Западный фронты, насчитывавшие около 1250 тыс. человек, 7,6 тыс. орудий и минометов, 990 танков и 667 самолетов. Противник имел преимущество по живой силе почти в 1,5 раза, по орудиям и минометам - в 1,8, по танкам - в 1,7 и по самолетам - в 2 раза. На направлениях главных ударов противника это превосходство было еще более существенным - в личном составе, артиллерии и танках в 5–8 раз. Большое количество военной техники советских частей и соединений было устаревших образцов, с недостаточно высокими боевыми возможностями. В ставке Гитлера были уверены в том, что "последнее, решающее сражение кампании", безусловно, будет выиграно. В свою очередь, Главнокомандование сухопутных войск полагало, что операция "Тайфун", а вместе с ней и вообще война на Востоке завершатся до середины ноября.
В 20-х числах сентября в Генштаб поступили разведданные о подготовке противником крупного наступления. По предложению начальника Генштаба и его заместителя Сталин 27 сентября принял решение о переходе войск Западного фронта к жесткой обороне, прикрывая в инженерном и огневом отношении направления на Ржев, Вязьму и стыки с соседними фронтами. И только в случае необходимости разрешалось проводить частные наступательные операции для улучшения своих оборонительных позиций. Таким образом, Генштаб правильно определил основные направления наступления противника и пытался принять превентивные меры. Однако из-за недостатка времени не удалось отработать план оборонительной операции на московском направлении, а также выполнить в полном объему инженерные работы на Ржевско-Вяземском и Можайском рубежах обороны.
30 сентября, как и планировалось, в наступление на орловском направлении перешла 2-я танковая группа. 2 октября в действие вступили основные силы группы армий "Центр". Войска Западного и Резервного фронтов, оказавшиеся на направлениях главных ударов противника, отходили с большими потерями, пытаясь контратаками сдержать его наступление. Вечером 3 октября командующий Брянским фронтом обратился к начальнику Генштаба с предложением отвести войска фронта на тыловой рубеж, но маршал Шапошников его категорически отклонил. И только в 18 часов 35 минут 5 октября Сталин разрешил генералу Еременко отвести 50-ю армию на вторую полосу обороны к западу от Брянска, 3-ю армию - на рубеж р. Десна, а 13-ю армию - на рубеж Кокаревка, Крупец, Дмитриев-Льговский. Через час Сталин принял решение об отводе войск Западного фронта на линию Осташков, Селижарово, Бекетово, Ераево, Хмелевка, станция Оленино, Большие Воробьи, Болычево и далее вдоль восточного берега р. Днепр до города Дорогобуж, Ведерники. На усиление фронта из Резервного фронта передавались 31-я и 32-я армии. Остальным армиям (24, 33 и 43-я) этого фронта приказывалось отойти на линию Ведерники, Хлысты, Митишкино, Шилово, Лазинки, Городечня, Ключи, Глагольня, Мосальск, Серпейск, Хлуднева, станция Шахта, Жиздра.
Для разбора причин катастрофы армий Западного, Резервного и Брянского фронтов в районах Вязьмы и Брянска была создана комиссия из представителей ГКО и Ставки ВГК, в том числе Василевского.
Сталин, напутствуя Василевского, сказал:
- Вам необходимо все войска, которые оторвались от противника и отходят с запада, срочно направить на Можайскую линию обороны. Организуйте там прочную оборону, чтобы не допустить прорыва врага. С этой целью делайте все, что сочтете нужным. Маршал Шапошников пошлет в ваше распоряжение группу работников Генштаба и две колонны автомашин, на которых вы будете отвозить войска на Можайский рубеж.
5 октября комиссия прибыла в штаб Западного фронта, который размещался восточнее Гжатска. Членов комиссии встречал командующий фронтом генерал И. С. Конев. Пока Василевский изучал обстановку, в штаб фронта прибыли две колонны грузовиков, которые возглавлял генерал-майор артиллерии Л. А. Говоров.
- Ваша задача, товарищ Говоров, - сказал Василевский, - принимать прибывающие сюда войска с фронта и из тыла, сажать их на машины и отправлять на Можайскую линию!
- Есть, товарищ Василевский! А если у бойцов нет оружия, что делать?
- Тех, у кого нет оружия, отправлять в Особый отдел! - сказал Молотов.
- Наверняка это паникеры, трусы или дезертиры, и надо с ними разобраться, - сурово добавил Ворошилов.
Василевский, не ожидавший такого поворота событий, был в растерянности. Указания Молотова и Ворошилова шли вразрез с той задачей, которую ставил Сталин. Надо было что-то предпринять. Решение созрело мгновенно.
- Данной мне властью как представитель Ставки и заместитель начальника Генштаба, - сказал Александр Михайлович, - приказываю вам, генерал Говоров, бойцов и командиров, у которых не окажется оружия, вооружать и отправлять на Можайский рубеж! Я понимаю, что среди бойцов могут быть и дезертиры, но мы должны им предоставить возможность кровью искупят свою вину!
- Вы много на себя берете, товарищ Василевский, - недовольно бросил Ворошилов. - Я немедленно доложу об этом товарищу Сталину!
Он подошел к столу, на котором стоял аппарат ВЧ, и попросил дежурного по связи соединить его с Верховным Главнокомандующим.
- Что у вас, Климент Ефремович? - отозвался Сталин.
Ворошилов изложил ему суть дела.
- Я считаю, что генерал Василевский превысил свои полномочия. Бойцов, сбежавших от танков врага и бросивших свое оружие, надо отдавать под трибунал! Судить как предавших Родину, а он приказал вооружить их!
- А кто будет оборонять Можайскую линию? - спросил Сталин. - Где Молотов? Дай ему трубку!
- Слушаю, товарищ Сталин! - сказал Молотов.
- Ты кто, заместитель Председателя ГКО или адъютант Ворошилова? - жестко спросил Сталин. - Почему позволяешь ему разводить базар? Василевский выполняет мой приказ, а Ворошилов на виду у всех устраивает ему разнос!
- Понял, товарищ Сталин, - тихо ответил Молотов.
Василевский, взглянув на генерала Говорова, отрывисто бросил:
- Действуйте, как вам приказано!
- Слушаюсь! - Говоров взял под козырек.
А. М. Василевский вспоминает, что комиссии вместе с командованием фронта за пять дней удалось направить на Можайскую линию из состава войск, отходивших с ржевского, сычевского и Вяземского направлений, до пяти стрелковых дивизий. О ходе работы и положении на фронте члены комиссии ежедневно докладывали по телефону Сталину.
В связи с ухудшением обстановки на западном направлении Сталин вызвал из Ленинграда в Москву генерала армии Жукова. Он поручил ему незамедлительно выехать в расположение войск Западного и Резервного фронтов, чтобы разобраться, что же там происходит. В соответствии с директивой Ставки ВГК от 6 октября главным рубежом сопротивления была определена Можайская линия обороны, которую предписывалось привести в полную боевую готовность. В состав Западного фронта выдвигались части и соединения из резерва Ставки ВГК, а также с Северо-Западного, Юго-Западного фронтов и из Московского военного округа. К 10 октября на Можайской линии обороны были развернуты 4 стрелковые дивизии, 6 военных училищ, 3 запасных стрелковых полка, 5 пулеметных батальонов, 7 танковых бригад, 10 артиллерийских полков и другие части. При этом фланги и стыки укрепленных районов оставались без прикрытия. Не удалось создать и оперативные резервы.
7 октября соединения 1-й танковой армии соединились в районе Осипенко с моторизованной дивизией 11-й армии, прорвавшейся через Мелитополь. В окружении оказались часть сил 9-й и 18-й армий Южного фронта. В тот же день 10-я танковая дивизия 4-й танковой группы соединилась в Вязьме с частями 3-й танковой группы. К этому району подошла и 2-я танковая армия. Под натиском противника войска Брянского фронта в ночь на 8 октября начали отход. На следующий день войска 2-й армии соединились со 2-й танковой армией северо-западнее Брянска. В результате они расчленили окруженную группировку войск Брянского фронта на две части: северную - в районе Брянск, Дятьково и южную - в районе Трубчевск, Суземка, Навля. Для их ликвидации были направлены почти все силы 2-й и 2-й танковой армий.
Сталин не был уверен в том, что удастся удержать Москву.