И все же это не сломило сразу дух сопротивления ливов. Они снова обратились за помощью к "полоцкому королю Владимиру". Епископ Альберт также отправил в Полоцк своих послов с целью оправдать насилия немцев и действия самого епископа на землях ливов. Но случилось так, что ранее прибывшие в Полоцк посланцы ливов разоблачили действительные намерения захватчиков. Полоцкий князь в мае 1206 года назначил общий совет ливов и латгалов у реки Огре, на который предложил явиться представителям рижского епископства, чтобы обсудить создавшееся положение. Так как представители немцев на этот совет не явились, его участники решили организовать поход против Саласпилса и Риги, чтобы изгнать захватчиков. Узнав от предателей об этом решении, немецкие рыцари немедленно напали на ливов в Доле и Саласпилсе, убили или захватили в плен представителей местной знати. Так как ливы из Турайды тоже участвовали в этом совете и постановили бороться с немцами, Альберт, пригласив на помощь земгалов, организовал военную экспедицию против Турайды. В задачу этой экспедиции входил, между прочим, и захват торгового пути по реке Гауя. Частью войска командовал изменник Каупо, который повел его против собственного замка, где укрылись его родственники и дружина. Замок был взят, разгромлен и сожжен, а гарнизон - перебит. Находившийся же неподалеку замок представителя местной знати Дабреля в Сатезеле защищался столь героически, что нападавшие вынуждены были отступить.
Узнав об этих событиях, полоцкий князь Владимир снова пришел со своим войском и осадил выстроенный немцами замок в Саласпилсе. Князь разослал гонцов и призвал к борьбе ливов и латгалов. Однако на помощь русским пришли только ливы из Турайды (Трейдена). Латгалы не явились. Осада Саласпилса, длившаяся десять дней, к успеху не привела. Кроме того, князю стало известно, что в устье Даугавы появились новые корабли крестоносцев. Пришлось прекратить осаду и вернуться в Полоцк, которому, в свою очередь, угрожала опасность литовского нападения. Угроза Полоцку со стороны литовцев крайне затрудняла дело оказания помощи ливам против иноземных захватчиков. Сопротивляться дальше ливы оказались больше не в силах и приняли католичество. Как уже отмечалось выше, в 1207 году епископ Альберт и Орден меченосцев поделили между собой захваченные земли ливов.
Используя далее трудное положение русского князя в борьбе с литовцами, епископ Альберт стал захватывать все новые и новые опорные пункты вдоль торгового пути по Даугаве. Как пишет историк, "беспощадно подавляя или истребляя латышское население и умело привлекая на свою сторону часть ливской знати, крестоносцы в короткий срок, несмотря на упорное сопротивление латышских и русских воинов, овладели главными опорными пунктами полоцкой власти в Нижнем Подвинье - крепостью Кокнес (1207), Селпилс (1208)" и захватили последний оплот русских в Ливонии - город Ерсику (выше на 20 км по течению Даугавы от впадения р. Дубна). Кокнесский князь Ветеске (Вячко) вынужден был подчиниться верховной власти Альберта и уступить ему половину своего замка и территории. Жившие по соседству с Вячко немецкие вассалы в провокационных целях завязали с ним спор. Весной 1208 года они напали на замок Кокнес и захватили в плен Вячко, обвиняя его в измене. Правда, некоторое время спустя, епископ восстановил князя в правах на владение. Но Вячко понимал, что положение безнадежно. Не будучи в силах продолжать борьбу, он отомстил немцам, сжег свой замок и ушел вместе с дружиной на русскую землю. Впоследствии он неоднократно храбро сражался против немцев на территории эстов. Посланная епископом карательная экспедиция нашла только руины сожженного замка. Совершая разбойные набеги на окрестности Кокнеса, рыцари истребили большую часть местного населения, селов и латгалов, не успевших скрыться в лесах. Вместо сожженного замка Вячко Альберт приказал выстроить новый, каменный, ставший для завоевателей одной из сильнейших опорных крепостей в Ливонии. Вскоре после этого войско епископа заняло Селпилсе - главный центр селов - соседей латгалов. Территория селов была предварительно разорена, а многие жители перебиты.
Касательно завоевания последнего укрепления русских в Ливонии - Ерсики следует сказать, что она была взята главным образом благодаря неожиданности немецкого нападения. Внезапным ударом войску епископа Альберта удалось с ходу занять и сжечь замок, а богатую добычу и множество пленников крестоносцы отправили в Ригу. Хроника Генриха Латвийского сообщает, что немцы увезли из Ерсики также церковные колокола и иконы, а это свидетельствует о том, что в данном случае дело шло не о борьбе с изменниками, а именно о грабеже народа, уже давно принявшего православие. Лишившись поддержки Полоцка, Всеволод, князь Ерсики, не мог более продолжать борьбу и вынужден был согласиться на мир, условия которого продиктовал епископ Альберт. Став вассалом епископа, князь отказался в его пользу и от части своей территории. Однако это не спасло Всеволода от жадности немецких завоевателей. Вскоре его владения урезаны были еще больше, а замок разграблен. Когда (приблизительно в 1230 году) Всеволод умер, вся территория Ерсики окончательно перешла в руки епископа и ордена.
После превращения Риги в основную базу немецко-католической агрессии епископ Альберт добился от папы римского специальной буллы, которая под страхом отлучения от церкви запрещала поездки купцов по реке Лиелупе и посещение ими гавани земгалов. Одновременно это запрещение было направлено против Полоцка и Смоленска, поскольку нижнее течение Даугавы, по которому шла торговля с островом Готландом (на Балтике) и Западной Европой, оказалось под контролем завоевателей. Дальнейшие усилия Альберта были направлены уже на прямой захват и блокирование древнерусских торговых путей по реке Гауе и через земли эстов, которые связывали Псков и Новгород с Балтийским морем. Этим епископ рассчитывал обеспечить за немецкими купцами монопольное положение в торговле с русскими городами.
Действия захватчиков активизировались в особенности после 1206 года. Немцам удалось укрепиться на севере от Турайды (Трейдена) и даже построить в Цесисе (Венден) замок Ордена меченосцев (около 1207 года), который стал опорным пунктом для подчинения земель Северной Латвии и Южной Эстонии. Пользуясь междоусобными раздорами, вспыхивавшими между Талавой и Угаунией (Южная Эстония), немцам удалось настроить латышей и эстов враждебно друг против друга. Созданный по инициативе немцев в 1208 году военный союз между латгалами Талавы, епископом Альбертом и Орденом меченосцев был направлен против эстов. Началась война, которая длилась почти четыре года. В результате ожесточенных набегов с обеих сторон были разорены как Талава, так и Южная Эстония. Наконец, в 1212 году вызванный войной голод и мор заставили обе стороны заключить мир. Как отмечают исследователи, "проиграли на этом, конечно, только латгалы и эсты, немцы же получили опорные пункты в Южной Эстонии, которые использовали для дальнейшего расширения агрессии".
После захвата немцами Ерсики земгалы и курши встали на путь более активной борьбы против крестоносных разбойников. Тем и другим теперь стало ясно, что рано или поздно очередь придет и за ними. Земгалы перестали оказывать военную помощь немцам, но особенно активно стали действовать против западных агрессоров курши (куроны), соплеменники ливов. Весной 1210 года, когда очередной отряд крестоносцев возвращался из Прибалтики в Германию, курши у Ирбе напали на немецкие корабли и нанесли рыцарям тяжелое поражение. Среди павших в этом бою было около 30 знатных рыцарей. Используя результаты своей победы, курши организовали большой поход против Риги. Они пригласили на помощь ливов, литовцев, земгалов, русских и эстов. Но поход этот, направленный на решительный разгром немцев, в конечном счете не увенчался успехом ввиду недостаточной согласованности действий союзников. На рассвете 12 июля 1210 года курши на кораблях появились у Дюнамюнде и двинулись на Ригу. Ситуация в городе сложилась настолько критическая, что к оружию были призваны даже женщины и дети. Куршам не удалось взять крепость первым ударом, а тем временем успели подойти немецкие подкрепления. Курши же, не дождавшись прихода своих союзников, ливов и латгалов, вынуждены были отступить от города. Каким опасным было тогда положение немцев-рижан, свидетельствует уже тот факт, что день отражения куршей (13 июля) немцы в Риге стали считать потом своим праздником.
Осенью 1212 года началось массовое восстание ливов и латгалов в Аутине близ Цесиса. Непосредственной причиной восстания были притеснения местных жителей немецкими захватчиками. Угрожая оружием, рыцари отобрали у них поля и борти, а за сопротивление многих убивали. Чтобы совместно обсудить план действий против поработителей, представители ливов и латгалов устроили общий совет, который шел два дня. Заключив между собой союз, они принесли взаимную клятву об изгнании всех захватчиков. Центром восстания стал замок ливов Сатезеле в Сигулде, который немцы не могли взять еще в 1206 году, именно оттуда теперь раздался призыв к восстанию против крестоносцев. Но и на этот раз рыцари опередили ливов. Предупредив действия повстанцев, они успели разрушить ливские замки в Лиелварде, Турайде и Саласпилсе. Более успешным было выступление ливов в Сатезеле, где они действовали совместно со своими соседями латгалами. Понятно, что силы их оказались слишком недостаточными, чтобы победить организованное рыцарство. На Сатезеле были брошены все войска епископа и ордена. Вдохновляемые призывом к борьбе против иноземного ига, защитники замка долгое время оказывали сопротивление превосходившим их силам. Только значительный опыт осады замков и применение специальных осадных приспособлений, позаимствованных крестоносцами у арабского Востока, позволили немцам задушить это восстание. В наказание на ливов была возложена контрибуция, которую требовалось уплатить серебром, и дань в повышенном размере. Союзники ливов - латгалы в Аутине - получили обратно свои борти, но потеряли отобранные у них рыцарями поля.
Два года спустя крестоносцам уже полностью удалось захватить в свои руки всю Талаву, куда немецкие миссионеры начали проникать еще с 1208 года. Делу католической проповеди благоприятствовало то обстоятельство, что псковский князь Владимир, связанный узами родства с епископом Альбертом, на первых порах открыто не выступал против их деятельности. Но уже через несколько лет князю стало ясно, что проповедники католической церкви фактически выступают в роли политических агентов западных завоевателей. Осуществляя свои коварные замыслы, они добились не только отпадения Талавы от православия, но и разрыва ее вассальных отношений с Псковом. В 1214 г. сыновья латышского князька Таливалда официально перешли из православия в католичество и стали вассалами рижского епископа. Жители Талавы в знак признания верховной власти рижского епископа должны были платить ему пуру зерна с каждого участка земли, обрабатываемого двумя лошадьми. За это рижский епископ обязался защищать Талаву от литовцев и эстов. Однако, подчеркивают исследователи, реально "декларация "о защите Талавы" лишь прикрывала переход этой территории под полное владычество крестоносцев".
После подчинения Талавы епископ Альберт организовал поход в земли эстов. В этом походе должны были участвовать и крещенные в католичество ливы и латгалы. Ранней весной 1211 года крестоносцы вторглись и жестоко опустошили эстонскую землю Сакала. Был осажден замок Вильянди. Однако первая попытка немцев прорваться в крепость была отбита, в руках эстов осталось много немецкого вооружения. Чтобы вынудить их к сдаче, захватчики стали на глазах у осажденных истязать и убивать пленных, захваченных при опустошении окрестной местности. Но это не сломило волю осажденных к сопротивлению. Они сражались с большой отвагой и умением, отбивали в кровопролитных схватках все атаки, заделывали бреши в стенах крепости и тушили пожары. Лишь на шестой день осады, когда в крепости насчитывалось уже много раненых и иссякли запасы воды, осажденные согласились на мирные переговоры. В крепость были впущены только священники.
Героическая оборона Вильянди показала захватчикам силу сакаласцев и одновременно подняла на борьбу других эстов. Рижские немецкие купцы были так напуганы, что весной не предприняли своих обычных торговых поездок. Сакаласцы вскоре отказались признать навязанный им мир. Когда орден вместе с Каупо совершил после этого разбойничий набег на землю сакаласцев, последние под предводительством своих старейшин Лембиту и Мээме нанесли рыцарям серьезный ответный удар. Ополчение эстонцев из Уганди и Ляэнемаа также перешло в наступление. "Одно войско следовало за другим; одни уходили, другие приходили, не давая ливам покоя ни днем, ни ночью" - повествует Хроника Генриха Латвийского.
Весной 1215 года последовал еще один сильный удар по захватчикам со стороны эстов. Жители эстонского острова Сааремаа (Эзель) на Балтике, подойдя на своих кораблях к устью Даугавы, заперли его и атаковали Ригу. Немцев спасло лишь то, что как раз в это время на двух больших кораблях подошли свежие силы крестоносцев, и сааремаасцы вынуждены были уйти в море. Так что, невзирая на эту упорную борьбу, крестоносным захватчикам удалось все же в 1215–1216 годах подчинить своей власти эстов Уганди, Сакала и Соонтага. Однако, подчеркивают исследователи, "нигде на эстонской земле враг не чувствовал себя в безопасности". И новые вторжения войск епископа и ордена на земли эстов не могли заставить их смириться. Например, зимой 1216 года немцы через замерзшие проливы впервые вторглись на остров Сааремаа. Убивая людей, опустошая деревни, они подошли к одному из городищ и осадили его, но сааремаасцы разбили их войско. Опасаясь преследования со стороны местного ополчения, рыцари убегали по льду так поспешно, что многие, обессилев от стремительного бега, валились замертво.
Одновременно эсты обратились за помощью к русскому князю Владимиру Полоцкому. Как передает хронист Генрих Латвийский, прибывшие специальные послы эстов просили "полоцкого короля Владимира", чтобы он "с многочисленным войском пришел осаждать Ригу, а сами обещали в это время теснить войной (подчиненных рыцарями) ливов и латгалов, а также (с помощью жителей Сааремаа) запереть гавань Даугаврие". Полоцкий князь отозвался на эту просьбу о совместной борьбе против немцев. Был разработан широкий план общего контрнаступления русских и эстов, согласно которому Владимир со своими войсками намеревался осадить главный опорный пункт немцев Ригу, а сааремаасцы в то же время должны были запереть устье Даугавы. Предполагалось также, что эсты материковых земель начнут одновременно наступление с севера с тем, чтобы помешать ордену прийти на помощь Риге. Полоцкий князь собрал большое войско из русских и литовцев. Но как раз в тот момент, когда Владимир во главе своего войска уже собирался взойти на корабль, чтобы двинуться на Ригу, его неожиданно постигла смерть. Хорошо продуманный план совместных действий против немецких захватчиков, таким образом, расстроился. Собранные войска вынуждены были разойтись. Возможно лишь, что с намеченным, но несостоявшимся контрнаступлением был связан только упоминаемый в Псковской летописи поход новгородцев на Ригу в том же 1216 году.
Вместе с тем в ставке рижского епископа через лазутчиков военный план русских и эстов стал известен. Немцы особенно опасались закрытия выхода к морю, так как в этом случае они оказались бы отрезанными от своих исходных баз. Выше отмечалось, что всего годом ранее, сааремаасцы, блокировав устье Даугавы, уже показали себя искусными воинами. Чтобы не очутиться еще раз в подобной ситуации, немцы поставили в устье реки превращенное в плавучую крепость сторожевое судно с многочисленным и хорошо вооруженным экипажем. Когда сааремаасцы узнали об этих приготовлениях, а также о смерти полоцкого князя Владимира, они отказались от похода против Риги и вместо этого двинулись по реке Салатси в район озера Буртниеки.
А к крестоносцам продолжали прибывать все новые пополнения, что давало им возможность шаг за шагом продвигаться вперед. Летом 1216 года их войска опустошили и разорили земли Харьюмаа и Рявала. В начале 1217 года они проделали то же самое в Ярвамаа и Вирумаа. Земля повсеместно опустошалась и выжигалась дотла. Мужчин убивали, женщин и детей уводили в рабство. Хотя отдельные небольшие отряды эстов и пытались наносить врагу ответные удары, но в целом эти попытки сопротивления оказывались безуспешными, так как сил у эстов было мало, и действовали они несогласованно.