С 3 сентября АВФ перешла в подчинение командующего Южного фронта и на следующий день получила приказ о высадке в районе Мариуполя. После ряда изменений план операции принял следующий вид: 1-й отряд (два охотника, 157 человек из 384-го батальона, командир – лейтенант К. Ф. Ольшанский) высаживался западнее поселка Ялта и перереза́л дорогу Мариуполь – Мангуш. 2-й отряд (два бронекатера и два катера-тральщика, 160 человек из 384-го батальона) высаживался в Мелекино (юго-западнее Мариуполя), перереза́л дорогу на Белосарайскую косу и затем атаковал мариупольский порт. 3-й отряд (два бронекатера, два сейнера, 120 человек от 44-й армии) высаживался в районе Песчаный (северо-восточнее 2-го отряда) и содействовал 2-му отряду в овладении портом, а армии – городом. 1-й отряд высадился по плану под слабым ружейно-пулеметным огнем, остальные отряды из-за начавшегося шторма высадку не произвели. На берегу десант уничтожил один из румынских дозоров и дошел до Мангуша. Но затем он был окружен поднятыми по тревоге разношерстными подразделениями (морскими артиллеристами, флотской охранной ротой, санитарной ротой), разбился на части, которые пытались пробиться на соединение с наступающими частями. Это удалось только 11 сентября, из окружения вышли 110 человек из 157. Все это время десантники создавали неразбериху во вражеском тылу. Но поставленная задача не могла быть выполнена, так как наступление 44-й армии отклонилось от графика.
9 сентября командующий 44-й армии потребовал высадить в ближайшую ночь оставшиеся отряды. Для поддержки десантников в светлое время выделялись "Илы" 23-го шап в сопровождении истребителей 8-й воздушной армии. Высадка у Мелекино (233 бойца 384-го батальона, капитан-лейтенант В. Э. Немченко) прошла без противодействия. 2-й отряд при подходе к берегу был освещен прожектором и отказался от высадки. При продвижении десанта вглубь катера 1-го отряда до рассвета подавляли огневые точки. Отряд прикрытия (два бронекатера, артиллерийский катер) провел безрезультатный бой со случайно встреченным немецким отрядом (три БДБ и катер-тральщик). На рассвете катера пытались войти в мариупольский порт, но были встречены сильным огнем и отошли. На берегу десант занял Мелекино и Песчаное, уничтожил мелкие подразделения и два тяжелых орудия и начал наступать в направлении порта, но затем был атакован превосходящими силами и оттеснен в близлежащую балку. Отряд сохранял радиосвязь с катерами, благодаря чему мог вызывать артподдержку с моря, а через флагманский КП флотилии – и авиацию. Семь Ил-2 23-го шап вылетали по заявке, цель (батареи у Мелекино) не обнаружили, но сделали четыре захода по скоплению войск в районе Песчаного – по донесению, с большим успехом. Десантники сумели продолжить наступление и к полудню занять порт. Затем они взяли вокзал, но под давлением превосходящих сил вновь отошли к порту, где стойко отражали контратаки (в немецких документах есть несколько сообщений о том, что десант находится на грани уничтожения). Вечером к порту пробились части 44-й армии и соединились с десантом. Видимо, это единственный десант АВФ до Керченской операции, оказавший реальное влияние на оперативную обстановку.
На рассвете 17 сентября были высажены три десантных отряда в районе Осипенко (Бердянска). Но поскольку противник к этому времени отступил, десантники без сопротивления вступили в город вместе с передовыми частями 28-й армии. 19 сентября АВФ снова перешла в оперативное подчинение Северо-Кавказского фронта и начала подготовку к десанту в Темрюк. Одновременно планировалась высадка силами Черноморского флота в районе Благовещенской. С помощью этих десантов командование фронта в очередной раз пыталось переломить ситуацию и сорвать планомерный отход 17-й армии. Сроки высадки переносились, оба десанта состоялись лишь в ночь на 25 сентября. По плану, основные силы (1200 человек 545-го стрелкового полка) высаживались на пляж у Голубицкой, перерезали дорогу из Темрюка на восток и не допускали отхода по ней противника. Вспомогательный десант (220 человек 369-го батальона морской пехоты) высаживался в районе Чайкино и захватывал порт Темрюк. Район высадки с запада прикрывали два артиллерийских катера, поддержку оказывали бронекатера и малые охотники из десантных отрядов. С рассвета район высадки прикрывали истребители 4-й воздушной армии, поддерживал 23-й шап. Для развития успеха планировалось высадить 2-й эшелон. Предварительным выходом двух бронекатеров в ночь на 23 сентября установили, что морских дозоров у Темрюка уже нет. При обстреле берега катера попали под ответный артогонь. Выход вечером 23 сентября был прерван из-за непогоды и состоялся через сутки, из-за повреждений катеров состав отрядов пришлось пересмотреть. Всего с десантом вышли два малых охотника, 10 бронекатеров и шесть катеров-тральщиков. Высадка проходила при сильнейшем противодействии противника, погиб один катер-тральщик. Здесь бронекатера показали себя с лучшей стороны, выдерживая дуэли с огневыми точками на небольших дистанциях. Всего удалось высадить 738 человек. Погибли оба командира отрядов – командир 545-го полка подполковник А. Е. Попович и командир 369-го батальона майор М. А. Рудь. Десант у Голубицкой смог перерезать дорогу, но затем сам был отрезан от берега и потерял связь с катерами поддержки и штабом высадки. Десант у Чайкино занял часть поселка, но затем был выбит и рассеялся в плавнях. За день 4-я воздушная армия сделала 138 самолето-вылетов на поддержку десанта. 23-й шап за три дня сделал 41 самолето-вылет с той же целью, потеряв четыре Ил-2. Все это не могло исправить ситуацию на земле. Попытки 26–27 сентября связаться с десантом и высадить 2-й эшелон не принесли успеха, при этом погиб еще один катер-тральщик. 27 сентября Темрюк заняли армейские части. В этот и следующий день остатки десанта соединились с ними. Из 200 бойцов 369-го батальона осталось 17 человек, тяжелейшие потери понес и 545-й полк. Свои задачи десант не выполнил, помехи отходу немецких войск создать не удалось. Сам замысел десанта был неудачен, так как высадка производилась малыми силами в район с высокой плотностью войск, сохранявших нормальную боеспособность. Все частные недостатки плана и действий десанта на берегу уже не играли особой роли.
26 сентября флотилия снова перешла в подчинение Южного фронта и передислоцировалась в Осипенко, где готовилась к десанту в район Геническа. Однако эта операция так и не состоялась. АВФ 18 октября опять перешла в подчинение СКФ и начала перебазирование в Темрюк. Такие большие переходы в условиях осенних штормов плохо сказались на техническом состоянии флотилии накануне Керченско-Эльтигенской операции.
Немецкий флот до последнего момента сохранял крупный отряд в Геническе по требованию сухопутного командования для прикрытия и артподдержки фланга 6-й армии с моря. При отходе армии из города этот отряд не смог уйти в Керченский пролив из-за начавшегося шторма, и был подорван и затоплен в порту утром 29 октября – пять артлихтеров, четыре БДБ, семь катеров ОХР и 16 саперных моторных катеров. К тому моменту это были самые тяжелые единовременные потери немецкого флота на Черном море, что вызвало некое подобие шока в штабе АЧМ. Последствия сказались чуть позже. Адмирал Черного моря побоялся держать большие силы в Керчи, опасаясь, что их постигнет та же судьба. В результате немецкий флот в первые дни ноября не смог помешать высадке на Еникальский полуостров, упустив момент.
В целом в кампанию 1943 года АВФ высадками мелких групп и обстрелами заставила противника усиливать охрану побережья, успешно отразила набеги на свои базы и высадила ряд десантов, один из которых оказал действенную помощь армии в освобождении Мариуполя. Малоуспешными оказались действия на коммуникациях. Флотилия до октября потеряла семь боевых катеров (четыре в морских боях, два при налете на порт и один на мине), еще два бронекатера погибли на минах у Темрюка в октябре. Кроме того, погибло несколько мобилизованных судов.
Немецкому флоту удалось решить главную из своих задач – весь период планомерно и с несущественными потерями производить морские перевозки. Правда, для этого потребовалось отвлечь с Черного моря относительно крупные силы. В последний период флот не смог ни предотвратить, ни создать помехи серии десантов во фланги армии.
За весь год немцы не имели ни одной боевой потери в море катеров и барж специальной постройки. Всего же до затопления отряда в Геническе они потеряли от воздействия противника не менее 25 мелких единиц, в основном при налетах на порты самолетов воздушных армий, Черноморского флота и АДД. Еще несколько единиц погибли по не боевым причинам.
Действия флотов в период проведения Новороссийско-Таманской наступательной операции
Новороссийская десантная операция
После победы под Курском и отхода немцев за Днепр сложилась благоприятная обстановка для освобождения Таманского полуострова. В августе Ставка дала указание командующему Северо-Кавказским фронтом подготовить операцию с целью разгрома таманской группировки и недопущения ее отхода в Крым. Учитывая, что неоднократные попытки прорвать фронт в апреле – августе не дали нужного результата, в очередной раз было принято решение обойти противника с фланга высадкой десанта. Рассматривались разные варианты мест высадки – от Анапы до Южной Озерейки. Командование ЧФ, учитывая нехватку плавсредств для дальней высадки, предложило высадку прямо в Новороссийский порт. 26 августа Ставкой был утвержден план Новороссийско-Таманской операции СКФ. На первом ее этапе предусматривались удары 18-й армии на Новороссийск вдоль восточного берега Цемесской бухты (Восточная группа войск) и с Малой Земли (Западная группа войск), а предварял их десант в порт. Высадка проводилась тремя отрядами общей численностью 6481 человек при 20 76-мм и 21 45-мм орудиях, 147 минометах, 162 ПТР и 337 пулеметах.
1-й десантный отряд – 255-я бригада (полковник А. С. Потапов) – высаживался 1-м отрядом высадки (капитан-лейтенант П. И. Державин; 12 малых охотников, пять катеров "КМ", пять катеров-тральщиков, пять речных катеров, 16 десантных ботов, 11 моторных и 12 гребных баркасов) по обе стороны западного мола недалеко от линии фронта Восточной группы войск и содействовал прорыву этой группы в Новороссийск с юга.
2-й десантный отряд – 383-й отдельный батальон морской пехоты (капитан-лейтенант В. А. Ботылев) и 290-й полк НКВД (подполковник И. В. Пискарев) – высаживался 2-м отрядом высадки (капитан-лейтенант Д. А. Глухов; семь малых охотников, пять десантных ботов, шесть моторных баркасов) в северной части порта, захватывал вокзал и наступал на Мефодиевский, рассекая таким образом новороссийский узел обороны пополам и облегчая его захват главными силами.
В ночь на 30 августа во внутренней гавани Новороссийска был захвачен советский лейтенант-разведчик. Он показал на допросе, что готовится наступление на Новороссийск с двух сторон с высадкой десантов у Озерейки и в порт, а также выброска 2 тыс. парашютистов в районе Владимировка – Гайдук. Таким образом, было утрачено одно из основных преимуществ плана высадки в порт – оперативная внезапность. К этим данным отнеслись серьезно, и во все указанные места были переброшены резервы, в том числе оборона порта была усилена одним батальоном пехоты, а также отрядом из портовой команды Анапы с зенитными автоматами и пулеметами. Коменданту порта в случае высадки в оперативное подчинение переходила 170-мм батарея с двумя самолетами-корректировщиками. 1–5 сентября в гавани были выставлены 32 донные мины LMB (еще 20 TMB были выставлены ранее, 7 апреля). Это должно было стать серьезным препятствием для десанта, но что-то пошло не так. До окончания операции на этих минах не было ни одного подрыва, хотя заграждение многократно пересекалось в разных направлениях, разными катерами и на разной скорости.