Летом 1941 г. И. Климов-"Легенда", бывший с 1940 г. проводником ОУН-Б на ЗУЗ, в соответствии с решением Краевого провода ОУН, стал "начальным командантом Украинской национальной революционной армии" (УНРА). УНРА рассматривалась руководством ОУН как основа будущей армии Украинского государства. Но создание армии для украинских националистов одновременно подразумевало и уничтожение "пятой колонны", в том числе из числа национальных меньшинств, которые будут нелояльны украинскому государству. Поэтому И. Климов требовал составлять "списки поляков, евреев, специалистов, офицеров, проводников и всего вражески настроенного против Украины и Германии элемента". Очевидно, что для представителей бандеровского течения в ОУН поляки и евреи коллективно рассматривались как нелояльные националистам группы, поэтому они заносились в "черный список", членов которого при надобности можно было уничтожить. Вероятно, подобные списки могли пригодиться СБ ОУН, которая с началом войны приступила к уничтожению отдельных коммунистов, "групп НКВДистов, комсомольцев и прочих людей, закреплявших московскую власть на украинских землях". В этом члены СБ действовали как гитлеровцы, уничтожая в первую очередь коммунистов, членов НКВД, комсомольцев. Причем уничтожение сотрудников НКВД носило согласно отчету поголовный характер. ОУН уничтожало тех людей, которые могли стать опорой сопротивления ее власти. В отношении поляков СБ уничтожало только политически активное польское население. В этот период СБ ОУН не уничтожало людей за их национальность. И. Климов рассматривал любые неподконтрольные ему украинские или инонациональный военные группы на территории Украины как банды и, в случае отказа сложить оружие, угрожал им расправой.
Примечательно, что все эти преступные действия по уничтожению "пятой колонны" должны были совершаться от имени украинского народа, поскольку ОУН в определении нации исходила из идеи суверенитета народа – "единственным сувереном на украинской земле является украинский народ и его выразитель – Провод украинских националистов с Бандерой во главе", – писал глава УНРА И. Климов.
По мере того, как немцы овладевали всей полнотой власти на оккупированной территории, самостоятельная деятельность националистов становилась им в тягость. Поэтому к осени, созданные и создаваемые украинские зародыши украинской армии – "Сичи" были распущены. Планы Климова о создании мощной украинской армии потерпели неудачу. После этого он перешел на активные антинемецкие позиции и стал ярым сторонником начала вооруженной борьбы с Германией.
Вслед за арестами членов УДП немцы начали репрессии и по отношению к ОУН в целом. С 18 сентября 1941 г. Германия начала разоружение украинской народной милиции. 25 ноября 1941 г. вышла секретная директива немецкой полиции, заявлявшая о целесообразности уничтожения членов ОУН-Б под видом борьбы с грабителями.
Репрессии в отношении членов ОУН со стороны Германии продолжались и в 1942 г. В феврале 1942 г. в Бабьем Яре были расстреляны видные мельниковские деятели О. Телига, И. Рогач и др. В июле 1942 года немцами при попытке бежать от гестаповцев в Киеве был убит Д. Мирон-"Орлик". Он был проводником ОУН-Б в центральной и Восточной Украине. 4 декабря 1942 г. были арестованы СД Я. Старух – "Синий" и Климов-"Легенда". Последний вскоре погиб в заключении от пыток. Для освобождения арестованных лидеров ОУН СБ устраивала спецоперации по их освобождению из тюрем. Так был освобожден Я. Старух. В сентябре 1942 г. в Киеве, помимо прочего, был арестован мельниковец, начальник охранной полиции. Но систематические репрессии против мельниковцев в целом еще не начались.
Некоторые исследователи переоценивают значение ареста УДП Стецько, рассматривая это событие чуть ли не как начало противостояния ОУН и немецкой власти на Украине, проявление оппозиционности ОУН в отношении Германии. Однако летом еще ни о какой оппозиционности ОУН, по крайней мере официальной, не могло быть и речи. Несмотря на начавшиеся аресты руководства ОУН, украинские националисты призывали украинский народ поддерживать Германию. Например, в конце августа 1941 г. в органе Управы повета Косова в заметке "Организация украинских националистов и ее ближайшие задачи", написанной от имени ОУН, читаем следующие: "В нашей работе всегда помним про помощь немецкой Армии и ее Вождя Адольфа Гитлера в освобождении украинского народа". Что-что, а подобный пассаж трудно оценить как проявление какой-либо оппозиционности. Противоречие между ОУН и немецкой администрацией заключалось в том, что последняя ни в каком виде не признавала независимости Украины, ее государственности. Однако до осени 1941 г. деятельность ОУН носила еще легальный характер.
Осенью 1941 г. ситуация стала меняться. В конце сентября – начале октября 1941 г. Н. Лебедем, который после ареста С. Бандеры замещал его в качестве главы Провода ОУН-Б, была организована І Конференция ОУН (Б). На ней обсуждалась ситуация, сложившаяся после непризнания немцами провозглашения Независимой Украины, ареста УДП и начала антионуновских репрессий. В виду успехов немецкой армии было принято решение не проводить антинемецкую пропаганду, а вместо этого уйти в подполье. В то же время надлежало использовать немецкие административные возможности, вступать в администрации, вспомогательную полицию, местную полицию, шуцманшафты, направляющиеся в восточные регионы Украины. В одном из циркуляров ОУН членам организации предписывалось, чтобы от каждой станицы записывалось в полицию не менее 10 человек.
Тут вполне закономерно возникает вопрос: если организационно руководство ОУН приняло решение направить людей в структуру, виновную в уничтожении десятков тысяч людей (пускай даже тогда ОУН не знала о том, сколь ужасной будет немецкая политика уничтожения, она ничего не сделала, чтобы отозвать своих членов из полиции во время проведения операций против евреев в 1941-1942 гг., но организованно отозвала своих членов в 1943 г.), то руководство ОУН и сама организация несет прямую ответственность за уничтожение евреев украинской вспомогательной полицией.
К осени 1941 г. ОУН вновь понесла организационные потери. Летом-осенью 1941 г. от ОУН откололась группа членов – И. Митринга, Б. Левицкий, М. Турчманович, Р. Паладийчук, В. Ривак и некоторые другие. По свидетельству Т. Бульбы-Боровца, тесно взаимодействовавшего в "Полесской Сечи" с И. Митрингой (он был неофициальным редактором его газеты "Гайдамак"), И. Митринга отстаивал идею революционно-демократической организации. Он полагал, что немцы, равно как и большевики, являются врагами Украины, и поэтому украинский народ настроен против немцев и против них необходимо вести идеологическую борьбу. Идеология ОУН, по мнению И. Митринги, не имела никаких шансов на успех в Советской Украине.
В Киеве в начале 1942 г. бандеровцы на низовом уровне сотрудничали с мельниковцами и имели определенное влияние в украинской полиции Киева, которой руководили мельниковцы. Отношение ОУН к самой полиции (по крайней мере официально) изменилось. В начале 1942 г. ОУН под страхом исключения из организации запрещала своим людям вступать в полицию.
В начале 1942 г., несмотря на арест некоторых членов организации, ОУН-Б официально еще не выступала против немцев. Отчасти это объяснялось позицией главы ОУН С. Бандеры. В начале 1942 г. Е. Стахов получил письмо от Бандеры для Лебедя. В нем Бандера призывал не предпринимать никаких акций против немцев. В этот период бандеровцы еще не перешли на антинемецкие позиции, хотя уже пребывали преимущественно на нелегальном или полулегальном положении в подполье.
Иногда в Галичине местное население само организовывало мелкие боевки для сопротивления немецким оккупантам. Показателен в связи с этим пример И. Н. Ткачука. Весной 1942 г. он создал небольшой отряд из 7 человек для защиты населения. Однако после "разговора" с Ровенским проводником ОУН "Черным" группа Ткачука распалась, так как "Черный" выразил недовольство ее "бандитской" деятельностью против немцев. Сам Ткачук присоединился к ОУН.
Весной 1942 г. состоялась ІІ Конференция ОУН-Б. В ней принимали участие Н. Лебедь, Д. Мирон, И Климов, В. Кук, Я. Старух – "Синий", З. Матла – "Днипровый", Турчманович – "Кречет", Майивский – "Косар", М. Степаняк, Д. Клячкивский – "Билаш". И. Климов был обвинен в том, что из-за личных амбиций вел раскольническую деятельность, и был снят с должности проводника ЗУЗ (Галичины). Его место занял М. Степаняк. И. Климова понизили до офицера по специальным поручениям войскового референта ЗУЗ. Д. Клячкивский стал проводником ПЗУЗ (Пiвнiчно-захiдних українських земель – Северо-Западных украинских земель, то есть Волыни и Полесья), В. Кук – проводником ПСУЗ (Пiвденно-схiдних українських земель – юго-Восточных украинских земель). Д. Майивский стал референтом пропаганды, Д. Грицай – войсковым референтом, М. Арсенич – главой СБ ОУН, Роман Кравчук – организационным референтом, М. Прокоп и З. Матла стали членами Провода. Всем этим людям вскоре предстоит играть важную роль в политике или пропаганде ОУН. На конференции были приняты политические постановления, которые провозглашали политические приоритеты ОУН.
Во вступлении к политическим постановлениям Конференции ОУН заявляла о себе как об организации, продолжающей борьбу за Украину, "которую проводили в Украине СВУ, Хвылёвисты, УВО". ОУН провозглашала, что в своей борьбе стоит на платформе акта 30 июня. В это время ОУН еще выступала против "партизанщины", выдвигая вместо нее лозунг национальной революции. Советский Союз рассматривался главным врагом: "мы считаем нашим главным фронтом – фронт борьбы с московским империализмом, под какой маской он бы не выступал (белогвардейщины, керенщины, большевизма и славянофильства или им подобных". Здесь же мы находим знакомый лозунг о создании государств в рамках этнографических территорий в качестве основополагающего принципа построения государств Восточной Европы. В пункте "д" читаем: "московско-большевицкой концепции – интернационализму и немецкой концепции так называемой "Новой Европы" мы противопоставляем международную концепцию справедливой национально – политически-хозяйственной перестройки Европы на основе свободных национальных государств под лозунгом – "свобода народам и человеку"".