Экипажи 47-го ограп занимались не только боевой подготовкой, отработкой различных упражнений и совершенствованием летной выучки, но и решением общегосударственных задач. В частности, засушливым летом 1972 года, когда несколько крупных областей европейской части СССР охватили лесные пожары, командование провело операцию "Лес". В те дни 1-я авиационная эскадрилья (аэ) осуществляла разведку лесных массивов, дислоцируясь на аэродроме Шаталово, а 2-я аэ действовала с аэродрома Дягилево (Рязань).
Вслед за 47-м ограп Як-27Р стали осваивать 98-й орап (аэродром Шаталово, Смоленская область), 48-й Еижегородский ордена Суворова III степени ограп (аэродром Коломые, Прикарпатский военный округ), 164-й отдельный гвардейский Керченский орап (дислоцировался в польском г. Бжег, Северная группа войск), 193-й ограп и 511-й орап (аэродром Буялык, Одесский военный округ). Як-27Р входили в состав Группы советских войск в Германии (аэродром Вернойхен).
В ноябре 1960 года были подведены первые итоги эксплуатации Як-27Р в строевых частях, продемонстрировавшие достаточную надежность самолета. Налет на отказ к тому времени довели до 14,5 часа, но это не значило, что полет следовало прекратить сразу после обнаружения неисправности. Отсутствовали тяжелые летные происшествия. Во всяком случае, летный и технический состав строевых частей давал хорошую оценку машине.
Летчики отмечали, что самолет в полете устойчив, прост в управлении и его взлет и посадка сложности не вызывают, а техники отмечали удобство в обслуживании.
Качество фотоснимков местности, сделанных с высот от 500 метров и во всем диапазоне скоростей до практического потолка, как правило, нареканий не вызывало. В то же время командование строевых частей высказывало пожелания установить на серийные самолеты, имевшие ночное оборудование, аэрофотокамеры для съемки с более низких высот, радиолокационный прицел и увеличить дальность полета. Все эти вопросы постоянно находились на контроле специалистов ОКБ-115, устанавливалось, как вы уже знаете, новое оборудование, но до серийного производства удалось довести лишь вариант с увеличенной дальностью полета.
Главными причинами, тормозившими расширение состава разведывательного оборудования, были его большие вес и габариты и низкая надежность.
511-й полк, дислоцировавшийся на аэродроме Буялык, потерял первый Як-27Р в 1960 году. При заходе на посадку отказал правый двигатель, и летчик ушел на второй круг с выпущенным шасси. В итоге самолет потерял скорость, свалился на крыло и упал вне аэродрома, но экипаж остался жив.
Первого августа 1965 года первый Як-27Р потерял 48-й ограп. На самолете, пилотируемом старшим лейтенантом А. Б. Гнилицким, не выключился форсаж одного из двигателей. Парировать возникший разворачивающий момент не удалось, и экипаж покинул машину. Спастись удалось лишь штурману старшему лейтенанту Белянкину.