В ходе проектирования рассматривалось несколько компоновок машины, включая однокилевой вариант с лобовым воздухозаборником.
В марте 1979 года заказчик ознакомился с макетом и эскизным проектом перспективного СВВП, одновременно ему предъявили и альтернативный вариант самолета с комбинированной силовой установкой и расширенной номенклатурой вооружения. Военные выбрали последний вариант машины, получивший обозначение Як-41М.