По привозе Аввакума в Москву церковные власти попытались было склонить и его путем увещаний к примирению с церковью, но эта попытка не имела никаких результатов, и вслед за тем протопоп был отвезен в Пафнутьев монастырь, верст за 90 от столицы, и отдан там под начало. Время от времени сюда приезжали от собора духовные лица уговаривать Аввакума смириться и принести покаяние в своих заблуждениях. Но даже среди самих этих увещевателей находились порою люди, втайне разделявшие его взгляды и видевшие в нем мученика за истину, подражать которому они сами отказывались лишь по недостатку нравственной силы. Присланный от собора к Аввакуму ярославский диакон Козма перед людьми уговаривал его покориться, а наедине увещевал мужественно стоять за свои убеждения. "Протопоп! – говорил он в этих тайных беседах,– не отступай ты от старого того благочестия! Велик ты будешь у Христа человек, как до конца претерпишь! Не гляди на нас, что погибаем мы!" Аввакум, впрочем, и не нуждался в этих сочувственных советах и наставлениях, чтобы остаться верным своим взглядам. Все уговоры присоединиться к "никонианам" не производили на него никакого действия, на все доказательства несправедливости его мнений относительно порчи церковных книг и обрядов он отвечал упорными возражениями и бранью, и таким образом десять недель прошло в безуспешных попытках смирить непокорного протопопа путем словесных увещаний и монастырского начала, пока, наконец, власти не отчаялись в возможности прийти к какому-нибудь соглашению с ним. Его привезли обратно в Москву и 13 мая поставили на суд собора. Но и тут он, говоря словами официального акта, "покаяния и повиновения не принес, а во всем упорствовал, еще же и освященный собор укорял и неправославными называл". Тогда собор постановил лишить его сана, и это решение было исполнено в тот же день: в соборной церкви Аввакум, вместе с диаконом Федором, был расстрижен и предан проклятию как еретик. И теперь еще он нашел себе защитников, даже в самой царской семье: царица Марья Ильинична пыталась отстоять его от предстоящего унижения, и по этому поводу было у нее "великое нестроение" с Алексеем Михайловичем, который не находил более возможным вступаться за протопопа. Однако окончательное решение судьбы Аввакума, равно как и других вождей раскола, было отложено до приезда патриархов, а пока постановили опять заключить его в монастырь. На этот раз местом такого заключения избран был Угрешский монастырь св. Николая, куда уже 15 мая и отправили Аввакума под конвоем стрельцов. При этом, опасаясь проявлений симпатий со стороны народа к расстриженному протопопу, его везли ночью и не прямой дорогой, а в объезд– "болотами да грязью".
Опасения эти были не лишены основания. Не говоря о том, что и в самой Москве, и в ее окрестностях в это время было уже много явных и тайных раскольников, видевших в Аввакуме своего главного вождя, могучая фигура стойкого страдальца привлекала к себе порою сочувственное внимание даже лиц, не разделявших тех взглядов, за которые он выносил страдания. И среди начавшейся уже борьбы далеко не всем еще в обществе были ясны не только конечные ее результаты, но и глубокое различие боровшихся партий. Ввиду этого обстоятельства и люди, вполне искренне и сознательно ставшие на сторону никоновских реформ, могли, однако, находить у себя много общих точек соприкосновения с заклятым врагом Никона, Аввакумом, и видеть в последнем многие родственные себе черты. С другой стороны, многие из тех, которые ступили на путь реформ, толкаемые силою внешних условий, далеко не огляделись еще в новом своем положении и не разорвали всецело с прежним миросозерцанием, не отказались от многих входивших в его состав взглядов, ярким выразителем которых являлся Аввакум. При такой неустойчивости и неопределенности общественного настроения, при том условии, что резкое разделение на партии только еще начинало приобретать себе общее признание, популярность Аввакума, покоившаяся как на мужественном перенесении им гонений, так и на его нравственных качествах и строгой жизни, распространялась на обе партии, и ее не уничтожил и не замкнул в более определенные границы даже последний решительный шаг церковной иерархии по отношению к нему.
Благодаря этой популярности, не успели привезти расстриженного протопопа в Угрешский монастырь, как следом за ним направились туда многочисленные посетители. Сам царь приезжал в обитель и ему уже "дорогу было приготовили, насыпали песку", но он не решился зайти к Аввакуму, а только "около темницы походил и, постонав, опять пошел из монастыря". Посетили последний и некоторые бояре, но их не допускали к заключенному. Постепенно, однако, строгость надзора за ним начала ослабевать, и если непосредственный доступ в его темницу по-прежнему оставался закрытым, то проникавшие в монастырь богомольцы получили, по крайней мере, возможность издали видеть Аввакума и даже беседовать с ним через окно тюрьмы. Этим воспользовались, между прочим, оставшиеся в Москве родственники протопопа. Два его сына, Иван и Прокопий, захватив с собой своего двоюродного брата, Макара, под видом обыкновенных богомольцев пришли 7 июля в Угрешский монастырь и ранним утром, когда большинство населения обители еще спало, успели побеседовать с отцом. Не замедлили вскоре сказаться и плоды установившихся таким образом сношений с Аввакумом: со слов последнего стали циркулировать слухи, будто ему в тюрьме явился сам Христос с Богородицей и увещевал не бояться гонений за правое дело. Когда эти слухи, постепенно распространяясь, дошли до московских властей, они вызвали среди последних немалый переполох и смущение. Сыновья Аввакума были немедленно арестованы и после того, как на допросе подтвердился факт посещения ими Угрешского монастыря и беседы с отцом, были отосланы 10 августа в Покровский монастырь с приказанием "держать их в монастырских трудах под надзором". Легче отделался их двоюродный брат, оставленный на свободе благодаря тому обстоятельству, что несколько москвичей дали по отцу его, Кузьме, и по нему самому поручную запись. Впрочем, и сыновья Аввакума недолго оставались в заключении, так как факт распространения именно от них слухов о видении протопопа не был установлен на следствии, а все остальное даже в глазах подозрительно настроенного по отношению к ним московского правительства не могло составить особого преступления. Уже через три недели они просили об освобождении "для всемирный радости рождения государя благовернаго царевича Ивана Алексеевича" и 4 сентября действительно были выпущены на свободу с порукою, "что им соборныя апостольския церкви раскольником не быть и ложных снов отца своего Аввакума никому не разсказывать", являться по первому требованию в патриарший приказ и никуда из Москвы не уезжать.
Это следствие не прошло безрезультатно и для самого Аввакума, вызвав новую перемену в его судьбе. Из Угрешского монастыря власти решили перевести его в более отдаленное место и пресечь возможность сношений его с поклонниками и пропаганды своих учений. С этою целью он уже 3 сентября отправлен был из Угреши опять в Пафнутьев, в Боровской монастырь, а игумену последнего послана была инструкция, заключавшая в себе следующие приказания: "Вы б его, Аввакума, приняли и велели посадить в тюрьму и приказали его беречь накрепко с великим опасением, чтобы он с тюрьмы не ушел и дурна никакова бы над собою не учинил, и чернил и бумаги ему не давать, и никого к нему пускать не велеть". Первое время инструкция эта действительно исполнялась во всей своей строгости и монастырские власти в своем рвении дошли даже до того, что забили двери и окна темницы Аввакума. К счастию, – вспоминал он впоследствии, – нашелся "доброй человек, дворянин друг, Иваном зовут, Богданович Камынин, вкладчик в монастыре, и ко мне зашел, да на келаря покричал и лубье и все без указу разломал, так мне с тех пор окошко стало и отдух". Но и после того суровость монахов к Аввакуму еще не исчезла, и даже в первый день Пасхи ему не позволили выйти и посидеть на пороге своей кельи. Впрочем, этого рвения хватило лишь на несколько месяцев. Среди монахов Пафнутьевского монастыря, как и в других кругах тогдашнего общества, не было прочной уверенности в неправоте Аввакума. Такую уверенность сообщали им лишь приказания высших церковных властей, но она, не будучи основана на прочном внутреннем убеждении, не могла успешно выдержать столкновения с убежденной проповедью и стойким мужеством протопопа. Последний в сознании монахов постепенно обращался из ослушника царской воли в мученика, терпящего за правду, и по мере того, как делало успехи такое представление, в монастыре нарастало сочувствие к Аввакуму и раскаяние в его притеснениях, тем более жгучее, что с ним, по понятиям века, почти неизбежно соединялось ожидание наказания за мучение праведника. Раз назревши, это настроение не замедлило проявиться и наружу, окруженное тем ореолом чудесного, который сопровождал в то время самые обыденные события человеческой жизни и тем более охотно соединялся со всякого рода нравственными потрясениями. Случилось одному из наиболее усердных притеснителей Аввакума в первое время, келарю Никодиму, заболеть, а затем увидеть сон, будто Аввакум исцелил его. Проснувшись и почувствовав себя действительно лучше, он немедленно отправился в темницу Аввакума, покаялся перед ним и, объявив, что он познал истину Аввакумова учения, просил совета, жить ли ему по-прежнему в монастыре или покинуть последний и уйти в пустыню. Аввакум не велел ему оставлять монастыря с тем условием, чтобы он, хотя в тайне, "держал старое предание отеческое", и вместе запретил рассказывать про бывшее ему видение. Последнего приказания Никодим, однако, не исполнил и с тех пор характер содержания Аввакума существенно изменился: не только он не испытывал более притеснений от монахов, но и доступ к нему сделался, свободным. Из окрестностей сходились к нему люди за наставлениями и поучением; бывшие его ученики также не раз приходили и приезжали в монастырь, ища указания и советов у своего учителя в тяжелую годину борьбы. В числе других пришел к нему и юродивый Федор, бежавший из Рязани, куда он был отдан под начало архиепископу Иллариону, и просил совета: отдаться ли ему опять в руки никониан или скрываться и прекратить свой подвиг юродства, который мог обратить на него внимание. Аввакум посоветовал ему последнее.
Недолго, впрочем, пришлось заточенному протопопу пользоваться этой сравнительной свободой. Восточные патриархи приехали уже в Москву, и близок был тот день, когда он должен был стать на их суд вместе с другими ревнителями старины, подобно ему отказавшимися подчиниться русской церковной иерархии. 30 апреля 1667 года его действительно вывезли из Пафнутьева монастыря в Москву. Но еще два с половиной месяца прошли с момента привоза его в столицу до появления на соборе, и за этот промежуток времени духовные власти истощили последние усилия в попытках склонить его к признанию церковных реформ. Все эти попытки остались бесполезными, встретив резкий отпор со стороны Аввакума, и в результате их выяснилась только полная невозможность соглашения между спорившими партиями. С особенною рельефностью обнаружился этот результат на самом соборе, когда духовенство, отказавшись от бесплодных попыток смирить Аввакума путем всех своих увещаний, решилось поставить его пред вселенскими патриархами. 17 июля он приведен был на заседание собора и патриархи, в свою очередь, долго, но тщетно пытались убедить его в правоте никоновских изменений. "Наконец, – рассказывает сам Аввакум, – последнее слово ко мне рекли: "Что-де ты упрям? Вся-де наша Палестина, и Серби, и Албанасы, и Волохи, и Римляне, и Ляхи, все-де трема персты крестятся, один-де ты стоишь в своем упорстве и крестишься пятью персты! – так не подобает!" И я им о Христе отвещал сице: Вселенстии учителие! Рим давно упал и лежит невосклонно, и Ляхи с ним же погибли, до конца враги быша христианом. А и у вас православие пестро стало от насилия турскаго Махмета, – да и дивить на вас нелзя: немощни есте стали. И впредь приезжайте к нам учитца: у нас, Божиею благодатию, самодержество. До Никона отступника в нашей России у благочестивых князей и царей все было православие чисто и непорочно и церковь немятежна".
Ярко и полно сказалось в этом ответе воззрение, которое еще так недавно решительно господствовало в жизни московского общества и в силу которого Москва ставилась единственным образцом правильного церковного и гражданского устройства. Не ей, успевшей сохранить у себя и православие, и внешнюю независимость, предстояло у кого-нибудь учиться; к ней должны были обращаться за поучением народы, и в том числе прежде всего те, которые еще называли себя православными. При такой постановке вопроса и самый спор об обрядах, независимо даже от той важности, какая непосредственно приписывалась им в сознании современников, приобретал новое и громадное значение и об уступках, о добровольном подчинении со стороны ревнителей старины не могло быть и речи. Если такие уступки еще возможны были до некоторой степени при первых деятелях раскола, когда личные интересы и мелкие вопросы церковной практики в значительной мере заслоняли собою главные различия сторон, то теперь, когда создавшаяся и укоренившаяся в годы гонений крайняя фракция раскола с Аввакумом во главе выдвинула на первый план именно принципиальную сторону вопроса и тем подчеркнула основное противоречие в воззрениях партий, никаких уступок с ее стороны не могло быть более сделано. С беспощадной последовательностью развивая до последних крайностей положения, общие у них с первыми вождями движения, члены этой фракции и в теории, и на практике решительно отвергали всякий авторитет, посторонний русской старине, и самый суд вселенских патриархов, так сильно смущавший их предшественников, у них вызывал только ироническое отношение к себе. Аввакум, устав стоять перед увещевавшим его собором, отошел к дверям и лег на пол со словами: "Посидите вы, а я полежу". Русские духовные стали смеяться и корить его: "Дурак протопоп! И патриархов не почитает!" Эти насмешки не произвели, однако, на него никакого впечатления и вызвали с его стороны только смиренный по внешности, но, в сущности, проникнутый глубокой самоуверенностью и иронией ответ: "Мы уроди Христа ради, – говорил протопоп. – Вы славны, мы же бесчестны! Вы сильны, мы же немощны!" Об эту броню фанатизма разбивались все увещания и убеждения, и Аввакум без всякого результата был отпущен с собора и отдан опять под стражу. Точно так же непоколебимыми в своих убеждениях остались и его единомышленники, вместе с ним призванные на суд собора: протопоп Никифор, поп Лазарь, дьякон Федор и чернец Епифаний.
Еще несколько времени держали их под стражей то в самой Москве, то в ее окрестностях, то в Угрешском монастыре, продолжая в то же время убеждать смириться и признать власть патриархов и собора. Наконец 5 августа в места заключения Аввакума, Лазаря и Епифания явились посланные от царя и собора архимандриты – владимирский Филарет, хутынский Иосиф и ярославский Сергий, для снятия окончательного допроса с узников. Последним предложены были три вопроса, ответ на которые должен был окончательно определить их отношение к церкви и представлявшей ее духовной и светской иерархии. Вопросы эти заключались в следующем: православна ли русская церковь, православен ли государь Алексей Михайлович и православны ли вселенские патриархи? В ответ на них Аввакум сказал: "Церковь православна, а догматы церковные от Никона еретика, бывшаго патриарха, искажены новоизданными книгами, – первым книгам, бывшим при пяти бывших патриархах, во всем противны, в вечерни, и в заутрени, и в литургии, и во всей божественной службе не согласуют. А государь наш Алексей Михайлович православен, но токмо простою своею душою принял от Никона, мнимаго пастыря, внутренняго волка, книги, чая их православны, не рассмотря плевел еретических в книгах внешних ради браней, понял тому веры и впредь чаю по писанному: праведник аще падет не разбиется, яко Господь подкрепляет руку его. А про патриархов слышал я от братии духовных, что у них в три погружения не крестятся, но обливаются по-римски, и крестов на себе не носят, и в сложении перст знаменующеся, слагая три персты, и Христово вочеловечение отмещут, и сие есть все не православно, но противно святой соборной и апостольской церкви".