По окончании срока прикомандирования к Академии наук А. В. Колчак приступил к офицерским обязанностям в Морском Генштабе (с 1906 г. А. В Колчак был начальником статистического отдела, а с 1909 г. - отдела по разработке стратегических идей защиты Балтики.). А они теперь оказались обусловленными тем, что Колчак, как и многие офицеры, тяжело переживал позорное поражение и фактическую гибель флота в войне. Но в отличие от большинства других он тщательно продумывал пути и способы возрождения и реорганизации флота. Колчак, можно сказать, не по чину оказался вдруг одной из ключевых фигур в этом деле. Его талант засверкал новыми гранями. Как генератор идей и организатор, он проявляет большую волю, оказывает влияние не только на офицерскую молодежь, но и на ветеранов флота, его адмиральский эшелон. Между двумя войнами - русско-японской и первой мировой - Колчак все определеннее выступает в роли воссоздателя и реформатора военно-морского флота России. По инициативе его единомышленников, молодых офицеров, создается Петербургский военно-морской кружок. Члены этого кружка добились полулегального признания и определенной поддержки со стороны морского министра. В Николаевской морской академии группе было предоставлено помещение, кое-какие средства. Колчак вслед за лейтенантом А. Н. Щеголевым и капитаном 2-го ранга М. Римским-Корсаковым долгое время был председателем этого кружка, будучи капитан-лейтенантом, и лишь позднее, в разгар этой работы, 13 апреля 1908 г. ему присваивается звание капитана 2-го ранга. В 1907 г. в своем кружке, переведенном в Морской Генштаб, А. В. Колчак выступил с докладом "Какой нужен Русский флот", в котором отмеча-лось: "России нужна реальная морская сила, на которую могла бы опереться независимая политика, достойная великой державы, и на которой могла бы быть основана неприкосновен-ность ее морских границ, то есть такая политика, которая в необходимом случае получает подтверждение в виде успешной войны. Эта реальная сила лежит в линейном флоте, и только в нем, по крайней мере в настоящее время мы не можем говорить о чем-либо другом". В статье "Современные линейные корабли" он развивал эту же ключевую для судеб Российского флота идею.
Колчак впоследствии так характеризовал работу кружка: "…Мы занялись прежде всего разработкой вопроса, как поставить дело воссоздания флота на соответствующих научных и правильных началах. В результате этого, в конце концов мною и членами этого кружка была разработана большая записка, которую мы подали министру по поводу создания морского генерального штаба, т. е. такого органа, который бы ведал специальной подготовкой флота к войне, чего раньше не было: был морской штаб, который ведал личным составом флота - и только… К поданной записке отнеслись очень сочувственно, и весною, приблизительно в апреле 1906 года, он был осуществлен созданием Морского Генерального штаба. В этот штаб вошел и я, в качестве заведывающего балтийским театром".
Колчак был и экспертом комиссии по обороне, начавшей в это время свою работу Государственной думы. Он выступал с докладами и в комиссии, и в различных общественных собраниях. В проведении в жизнь новых передовых идей Колчак проявлял настойчивость и компетентность. Задолго до 1914 г. он, как и его единомышленники, сделал правильные прогнозы, утвердился во мнении, что предстоит война именно с Германией и почти точно предсказал дату ее начала. "Еще в 1907 г., - отмечал А. В. Колчак, - мы пришли к совершенно определенному выводу о неизбежности большой европейской войны. Изучение всей обстановки военно-политической, главным образом германской, изучение ее подготовки, ее программы военной и морской и т. д. - совершенно определенно и неизбежно указывало нам на эту войну, начало которой определяли в 1915 году, указывало на то, что эта война должна быть. В связи с этим надо было решить следующий вопрос. Мы знали, что инициатива в этой войне, начало ее, будет исходить от Германии; знали, что в 1915 году она начнет войну. Надо было решить вопрос, как мы должны на это реагировать".
Обращает на себя внимание и такая самооценка Колчаком своей позиции, данная в автобио-графии: "Эту войну я не только предвидел, но и желал, как единственное средство решения германо-славянского вопроса, получившего в этот период большую остроту, благодаря балканским событиям".
Между тем в правительственных кругах и в Государственной думе предлагаемые Колчаком, Морским Генеральным штабом меры понимания и поддержки долго не находили. Многие рассчитывали на союз с Германией, считали предположение о войне с ней ошибочным. Но позиции эти шаг за шагом разрушались. И в этом первостепенная заслуга Колчака. Речи его были замечательными, логичными, убедительными, покоряли глубиной мыслей, аргументов, расчетов.
До нас дошли воспоминания члена Государственной думы генерала Н. В. Савича о выступ-лениях Колчака, его участии в работе думского Комитета по государственной обороне, в котором председательствовал лидер партии 17 Октября (октябристов) А. И. Гучков. Савич отмечает, что в Морском Генеральном штабе, который возглавил Л. А. Брусилов, в 1907 году произведенный в контр-адмиралы, "собралось все то лучшее из молодежи, что смогли выделить уцелевшие остатки боевого флота. Тут кипела жизнь, работала мысль, закладывался фундамент возрождения флота, вырабатывалось понимание значения морской силы, законов ее развития и бытия. Вот с этими-то элементами морского ведомства нам и пришлось впервые столкнуться в ноябре 1907 года…И среди этой образованной, убежденной, знающей свое ремесло молодежи особенно ярко выделялся молодой, невысокого роста офицер. Его сухое, с резкими чертами лицо дышало энергией, его громкий мужественный голос, манера говорить, держаться, вся внешность - выявляли отличительные черты его духовного склада, волю, настойчивость в достижении цели, умение распоряжаться, приказывать, вести за собой других, брать на себя ответственность. Его товарищи по штабу окружали его исключительным уважением, я бы сказал даже, преклоне-нием; его начальство относилось к нему с особым доверием. По крайней мере во все для ведомства тяжелые минуты - а таких ему пришлось тогда пережить много - начальство всегда выдвигало на первый план этого человека, как лучшего среди штабных офицеров оратора, как общепризнанного авторитета в разбиравшихся вопросах. Этим офицером был капитан 1-го ранга (в то время А. В. Колчак был еще капитаном 2-го ранга) Александр Васильевич Колчак…Колчак того времени имел громадное влияние…"
Возрождение флота, получение огромных средств на строительство мощных кораблей, реорганизация управления военно-морскими силами, освоение новых методов ведения боевых действий - все это было во многом и личной заслугой штабного работника, капитана 2-го ранга А. В. Колчака. Тот же Савич, занимавшийся делами вооружений, так и писал: "Колчак внес свой крупный и плодотворный вклад в дело, которое ему было так дорого".
Путь к достижению этих целей был нелегким. Дело с ассигнованиями на нужды военно-морского флота, весь процесс его реорганизации затормозился, даже чуть было не сорвался в связи с тем, что морским министром в начале 1909 г. был назначен С. А. Воеводский, и вместе с тем вскоре умер начальник Морского Генерального штаба Л. А. Брусилов. С. А. Воеводский вступил в ссору с Государственной думой, начал переделывать запущенную уже в действие программу строительства кораблей и возрождения флота вообще. Дело, за которое так долго, упорно и, в конечном итоге, успешно боролся Колчак, затормозилось. Он был до глубины души возмущен этими обстоятельствами. "На меня это, - отмечал он, - подействовало самым печальным образом, и я решил, что при таких условиях ничего не удастся сделать, и потому решил дальше заниматься академической работой. Я перестал работать над этим делом и начал читать лекции в Морской академии, которая была тогда образована. Я читал лекции несколько месяцев и решил, что лучше вернуться к научной работе".
Колчак по-прежнему остро интересовался проблемами севера, северного морского пути, входил в одноименную комиссию. Как уже отмечалось, он продолжал научные исследования. Главное гидрографическое управление морского министерства возглавлял генерал-майор А. И. Вилькицкий, являвшийся также полярным исследователем, хорошо знавшим А. В. Колчака. Он рассматривал вопрос об исследовании и открытии Великого Северного пути из Атлантического в Тихий океан.
Проявлял к этому интерес и Совет Министров России. На заседании Совета Министров 7 апреля 1908 г. было признано необходимым "в возможно скором времени связать устья Лены и Колымы с остальными частями нашего Отечества как для оживления этого обширного района Северной Сибири, отрезанного ныне от центра, так и для противодействия экономическому захвату этого края американцами, ежегодно посылающими туда из Аляски свои шхуны для меновой торговли с прибрежным населением".
А. И. Вилькицкий, поддержанный правительством, решил организовать экспедицию и сделал А. В. Колчаку предложение включиться в ее подготовку и быть в числе руководителей. Колчак принял это предложение. Продолжая службу в Генеральном штабе, он вместе с Ф. А. Матисеном разработал проект экспедиции и подал его Вилькицкому. В нем важное место отводилось использованию стальных судов ледокольного типа, причем не таких, как "Ермак". Тот рассчитан был на ломку льда. Но океанский полярный лед никакое судно ломать, колоть было не в состоянии. Целесообразней была конструкция, рассчитанная на раздавливание льда, с использованием для этого веса корабля. Опыт участия в экспедициях, изучение недостатков конструкций яхты "Заря" и "Ермака", построенного по идее и под руководством С. О. Макаро-ва, натолкнули Колчака и его друзей на мысль о постройке кораблей типа "Фрама" Ф. Нансена. Но в противоположность "Фраму" новые корабли должны были иметь стальной корпус. Это была идея того типа ледокола (фактически "ледодава"), которая легла в основу ледокольного флота в последующем и находится на вооружении кораблестроителей поныне.
Проект Колчака был одобрен. Он добился освобождения в Морском Генштабе и причисле-ния к Главному гидрографическому управлению. 26 апреля 1909 г. Колчак выступил с докладом "Северовосточный проход от устья реки Енисея до Берингова пролива" в Обществе изучения Сибири и улучшения ее быта. Докладчик рассказал об экспедициях В. Беринга, Ф. П. Врангеля, П. Ф. Анжу, Н. А. Норденшельда, Ф. Нансена, Э. В. Толля, остановился на физико-географи-ческой и метеорологической обстановке, условиях навигации и требованиях, предъявляемых к судам. Информация и суждения его были восприняты и оценены по достоинству. К нему все определеннее "прилипало" почтительное призвание "Колчак-полярный".
Еще будучи генштабистом и позднее А. В. Колчак исключительно большое внимание уделяет подготовке экспедиции, особенно конструированию и строительству ледокольных судов. "Я считал необходимым иметь, - рассказывал Колчак потом, - два таких судна, чтобы избежать случайностей, неизбежных в такой экспедиции… Все свободное время я работал над этим проектом, ездил на заводы, разрабатывал с инженерами типы судов".
Ближайшим помощником А. В. Колчака был Ф. А. Матисен, участвовавший вместе с ним в экспедиции барона Э. В. Толля. По чертежам корабельного инженера Р. А. Матросова, который хорошо воспринял и усвоил изложенную ему идею, на Невском судостроительном заводе в Петербурге были заложены два ледокольных судна - "Таймыр" и "Хатанга", сразу же переи-менованная в "Вайгач". За их строительством постоянно наблюдал Колчак.
Говоря об участии Колчака в разработке типа ледоколов, в последующем строительстве военных кораблей, следует указать на познания его в технике. Будучи еще кадетом, гардема-рином, Колчак много времени проводил на Обуховском заводе, изучал металлургическое дело, технологию, даже освоил специальность слесаря. Приобретенные тогда познания и навыки существенно помогали теперь.
В 1909 г., летом, ледоколы были спущены на воду. Водоизмещение судов было одинаковым - по 1200 тонн. "Вайгач", которым предстояло командовать Колчаку, имел длину 54 и ширину 11 метров, скорость - 10,5 узла. Корабли были хорошо оборудованы для проведения исследова-ний. Будучи построенными военным ведомством, они считались военными, имели на вооруже-нии пушки и пулеметы. Степень надежности, непотопляемости их была небывало высокой, и они долго и надежно служили исследовательским и спасательным целям, позволили сделать крупнейшие открытия. В частности, в 1913 г. капитан 2-го ранга Б. А. Вилькицкий открыл архипелаг Северная земля, а в 1914 - 1915 гг. был проложен Северный морской путь. "Вайгач" затонул в 1918 г., наскочив на подводную скалу в Енисейском заливе, а "Таймыр" плавал долго, в 1938 году он участвовал в снятии с льдины полярной станции папанинцев. К сожалению, в советской литературе заслуги Колчака перед Отечеством в создании этих судов и в развитии ледокольного флота вообще замалчивались. Как и другие его заслуги.
К осени 1909 г. корабли были приготовлены к плаванию на Дальний Восток. В смете снаряжений экспедиции Колчак определил ее цели: "Эти транспорты, приняв полный запас угля со специально посланного для этой цели судна, используют навигационный период на гидрогра-фические работы в районе Берингова пролива до устья реки Лены и ко времени прекращения плавания в Ледовитом океане уйдут во Владивосток с тем, чтобы в следующем году продолжать дальнейшие работы по исследованию Северного Ледовитого океана".
27 октября 1909 г. корабли направились из Петербурга через Суэцкий канал во Владивосток ("Вайгач" под командой А. В. Колчака и "Таймыр" - Ф. А. Матисена). Уже на пути следования проводились научные наблюдения. 3 июля 1910 г. суда прибыли во Владивосток, несколько позже, чем следовало, для осуществления плавания в Арктику. Во Владивосток сушей еще позднее - 9 августа - прибыл и начальник экспедиции полковник И. С. Сергеев. Причиной задержки послужила длительная остановка судов в Гавре для устранения конструктивных недостатков судов и аварийной неисправности на "Таймыре" (в связи с этим Матисен был отозван и заменен А. А. Макалинским).
А. В. Колчак горел идеей открытием Северного пути, заражал ею и других.
Во время остановки "Вайгача" в Петропавловске-Камчатском на корабль поднялся Е. Шильдкнехт, также моряк, штурманский офицер с транспортного судна "Колыма". Ему очень хотелось осмотреть пришвартованный необычный ледокольный корабль. Колчак сам знакомил офицера с судном. "Показав мне весь корабль, - вспоминал Шильдкнехт; - он не ограничился этим, а пригласил меня к себе, вытащил кучу чертежей и прочел мне целую лекцию о конструк-ции ледоколов, условиях образования льдов и торосов и предполагаемых возможностях плава-ния Северным путем. Обладая колоссальной эрудицией как общей, так и в этом специальном вопросе, Колчак сделал свою лекцию настолько, не скажу даже интересной, а просто увлекатель-ной, что я не заметил, как пролетели два часа, проведенные с ним. Это побудило меня хлопотать о назначении на ледоколы и действительно Штаб Сибирской флотилии назначил меня на "Таймыр", где я пробыл зиму 1911 года". Главное гидрографическое управление на навигацию 1910 г. поставило ограниченные задачи: пройти в Берингов пролив и обследовать его район, имея основным пунктом для съемок и больших астрономических наблюдений мыс Дежнева, на зимовку вернуться во Владивосток. Главная часть программы откладывалась на весну 1911 г. Задание было частично выполнено, необходимые научно-исследовательские работы в районе мыса, в которых участвовал и Колчак, завершены. По возвращении во Владивосток Л. В. Колчак узнал о благоприятных переменах в морском министерстве. Новый начальник Морского Генерального штаба князь А. А. Ливен, как и Л. А. Брусилов, разделял взгляды прогрессивно настроенных офицеров. Повысилось влияние товарища министра и представителя министерства в Государственной думе капитана 1-го ранга (с 1911 г. - контр-адмирала) И. К. Григоровича. Недовольство действиями министра С. А. Воеводского нарастало. Чуть позднее, в 1911 г., он был смещен и его кресло занял И. К. Григорович. Колчака просили приехать в Петербург и продолжить работу в Генеральном штабе по проведению в жизнь судостроительной программы. После некоторого колебания Колчак на предложение ответил согласием и зимой приехал в столицу.
Экспедиционные работы в следующем году были продолжены без него, но с использованием и его идей, под руководством И. С. Сергеева, затем Б. А. Вилькицкого. В 1911 - 1915 гг. экспедиция изучила наиболее трудный для плавания участок у берегов Таймыра, открыла пролив Б. А. Вилькицкого, Землю императора Николая II (потом - Северная земля), остров царевича Алексея (мыс Таймыр), остров А. И. Вилькицкого и другие, сделала практические шаги по прокладыванию трассы Северного морского пути. Затем этот путь - от Владивостока до Архангельска был проложен. Основные работы были проведены уже под руководством Б. А. Вилькицкого. Хотя многие материалы экспедиции в июле 1918 г. при подавлении антибольше-вистского выступления в Ярославле погибли, все же оставшаяся их часть использовалась потом при освоении Арктики еще целые десятилетия. Картами и лоциями экспедиции полярники пользовались и в 30-е годы.
На этом непосредственная, столь плодотворная и значимая деятельность А. В. Колчака, как полярного путешественника и исследователя закончилась. Однако мысли о далеком сибирском севере его не оставляли. Он, в частности, в 1912 г. участвовал в обсуждении плана экспедиции Г. Я. Седова к Северному полюсу, указывал на его серьезные недостатки.
Будучи в 1918 - 1920 гг. Верховным правителем России и находясь в Сибири, он также проявлял большой интерес и заботу об исследовании Заполярья. Тогда же - в 1910 г. - задуманное в изучении севера, арктических морей было прервано Колчаком, что называется на полпути из-за не менее важных для страны дел - укрепления ее обороны, флота, предупрежде-ния его разгрома несравненно более мощным флотом Германии. Тем не менее, и то, что было сделано, заслуживает глубокой благодарности потомков. Академик Ф. Н. Чернышев, участник Шпицбергенской экспедиции, отмечал, что даже "норвежцы не решаются делать такие отважные путешествия, как А. В. Колчак".