Стремление учёного как можно глубже и всестороннее разобраться в физике звука вызывалось двумя главными причинами: приверженностью науке и преклонением перед искусством: "Эта область, – вспоминал профессор А. К. Тимирязев, – была особенно ему по душе: она соединила в одно стройное целое его увлечение физикой с его стремлением к искусству – к музыке. Он был не только физиком, но и художником, большим знатоком музыки и прекрасным исполнителем".
Наука и музыка – вот те два божества, на которых основывалось мировоззрение учёного, которые скрашивали его жизнь, помогая с честью выдержать любые испытания. Его мастерству игры на скрипке могли бы позавидовать многие профессиональные музыканты. И сам Владимир Дмитриевич, ученик таких прославленных музыкантов, как Карл Антонович Кламрот и Иван Войцехович Гржимали, мог бы стать профессиональным артистом. Судьба же распорядилась по-своему. Артистом он не стал, но, по его собственному признанию, "моя причастность к искусству играла во всю мою жизнь и сейчас играет большую роль".
После защиты в 1909 году диссертации на тему "Абсолютное измерение силы звука" В. Д. Зёрнов был удостоен учёной степени магистра физики, после чего избран приват-доцентом физико-математического факультета Московского университета и командирован за границу с факультетской стипендией "для усовершенствования в науках". Владимир Дмитриевич работал в Гейдельберге, изучал постановку преподавания физики в высших учебных заведениях Германии и Англии. Ему посчастливилось присутствовать на лекциях В. Рентгена, познакомиться с новейшими физическими исследованиями в лабораториях Э. Резерфорда (Манчестер), Дж. Дж. Томсона (Кембридж) и К. Рикке (Гёттинген).
Незадолго до защиты Зёрновым магистерской диссертации П. Н. Лебедев рекомендовал молодого учёного в качестве профессора на университетскую кафедру в Варшаву, направив 25 октября 1908 года на имя декана физико-математического факультета Варшавского университета П. И. Митрофанова личное ходатайство по этому поводу.
"Подходящим кандидатом на кафедру физики, за которого я могу взять на себя полную нравственную ответственность перед Вашим факультетом, – отмечалось в нём, – является мой ученик Владимир Дмитриевич Зёрнов, который ещё студентом и потом, окончив курс в нашем университете, около пяти лет работал очень старательно и успешно в моей лаборатории над "Абсолютными измерениями силы звука", опубликовал две работы по этому вопросу […], получил за свои экспериментальные исследования премию Мошнина и в настоящее время, окончив успешно магистерские экзамены, пишет магистерскую диссертацию, продолжая работать в лаборатории.
[…] В. Д. Зёрнов в течение нескольких лет был лаборантом при Физическом институте, вёл занятия со студентами в лаборатории проф[ессора] А. П. Соколова, а также состоял преподавателем физики и математики в средних учебных заведениях – педагогический навык и умение обращаться со студенческой массой у него есть. Как лектора мне приходилось его не раз слышать, […] – лекторские данные у него хорошие: он умеет ясно, просто и интересно делать доклад. […]
Вот моё мнение о В. Д. Зёрнове как о возможном кандидате, и я буду очень рад, если факультету угодно будет это мнение выслушать".
Однако ввиду затянувшихся переговоров с Варшавой (главной трудностью которых стал, по-видимому, вопрос о правах и полномочиях будущего профессора, ибо, как справедливо считал П. Н. Лебедев, "только при абсолютно независимом пользовании помещением лаборатории, приборами и определённым бюджетом молодой учёный может спокойно и успешно продолжать свои научные работы"), назначение это не состоялось. К тому же 10 июня 1909 года, после полувековой многострадальной эпопеи всевозможных обращений и ходатайств в высшие правительственные инстанции, на императорской яхте "Штандарт" Николаем II был подписан закон "Об основании университета в г. Саратове и отпуске средств на этот предмет". В связи с этим В. Д. Зёрнов кардинальным образом меняет свои планы: отказавшись от туманной перспективы профессорской деятельности в Варшавском университете, он предлагает свою кандидатуру на замещение аналогичной кафедры в Саратове. Помимо родных и близких молодого учёного это его решение с пониманием и одобрением встретил также П. Н. Лебедев. Более того, в своём письменном обращении к старейшине русских физиков, члену совета министра народного просвещения Н. Н. Шиллеру, он лично поддержал это ходатайство.
"…Мой ученик магистр физики Владимир Дмитриевич Зёрнов, – писал по этому поводу Лебедев, – подал в Министерство прошение о зачислении его кандидатом по физике вновь учреждаемого Саратовского университета. Так как его прошение поступит, вероятно, на Ваше рассмотрение, то я позволил бы себе сказать несколько слов о Зёрнове как о физике: у меня он работал около пяти лет [неразб.] над своей задачей – всегда добросовестно и внимательно, а в случае возникающих сомнений как настоящий физик и притом физик ловкий, умеющий критически относиться к своей работе, не жалел рабочего времени; хотя работа и сделана в моей лаборатории, я всё-таки могу сказать, что сделана она хорошо. Зёрнов принимал деятельное участие в наших коллоквиях – лектор он хороший: говорит ясно, толково, спокойно и всегда только о том, что ему самому совершенно ясно. Добавлю ещё, что он лет пять был ассистентом у Соколова и имеет достаточный опыт в обхождении со студентами на практических работах. Со своей стороны я бы мог рекомендовать его со спокойной совестью, вполне уверенный, что он любит самоё дело, сможет толково его организовать и быть хорошим руководителем".
Саратовский период жизни и деятельности В. Д. Зёрнова начался с 1 июля 1909 года, когда по высочайшему указу он был утверждён в качестве исполняющего должность экстраординарного профессора по кафедре физики Саратовского университета.
Среди первых семи профессоров только что открывшегося университета Владимир Дмитриевич оказался самым молодым – ему исполнился только 31 год, но это не помешало ему сразу же продемонстрировать свои недюжинные организаторские способности, умение убеждать в необходимости принятия того или иного важного решения. Его личная распорядительность и оперативность в доставке оборудования позволили в кратчайшие сроки, уже в конце сентября 1909 года, начать чтение курса физики не "мелового", как говорится, а экспериментального, с демонстрацией всех необходимых опытов.
В. Д. Зёрнов вошёл также в состав строительной комиссии по возведению собственных зданий университета, после чего главным делом его стала забота о Физическом институте, строительство которого началось 30 апреля 1911 года: "Сегодня, – извещал Владимир Дмитриевич жену, – начали земляные работы по институту. […] Начали стройку с первой весенней грозой и дождём. Мюфке говорит – это хорошо: "Святой водой начало работ окроплено"".
Строительство завершилось в конце 1913 года. В. Д. Зёрнов чувствовал себя самым счастливым человеком: "Институт готов. Вот всё, что мне надо. А институтом я очень доволен. Такой он симпатичный. Мне кажется, он симпатичнее всех зданий, или уж оттого, что мой".
Здесь же, в Саратове, застали В. Д. Зёрнова и революционные события 1917 года. Он с огромным воодушевлением встретил Февральскую революцию и падение самодержавного строя, но довольно прохладно отнёсся к событиям Октября, не в силах, подобно многим другим представителям старой "буржуазной" интеллигенции, адекватно воспринять идею пролетарской диктатуры. Однако, несмотря ни на какие, даже самые невероятные, перипетии социально-экономической и политической жизни, он продолжал добросовестно исполнять свои обязанности. Возглавив с 5 сентября 1917 года открывшийся в Саратовском университете по решению Временного правительства физико-математический факультет, он старательно собирал для него научно-преподавательский состав: пригласил многих талантливых ученых – физиков и математиков, чьи имена впоследствии прославили отечественную науку: С. А. Богуславского, И. И. Привалова, В. В. Голубева и других.
28 сентября 1918 года В. Д. Зёрнов был избран ректором Саратовского университета. Его ректорство выпало на исключительно тяжёлые в организационном и хозяйственном отношениях годы, проходило в обстановке братоубийственной гражданской войны и полной дестабилизации социально-правовых механизмов, под постоянным нажимом местной администрации, слепо исполнявшей любые распоряжения и предписания новой власти. И только благодаря редкому умению искать и находить приемлемые для всех решения с ролью "первого революционного ректора", на долю которого выпала "ответственная и благодарная задача – преобразовать высшее учебное заведение с одним факультетом в полный университет", Владимир Дмитриевич, по признанию его сослуживцев, "справился с исключительным тактом и успехом, подобрав квалифицированный состав профессоров и преподавателей, наладив учебную и научную работу и организовав сложное хозяйство в тяжёлые годы послевоенной разрухи. Благодаря усилиям Владимира Дмитриевича новый Саратовский университет быстро занял видное место среди высших учебных заведений молодой Советской Республики".
Вот как вспоминал о том времени сам В. Д. Зёрнов: "Несмотря на очень большие хозяйственные затруднения и сложные взаимоотношения с администрацией, мне удалось без всяких компромиссов довольно благополучно вести университетский корабль, охраняя его независимость, с одной стороны, и не впадая в особые конфликты с общей администрацией, с другой.
[…] За 1919–1920 годы произошли большие изменения в жизни университета: в состав Правления и Совета вошли представители студенческих и городских организаций. Все это совершалось довольно болезненно, но мне удалось провести эти революционные новшества без скандалов и удерживать руководящую роль за основным Советом и Правлением, состоящим из профессоров.
С городскими и губернскими властями – горисполкомом, губисполкомом – отношения были корректные, как между союзными великими державами, а с губоно, пожалуй, даже дружественные…".
Неожиданную черту в деятельности В. Д. Зёрнова на посту профессора и ректора Саратовского университета подвёл нелепый и трагический случай – арест учёного Саратовской губчека 9 марта 1921 года по подозрению "в контрреволюционной пропаганде". При обыске, проведённом в его квартире 8 марта, "каких-либо документов в качестве вещественных доказательств не изымалось", тем не менее он был взят под стражу и отконвоирован в губернскую тюрьму № 3, где к тому времени находилось уже немало представителей саратовской интеллигенции. Скоро выяснилась и непосредственная причина ареста. Ею оказалась лекция на тему "Рассеяние энергии и разумное начало в мироздании", с которой "в период с декабря 1920 по март 1921 года Зёрнов В. Д. "по приглашению коллектива верующих кафедрального собора" трижды выступал перед прихожанами…".
Вспоминая об этих выступлениях и характеризуя содержание самих лекций, Владимир Дмитриевич писал: "Говорил я прежде всего о том, что наука и вера – две вещи совершенно различные и что естественно-историческая наука не занимается доказательствами бытия Божия, но и не отрицает разумного начала мира. Говорил также о том, что можно вечное бытие мира рассматривать как результат промысла Божия, что многие великие учёные естествоиспытатели были искренно верующими людьми. А закончил я такой мыслью: верующий имеет преимущество перед неверующим – ему легче жить, легче и умирать". Однако, как верно подметил работавший в те годы в Саратовском университете преподавателем английского языка А. В. Бабин, "это утверждение было опасно для Советской Республики, и лекторы были брошены в тюрьму".
Важно заметить, что В. Д. Зёрнов никогда и ни при каких обстоятельствах не скрывал своего положительного отношения к вере и религии. Не отказался он от своих убеждений и после ареста. На допросе 31 марта 1921 года Владимир Дмитриевич открыто заявил следователю: "Религию препятствием к осуществлению коммунизма не считаю, в том лишь случае, если её понимать правильно, т. е. как усовершенствование личности. Религия связывает нравственность человека, а потому наука без религии будет однообразна и поведёт к падению нравственного облика человечества. Утверждаю, что мои лекции контрреволюционного характера не имели".
Неизвестно, чем закончилось бы для учёного и его товарищей по несчастью сидение в губернской тюрьме, если бы в Саратов для выяснения причин массовых арестов не прибыла из Москвы специальная комиссия во главе с П. Г. Смидовичем. Она, прежде всего, потребовала, чтобы местные органы либо предъявили арестованным конкретные обвинения, либо немедленно освободили их. Однако "саратовские власти, которые этот массовый арест осуществили", отреагировали на ультиматум весьма своеобразно. Без тени смущения они заявили, что "обвинений, достаточно обоснованных для возбуждения судебного дела, предъявить не могут, но и освобождать массу людей также не решаются, это-де произведёт "сенсацию"". Тогда председатель комиссии, властью данных ему полномочий, самолично распорядился часть узников освободить непосредственно в Саратове, других же, для определения их дальнейшей участи, препроводить в Москву в распоряжение ВЧК. В числе последних оказался и В. Д. Зёрнов.
В Бутырской тюрьме, куда доставили саратовских пленников, Владимир Дмитриевич сблизился и подружился со многими известными и прославленными в прошлом военачальниками и государственными деятелями. Судьба свела его с военным историком, генералом от инфантерии Андреем Медардовичем Зайончковским – "…любопытным осколком старого, навсегда ушедшего в вечность веков мира". По меткому определению С. Н. Чернова, это был "в меру умный и более чем умный, хитрый и лукавый человек, обезоруживавший светской готовностью врага, подчиняющий его себе своей любезностью царедворца, в которую очень тонко вплетались подкупающие нотки нарочитой грубости старого солдата – будто бы искренней и простой".
В камере Бутырской тюрьмы также находились: бывший помощник начальника штаба верховного главнокомандующего царской и член Особого совещания при Главкоме Красной армий, генерал от инфантерии Владимир Наполеонович Клембовский; бывший московский генерал-губернатор, товарищ министра внутренних дел и шеф Отдельного корпуса жандармов, генерал-лейтенант Владимир Фёдорович Джунковский, которого вся тогдашняя тюремная "прислуга […] помнила ещё своим начальником"; поэт, журналист и литературный критик, князь Дмитрий Петрович Святополк-Мирский и многие другие.
Соседствуя с этими неординарными личностями, получая от общения с ними, насколько это было возможно в неволе, духовное и нравственное наслаждение, а также участвуя в совместно устраиваемых мероприятиях, В. Д. Зёрнов по-прежнему с неуёмным беспокойством думал о своих близких – жене и малолетних детях. Но прошёл ещё один томительный месяц тюремного заточения, прежде чем стараниями саратовских коллег и представителей московской научной элиты Владимир Дмитриевич, наконец, оказался на свободе. Но вернуться в Саратов ему не разрешили. Причина такого решения до сих пор остаётся загадкой. Нет чёткого разъяснения тому и в выданной Управлением КГБ СССР по Саратовской области справке: "В соответствии с постановлением Президиума ВЧК от 11.05.21 г. Зёрнов В. Д. из-под ареста освобождён без права проживания в Саратовской губернии и оставлением на жительство в г. Москве. Какие-либо обоснования данного постановления в материалах дела отсутствуют".