Первое фундаментальное исследование М. К. Любавского по литовскорусской истории, при подготовке которого большую помощь советами и литературой оказали его учителя Н. А. Попов и В. О. Ключевский, было посвящено памяти Н. А. Попова, "человека, который так много содействовал его появлению". Эта работа представляла собой удачную попытку изображения социально-политических механизмов власти и социальной структуры Великого Княжества Литовского в самостоятельный период его развития (до конца XV в.). Поставленная автором цель уяснение государственного типа "Литовской Руси" была достигнута с помощью детального показа истории происхождения системы местного управления Княжества и выявления ее роли в жизни Литовского государства. Показ системы местного управления в тесной связи с эволюцией внутри самого социального организма государства позволял раскрыть происхождение и состав его "социальных клеток" (историю классов, сословий, категорий населения).
Удачный выбор фактически неисследованной темы, имевшей крайне скудную и отрывочную литературу, и фундаментальная проработка вводимого в научный оборот огромного источникового массива Литовской Метрики (в основном из Отдела записей) позволяли ученому пересмотреть ранее высказанные точки зрения и обосновать их бездоказательность (например, положения В. Б. Антоновича о происхождении крестьян-отчичей, М. Ф. Владимирского-Буданова о громадном влиянии немецкого права в Литве и др.).
Основательность и глубина изучения источников дали возможность ответить на один из главных для ученого вопросов о причинах слабой государственной централизации как наиболее характерной особенности в "конструкции Литовско-Русского государства". Чтобы прийти к доказательным выводам о происхождении и устройстве областного деления, потребовалось специальное исследование неизученной политической географии государства в рассматриваемое время.
Не все задачи удалось решить. В первую очередь это касалось вопроса о закрепощении крестьянства. Любавский, несмотря на детальный показ эволюции различных категорий крестьянства Литвы и Беларуси в процессе закрепощения, объяснял право феодала на крестьянский труд действием принципа давности, "старины", господствовавшего якобы во всех сферах государственных отношений Великого Княжества Литовского. Такой вывод был шагом назад даже по сравнению с современной ему историографической версией, представленной в трудах Ф. И. Леонтовича и М. Ф. Владимирского-Буданова, которые выводили теорию происхождения крепостного права в Литовском государстве из долговой зависимости крестьянства (т. е. из экономических условий).
Однако несмотря на некоторые недостатки, эта работа Любавского не только создала прочную основу для исследования истории Великого Княжества Литовского XIII–XV вв., но и явилась фундаментом, необходимым для правильного отображения и оценки последующей эпохи в истории этого государства, ознаменовавшейся тесным сближением его с Польшей. Огромный пласт исторической "целины", поднятый ученым в работе, сделал ее отправной точкой для последующих изысканий в области изучения истории Литвы, Беларуси и Украины. Исследование Любавского получило высокую оценку современников, ему была присуждена премия Г. Ф. Карпова от Общества истории и древностей российских (ОИДР) и премия графа Уварова от Петербургской академии наук.
В 1894 г. М. К. Любавского утвердили в должности приват-доцента по кафедре русской истории, и он начал научную и преподавательскую деятельность в Московском университете. В середине 1890-х гг. на историко-филологическом факультете преподавали такие известные филологи, как Ф. Е. Корш, С. И. Соболевский, М. М. Покровский, С. В. Рождественский, слависты Р. Ф. Брандт, М. И. Соколов, историки искусств И. В. Цветаев, В. Г. Аппельрот, Ф. Ф. Фортунатов, историки В. И. Герье, М. С. Корелин, Д. М. Петрушевский, В. О. Ключевский. Молодой приват-доцент читал в 1895/96 академическом году курс "История Западной Руси" (с середины XVIII в.). В 1896 г. для желающих вел семинар, где изучались земские привилеи Литовско-Русского государства. В 1897–1899 гг. начал преподавать курс "Историческая география России в связи с историей колонизации"; с 1899 г. по поручению факультета курс "История западных славян" для исторического отделения и "Историю Литовско-Русского государства до Люблинской унии включительно" для желающих. Эта тематика была углублена и расширена в последующих работах M. К. Любавского.
Таким образом, мы видим, что к 1900 г. определились три основные области дальнейших исторических интересов ученого: история Великого Княжества Литовского, историческая география и история западных славян.
Напряженная преподавательская деятельность в эти годы помогла отработать многие положения нового капитального исследования Любавского по истории Литовско-Русского сейма. Истории происхождения областных сеймов достаточное место уделялось уже в главе IV первой монографии Любавского.
С сообщением "К истории Литовско-Русского сейма" своего рода проспект-программой будущего исследования М. К. Любавский выступил еще в феврале 1896 г. на заседании ОИДР. После шести лет работы тезисы переросли в фундаментальную монографию, ставившей своей целью изучение того центрального учреждения Литвы, в котором выражен "наиболее общий итог социально-политической истории этого государства за время его самостоятельного существования".
В сумме своей магистерское и докторское исследования давали возможность рассмотреть социально-политический аспект внутреннего развития Великого Княжества Литовского в XIV–XVI вв. Успешному выполнению поставленных задач способствовало существование в русской историографии конца XIX в. труда В. О. Ключевского о Боярской думе, основанного на материалах по истории Северо-Восточной Руси.
Разрешение такой сложной и не разработанной в историко-юридической литературе темы, как Литовско-Русский сейм, требовало глубокой самостоятельной проработки большого комплекса источников, начиная с древнейших летописей и кончая огромным актовым материалом, взятым из отечественных и зарубежных (польских, немецких) публикаций второй половины XIX в.
Основной объект изучения требовал в первую очередь анализа законодательных памятников. Здесь ученый с успехом применил историко-сравнительный метод. Сравнение более ранних статутов с более поздними давало возможность проследить их эволюцию, а их проверка и дополнение по другим источникам (преимущественно по актовому материалу, отображавшему повседневную жизнь государства) позволяли решить вопрос о степени реализации законодательства в действительности. Источниковедческая критика проводилась и путем анализа содержания самого источника, и путем использования результатов самостоятельных генеалогических разысканий.
Ценной чертой источниковедческого анализа, проведенного М. К. Любавским, стало умение выделять при изучении документов интересы того или иного социального слоя, которые в свою очередь накладывали отпечаток на характер и содержание источника. Выявляя в документе подобные интересы, историк всегда исходил из вопроса: кому это более всего выгодно? Нередко он признавал при этом преобладание экономических интересов над политическими и правовыми.
Логичная структура работы позволяла не потеряться в море фактов, а целенаправленно двигаться к решению поставленных задач. Конкретные, доказательные ответы на главные вопросы исследования (социально-политическое устройство Литовского государства в XIV–XVI вв., история его сейма и двух его "станов" шляхты и панов-рады, внешнеполитические отношения Литвы с Москвой и Польшей, уния с Польшей, система внутреннего управления Литовского государства и т. д.) стали важным научным достижением отечественной историографии. В ее арсенал вошел и вывод М. К. Любавского о сейме как порождении особенностей внутреннего развития социально-политического строя Литвы. Рассматривая феодализм в качестве формы организации власти и управления, ученый оставался на позициях государственной школы, но понимание сущности социальных процессов было более глубоким. Это сказалось в трактовке привилегированного положения и видной роли правящего шляхетского сословия в делах управления государством как прямого следствия экономического могущества шляхты по сравнению с другими слоями населения. Справедливо отмечалось, что "экономические факторы берут обыкновенно свое вопреки юридическим ограничениям".
Основанное на богатом и в значительной степени новом материале исследование М. К. Любавского "Литовско-русский сейм" было признано "ценным вкладом в историческую науку, восполняющим крупный пробел в русской и польской литературе по историографии Западной Руси". После защиты исследования как докторской диссертации 28 мая 1901 г. его автор был единогласно удостоен степени доктора русской истории. Труды М. К. Любавского, по мнению одного из рецензентов, составили "новую эпоху в развитии научного изучения прошлого Литовско-Русского государства". Правда, в эти годы некоторые ученые не только пытались оспаривать выводы Любавского об организации центральных учреждений Литовского государства (М. В. Довнар-Запольский), но и демонстрировали полное непризнание их правоты (Н. А. Максимейко, Ф. И. Леонтович). Матвей Кузьмич детально и критически рассмотрел аргументацию рецензентов и отстоял свою позицию. Советская историография признала верность выводов М. К. Любавского.
После успешной защиты докторской диссертации М. К. Любавский, утвержденный в 1902 г. в должности экстраординарного профессора, фактически стал преемником В. О. Ключевского на кафедре русской истории. Получение кафедры состоялось при личном содействии В. О. Ключевского.
Новое положение обусловливало и иные масштабы работы. В 1902–1905 гг. Любавский стал читать курс по "Древней русской истории", вел семинары по теме "Главные источники древней русской истории" (летописи, Русская Правда, Судебник 1497 г.), по историографии и др. Он продолжал также вести курсы по исторической географии и истории западных славян, давал уроки в средних учебных заведениях, исполнял обязанности секретаря факультета, преподавал на Высших женских курсах. Как видим, его педагогическая нагрузка в эти годы весьма внушительная.
Кроме того, в активе Любавского как исследователя к 1905 г. числилось около 25 печатных работ по истории Великого Княжества Литовского и западного славянства.
В эпоху революций (1905–1917 гг.). В период революционных потрясений 1905–1907 гг. русская либеральная буржуазия стала ратовать за единение с царизмом, твердой законной властью. Это было характерно и для М. К. Любавского, показавшего себя "академически" мыслящим консерватором. Под напором революционного движения правительство было вынуждено идти на уступки. Так, подачку в виде "Временных правил" подбросили и либерально настроенной профессуре Московского университета. Здесь вводилась ограниченная автономия. Совет университета избрал первого выборного ректора: 3 сентября им стал князь С. Н. Трубецкой, известный русский философ-идеалист и сторонник конституционной монархии. Для управления хозяйственными и учебными делами университета была создана комиссия в составе Р. Ю. Виппера, В. О. Ключевского, М. К. Любавского, В. И. Вернадского, К. А. Умова, К. А. Тимирязева, П. И. Новгородцева, И. А. Каблукова, В. М. Хвостова, А. Б. Фохта, И. Г. Спижарного и Д. И. Дьяконова.
Отрицательно относясь к революционному движению в эти годы, М. К. Любавский считал, что революционные события станут причиной гибели высшей школы на несколько лет. Революция определила и его отношение к основным политическим партиям России. К кадетам ученый по своим убеждениям примкнуть не мог, так как они "не провели достаточно резкой границы между собой и революционными партиями". Умеренно-прогрессивная партия отталкивала его своей "четыреххвостностью" (всеобщая, прямая, равная и тайная подача голосов). Монархические партии были "уж очень ветхозаветны". "Скорее всего примкну к так называемой партии 17 октября, писал Любавский Герье, хотя по-настоящему следовало бы организовать свою партию октроированной конституции". В предчувствии крайностей Матвей Кузьмич начал серьезно подумывать о перемене рода деятельности, поскольку ожидал в исторической науке "либо господства реакционного деспотизма, либо господства якобинского деспотизма". "И то и другое, отмечал он, одинаково для меня ненавистно".
В 1908 г. М. К. Любавский был избран деканом историко-филологического факультета и снова активно включился в административную работу не без желания способствовать введению студенческой молодежи в русло академической науки.
В небольших статьях, публиковавшихся в газете "Голос Москвы" (издатель и редактор А. И. Гучков), где Любавский вел отдел университетской жизни, Матвей Кузьмич раскрывал свое политическое кредо, призывал водрузить в университете знамя "академизма", покончить с ним как политическим клубом и "вернуть его к прямому назначению служения науке". Ученый критиковал представителей "крайних" направлений (монархистов и социал-демократов) за "невнимание к условиям и данным текущей русской жизни, непонимание действительности". (Первых за попытки объяснить революцию как кару за отступление от истинно русского начала и введение конституции, а вторых за их веру, что "все можно перевернуть в России вверх дном" путем революционного изменения общественного строя.) Любавский считал революционные потрясения, переживаемые страной, не случайными событиями, а явлением, которое "долгое время вскармливалось и вспаивалось отсутствием политической свободы, приказным гнетом и произволом, поверхностным образованием нашего общества, народным невежеством и нищетою. Теперь же оно только вышло наружу во всей своей красе и силе". Это отнюдь не означало, что он признавал революцию закономерным явлением в жизни общества. "Мы противники революции не только как практической политики, но и как исторической теории", писал Любавский в работе "Конституционное движение в России".