"Обозрения преподавания" в университетах свидетельствуют о том, что общие курсы истории славян на историко-филологических факультетах уже в конце XIX века стали сопровождаться специальными (по славянской проблематике). В 1900–1901 годах в Петербургском университете читалась "История Польши в Средние века" (В.В. Новодворский) и "История Македонии" (А.А. Придик). В Московском университете известен курс по истории западных славян М.К. Любавского, в университете св. Владимира в 1898–1900 годах студентам предлагались лекции по истории славянского Возрождения (А.И. Степович), истории польского народа и курс "Введение в славяноведение" (Т.Д. Флоринский). Тогда же И.И. Смирнов читал курс истории южных славян в Казанском университете, в Варшавском университете студенты слушали лекции К.Я. Грота о древностях южных славян.
В конце XIX – начале XX века в тематике специальных курсов нечеткого содержания находят отражение некоторые новые явления отечественной исторической науки, в том числе интерес к теоретическим проблемам – историографии и методологии. Специальные курсы формируют общую и "прикладную" историографию, первую – как предмет, вторую – как обязательную принадлежность университетского исторического преподавания. В конце XIX века В.О. Ключевский читал в Московском университете "Обзор русской историографии", сопровождая его семинарием, Д.И. Багалей в Харьковском – курс "Русская историография", В.С. Иконников в университете св. Владимира – "Очерк обработки русской истории в XVIII–XIX столетиях", Н.Н. Фирсов в Казанском – "Русскую историографию от Татищева до новейшего времени", Д.В. Цветаев в Варшавском – "Курс русской историографии и методологии". А.С. Лаппо-Данилевский в Петербургском университете начал преподавание методологических проблем истории и источниковедения. В Юрьевском университете О.Л. Вальтц курсом "Об историках нового времени" ушел в область историографии всеобщей истории; западноевропейской историографии были посвящены и лекции В.К. Пискорского в университете св. Владимира.
Как специальные курсы рождались в университетах и другие новые предметы преподавания: источниковедение (В.О. Ключевский в Московском университете, В.Б. Антонович и В.С. Иконников в университете св. Владимира, А.Н. Ясинский в Юрьевском), историческая география (М.К. Любавский в Москве, Е.Е. Замысловский и С.М. Середонин в Петербурге), византиноведение, история Востока.
Вопрос о системе специальных курсов, особенностях их тематики в каждом отдельном университете требует самостоятельного исследования. Однако уже поверхностное наблюдение за практикой их постановки позволяет сделать вывод, что они лишь в редких случаях имели жесткую связь с темами магистерских и докторских диссертаций преподавателей, но столь же редко выходили за пределы отрасли науки, в которой специализировался сам лектор.
Часть специальных курсов на исторических отделениях углубляла преподавание общих. Другая их часть особенностью тематики обусловила появление в учебном процессе совершенно новых предметов. Позже, на этапе полного отделения исторического образования от филологического, эти предметы приобрели статусы общих специальных и вспомогательных дисциплин фундаментальной исторической подготовки.
Развитие российских университетов в XIX веке было сопряжено и с поисками теоретических и организационных основ подготовки преподавателей для собственных учебных нужд. Практика приглашения их из-за рубежа уже в первой половине столетия изжила себя как не соответствующая национальным интересам страны. Устав 1804 года провозгласил одной из привилегий университетов право присвоения ими ученых степеней. На этой основе уже в первой половине XIX века началась работа университетов и правительства по определению стабильной системы ученых степеней и порядка их присуждения.
Итогом этой деятельности было конституирование для большинства университетских наук трех ученых степеней: кандидата, магистра и доктора; из этой "лестницы" выпадали лишь медицинские науки, где отсутствовала ступень магистра. Первая, кандидатская степень была в то же время и выпускной по университету для наиболее способных и стремящихся к "ученому поприщу" студентов, в этом плане она указывала на преемственность между университетской и послеуниверситетской научной подготовкой молодых людей. Применительно к исторической науке трехчленная система ученых степеней получила привязку к основным отраслям этой науки во время университетской реформы 1860-х годов: кандидат истории, магистр русской истории, всеобщей истории или теории и истории искусств; для факультета восточных языков – магистр истории Востока. Докторская степень присуждалась по тем же специализациям.
В отличие от западноевропейской в российской системе было на одну ученую степень больше. В процессе обсуждения вопроса о градации русских ученых степеней нередко сама профессура заявляла об их излишней громоздкости, аргументируя свои позиции тем, что трехчленная "лестница" слишком усложняет и затягивает производство докторов наук. Реформа 1884 года, введя государственную аттестацию выпускников экзаменационными комиссиями, упразднила деление первых на кандидатов и действительных студентов. На все оставшееся дореволюционное время были учреждены две новые квалификационные аттестации: дипломы первой и второй степени; при этом путь к ученой степени магистра открывал лишь диплом первой степени. Университетам оставили право выдавать окончившим курс лишь выпускные свидетельства. В конечном выражении "Таблица ученых степеней" для наук исторических, филологических, юридических, естественных и точных стала двучленной: магистр и доктор наук. При обсуждении проектов нового университетского устава в начале XX века высказывались мнения и в пользу восстановления кандидатской ученой степени, и в пользу упразднения магистерской, но незавершенность работы оставила систему ученых степеней в прежнем виде.
Другим направлением работы по линии воспроизводства преподавательских кадров стало определение общих правил присвоения ученых степеней. До 1819 года таких правил не существовало, и каждый университет возводил в ученые степени на основе своих внутренних установлений. В 1816 году, в связи с возникшим в Дерптском университете "делом" о неправильном производстве нескольких лиц в степень доктора права, Александр I распорядился "определить точнейшим образом правила производства в ученые степени и приостановить само возведение в них до издания особенного по этому предмету "Положения". В 1819 году этот документ был принят по проекту комиссии, возглавлявшейся попечителем Петербургского учебного округа С.С. Уваровым. Основным в Положении было разделение наук, по кругу которых разрешалось приобретать ученые степени, на "роды" по числу факультетов в университетах: философские, юридические и медицинские. Исторические науки были отнесены к составу философских. Тогда же был установлен и сам порядок приобретения ученых степеней: обязательное представление диссертаций и испытания, устные и письменные, для ищущих ученую степень магистра и доктора, причем соискатели экзаменовались по всем предметам словесного отделения философского факультета.
Новое Положение, составленное при министре С.С. Уварове, было утверждено 28 апреля 1837 года "в виде опыта на три года". Оно предусматривало деление единых магистерской и докторской степеней по философским наукам на пять разрядов, в том числе был введен разряд исторических наук. Другим нововведением стала специализация магистерского и докторского экзаменов, с подразделением предметов на главные и второстепенные. Для экзаменующихся на магистра истории к первым отнесли всеобщую и российскую историю, ко вторым – политическую экономию и статистику. Положение 1837 года отличалось от прежнего и тем, что значительно возросла строгость экзаменов, особенно на степень магистра. Наряду с устными испытаниями соискатель этой степени письменно отвечал на два вопроса, ищущий степень доктора – на три.
В 1840 году по ходатайству С.С. Уварова действие временного "Положения" было продлено, а в 1844 году оно было заменено постоянным, выработанным комитетом из академиков и профессоров под руководством товарища министра просвещения П.А. Ширинского-Шихматова. Составители проекта исходили из того, что прежние правила слишком затрудняли приобретение ученых степеней: за десять лет, с 1832 по 1842 год, в шести университетах России степени доктора было удостоено, не считая медицинские факультеты, только 28 человек, магистра – 55; для заполнения же профессорских и адъюнктских вакансий требовалось не менее 12 докторов и магистров в год. "Положение" 1844 года пошло по пути дальнейшего облегчения процедуры приобретения ученых степеней магистра и доктора. Число разрядов магистров по словесному отделению наук было увеличено с пяти до девяти, единый разряд истории делился на два самостоятельных: всеобщей истории и русской истории; докторская степень сохранялась как универсальная – исторических наук, политической экономии и статистики. Количество письменных экзаменов для соискателей той и другой степени было сокращено до одного.
В 1852 году началась долговременная работа по дальнейшему упрощению процедуры приобретения ученых степеней. Главным объектом наступления стали испытания на степень доктора наук. Обсуждалась и возможность дальнейшего увеличения количества разрядов магистра для исторических наук: в проектах Ученого комитета министерства просвещения и Петербургского университета, в частности, значился дополнительный разряд магистра археологии. Вслед за новым университетским уставом в апреле 1864 года министерство просвещения утвердило усовершенствованное Положение об испытаниях на звание действительного студента и на ученые степени. Количество магистерских разрядов по истории было доведено до четырех, к прежним – всеобщей истории, русской истории и истории Востока – прибавился разряд теории и истории искусств, приспособленный к новой университетской кафедре. Такую же градацию получил и прежде универсальный докторский разряд, попутно освобожденный от привесков политической экономии и статистики. Положение 1864 года отменило экзамены для соискателей докторской степени. Испытания на степень магистра были установлены только в устной форме с традиционным делением предметов на главные и "вторые". Количество их было сведено до рационального минимума. До 1864 года магистерский экзамен для историка состоял порой из 6–8 этапов. Так, магистрант всеобщей истории А.Г. Брикнер в 1862 году экзаменовался устно в Петербургском университете по семи позициям: всеобщей истории (три вопроса), русской истории (три), статистике (два), политической экономии (два), международному праву (четыре), древней географии (один) и новой географии (два); кроме того, он письменно отвечал на вопрос о роли Кромвеля в английской революции. Положение 1864 года ввело новую "Таблицу испытаний на степень магистра", которая определила круг предметов для магистерских экзаменов по историческим наукам в более разумном для специальной подготовки выражении: на степень магистра всеобщей истории главный предмет – всеобщая история, вторые предметы – русская история и политическая экономия; на степень магистра русской истории – русская история (главный), всеобщая история и политическая экономия (вторые); на степень магистра теории и истории искусств главные предметы – теория искусств, история греческого и римского искусства, второй – греческие и римские древности. По разряду истории Востока на факультете восточных языков основными предметами экзамена устанавливались история семитических народов, история Северо-Восточной Азии, история арийских народов; к вспомогательным отнесли всеобщую историю.
Предметные блоки магистерских экзаменов исторической специализации по Положению 1864 года имели недостатки. Политическая экономия, признанная важной для историка, уставом 1863 года как кафедра была отнесена к юридическому факультету и как предмет не была обязательной для историка; не случайно в 1880-е годы начинается кампания за возвращение этого предмета на историко-филологический факультет. Ищущие степень магистра теории и истории искусств получили возможность не экзаменоваться даже по античной истории, не говоря уже о всеобщей, а в блоке экзаменов на степень магистра истории Востока по столь же непонятным причинам место русской истории заняла всеобщая. При всем этом ученые разряды исторического профиля с определенным в 1864 году набором магистерских экзаменов прочно закрепились в университетском обиходе, хотя уже в 1870-е годы пришлось решать вопрос о конституировании еще одного магистерского разряда – церковной истории.