22 сентября 1935 года (30 декабря - для флота) постановлением Совета Народных Комиссаров в вооруженных силах вновь были введены воинские звания - от маршала Советского Союза, командарма, комкора и комбрига (первого и второго рангов) до лейтенанта. В ноябре того же года В.К. Блюхер, С.М. Буденный, К.Е. Ворошилов, А.И. Егоров и М.Н. Тухачевский получили маршальские звания, а И.П. Белов, С.С. Каменев, И.П. Уборевич, Б.М. Шапошников и И.Е. Якир стали командармами первого ранга. К 1936 году в Красной Армии числилось 16 командармов (5 первого и 11 второго ранга), 62 комкора, 201 комдив, 474 комбрига, 1713 полковников, 5501 майор, 14 369 капитанов, 26 082 старших лейтенанта и 58 582 лейтенанта.
Все эти старшие и во многих случаях младшие командиры были испытанными боевыми ветеранами, некоторые из них являлись выдающимися военными теоретиками, дирижировавшими интеллектуальной революцией в Красной Армии и сделавшими ее одной из самых крупных и (по крайней мере потенциально) технически самых передовых армий в Европе. В начале 1937 года, когда участились производимые НКВД аресты политических руководителей "за пропаганду контрреволюционных троцкистских взглядов", первые менее крупные военные фигуры исчезли без объявления в прессе. Однако эти аресты ни в коей мере не подготовили военных к тому, что последует.
1 июня 1937 года в разделе хроники нескольких газет появилось объявление, что начальник политуправления РККА и первый заместитель народного комиссара обороны СССР Я.Б. Гамарник "запутался в своих связях с антисоветскими элементами и, очевидно страшась разоблачения, 31 мая покончил с собою". Через несколько дней, 11 июня, прокурор СССР сделал такое заявление для прессы:
"Расследование дела арестованных в разное время органами НКВД Маршала Союза ССР Тухачевского, командармов 1-го ранга И.Е. Якира и И.П. Уборевича, командарма 2-го ранга А.И. Корка, комкоров В.М. Примакова, В.К. Путны, Б.М. Фельдмана и Р.П. Эйдемана закончено и передано в суд. Поименованные обвинялись в нарушении воинского долга (присяги), измене Родине, измене народам СССР, измене Рабоче-Крестьянской Красной Армии. В тот же день состоялось закрытое судебное заседание Специального судебного присутствия Верховного Суда СССР. Все подсудимые были лишены воинских званий и приговорены к высшей мере уголовного наказания - расстрелу".
Это подтверждало и донесение военного атташе армии США в Москве, подполковника Филипа Р. Файмонвиля:
"В советской прессе 11 июня 1937 года появились сообщения, сводящиеся к тому, что восемь важных командиров Красной Армии были арестованы по обвинению в поддерживании изменнических связей с органами шпионажа иностранного правительства. Данное объявление было неожиданным, хотя слухи о тайных расследования ходили по Москве уже не одну неделю. Иностранное правительство, агенты которого якобы вступили в контакт с обвиняемыми, названо не было. Однако из редакционных статей и не оставляющих сомнений ссылок стало ясно, что арестованные обвинялись в изменнических связях с германской тайной полицией…
Все дело, похоже, было решено на тайном заседании суда 11 июня. В 11:4511 июня по радио сообщили, что все обвиняемые признали себя виновными и были приговорены к лишению всех воинских званий и расстрелу. Советская пресса нынешним утром, 12 июня, повторяет эту информацию. Хотя пот еще не было сделано никакого объявления о том, что приговор приведен в исполнение, не может быть больших сомнений, что обвиняемые уже казнены".
14 июня Народный Комиссариат Обороны (НКО) опубликовал приказ № 96, датированный 12 июня, который адресовался всем военнослужащим РККА и объявлял, что с 1 по 4 июня проходил военный совет в присутствии НКО и членов правительства. Участники заседания заслушали и обсудили доклад народного комиссара обороны К.Е. Ворошилова о раскрытой НКВД "изменнической контрреволюционной военной фашистской организации". Организация эта была "строго законспирированной и существовала долгое время и вела подлую подрывную деятельность и шпионскую работу в Красной Армии". Донесение военного атташе США в Москве от 17 июня вкратце подытожило потенциальное воздействие этой новой чистки. В предисловии к новому донесению атташе писал: "Недавняя казнь восьми бывших высокопоставленных командиров Красной Армии и самоубийство девятого свидетельствуют о кризисе в вооруженных силах Советского Союза, который вероятно серьезней любых беспорядков в Красной Армии со времен революции".
Последовавшая затем чистка не закончилась в июне 1937 года. Она постепенно разрасталась вширь, охватывая всех, кто принадлежал к прежнему окружению первоначально приговоренных. На армию это подействовало катастрофически - особенно ввиду общего увеличения вооруженных сил, которое происходило одновременно с чистками. Потери были столь серьезными и стремительными, что в 1937 году для заполнения командных и штабных вакансий пришлось пойти на ранний выпуск учащихся Академии Генерального штаба имени Ворошилова. Из выпуска в 188 учащихся 68 были назначены на ключевые командные и штабные посты; еще 60 сами угодили под чистку и оказались расстреляны.
Была сделана попытка компенсировать потери ускоренным повышением в чинах младших офицеров. С 1 марта 1937 года по 1 марта 1938 года Красная Армия повысила в чине 39 090 офицеров, в том числе 12 - до командующих военными округами, 35 - до командующих корпусами, 116 - до командующих дивизиями и бригадами и 490 - до командующих полками и эскадрильями. После этого оптового перехода к новым командирам средний возраст полковых командиров стал от 29 до 33 лет, командиров дивизий - от 35 до 38 лет и командующих корпусами и армиями от 40 до 43 лет. Одновременно примечательно возросла быстрота выдвижения на более высокие командные посты. С 1 марта 1937 года по 1 марта 1938 года 1 офицера повысили до командарма 1-го ранга, 5 - до командармов 2-го ранга, 30 - до комкора, 71 - до комдива, 257 - до комбрига, 1346 - до полковника и 5220 - до майора. С другой стороны, с 9 февраля 1939 года по 4 апреля 1940 года 20 комкоров произвели в командармы 2-го ранга (правда, уже во время Финской войны). 7 мая 1940 года НКО присвоил С.К Тимошенко, Г.И. Кулику и Б.М. Шапошникову звание маршалов Советского Союза. Не считая этих новых маршалов, мало кто из новых командиров обладал хоть каким-то боевым опытом.
Чистки также создали огромную текучесть в среде командного состава, что неизбежно оказало негативное действие на военное планирование и боеготовность войск. Например, в ВВС командарм 2-го ранга Я.И. Алкснис был в 1937 году казнен, а сменивший его генерал-полковник А.Д. Локтионов арестован в 1939 году. Сменивший его генерал-лейтенант П.В. Рычагов тоже был арестован; оба они были расстреляны без суда в октябре 1941 года. В самый канун войны была арестована (и расстреляна в октябре) группа выдающихся старших офицеров.
Вдобавок к Локтионову, командующему Прибалтийским особым военным округом, и Рычагову в эту группу также входили генерал-лейтенант Я.В. Смушкевич - заместитель начальника Генерального Штаба Красной Армии, генерал-полковник Г.М. Штерн, начальник Управления Противовоздушной Обороны Красной Армии, генерал-майор Г.К. Савченко - заместитель начальника Артиллерийского Управления Красной Армии, генерал-лейтенант Ф.К. Арженухин, начальник Академии ВВС, генерал-майор И.Ф. Сакриер - заместитель начальника главного управления ВВС по вооружениям, а также генерал-майор И.И. Проскуров - бывший начальник Главного разведывательного управления Красной Армии (ГРУ).
В список подвергшихся чистке командиров входили два заместителя народных комиссаров обороны (Тухачевский и Егоров) начальники подготовки Красной Армии, противовоздушной обороны, разведки, артиллерии, войск связи, мобилизационного, образовательного и медицинского управлений; все 16 командующих военными округами; 90 процентов заместителей командующих военными округами помощников командиров, начальники штабов и командующие родов войск; 80 процентов командующих корпусами и командующих дивизиями; 91 процент командиров полков, их заместителей и начальников штабов. Эти ужасные потери унесли 3 из 5 маршалов Советского Союза, 2 из 4 командармов 1-го ранга, 12 из 12 командармов 2-го ранга, 60 из 67 командиров корпусов, 136 из 199 командиров дивизий и 221 из 397 командующих дивизиями. Даже НКВД не избежал сталинского гнева - более 20 000 сотрудников этого ведомства попали под чистку, в том числе 10 000 человек из внутренних и пограничных войск.
Некоторые командующие чудом спаслись только для того, чтобы сразу оказаться в горниле советско-германской войны. 17 августа 1937 года был арестован командующий Ленинградским военным округом К.К. Рокоссовский - предположительно за связь с подвергшимся чистке маршалом Блюхером, первоначально обвиненный в саботаже и ослаблении боеготовности. Позже Рокоссовского обвинили в работе на польскую и японскую разведку, но нелепость данных обвинений была на его процессе настолько очевидной, что он избежал смерти. Тем не менее Рокоссовский почти три года просидел в тюрьме НКВД и был освобожден только 22 марта 1940 года. Затем НКО, сделав поразительный, но характерный поворот, назначил Рокоссовского командующим 5-м кавалерийским корпусом, а в 1941 году - новообразованным 9-м механизированным корпусом. Везение Рокоссовского разделили будущий генерал армии А.В. Горбатов, комкор Л.Г. Петровский и еще несколько командиров, избежавших мрачной сталинской косилки.
Когда в 1941 году началась война, чистки все еще продолжались. Это хорошо иллюстрирует причудливое и ныне хорошо известное дело генерала Мерецкова. К.А. Мерецков, ветеран гражданской войны в Испании, начальник штаба многих военных округов, осенью 1940 года занимавший пост начальника Генерального штаба Красной Армии, был арестован в июле 1941 года за былую дружбу с дискредитированным и расстрелянным командующим Западным фронтом генералом Д.Г. Павловым. Мерецкову повезло больше, чем подавляющему большинству других. Хотя в тюрьме НКВД с ним обращались весьма жестоко, Мерецкову, как и Рокоссовскому, улыбнулась судьба, и он избежал расстрела. Более того, в сентябре 1941 года он был реабилитирован и вернулся на фронт. Мерецков пережил и Сталина, и войну, в 1945 году закончив войну командующим фронтом в звании маршала Советского Союза.
Продолжающаяся чистка поглощала также офицеров из аннексированных Советским Союзом государств (например, Латвии, Литвы и Эстонии). После захвата Советами этих прибалтийских государств местные офицеры получили офицерские звания Красной Армии. В их число входили генерал-майор А.Н. Крустыньш, командующий 183-й стрелковой дивизии 24-го территориального стрелкового корпуса, генерал-майор И.К. Черниус еще один командир дивизии, и генерал-лейтенант Р.И. Клявиньш, командующий корпусом. Многих командиров из других прибалтийских государств чистка поглотила уже во время войны.
Окончательная цифра той дани, которую взяли чистки с офицерского корпуса Красной Армии, все еще неизвестна. На заседании НКО 29 ноября 1938 года протокол зафиксировал слова Ворошилова: "В ходе очищения Красной Армии в 1937–1938 годах мы подвергли чистке более 40 000 человек". Эта цифра конечно включала в себя все виды наказания - от расстрела до устного порицания. Более свежий анализ основанный на архивах Верховного Суда СССР и связанных с ним военных трибуналов дает общее число репрессированных с 1937 по 1941 год в 54 417.
Чистки сокрушительно подействовали на боевой дух и боеготовность Красной Армии. Относительно беспристрастные иностранные наблюдатели были откровенны в своих суждениях и, как показали последующие события, не ошибались в оценках. Файмонвиль, военный атташе США в Москве, сообщал:
"Казнь выдающихся военных руководителей Красной Армии и самоубийство Гамарника вызвали в Красной Армии чувство удивления, доходящее чуть ли не до остолбенения. Боевой дух получил серьезный удар… Вероятно, Красной Армии потребуется целиком обучить вновь призванных новобранцев, прежде чем она вновь обретет тот высокий уровень боевого духа, которого она достигла до этого процесса".
Военный атташе США в Риге цитировал из аналитического доклада латвийской разведки, что "боевая эффективность советской армии настолько сильно пострадала от недавних расследований и казней, что советский режим и сам сознает, что ему нельзя оказаться втянутым в войну, и будет делать в данное время неограниченные уступки, лишь бы предотвратить большую войну". Латыши были правы в своем суждении, что Советы будут любой ценой избегать войны с великой державой (вроде Германии), но чистки не удержали Советский Союз от действий против малых держав вроде Польши или Финляндии или от ограниченных боевых действий против Японии. К ужасу латышей, чистки не удержали Советы и от действий в 1940 году против них. Однако, как они и считали, и как продемонстрировала Финская война, боеспособность Красной Армии серьезно снизилась.
Чистки также явно побудили немцев к военным действиям против Советского Союза. Согласно одному ретроспективному советскому анализу, "гитлеровская военщина пришла в экстаз. Начальник Германского Генерального штаба, генерал фон Бек, анализируя военное положение летом 1938 года, сказал, что Красную Армию нельзя считать вооруженной силой, так как кровавые репрессии подорвали ее боевой дух и превратили ее в инертную военную машину". Последующее выступление Красной Армии в Польше и Финляндии никак не развеяло данного впечатления.
Внутри Красной Армии на ужасное состояние боевого духа указывали четкие индикаторы. Согласно данным Красной Армии, число самоубийств и несчастных случаев среди солдат и офицеров во второй четверти 1937 года резко возросло по сравнению с предыдущим годом: на 26,9 процента в Ленинградском военном округе; на 40 процентов в Белорусском военном округе; на 50 процентов в Киевском военном округе; на 90,9 процента в Особой Краснознаменной Дальневосточной армии; на 133 процента на Черноморском флоте; на 150 процентов в Харьковском военном округе; на 200 процентов в Тихоокеанском флоте. Соответственно возросло и число несчастных случаев. Вдобавок пьянство стало к 1937 году в Красной Армии такой проблемой, что в декабре этого года НКО пришлось издать приказ "О борьбе с пьянством в РККА". Приказ требовал от всех полков собрать совещания всех командных и надзорных кадров, на которых "с нажимом" описать все пьяные безобразия и заклеймить пьянство и пьяниц как недопустимое и позорное явление.