Первым заместителем Жукова был Н. Ф. Ватутин - представитель из ускоренного выпуска Академии Генштаба в 1937 год; бывший начальник штаба Киевского особого военного округа бывший начальник оперативного управления Генерального штаба. Описываемый своими современниками как человек, являющийся квинтэссенцией штабного офицера, Ватутин втайне горячо желал командовать войсками. Именно энергичный Ватутин составил в сентябре 1939 года план вторжения в Польшу, а июне 1940 года - в румынскую Бессарабию: Благодаря свое блестящей службе он был затем переведен в Генштаб, где сыграл видную роль в составлении под руководством Жукова, Тимошенко и Шапошникова военных и мобилизационных планов и переработке уставов Красной Армии. Когда разразилась война, Сталин, невзирая на протесты Ватутина, использовал его качестве своего личного представителя на тех ключевых участках фронта, где положение становилось угрожающим.
Жуков описывал Ватутина "как человека исключительно талантливого и обладателя большого стратегического ума". Когда Ватутин поднялся наконец до командующего фронтом, Василевский отметил его огромное мастерство по части проведения комбинированных операций. Ватутин, показавший себя одним из самых компетентных и смелых командиров Красной Армии, был смертельно ранен весной 1944 года.
Начальником оперативного управления Генштаба был выпускник Академии Генштаба 1938 года генерал-лейтенант Герман Капитонович Маландин, профессиональный штабной офицер, занимавший посты начальника штаба в пехотных частях на всех командных уровнях, а под конец прослуживший четыре года начальником штаба корпуса на Дальнем Востоке с 1930 по 1935 год. После окончания Академии Генерального штаба он в 1938–1939 годах занимался в ней преподавательской работой, а затем был назначен к Жукову заместителем начальника штаба Киевского Особого Военного округа (под начало Ватутина). Здесь в 1939 и 1940 годах он помогал составить планы военных операций в Польше и Бессарабии. После этого в феврале 1941 года Маландин перешел вместе с Жуковым в Генеральный штаб, где работал в тесном сотрудничестве с Ватутиным и Василевским над составлением предвоенных оперативных планов Красной Армии. Когда началась война, Тимошенко взял Маландина с собой в качестве начальника штаба Западного направления. Позже, во время обороны Москвы, Маландин служил начальником штаба у Жукова.
О работе этого профессионально компетентного штабного офицера нам лучше всего известно из уцелевших донесений, подготовленных им в период службы начальником штаба Западного направления и Западного фронта во время тяжелых боев 1941 года. Будущий начальник Генерального штаба С.М. Штеменко так описывал Маландина:
"Очень уравновешенный, всегда корректный человек, необычайно скромный и душевный. До самозабвения отдавался работе и умел ее выполнять, какой бы сложной она ни была. Герман Капитонович пользовался в Генштабе большим уважением за свою пунктуальность и глубину анализа обстановки. Он тоже вырос в крупного военного ученого и руководил Академией Генштаба".
Однако, хотя все эти качества требовались Маландину для выживания, они не обеспечили ему длительной славы.
Заместителем Маландина в оперативном управлении был Александр Михайлович Василевский - вероятно, наиболее способный офицер, какого произвела Красная Армия за время войны. Пехотинец, не пользующийся выгодами принадлежности к "кавалерийскому лобби", Василевский поднялся лишь благодаря своим достоинствам и пришел в Генеральный штаб после ускоренного выпуска учащихся Академии Генштаба в 1937 году. В предвоенные месяцы он тоже работал над оборонительными и мобилизационными планами. Поднявшись за четыре года в чинах от полковника до генерал-полковника, Василевский был любимцем Шапошникова и фактически стал его прямым наследником в Генштабе. Ровный характер и интеллектуальная острота Василевского уравновешивали голую силу и грубость Жукова, и за время войны из этой пары вышла превосходная "пожарная команда" эффективных представителей и командиров Ставки. В конце войны Василевский дорос до командующего театром военных действий, он спланировал и провел Манчжурскую операцию против японцев. Из штабных офицеров никто не внес большего вклада в разгром нацистской Германии, чем Василевский, Ватутин и их протеже А.И. Антонов.
В то время как Ватутин, Маландин и Василевский начинали войну на ключевых штабных постах, Алексей Иннокентьевич Антонов, будущая ведущая фигура в Генштабе Красной Армии, начал войну в относительной безвестности. Ветеран Мировой и Гражданской войн, Антонов оставался относительно незаметным до своего поступления в начале 1930-х годов на курсы академии имени Фрунзе, где в нем распознали "блестящего оперативного штабного работника". Превосходно проявив себя на посту начальника оперативного отдела Харьковского военного округа во время киевских маневров 1935 года, Антонов заслужил похвалу наркома обороны Ворошилова и принятие в Академию Генштаба - где он тоже попал в ускоренный выпуск 1937 года. После выпуска Антонов ненадолго сделался начальником штаба Московского военного округа под началом сталинского фаворита Буденного, а затем был назначен в академию имени Фрунзе на замену попавших под чистку преподавателей.
Произведенный в июне 1940 года (вместе с Василевским и многими другими) в генерал-майоры, Антонов во время массовых замен командующих в январе 1941 года сменил Маландина на посту заместителя начальника штаба Киевского особого военного округа, где и служил до начала войны. После того, как Антонов принял участие в неудачных боях 1941 года и в закончившемся поражением сражении под Харьковом в мае 1942 года, Василевский в декабре 1942 года привел его в Генштаб на пост начальника оперативного управления. Именно здесь Антонов впоследствии заслужит своей работой уважение и похвалу со стороны всех, кто его знал или работал с ним.
Трагический ход начального периода войны подверг тяжелому испытанию довоенных советских командующих военными округами. Немногие пережили это испытание. Генерал-полковник Михаил Петрович Кирпонос поднялся с командира 70-й стрелковой дивизии во время Финской войны до командующего Киевским особым военным округом. Ветеран Первой Мировой войны, он был в Гражданскую войну начальником штаба знаменитой 51-й стрелковой дивизии во время штурма Крыма, посещал в 1923 году Академию Генштаба, а с 1934 по 1939 год был начальником Казанского пехотного училища. После участия в боях на Дальнем Востоке (у озера Хасан и на Халхин-Голе) и в Финской войне Кирпонос командовал корпусом, Ленинградским военным округом, а в феврале 1941 года - Киевским особым военным округом, где и служил, когда началась война. Жуков в своих воспоминаниях хвалил Кирпоноса:
"Я был рад, что Киевский особый военный округ поручается такому достойному командиру. Конечно, у него, как и у многих других, еще не было необходимых знаний и опыта для руководства таким большим приграничным округом, но жизненный опыт, трудолюбие и природная смекалка гарантировали, что из Михаила Петровича выработается первоклассный командующий войсками".
Кирпонос доказал правоту Жукова. Он боролся (большей частью тщетно) с Главным командованием, добиваясь увеличения готовности к войне, а когда война началась, его войска вели себя в зачастую неудачных боях много лучше, чем войска других командующих фронтами. В сентябре 1941 года Кирпонос погиб в окружении в Киеве вместе с большей частью своего фронта и был лишен славы, которую он столь сильно заслужил.
Соседним Западным особым военным округом командовал генерал армии Дмитрий Григорьевич Павлов, тоже ветеран (и военнопленный) Первой мировой и участник Гражданской войны. Павлов был кавалерийским офицером, посещавшим в 1928 году академию имени Фрунзе ив 1931 году - Военно-техническую академию, где он, согласно рапорту, "активно боролся с троцкистами". После выпуска Павлов командовал одной из первых механизированных частей Красной Армии - 4-й механизированной бригадой. Затем в 1937 году, он поднялся до главы Автобронетанкового управления Красной Армии, где заслужил неуместное прозвище "советский Гудериан". Во время Гражданской войны в Испании, Павлов был отправлен в Испанию для получения опыта боевого применения танковых войск и вернулся оттуда с более трезвым взглядом на использование бронетанковых сил в современной войне. Эти взгляды способствовали тому, что Красная Армия в конце 1939 года отказалась от громоздких механизированных соединений. В 1940 году Павлов стал командующим Западным особым военным округом, а в январе 1941 года принял участие в московских военных играх - где проявил себя, по оценке наблюдателей, не очень блестяще.
Когда началась война, Павлов пал жертвой сталинского гнева за то, что потерял контроль над обстановкой - которую, наверное, не смог бы контролировать никто. Сталин обвинил Павлова в измене, снял с поста командующего и велел расстрелять. Трагическая судьба Павлова стала одним из последних проявлений дотянувшихся до войны безжалостных чисток.
Генерал-полковник Федор Исидорович Кузнецов был накануне войны третьим командующим крупным приграничным военным округом. Пехотный офицер и ветеран Первой Мировой и Гражданской войн, Кузнецов посещал в 1926 году академию имени Фрунзе, где в нем распознали присущие ему боевое мастерство и большой потенциал. В июле 1938 года, после службы преподавателем в Московском пехотном училище и в академии имени Фрунзе, он был назначен заместителем командующего Белорусским особым военным округом и помогал организовать вторжение в Восточную Польшу. Позже в том же году он командовал корпусом на Финской войне. Являя собой типичный пример "турбулентности" в советском командовании, Кузнецов на короткое время возглавил в 1940 году Академию Генерального штаба, затем принял командование Северо-Кавказским военным округом, и наконец, в конце того же года, Прибалтийским особым военным округом.
Получивший в феврале 1941 года звание генерал-полковника, Кузнецов тоже тщетно боролся с Главным командованием, добиваясь увеличения боеготовности войск округа. Накануне войны он самостоятельно принял меры для улучшения боеготовности войск округа. Хотя его войска были в июне-июле 1941 года разбиты, а Кузнецова освободили от командования армией, он все же пережил это испытание и позже служил заместителем командующего фронтом и возглавлял Академию Генштаба.
Командование армией было в Красной Армии 1941 года задачей неблагодарной, а зачастую и гибельной. Среди уцелевших командующих армиями должно хватить двух примеров. 22 июня 1941 года генерал-лейтенант Михаил Федорович Лукин командовал 16-й армией из резерва Ставки, сформированной на Дальнем Востоке и переброшенной в апреле-мае 1941 года на запад в качестве части стратегического резерва. Карьера Лукина может служить примером довоенной и военной судьбы многих командующих советскими армиями. Бывший в Первую Мировую войну унтер-офицером, Лукин в Гражданскую войну командовал стрелковым полком и бригадой, в начале 1920-х годов был заместителем командующего 7-й, а потом 99-й стрелковой дивизии и посещал в 1926 году академию имени Фрунзе. После выпуска из академии имени Фрунзе он командовал 23-й стрелковой дивизией и московским гарнизоном. В 1937 году чистки вознесли его на пост помощника начальника штаба, а потом и в начальники штаба Сибирского военного округа, а в 1938 году - в заместители командующего этого военного округа.
В июне 1940 году Лукину доверили формировать и возглавить 16-ю армию, а в апреле 1941 года он занимался передислоцированием этой армии на запад. Предназначавшаяся первоначально для поддержки Киевского особого военного округа, армия Лукина был с началом войны развернута к северу и вступила в бои в бурлящем котле к западу от Смоленска. Уцелевшие боевые донесения Лукина четко запечатлели то угнетающее положение, в которое попала его армия до ее окружения и уничтожения под Смоленском. К счастью, Лукин избежал судьбы, постигшей его армию. Позже, в таких же тяжелых боях под Вязьмой, Лукин сам был тяжело ранен и попал в плен, и, хотя первоначально Сталин объявил его предателем, Лукин пережил и немецкий плен, и гнев Сталина, заслужив уважение своих боевых товарищей и страны. Жуков считал, что доблестная оборона Смоленска Лукиным и его войсками внесли немалый вклад в итоговое поражение немцев под Москвой.
Коллегой Лукина по резервному эшелону был командующий 20-й армией генерал-лейтенант Павел Алексеевич Курочкин - участник штурма Зимнего дворца в 1917 году, а также ветеран боев на Западном фронте в Гражданскую войну. Кавалерийский офицер, Курочкин сначала учился и преподавал в Академии имени Фрунзе, а потом командовал кавалерийской бригадой и дивизией. В Финскую войну он командовал 28-м стрелковым корпусом, а в 1941 году закончил Академию Генштаба. После выпуска он был назначен командовать сперва Забайкальским, а потом, всего за несколько часов до начала войны, Орловским военным округом. По его словам, он "вступил в войну с марша". Известие о начале войны Курочкин получил по пути из Читы в свою новую штаб-квартиру. Когда он сделал остановку в Москве, Генштаб приказал ему набрать из войск военного округа 20-ю армию и "вести оборонительные операции на одном из решающих направлений на Западном фронте".
Курочкин так и поступил, и через неделю его армия, впервые теперь действовавшая в боевых условиях под началом незнакомого командующего, развернулась на линии Днепра западнее Смоленска, чтобы дать бой передовым частям двух немецких танковых групп. Армия Курочкина сражалась храбро, но была большей частью уничтожена в Смоленском котле. Курочкин уцелел и впоследствии командовал армиями и фронтом, а в послевоенные годы стал плодовитым и талантливым автором работ по структуре и теории вооруженных сил.
Это лишь два примера из многих, которые иллюстрируют шоковую и парализующую обстановку, в шторой оказались командующие фронтами и армиями. Многие из них погибли, но другие пережили это испытание и впоследствии воевали на более высоких постах. Схожий шок испытали и офицеры на более низких командных уровнях, где потери были еще более высокими. Именно из этих более низких уровней впоследствии вышли самые лучшие командиры корпусов и армий. Одним из них был Павел Алексеевич Ротмистров - кавалерийский офицер, участник Гражданской войны и армейский командир нижнего звена в 1930-е годы. Он начал войну в должности начальника штаба недавно сформированного 3-го механизированного корпуса в Прибалтийском особом военном округе. Ротмистров уцелел и позже командовал танковой бригадой под Москвой, танковым корпусом под Сталинградом и 5-й гвардейской танковой армией на более позднем этапе войны, а закончил войну в должности заместителя начальника автобронетанковых и механизированных войск советской армии.
Михаил Ефимович Катуков, начавший воевать полковником в должности командира 20-й танковой дивизии, впоследствии стал командующим 1-й гвардейской танковой армией. Полковник Семен Ильич Богданов схожим образом поднялся из командующего 30-й танковой дивизией до командующего 2-й гвардейской танковой армией. Та же картина проглядывает во всех родах войск. Уцелевшие при чистках и в первые кровавые месяцы войны не ударили в грязь лицом и в итоге победили. К чести Тимошенко, его реформы и та защита, которую он и другие обеспечили этим офицерам, дали возможность им и Красной Армии уцелеть и выйти из войны триумфаторами.
Однако на каждого из этих победителей хватало некомпетентных командиров и различных креатур Сталина, чьи положение и влияние создавали компетентным военачальникам массу проблем и затрудняли достижение победы. Шаблон их деятельности заложил непригодный для своего поста Ворошилов - и даже после замены на Тимошенко Ворошилов продолжал оказывать отрицательное влияние на доверенную ему часть военного руководства и распространять свою непригодность на весь доверенный ему фронт.
Однако больше всего вреда причиняли злобные и мстительные политработники, окружавшие Сталина, которых он использовал в качестве своих личных "инспекторов" для гарантирования дальнейшей преданности и повиновения всем его желаниям. Лишь самые сильные командующие могли противиться им, да и то с изрядным риском. Тут хватит и одного примера.
Лев Захарович Мехлис, который в 1944 году получил звание генерал-полковника, служил в Красной Армии партийным активистом со времен Гражданской войны, когда у него и завязались тесные отношения со Сталиным. Став выпускником Института Красной Профессуры, он с 1937 по 1940 год в звании армейского комиссара первого ранга являлся начальником Главного Политического Управления (ГлавПУР) Красной Армии, которое надзирало за проведением чисток. Назначенный в 1940 году народным комиссаром госконтроля СССР, он вскоре также стал заместителем наркома обороны. Во время войны, хотя Мехлис проявил некомпетентность, служа представителем Ставки (в Крыму в 1942 году) и был смещен с поста начальника ГлавПУРа, он не лишился милости Сталина как партийный сторожевой пес и продолжал досаждать командующим.
Хотя мало кто из командующих чувствовал в себе достаточно уверенности, чтобы даже в послевоенные годы критиковать Мехлиса, у Жукова нашлось для него мало добрых слов, а Штеменко впоследствии писал: