В 1540 году главой русского правительства при семилетнем Иване IV стал Иван Федорович Бельский, амнистировавший своего брата Семена. В 1541 году по приказу турецкого султана начался большой поход стотысячного войска крымского хана Сахиб Гирея на Москву, с трудом остановленный у Оки русскими войсками. Сахиб Гирей, возглавлявший поход писал малолетнему Ивану IV: "Прииду на тя, и стану под Москвою в твоем селе Воробьеве, и распущу войско свое, и пленю землю твою. Мы намерены, разграбив твои земли, схватить тебя самого, запрячь в соху и заставить сеять золу". Крымский хан вел на Москву кроме своих воинов турецких янычар, вооруженных пушками и пищалями, ногайцев и астраханцев. Русские войска под командованием князя Д. Бельского встретили Сахиб Гирея у Коломны и не дали перейти Оку. 31 июля крымский хан повернул своих воинов в Крым. В январе 1542 года Иван Бельский был отстранен от власти в Москве. Период боярского правления в Московском государстве продолжался до 1547 года. Иван Грозный в 1564 году писал Андрею Курбскому об этом периоде русской истории: "Со всех сторон на нас двинулись войной иноплеменные народы – литовцы, поляки, крымские татары, Надчитархан, нагаи, казанцы… а вы, изменники, тем временем начали причинять нам многие беды. Бояре, изменники, получили царство без правителя, бросились добывать богатство и славу и напали при этом друг на друга".
16 января 1547 года Иван Грозный венчался на царство. В марте 1549 года умер казанский хан Сафа Гирей – представитель крымской династии. Начались походы русских войск для овладения Казанским ханством – 1547–1548 и 1549–1550 годы. Серьезных результатов они не принесли. В 1551 году прямо напротив Казани была построена русская крепость Свияжск, ставшая военной базой русских войск.
В 1551 году в междоусобной борьбе была уничтожена вся семья Сахиб Гирея с ханом во главе. Крымским ханом стал Девлет Гирей II, правивший до 1577 года. Новый хан Девлет Гирей в 1552 году организовал свой первый набег на Москву. Вместе с татарскими войсками шел большой отряд турецких янычар Казим-мирзы с артиллерией. В июне крымские отряды подошли к Туле и попытались взять город приступом. Тульский гарнизон воеводы князя Григория Темкина отбил приступ, а в тот же день к городу подошли основные русские войска, которые догнали и основательно потрепали отступивших татар, отбив почти всю артиллерию и захватив много пленных и верблюдов, считавшихся тогда в России очень дорогой и экзотической добычей.
Набег Девлет Гирея вглубь русских земель преследовал своей целью захват центральных территорий Московского царства в тот момент, когда основные русские войска будут отвлечены на Казань. Тем самым крымский хан планировал и срыв русского похода на Казанское ханство – войска должны были защищать свои границы от очередного крупного набега крымских татар. Однако этого не произошло.
Русское правительство, своевременно предупрежденное о набеге Девлет Гирея, развернуло свои войска так, чтобы они могли прикрывать одновременно южные и юго-восточные границы – часть войск была сосредоточена в Коломне и Кашире, часть – в Муроме. Артиллерия – "наряд" и большие запасы продовольствия заранее были доставлены в Свияжск. Разгромив к 25 июня 1552 года войска Девлет Гирея, русская армия двумя дорогами – через Владимир, Муром, Рязань и Мещеру пошло на Казань. В середине августа войска подошли к Свияжску, пройдя 850 километров за 40 дней. 20 августа русские войска подошли к столице Казанского ханства. Казань имела двойные дубовые стены толщиной 9 метров при высоте 8 метров, пространство между которыми было засыпано камнем и глинистым илом, что делало почти невозможным пролом их артиллерийским огнем. Перед стенами был вырыт глубокий ров. Внутри находился 30-тысячный гарнизон. В короткий срок вокруг Казани русскими войсками были построены две линии из туров с позициями для артиллерии, расположенные в 200 метрах от крепостных стен. Одновременно под стены были прорыты минные подкопы. Царский опричник немец Г. Штаден оставил свидетельство очевидца о том,
"Как великий князь завоевал и добыл Казань и Астрахань.
Великий князь приказал срубить город с деревянными стенами, башнями, воротами, как настоящий город; а балки и бревна переметить все сверху донизу. Затем этот город был разобран, сложен на плоты и сплавлен вниз по Волге, вместе с воинскими людьми и крупной артиллерией, когда он подошел под Казань, он приказал возвести этот город и заполнить все укрепления землей; сам он возвратился на Москву, а город этот занял русскими людьми и артиллерией и назвал его Свияжском. Так казанцы лишились свободного пути и постоянно должны были биться и сражаться с русскими.
Великий князь вновь собрал великую силу и подошел опять к Казани; вел подкопы и взорвал их. Так взял он город, а казанского хана-царя Едигея взял в плен и отдал воинским людям город, как добычу".
После серии минных взрывов и артиллерийского обстрела города с туров начался кровопролитный штурм Казани. Один из героев взятия Казани князь Андрей Курбский впоследствии писал: "пока мы были далеко от стен, никто не стрелял из ручниц или стрел, а когда мы подошли близко, тогда впервые на нас был пущен огненный бой со стен и башен; тогда стрелы летели густо, наподобие частого дождя; тогда летело бесчисленное множество камней, так что и воздуха не видно было, когда же с великим трудом и бедою подошли мы ближе к стенам, тогда начали на нас поливать кипящим варом и бросать целыми бревнами".
В полдень 2 октября 1552 года Казань была взята русскими войсками.
Завоевав Казанское ханство. Московское государство получило восточные рынки и торговые пути, плодородные земли и богатые рыбные промыслы. Подобное усиление Русского государства обеспокоило не только Турцию и Крымское ханство, но и Польшу, Литву, Ливонию, Швецию, Рим и империю Габсбургов. Попытки русского правительства создать антикрымско-турецкую коалицию ни к чему не привели.
Следующий крымский набег на русские земли произошел летом 1555 года. В июне шестидесятитысячное татарское войско дошло до Тулы. 3 июля 1555 года произошла кровопролитная битва у урочища Судьбищи (позднее село Новосильское Тульской области), после которой татарское войско, десятикратно превышавшее по численности русскую рать И.В. Шереметева, повернуло назад, в Крым.
Новым видным торговым центром стала Астрахань. В 1554 году московская партия поставила астраханским ханом Дербыша, однако он был замечен в тесных отношениях с Крымским ханством. Тогда и было решено присоединить Астраханское ханство к России. Москва воспользовалась обращением татарской знати к русскому царю "чтобы русский государь оборонил их от Дербыша и учинил в Астрахани своих людей как и в Казани". В марте 1556 года к Астрахани подошли стрельцы под командованием Черемисова и Тетерина и казаки атамана Колулаева. Татарские отряды были разгромлены, хан Дербыш бежал к туркам в Азов. В 1556 году Астрахань была присоединена к Москве.
По свидетельству венецианского посла Франческо Тьеполо "при взятии Казани и Астрахани было, кроме конницы, какую Иван IV держал против перекопских или крымских татар и в других местах, более 100 тысяч конных, он мог бы выставить и 200 тысяч конных, и немалое число пеших". Ливонский летописец XVI века Рюссов писал: "Когда великий князь Московский покорил все княжества в России и оба упомянутые татарские царства, то с ним не мог уже справиться не только ливонский магистр, но и король".
После присоединения Казани и Астрахани Московское государство получило возможность прямой торговли с ханствами Средней Азии, Азербайджаном, Ираном, Ногайской Ордой, Турцией и Крымом. Это значительно увеличило и торговые обороты и доходы казны. Достаточно сказать, что до середины XVI века годовой оборот торговли России и Крымского ханства составлял 400 рублей – почти ничего. Основными торговыми городами были Москва, Казань, Астрахань, Новгород, Тара и Тобольск. Центром торговли Московского государства с Турцией и Крымским ханством был Путивль. В другие русские города доступ иностранцев был ограничен. Из России на Восток везли меха, кожи, железные, деревянные и текстильные изделия, воск, мед. Большое количество соли доставлялось из Соловков, что очень не устраивало и мешало Крымскому ханству, традиционному поставщику этого товара. Были и "заповедные товары", в частности оружие, торговать которыми могла только казна. В обмен шли шелковые ткани, бархат, текстиль, ковры, одежда, сафьян, пряности, бакалея, краски, драгоценные камни, оружие и конское снаряжение. Торговля с Турцией проходила по Дону и Черному морю, или через Крымский полуостров. Кроме традиционных мехов и кожи, Оттоманская Порта и Крымское ханство получали от Москвы ловчих птиц и моржовую кость, в Россию отправляли шелк-сырец, хлопок, шелковые, хлопчатобумажные и шерстяные ткани, кожу, сафьян, кафтаны, кушаки, ковры, бакалейные и москательные товары, монеты, изделия из золота и серебра, оружие и конское снаряжение. Крымское ханство поставляло также много скота.
После разгрома Казанского и Астраханского ханства появилась возможность населению Московского царства через Поволжье начать освоение Урала и Сибири, значительно расширить торговые связи со странами Азии и Кавказа. Во второй половине XVI века на новых землях были построены новые города – Самара, Саратов, Царицынка, Уфа, Чебоксары, Цивильск, Козьмодемьянск, Кокшайск, Сунгурск, Лаишев, Тетюшев, а немного позднее – Симбирск, Сызрань, Пенза, Тамбов.
Однако укрепиться на присоединенных территориях России удалось не сразу. В 1554 году на территорию России вторглись шведские войска короля Густава Вазы. После месячной неудачной осады шведами крепости Орешек русские войска воеводы Петра Щенятева отбросило шведские отряды от города и пошли на Выборг. В десяти километрах от Выборга – при озере Латецком – русские войска разгромили шведов. Густав Ваза попросил мира, который был подписан в 1557 году. Через год началась двадцатипятилетняя война с Ливонией, а точнее дележ наследства распавшегося Ливонского ордена европейскими державами.
"Главной целью русского правительства стало присоединение Прибалтики и получение удобного выхода к Балтийскому морю, от чего зависело развитие русской экономики. Войну ускорило заключение военного агрессивного союза Ордена с королем польским и великим князем литовским Сигизмундом Августом в сентябре 1557 года. Поводом к Ливонской войне послужил отказ Ливонского ордена от уплаты России "юрьевской дани", установленной договором между Иваном III и Орденом за владение городом Юрьевом (Дерпт, Тарту). Благодаря внезапности нападения русским удалось в течение полугода занять Нарву, Дерпт, восточные эстонские земли, выйти к Ревелю. В Латвии русское войско достигло Риги, а затем дошло до границ Литвы. После 6-месячного перемирия военные действия возобновились и были поначалу успешными для России: в 1560 году захвачены крепости Мариенбург и Феллин, магистр Ливонского ордена попал в плен. Орден, по существу, распался. Однако во время упомянутого перемирия ливонские власти успели заключить соглашение с польским королем при посредничестве датского короля. На втором этапе войны России предстояло иметь дело уже с тремя сильными противниками: Великим княжеством Литовским, объединенным унией с Польшей, Швецией, захватившей Северную Эстонию, и Данией, получившей остров Эзель (Сааремаа).
В феврале 1563 года русские войска взяли Полоцк, открыли дорогу к Вильне – столице Литовского княжества. В январе 1564 года под Оршей русские были разбиты. Ливонская война приняла затяжной характер. В годы опричнины военные действия шли с переменным успехом; земский собор 1566 года отверг предложение польского короля о перемирии и принял решение продолжать войну. С 1569 года России противостояло уже единое государство – Речь Посполитая. Однако польское "бескоролевье" начала 1570-х годов дало возможность Ивану IV предпринять еще одно наступление на Ливонию. Было создано вассальное Ливонское королевство во главе с братом датского короля Фредерика II Магнусом, замуж за которого Иван IV выдал свою племянницу – Марию Старицкую. Русские войска взяли несколько ливонских городов, осадили Ревель (август 1570 – март 1571 года), добились перемирия со Швецией, ведшей кратковременную войну с Россией. Союз с Магнусом в ходе войны распался.
В 1575 году польско-литовским королем стал Стефан Баторий, сторонник решительных антирусских действий. Хотя русскому войску удалось к 1577 году занять большую часть Ливонии, но в 1578 году Стефан Баторий перешел в наступление и отвоевал города в Ливонии, овладел в 1579 году Полоцком и в 1581 году взял Великие Луки и осадил Псков. К этому времени перешла к активным действиям и Швеция, занявшая в 1581 году Нарву, Ивангород, Ям и Копорье. Выхода к Балтийскому морю у России больше не было. Лишь героическая оборона Пскова предотвратила дальнейшее наступление на русские земли. Ям-Запольское перемирие с Речью Посполитой (1582) и Плюсское – со Швецией (1583) завершили Ливонскую войну, продолжавшуюся четверть века и окончившуюся поражением для России".
Русский историк С.Ф. Платонов так писал о Ливонской войне:
"С 1558 года шла у Грозного упорная борьба за балтийский берег. За преобладание на Балтике спорили многие прибалтийские государства, и старание Москвы стать на морском берегу твердой ногой поднимало против "московитов" и Швецию и Польшу и Германию. В два года (1558–1560) Ливония была разгромлена московскими войсками и распалась. Чтобы не отдаваться ненавистным московитам, Ливония по частям поддалась другим соседям: Лифляндия была присоединена к Литве, Эстляндия – к Швеции, о. Эзель – к Дании, а Курляндия была секуляризирована в ленной зависимости от польского короля. Литва и Швеция потребовали от Грозного, чтобы он очистил их новые владения. Грозный не пожелал, и, таким образом, война Ливонская с 1560 года переходит в войну Литовскую и Шведскую. Эта война затянулась надолго. Вначале Грозный имел большой успех в Литве: в 1563 году он взял Полоцк, и его войска доходили до самой Вильны. В 1565–1566 годах Литва готова была на почетный для Грозного мир и уступала Москве все ее приобретения. Но земский собор 1566 года высказался за продолжение войны с целью дальнейших земельных приобретений: желали всей Ливонии и Полоцкого повета к г. Полоцку. Война продолжалась вяло. С появлением Батория картина войны изменилась. Литва из обороны перешла в наступление. Баторий взял у Грозного Полоцк (1579), затем Великие Луки (1580) и, внеся войну в пределы Московского государства, осадил Псков (1581). Неудача Батория под Псковом, который геройски защищался, дозволила Грозному, при посредстве папского посла иезуита Поссевина, начать переговоры о мире. В 1582 году был заключен мир (точнее, перемирие на 10 лет) с Баторием, которому Грозный уступил все свои завоевания в Лифляндии и Литве, а в 1583 году Грозный помирился и со Швецией на том, что уступил ей Эстляндию и сверх того свои земли от Наровы до Ладожского озера по берегу Финского залива (Иван-город, Ям, Копорье, Орешек, Корелу). Таким образом, борьба, тянувшаяся четверть века, окончилась полной неудачей".
Русское государство в течение многих лет вело борьбу на два, а то и на три фронта, В течение 25 летней Ливонской войны татарские орда 21 раз совершали набеги на русские земли, 12 из которых возглавлялись непосредственно Девлет Гиреем или его сыновьями. Серьезное выступление против Турции и Крымского ханства было практически невозможно, но защищать южные границы России было необходимо.
Московское правительство было прекрасно осведомлено о внутренних делах Крымского ханства, о зависимости хана от знатных беков, и поддерживало отношения не только с ханом, но и с его родственниками и крымской знатью. Посылались гонцы, везли подарки. "Росписи поминков" – подарков хранились в Москве у казначеев. Основными "доброхотами" Москвы в Крыму были яшлавские беки Сулешевы, они возглавляли "московскую партию" в ханстве. Такие же "московские партии" были созданы в начале XVI века и в Казанском и Астраханском ханствах, в Ногайской Орде.
В марте 1556 года военный отряд, составленный из путивльских казаков и возглавляемый воеводой – Дьяком Ржевским, соединившись на Днепре с черкасскими и каневскими казаками, прошел к татарской крепости Исламкермен, но не стал ее брать. Русские осадили и взяли Очаков, побив турецко-татарское войско и освободив много славянских пленных, и стали возвращаться назад. За ними в погоню пошли турки из гарнизонов Очакова и Тягина с татарской ордой, догнали, в днепровских камышах попали в казацкую засаду и вернулись назад ни с чем. После этого отряд Ржевского у Исламкермена догнало крымско-татарское войско во главе с калгой, осадило казаков на днепровском острове, шесть дней пыталось разбить их, не смогло и тоже вернулось назад. Казацкий отряд благополучно вернулся в Путивль. Не получая никакой помощи от Польско-Литовского государства, Вишневецкий приехал в Москву, где принял присягу вечной службы московскому царю, получил в вотчину город Белев с округой и большое денежное жалованье.
Иван Грозный послал грамоту и послов польскому королю с известием о том, что Москва прервала все отношения с Крымом и предложил союз Польше и Литве против Крымского ханства, не выдвигая никаких территориальных претензий. Он сообщил, что собрано большое московское войско во главе с Вишневецким для похода на Крым. Однако польский король Сигизмунт-Август после длительных переговоров вместо союза с Московским государством возобновил союз с Крымом, направленный против Москвы. Объединенного удара по Крымскому ханству не получилось, хотя наиболее удобного случая разгромить Орду, ослабленную засухой, голодом и мором и представиться не могло. Вишневский пошел в поход на Крым с небольшим отрядом. Основные московские силы были заняты на Балтике, разгоралась Ливонская война. Вишневский прошел к Перекопу, где его ждало войско крымского хана. Сил не хватало, Вишневский подождал встречи с отрядом Ржевского и пошел в Исламкермен. Он планировал обойти Перекопскую крепость и захватить Гезлев-Евпаторию, единственный морской порт Крымского ханства, но неожиданно был отозван в Москву. Летом 1559 года план Вишневецкого был исполнен: восьмитысячное московское войско во главе с воеводой Данилой Адашевым на стругах от Кременчуга спустилось по Днепру и вошло в Черное море. Захватив два турецких корабля, русский отряд высадился на западном побережье Крыма. Разбив татарский заслон, отряд Адашева две недели опустошал крымское побережье и, "нагнав великого страху", благополучно вернулся домой.
Франческо Тьеполо писал: "Послав войска против прекопитов и нанеся им ряд поражений между Доном и Днепром, Иван IV принудил их отступить на их полуостров, где они при помощи турок и рва, отделяющего их от материка, нашли защиту от московитов, не дав им войти в Крым. Тут эти последние, появившись внезапно на множестве вооруженных судов и лодок из устьев Дона и Днепра, захватили в Черном море и Азовском три больших турецких корабля и много малых судов, а после этого безуспешно пытались взять город Азов, но были отозваны царем".
После серии этих походов крымский хан прислал посла к московскому царю с предложением мира, с чем Иван IV согласился, предупредив хана, что "русские люди узнали дорогу в Крым и полем и морем". Но мир был недолгим.