Этим повелеваем и силой власти Нашей приказываем всяким людям обоего пола, какого бы звания и состояния они не были, ныне в упомянутых городах, островах, землях и замках обитающим, или впредь обитать имеющим, признавать Великого Магистра и орден святого Иоанна Иерусалимского за полновластных своих государей, за законных властителей, и поэтому оказывать им всякое повиновение, которым верные подданы обязаны своему государю".
25 апреля 1530 года Жалованную грамоту императора Карла V утвердил римский папа. Верховная власть иоаннитов на Мальте была признана всеми христианскими государствами, которые установили с Орденом иоаннитов дипломатические отношения.
26 октября на Мальту прибыл Великий Магистр Филипп Виллье да л’Илль-Адам с Советом и главными командорами. Единственным укрепление Мальты был небольшой замок Святого Ангела, вокруг которого находилось рыбацкое селение. Командоры и рыцари разместились в рыбацких хижинах и шалашах. Через несколько дней Великий Магистр принял во владение Мальту. Столичный город Бирга, откуда орденские рыцари должны были защищать южное побережье Франции и Италии от постоянных набегов турок и пиратов, имел в диаметре менее километра.
Орден иоаннитов стал именовать себя сувереном Мальты. Рыцари Мальтийского ордена святого Иоанна Иерусалимского разделялись на восемь языков, или наций – Прованс, Овернь, Франция, Италия, Арагон с Каталонией и Наваррой, Кастилия с Португалией, Германия и Англия (позднее Бавария). Отдельный язык или нацию составляли рыцари одного государства, командоры, рыцари Большого Креста. Они образовывали великое приорство в этом государстве. Каждое приорство разделялось на судебные округа бальяжи, состоявшие из командорств. В каждом приорстве была своя казна, деньги в которую собирались в сборных пунктах, располагавшихся на торговых путях, и направлялись в резиденцию Ордена на Мальту.
Высшим органом Ордена являлся Священный Капитул, созывавшийся Великим Магистром во всех важных случаях. Непосредственное управление мальтийскими рыцарями осуществлял Совет Ордена, состоявший из Великого Магистра, епископа Мальты, приора церкви святого Иоанна, восьми представителей языков и провинциальных приоров. Совет ведал приемом в Орден новых членов, установлением пенсий, назначением на должности, рассматривал отчеты командоров, руководил внешней и внутренней политикой Ордена. Великий Магистр на Мальте имел титул "Преимущественное Величество" и являлся правящим государем. Во всех делах Ордена ему принадлежал решающий голос. Только он назначал рыцарей на все орденские должности.
После смерти Великого Магистра Совет и Священный Капитул собирался в церкви святого Иоанна, месте избрания нового гроссмейстера. На время избрания храм запирали. Все делегаты писали имя своего кандидата на листах и опускали их в особый ящик. Великий Магистр избирался большинством голосов.
Так же, в церкви, обычно принимали в члены Ордена простых рыцарей. Одетый в длинную одежду без пояса кандидат становился перед алтарем на колени и просил о принятии в Орден иоаннитов, мальтийских рыцарей. Ему давали в руки белую восковую горящую свечу, которая означала любовь к Богу и ближнему. Во имя Отца и Сына и Святого Духа кандидат принимал позолоченный меч для защиты католической веры, отражения и усмирения неприятелей, прощения покорившихся, и предоставления себя самого, в случае необходимости, за веру на смерть. Его опоясывали шарфом в знак хранения целомудрия и, вынув из ножен меч, трижды ударяли плашмя по плечу кандидата, напоминая о тех подвигах, которые он должен совершить во имя Господа. Сам вступающий получал меч и трижды вскидывал его вверх, во имя Пресвятой Троицы, вызывая на бой врагов христианской веры. Потом он вкладывал меч в ножны, что подтверждало то, что кандидат чужд всех пороков. Два рыцаря надевали ему на сапоги золотые шпоры. Ему читали проповедь непрестанно стремиться к похвальным делам и попирать золото ногами. После этого со свечами в руках все слушали торжественную мессу. Затем будущего иоаннита спрашивали, не женат ли он, не имеет ли долгов, не давал ли он обета в другом ордене. Кандидат отвечал, брал в руки Священное Писание и трижды торжественно клялся в том, что отвечал. После этого его ставили в рыцарский строй. На шею ему вешалась веревка, означавшая иго Господне, а в руки давался вышитый на чистом полотне восьмиконечный крест, напоминавший новому рыцарю о необходимости проливать свою кровь, защищая от врагов христианскую веру. После поступления в Орден рыцарь-иоаннит мог добавлять в свой герб орденскую символику.
В 1535 году большой флот иоаннитов был восстановлен после ужасного мальтийского урагана 23 октября 1533 года. Трижды в год выходил рыцарский флот в крейсерское плавание в открытое море из Большой Мальтийской гавани, закрываемой железной цепью. В 1535 году флот мальтийских рыцарей совместно с испанскими кораблями совершил рейд на алжирских пиратов Хайруддина Барбароссы. Испанцы и рыцари осадили и взяли турецкую крепость Гуллету, служившую Барбароссе арсеналом, захватили триста пушек, девяносто галер и освободили десять тысяч христианских пленников. Штурмом был взят Тунис, бывший тогда пиратской базой. Многие годы рыцари освобождали тысячи пленных христиан, громили пиратов. Борьба с ними принесла флоту мальтийских рыцарей европейскую славу.
В 1547 и 1551 годах турецкий десант высаживался на Мальте. Турки были сброшены в море, но успели разграбить плохо укрепленные районы островов Мальта и Гоццо. Рыцари выбили десант в море и начали укрепление островов фортификационными сооружениями. У входа в Большую Мальтийскую гавань они выстроили мощный форт Сент-Эльмо, отстроили форт Сан-Анжело, первый форт Святого Ангела, укрепили Биргу. У нового города Сенглеа был построен форт Сан-Микаэль. Современники писали, что Мальтийский орден "ревностно преследовал африканских пиратов, чуть ли не ежедневно привозя в Большую Мальтийскую гавань захваченные корабли с богатой добычей, так что морские силы ордена развились небывалым образом".
В 1551 году турецкие войска на ста двадцати кораблях с двенадцатью тысячами солдат во главе с Синан – пашой попыталась высадиться на Мальте, но были отброшены рыцарями. Турецкий флот пошел на Триполи. Гарнизон мальтийских рыцарей во главе с маршалом ордена Гаспаром да Валлье мужественно оборонял замок Триполи, который туркам все же удалось захватить. Через девять лет восемь галер Мальтийского ордена совместно с испанскими кораблями участвовали в попытке возвращения этого важного стратегического порта в Северной Африке, то Триполи отбить не удалось.
В августе 1557 года Великим Магистром Мальтийского ордена был избран гасконец Жан Паризо де ла Валетт. Он уже участвовал в защите Родоса в 1522 году от армии Сулеймана Великолепного. Ла Валетт часто выходил в море еще и как адмирал мальтийского орденского флота. Новый Великий Магистр, знавший итальянский, испанский, греческий, арабский и турецкий языки, пригласил на Мальту знаменитого военного инженера и фортификатора Бальтазаре Ланчи, который занялся укреплением фортов Мальты. На Мальте был построен и новый большой госпиталь.
18 мая 1565 года тридцатитысячная турецкая армия, состоявшая только из янычар, высадилась на Мальте. Во главе ее стоял знаменитый сераскер Мустафа – паша, штурмовавший в 1522 году Родос. У Великого Магистра было шестьсот рыцарей и семь тысяч солдат. Чуть позже из Сицилии удалось перебросить на Мальту пятьсот рыцарей и тысячу испанских аркебузиров.
Форт Сент-Эльмо защищали сто двадцать рыцарей и рота испанцев. Турецкие штурмы и канонады форта следовали один за другим. В течение месяца яростно отбивался гарнизон, пока не погиб, положив под стенами Сент-Эльмо десять тысяч янычар.
15 июля 1565 года ожесточенный штурм выдержала Бирга. Тысяча янычар на десяти кораблях попробовали обойти Биргу через южную сторону форта Сан-Анжело, но тут же попала под убийственный огонь засадной рыцарской батареи. Орудийные залпы отправили на дно девять судов и восемьсот янычар.
До 7 августа продолжался непрерывный обстрел Бирги, совсем разрушенной. Штурм крепости почти закончился победой турок, но Ла Валлет еще до рассвета 7 августа направил рыцарский отряд в турецкий лагерь. Рыцари стали громить лагерь, и турки, ворвавшиеся на остатки стен Бирги, вернулись его отбивать. 18 августа следующий яростный турецкий штурм был отбит благодаря изумительному мужеству отчаянно рубившихся рыцарей во главе с раненным Ла Валлетом.
6 сентября 1565 года на восточном побережье Мальты высадился небольшой отряд солдат, присланный из Сицилии испанским королем Филиппом II. На следующий день остатки турецкой армии, потеряв двадцать пять тысяч солдат, сняли осаду с Бирги и покинули Мальту. Потери ордена составили двести шестьдесят рыцарей и семь тысяч солдат. Описание осады из вековой давности дошли до нашего времени:
"Сто пятьдесят турецких военных кораблей, с армией до сорока тысяч человек, показались на горизонте Мальты. Командующий Мустафа-паша решил сейчас же атаковать Сент-Эльмо, так как от владения этой крепостью зависело владение гаванью, представлявшей безопасную якорную стоянку флоту.
Несмотря на сильнейший артиллерийский огонь из крепости и невообразимые затруднения, были проложены в скалистой почве, под надзором искусных турецких инженеров, углубления, которые, хотя и стоили жизни тысячам людей, но уже 24 мая 1565 года давали возможность обстреливать вражеские укрепления из пушек разного рода, так что внешние стены и укрепления в короткое время были обращены в кучи мусора. Равелин крепости скоро был захвачен турками, которые неустанно, даже ночью, при помощи фашин и наполненных шерстью и землею мешков, возвышали эти захваченные передовые шанцы, пока не достигли возможности, под прикрытием помещенных здесь пушек, вопреки отчаянному сопротивлению гарнизона, построить мост к брустверу, на котором завязалась ужасная резня, стоившая жизни большому числу жителей, чем пало с начала обороны.
16 июня галеры с моря, а 36 тяжелых орудий с суши открыли страшную пальбу, которою и последние остатки укреплений были разрушены. Герои-защитники образовали из себя несокрушимый вал, так как рыцари распределились между солдатами и ободряли их своим примером к устойчивости. Ла Валетт велел сделать множество деревянных кругов, которые макались в кипящее масло, затем обматывались шерстью или бумагой и насыщались, вместе с оберткой, составом, смешанным с селитрой и порохом. Эти кольца, зажженные и брошенные в ряды осаждающих, производили такое смятение и такой ужас, даже у храбрейших, что они начинали колебаться и, наконец, со всех ног бежали к морю. Поле боя было покрыто двумя тысячами турок, тогда как гарнизон потерял семнадцать рыцарей и около трехсот солдат.
После этого постыдного поражения Мустафа-паша решился вполне окружить Сент-Эльмо, гарнизон которого постоянно получал подкрепления из крепости Святого Ангела и столицы. Выполнив это, он 21 июня возобновил приступ. Но еще раз геройство гарнизона оспаривало у него победу: так он был три раза отбиваем, пока наступившая ночь не прекратила кровопролития и не дала защитникам крепости, лишенным всякой помощи извне и убежденным в своей близкой смерти, короткого отдыха. 23 июня нападения возобновились и кончились смертью последнего человека из гарнизона. Слишком дорого, потерею 8 000 человек, купили турки развалины одной маленькой крепости. Но еще чувствительнее были потери ордена – 130 рыцарей и около 1300 солдат.
5 июля Мустафа-паша приступил к обстреливанию замка Святого Ангела, крепости Святого Михаила и находившихся в гавани кораблей ордена. Десять дней длился разрушающий огонь артиллерии, наконец, когда укрепления уже были сильно повреждены, 15 июля начался приступ. С ужасным остервенением продолжался бой, в котором, со стороны осажденных, участвовали даже толпы детей, пока наступающие не обратились в дикое бегство. Более четырех тысяч турок погибло на этом приступе. Новый, предпринятый 2 августа приступ мог еще быть счастливо отражен; но когда нападение возобновилось 7 августа, казалось, что настал последний час ордену. Сам Мустафа повел восемь тысяч войска против замка Святого Михаила, между тем, как одновременно происходил натиск на другие укрепления также значительными по численности колоннами. За всякую голову христианина была назначена награда.
Именно в эту минуту наибольшей опасности, когда гарнизон замка Святого Михаила был не в состоянии продолжать оборону, рыцари выслали отряд всадников в лагерь турок, и отряд этот произвел там страшную резню. По донесении об этом Мустафа тотчас же приказал прекратить приступ в убеждении, что подходит подкрепление из Сицилии.
Приступы повторились 18,19,20 и 24 августа, и все разы они кончались полнейшим истощением обеих сторон. Ла Валетт, несмотря на свои 70 лет, обнаруживал истинно изумительную деятельность; не боясь никакой опасности, он показывался на опаснейших местах и распоряжался везде, где надо было ободрить сражающихся, причем, хотя был ранен, принимал участие в схватке.
По отступлении турок на всем острове осталось под оружием едва 600 защитников, почти все переранены".
Мальтийский орден стали называть морским щитом Европы, а Бирга получила название "Чита Витториза" – "город Победы".
В 1566 году султан вторично приказал штурмовать Мальту, но поход не состоялся. Перед отплытием флота в Стамбуле взорвался арсенал, уничтожив большую часть турецких галер, весь порох и запасы продовольствия также взлетели на воздух.
28 марта 1568 года на восточном побережье острова Мальта на горе Сцебрасс был основан город Лавалетта, названный так в честь Великого Магистра – победителя турок. Жан да Ла Валетт умер 21 августа 1568 года и был погребен в построенной им самим церкви Матери Божией Победительницы. Планирование и строительство города вели Джероламо Кассар и специально присланный римским папой известный архитектор Франческо Лапарелли. 15 марта 1571 года в новую столицу Мальты торжественно въехали рыцари во главе с Великим Магистром. Орден отчеканил памятные медали с изображением нового города и надписью "Malta renescens" – "Возрождающая Мальта", и датой. В 1573 году в Лавалетте действовал самый большой госпиталь, в котором лечились одновременно несколько тысяч человек. В 1577 году на Мальте был построен Кафедральный собор святого Иоанна и Дворец великих магистров. В 1616 году в Лавалетту был проведен водопровод, который обеспечил население столицы питьевой водой. На острове прекратились частые прежде эпидемии.
С 1565 года флот мальтийских рыцарей постоянно участвовал в совместных походах и морских сражениях европейских христианских государств Испании, Рима, Венеции, Генуи, Неаполя, Пармы против Турции.
7 октября 1571 года три галеры Мальтийского ордена под началом Пьетро Джустиниани на левом фланге в составе объединенного испано-венецианского флота участвовали в грандиозном морском сражении с двухсот сорока судами турок при Лепанто. Три мальтийские галеры выдержали страшный удар тридцати турецких судов, потеряв только один свой корабль. Общие потери турок составили сто сорок судов и тридцать тысяч солдат. Еще пять тысяч солдат были взяты в плен. Турция больше не властвовала на Средиземном море.
В начале XVII века флот Мальтийского ордена имел славу лучшего флота в Средиземном море. Мальтийский орден участвовал в военных действиях испанцев против Алжира в Северной Африке. Только за первую половину века рыцари одержали двадцать больших побед на море над тунисскими и алжирскими пиратами. В 1602 году мальтийские рыцари на западном побережье Пелопонесского полуострова захватили города Лепанто и Патры, в 1611 году – город Коринф. В 1615 году на Мальте попытался высадиться пятитысячный турецкий десант, но был сразу же сброшен в море. В 1645-1669 годах флот Мальтийского ордена участвовал в венециано-турецкой войне. В 1656 году у выхода из пролива Дарданеллы в Эгейском море мальтийские галеры участвовали в разгроме турецкого флота.
В 1670 году Мальта была значительно укреплена. Система фортификационных сооружений была расширена, построены новые форты и бастионы. Лавалетта, Бирга и Сенглеа составляли единый укрепленный комплекс вокруг Большой Мальтийской гавани. Мальтийские форты считались неприступными.
К концу XVII века Мальтийский орден превратился в могущественное независимое государство, обладавшее прославленным флотом. На Мальте была создана морская академия, вскоре ставшая лучшей в Европе. Сыновья многих владетельных сеньоров и даже государей учились на Мальте. Многие европейские монархи брали себе на службу моряков-рыцарей Ордена.
На Мальте были построены школы и знаменитый Мальтийский колледж, быстро ставший университетом, известным в Европе. Рыцарский орден покровительствовал занятиям наукой, музыкой, искусством. Иоанниты построили крупнейшую в Европе библиотеку, к концу XVIII века насчитывавшую около миллиона редчайших рукописей и книг. По всей Европе Орден иоаннистов основывал самые современные для того времени монастыри, в которых изучали анатомию и инфекционные болезни, занимался лечением душевнобольных, чего до него не делал почти никто.
В начале XVIII военно-морские подвиги мальтийских рыцарей продолжали удивлять Европу. Рыцарь Адриан Ланго на корабле "Святая Екатерина" атаковал сразу семь алжирских кораблей и захватил самый большой из них с сорока пушками и четырестами членами экипажа. Остальные корабли бежали, а мальтийская галера потеряла во время боя семь матросов. В 1715-1718 годах Мальтийский орден участвовал в войне с турками за Морею. Последний турецкий десант на десяти кораблях адмирала Абди – паши произошел в 1721 году. Рыцари даже не дали туркам высадиться на берег, отогнали корабли орудийным огнем с фортов.
Ситуация в Европе изменилась после Великой Французской революции 1789 года. Создавший империю в половину Европы Наполеон Бонапарт в июле 1798 года во время своей экспедиции в Египет взял Мальту. Поводом послужило то, что Мальта стала убежищем для французских дворян, бежавших из Франции после революции. Наполеоновские войска полностью ограбили остров – "сокровища, взятые здесь ими, были бесчисленны". В сентябре 1800 года Мальта была взята английским флотом.
До 1817 года Мальтийский орден находился в России. Усилившиеся короли конфисковали его приорства и имущества во многих странах. В 1826 году резиденция Ордена была перенесена в Феррару. В 1834 году капитул Ордена переехал в Рим. В связи с неопределенным положением иоаннитов Великий Магистр не избирался с 1805 по 1879 год. Орден иоаннитов оставался суверенным, несмотря на потерю Мальты. В 1879 году папа Лев III восстановил звание Великого Магистра. Резиденция Мальтийского ордена находилась в Риме, в особняке на улице Кондотти, расположенном рядом с Ватиканом. Иоанниты сосредоточились на благотворительной и медицинской деятельности. К 1914 году в Ордене оставалось четыре приорства: Римское, Богемское, Венецианское и Обеих Сицилий, два бальяжа, более ста командорств.