Наконец, на 29-й день безумно изматывающего пути каравеллы подошли к сильно выходившему в море мысу, где широкий песчаный берег довольно круто менял направление на юг, а ветер становился их боковым союзником. Со вздохом огромного облегчения и благодарности всевышнему Колумб назвал эту оконечность мысом "Спасибо Богу" ("Грасиас а Диос"). Теперь испанцы были у территории будущей Никарагуа. Продвинувшись на 120 миль к югу, Адмирал обнаружил устье реки, к которой он решил направить плоскодонную лодку для сбора дров и пополнения запасов воды. При возвращении лодка перевернулась при преодолении опасной песчаной косы, потеряв двух матросов. Продолжая путь на юг, флотилия прошла ночью мимо устья реки, которая позже получила название Сан-Хуан-дель-Норте. Эта река вытекала из большого озера Никарагуа, западный берег которого находился всего в 15 милях от Тихого океана. Не заметив тогда эту реку, Колумб лишился столь близкого и чрезвычайно важного нового открытия. Озеро Никарагуа в своем названии повторяло имя местного индейского вождя и впоследствии дало название всей будущей испанской провинции и образовавшейся на ней стране.
К югу от впадения реки Сан-Хуан в Карибское море путешественники повстречались с приветливыми хозяевами этих мест - индейцами племени таламаика, которые не могли предложить пришельцам ничего интересного из своих товаров, но получили от них приготовленные для таких случаев яркие и звонкие безделушки. Здесь для обследования прибрежных районов Колумб отправил целую экспедицию, которая при возвращении через несколько дней сообщила о большом природном изобилии этого края и принесла с собой его различные образцы, в том числе незнакомую по породе мартышку, американскую свинью пекари и других, которые служили веселым развлечением для экипажей. Несколько позже путешественники, к своей великой радости, обнаружили на побережье индейцев, носивших в качестве украшений крупные диски из чистого золота, которые с удовольствием их обменивали на обычный испанский товар. Отражая такие богатые впечатления от этой земли, испанцы впоследствии назвали ее Коста-Рика, что по-испански означает "богатый берег".
В течение почти двух недель Адмирал продолжал безуспешные поиски пролива и одновременно собирал золото. Исследование очень затруднялось отсутствием переводчика при выяснении у местных жителей сведений о местности, а объяснения на языке жестов нередко приводили к непониманию или неправильному восприятию ответов на вопросы о проливе, что вызывало потерю времени и усилий. Колумб начинает приходить к заключению, что в этих краях пролива не существует, и сосредоточивается на сборе золота и обнаружении удобного места для торговой фактории. После 10 дней пребывания в широкой лагуне Чирики флотилия выплывает в залив Москитос, где берег снова вытягивается в восточном направлении, и проходит под попутным западным ветром свыше 120 миль до залива Лимон. Здесь уже начиналась территория будущей Панамы, получившей свое название по имени рыбацкой деревни индейцев, которую потом откроет Бальбоа у места сегодняшней одноименной столицы страны. Однако из-за отсутствия удобной стоянки и враждебного поведения со стороны местных индейцев, Адмирал продолжает путь до великолепной гавани, которую он назвал Пуэрто-Бельо ("Прекрасный Порт").
В этом месте испанцы пробыли несколько дней, пополняя запасы и собирая у индейцев хлопок, а следующую остановку сделали в крохотной, но уютной гавани Пуэрто-дель-Ретрете, жители которой встретили пришельцев настолько враждебно, что последним пришлось применить огнестрельное оружие для отпора нападавших хозяев. Погода по-прежнему так продолжала мешать дальнейшему продвижению, что Колумб принимает решение вернуться в Пуэрто-Бельо, где рассчитывал получить у индейцев дополнительные золотые украшения. Когда каравеллы достигли этой гавани, ветер и течение вдруг снова переменились в обратную сторону. Как убедились на своем горьком опыте путешественники, в этих водах и ветер и течение меняются почти одновременно и меняются довольно часто, что превращает плавание в бесконечное мотание с запада на восток и обратно. Беспомощные парусники в течение целого месяца носило то вперед, то назад, не позволяя им продвигаться ни на запад, ни на восток. Навигацию еще больше усугубляли непрекращающиеся страшные ливни с громом и молниями, заставившие Адмирала сравнить заливавшие суда потоки воды с новым потопом. Люди были совершенно измотаны выпавшими на них новыми невыносимыми испытаниями, которые усугублялись постоянно сокращавшимися рационами питания. В ходе наступивших затем двух дней затишья им удалось подкрепиться мясом нескольких выловленных акул и привести каравеллы в удобную гавань, названную Кристобаль, в зоне сегодняшнего Панамского канала. Здесь обессиленные и голодающие экипажи встретили Рождество и новый, 1503 год.
После новогодней передышки Колумб продолжил обратный путь на запад вдоль негостеприимного берега Панамы в поисках места для основания фактории и 6 января обнаружил устье реки, которую в связи с выпавшим на тот день праздником Богоявления назвал Белен, то есть Вифлеем. Несколько дней спустя немного далее на запад корабельные лодки во главе с Бартоломео Колумбом открыли еще одну реку под названием Верагуа, по которой они поднялись вверх по течению, где обнаружили индейское поселение и наличие у его жителей золота. Вернувшись сюда через несколько дней, группа Бартоломео с помощью только своих ножей могла набрать в земле неожиданно много кусочков золота. Эта находка определила решение Адмирала основать на холме в устье реки Белен торговый пост с названием Санта-Мария-де-Белен, где он собрался оставить группу людей во главе с Бартоломео, а самому вернуться в Испанию за провиантом и колонистами.
Исходя из этого, все каравеллы благодаря сильным дождям и возникшему наводнению удалось ввести через песчаную косу в устье реки, где началось строительство укрепленного форта. Надо сказать, что выбранное Колумбом место торгового поста было чрезвычайно неудачным, так как весь окружавший его район подвергался огромному количеству осадков и сильным наводнениям, не говоря уже о невероятном количестве москитов и свирепствующей здесь малярии. Кроме того, европейцы не смогли сохранить хорошие отношения с хозяевами края. Пока продолжались строительные работы, испанцы небольшими группами стали скрытно проникать в индейское поселение золотоносного района, где касике Кибиан и его племя первоначально встретили пришельцев довольно дружелюбно, и силой оружия отнимать золото и женщин. Возмущенные таким поведением непрошеных соседей, индейцы стали готовиться к ответному удару по форту, но испанцам удалось узнать об этих планах и заблаговременно поймать в засаде Кибиана и около 30 его соплеменников.
Однако касике и большинству индейцев вскоре удалось бежать из плена и возглавить нападение на форт. Оно произошло как раз в то время, когда испанцы только закончили перетаскивание трех из четырех каравелл перед их отплытием в Испанию через обмелевшую песчаную косу речного русла в море и прощались с остающимися вместе с одним из парусников соотечественниками. Первую атаку индейцев 20 поселенцам с их овчаркой удалось отбить. Но отошедшие от форта туземцы обнаружили лодку испанцев во главе с капитаном флагмана Диего Тристаном, который возвращался по реке с последними пополнениями запасов воды к уходившим каравеллам Кибиан и его люди напали на лодку и убили всех, кто в ней находился, за исключением одного спасшегося в суматохе человека.
Теперь индейцы снова стали окружать форт, и экипажи стоявших в открытом море кораблей быстро отправились на берег для оказания помощи своим соотечественникам. В разгар этих событий Адмирал оказался на своей "Капитане" совершенно один, страдая от малярии. Несмотря на очень плохое состояние, он забрался на самую высокую мачту и стал кричать всем на берегу вернуться на суда, но из-за страшных непрекращавшихся воинственных воплей индейцев его никто не слышал. Не имея другого выхода, он посылает одного из испанцев с другой каравеллы добраться до берега вплавь, чтобы передать приказ брату Бартоломео. Прекрасный пловец Педро дэ Лемесна возвращается к Адмиралу с просьбой от брата о помощи в немедленной эвакуации всего форта. Но у Колумба оставалась всего одна лодка, которая к тому же была слишком глубокой для преодоления песчаной косы. Выход был найден смелым и смекалистым Диего Мендесом, который и ранее и потом проявлял свои выдающиеся качества на благо экспедиции в очень трудных обстоятельствах. Теперь он смог быстро построить плот, на котором все испанцы вместе с их запасами и вещами были переправлены на каравеллы.
Оставшееся в устье реки судно пришлось оставить вместе с покинутым фортом. Было 16 апреля, совпавшее с днем Пасхи. Каравеллы подняли якоря и взяли курс на Санто-Доминго.
Убедившись в предыдущие путешествия в том, как невероятно сложно и трудно двигаться на восток в северной части Карибского моря, преодолевая встречные ветры и течения, Адмирал решил двигаться к Эспаньоле вдоль южного берега нового материка в восточном направлении до примерного меридиана Санто-Доминго, а уже затем подняться к нему на север. Флотилия добралась всего лишь до Пуэрто-Бельо, когда стало очевидно, что проеденное червями дно каравеллы "Бискаина" пропускало слишком много воды, чтобы всем экипажем успевать откачивать и вычерпывать из нее воду. "Бискаину" пришлось покинуть, разместив ее людей на двух оставшихся парусниках, у которых течи становились тоже все больше. 1 мая путешественники, бессменно трудившиеся над откачкой набиравшейся в судах воды, оказались у большого материкового выступа, на котором сегодня проходит граница между Панамой и Колумбией и который называется мыс Тибурон. Здесь береговая линия делает крутой поворот на юг, что побудило лоцманов и капитанов прийти к заключению, что экспедиция уже вышла к востоку от Гваделупы. Они настояли перед разбитым малярией и артритом Адмиралом немедленно изменить курс на север. Больной Колумб не нашел в себе силы сопротивляться настойчивым требованиям своих людей и дал согласие на их предложение.
В тот же день флотилия оставила континент за кормой и двинулась в северном направлении, а через 12 дней она уже оказалась среди чрезвычайно трудных для навигации мангровых зарослей архипелага, названного Адмиралом в ходе второго плавания Садами Королевы. Другими словами, серьезно ошибшиеся в своих расчетах лоцманы привели каравеллы именно в те воды, которых и хотел избежать Колумб. Провиант практически совершенно закончился, люди теряли последние силы, а оба парусника из-за растущих течей едва держались на плаву, несмотря на непрерывную работу команд по откачке опасно поднимавшейся воды.
Сильный встречный ветер не позволял кораблям продвигаться на восток в течение шести дней, которые им пришлось проводить в небольшой гавани у одного из островков. Затем ветер ослабел, и дуэт теряющих силы парусников возобновил свои мучительный путь вдоль южного берега Кубы. Так они тащились еще три недели, но к 10 июня бухта Сантьяго по-прежнему еще оставалась значительно на востоке. Положение становилось все более серьезным, и думая теперь уже о спасении жизней, Адмирал решает выйти дальше в море в надежде подхватить боковой ветер и проскочить через пролив между Кубой и Эспаньолой к ее западной оконечности Тибурон. Но когда до этого мыса оставалось чуть более 100 миль, на каравелле "Бермуда" вода стала прибывать так быстро, что Колумб приказал развернуть каравеллы на Ямайку, на которую при имевшемся резвом попутном ветре они могли прийти значительно быстрее. 25 июня гибнувшие каравеллы достигли залива Санта-Глориа, который Адмирал открыл в ходе своего второго плавания. Люди были спасены.
Их сейчас оставалось 116 человек, которые разместились на палубах двух неспособных больше плыть парусников в кое-как слепленных каморках, покрытых от беспощадного солнца пальмовыми ветками. Самое главное теперь заключалось в нахождении еды. Совсем недалеко от лежащих на береговом песке каравелл находилось поселение дружелюбно настроенных тайно, но понимая жизненно важное значение сохранения с ними хороших отношений, Колумб запретил кому бы то ни было общаться с ними без его разрешения. Смелый и ловкий Диего Мендес вызвался отправиться на поиски продовольствия в сопровождении еще трех инициативных людей. Эта четверка смогла пересечь остров почти до его восточной оконечности, где им удалось купить довольно большое каноэ, которое с нагруженной до предела провизией они доставили к месту стоянки, к великой радости 112 давно изголодавшихся соотечественников. Находчивому Мендесу удалось также договориться о покупке продуктов у индейцев на будущее по согласованным ставкам оплаты в обмен на испанские мелкие украшения и безделушки.
Поскольку ни одну из каравелл починить было невозможно, а среди экипажей не было специалистов построить новые, всех мучил вопрос о том, как перебраться на Эспаньолу. И снова на всеобщую выручку вызвался неиссякаемый в своих идеях Диего Мендес. Он решил один отправиться на Эспаньолу в приобретенном им каноэ, на котором установил самодельные киль, мачту и парус. Однако в окрестностях северной оконечности Ямайки он попал в плен к индейцам, но сумел бежать и вернулся к своим. Несмотря на неудачу, он решил попытаться добраться до Эспаньолы снова, но на этот раз вместе с ним отправилось второе каноэ, которое повел генуэзец Фиески, до того командовавший каравеллой "Бермуда". Для их охраны Бартоломео Колумб организовал вооруженное сопровождение в других каноэ, которые и проводили их до северо-восточного мыса Ямайки. Там сопровождение распрощалось с волонтерами похода на Эспаньолу и вернулось обратно.
В месте расставания два острова отстояли друг от друга по прямой на расстоянии 108 миль, а между ними находился еще небольшой островок Навасса, до которого от Ямайки было 78 миль. Эти расстояния не выглядят значительными, но никто из отправившихся в это рискованное путешествие не имел никакого опыта морского плавания в маленьких каноэ с самодельной оснасткой. В каждой лодке было по шесть испанских и десять индейских гребцов, совершенно незащищенных от тропического солнца. В первый же день индейцы выпили всю выданную каждому из них воду, рассчитанную на все плавание. К концу второго дня один из них умер от жажды, а остальные настолько ослабли, что не могли грести. К концу третьих суток пути Мендес разглядел через ночную мглу очертания Навассы, на которой все высадились и тут же бросились к источнику питьевой воды. Несколько индейцев выпили воды так много, что вскоре умерли. При разведенном костре, на котором поджаривались моллюски, смелые путешественники могли видеть за 30 оставшихся им миль высокие вершины гор Эспаньолы.
К концу следующего дня они уже высадились у мыса Тибурон, откуда с новыми индейскими гребцами испанцы продолжили плавание вдоль берега. Узнав от местных жителей о нахождении губернатора Овандо внутри острова, они вскоре поспешили к нему с просьбой спасти Колумба и его людей из бедственного положения на недалекой Ямайке. Однако злобный Овандо не проявил даже элементарного человеческого сочувствия не только к ненавистному ему "выскочке-иностранцу", но и к своим страдающим в неизвестности и опасности соотечественникам. Лишь семь месяцев спустя, то есть в марте 1504 года, бесчувственный губернатор разрешил настойчивому Диего Мендесу отправиться в Санто-Доминго и зафрахтовать там судно.
Тем временем по истечении такого большого срока со времени отплытия группы Мендеса Колумб и оставшиеся с ним люди совершенно не знали о том, достигли ли посланные смельчаки Эспаньолы или погибли, не передав их просьбу о спасении, и пребывали в мучительной неизвестности за свою судьбу. Тяжелые условия жизни содействовали росту недовольства и подготовке бунта при подстрекательстве со стороны совершенно бездарных и неспособных на серьезные дела братьев Паррос, навязанных Колумбу в плавание одним очень влиятельным придворным. Это они начали распространять слухи, что Адмирал отбывает на Ямайке королевское наказание и не хочет с нее уплывать, удерживая остальных против их воли, и целую серию других небылиц.
Созданная таким образом напряженность вылилась в бунт против Колумба в первые дни 1504 года, когда 48 мятежников на 10 каноэ отправились вдоль берега на восток, грабя по дороге встречавшиеся индейские поселения. Однако уже в начале пути они столкнулись с сильным встречным ветром и были вынуждены спешно вернуться, выкинув за борт все награбленное и большинство индейских гребцов. Позднее они предприняли еще две попытки перехода, но не смогли их осуществить, а, вернувшись, продолжали сеять смуту и еще больше отравлять тяжелую жизнь приходящих в отчаяние ожидающих их затягивавшегося спасения людей,
А люди начинали уже серьезно страдать от усугублявшегося голода, поскольку у индейцев не было достаточно продуктов кормить прожорливых, на их взгляд, как писал об этом сын Колумба, пришельцев такое длительное время даже за европейские безделушки, к которым они теряли интерес. Сами же испанцы, как ни удивительно, ничего не предпринимали, чтобы кормить самих себя охотой, рыбной ловлей или поиском диких плодов, не говоря уже о выращивании каких-либо овощей и фруктов. Чтобы вызвать местных обитателей на оказание помощи испанцам, Адмирал решил прибегнуть к "магическому" ходу.
Дело происходило уже к концу февраля 1504 года, а согласно имевшемуся у него нюренбергскому альманаху, в последний день этого месяца должно было произойти лунное затмение. Перед наступлением затмения Колумб собрал на палубе своей "Капитаны" касике окрестных племен и сообщил им, что Бог поручил передать им через него свое желание, чтобы индейцы снабжали испанцев продуктами питания, а в случае неповиновения. Он уберет луну с небес. При появлении луны ее вскоре стала закрывать темная тень, которая настолько перепугала индейцев, что те с плачем и воплями стали умолять Адмирала остановить наступавшую божью кару. Для большего эффекта Колумб удалился в свою кабину, а когда затмение должно было подходить к концу он вернулся на палубу и объявил перепуганным касике, что он получил обещание Всевышнего отказаться от своего намерения, если индейцы будут поставлять испанцам продукты. В ответ на полученное от вождей согласие затмение было "отменено", а их люди стали находить и регулярно приносить застрявшим на их земле пришельцам продукты питания.