В первой половине пятнадцатого века папство продолжало получать все новые удары. Как показывают движения альбигойцев, вальденсов, катаров и лоллардов, в Средние века ереси, даже крупномасштабные, организованные, поддерживаемые целыми социальными группами, были нередким явлением. Однако восстание гуситов 1419–1436 гг. отличалось от них: оно впервые смогло объединить большую часть традиционно христианского народа ради выступления против официальной религии. Сам Гус совершил ошибку, доверившись мнимой безопасности, которую ему обещали, и в итоге окончил жизнь на костре. Император и правители германских земель подвергли последователей Гуса жестоким гонениям. И все же его идеи не были забыты. Гуситская (Utraquisf) церковь под защитой части чешской знати продолжала действовать в Богемии. Практика этой церкви, особенно в отношении языка богослужения (чешский, а не латынь) и использования вина в таинстве евхаристии (которое пили и священник и прихожане), существенно отличалась от практики Рима, и все же Рим вынужден был терпимо относиться к ней в последующие примерно два века. Значительная часть церковной собственности была конфискована той же самой знатью и более не возвращена. Наконец, легкость, с которой это движение смогло получить распространение от места его зарождения по всей Саксонии, в Мекленбурге и вплоть до побережья Балтийского моря, стала предвестницей грядущей Реформации.
Тем временем основы светской власти церкви подверглись нападкам со стороны новой гуманистической науки, возникшей в Италии. Ключевым ее понятием было восхищение всем классическим, что само по себе предполагало утверждение возможности упорядоченной - даже процветающей и интеллектуально превосходящей - цивилизации без помощи христианской веры. Один из первых симптомов того, что гуманизм и его сторонники, взявшись за дело, могли сделать для уменьшения влияния церкви, появился в 1440 г. О точном происхождении и значении так называемого "Константинова дара", одного из главных документов, который использовало папство, чтобы оправдать свои претензии на монархическую власть над Римом, Италией и Западом, спорили как минимум с X в.; и наконец Лоренцо Валла, использовав хорошее знание классической латыни, завершил этот спор, показав, что "Дар" - это подделка VIII в., причем не очень искусная. Валла, считавший, как и многие его итальянские современники, официальную церковь источником порока, политического раскола и войны, стал знаменитым в одночасье. Он завершил свое выступление, выразив надежду на то, что поскольку намерения церкви отныне разоблачены, принадлежащие ей земли будут быстро секуляризированы, а функции церкви ограничатся духовной сферой, которая единственно ей и принадлежит.
К тому времени становление важнейших монархий было уже свершившимся фактом. Короли либо проводили свои решения через парламент, как в случае с английскими статутами Praemunire (1351) и французскими прагматическими санкциями (1439), либо договаривались с действующим папой и подписывали конкордат. Какая бы процедура ни использовалась, она неизменно вела к потере церковью финансовой независимости и к подпаданию церковной собственности под королевское налогообложение. Уже Эдуард II (1307–1327) сумел вытянуть из церкви больше денег, чем из своих вассалов-мирян, и это только одна из вех на данном пути. В 1366 г. Иоанн Гонт, действуя от имени Ричарда II, официально аннулировал статус Англии как папского феода; когда король, достигнув совершеннолетия, обратился к Риму за помощью в споре с дворянством, этот акт был использован как дополнительное основание к его низложению. Во Франции назначение иностранцев на вакантные церковные должности было запрещено в 1439 году, хотя этот запрет стал окончательным только в 1516 г. Людовик XI (1461–1483) имел список из 600 важнейших церковных приходов, которые были объявлены находящимися под его исключительным контролем, и таким образом он усилил свою власть над духовенством и получил возможность осуществлять патронаж; поставив их над светскими сторонниками, он сделал их еще одним инструментом королевского правительства, известного своей коррумпированностью. Наконец, в Испании король Фердинанд, который вместе со своей женой называл себя "Католическим", назначил себя главой различных воинских орденов, по мере того, как между 1477 и 1498 гг. соответствующие посты освобождались. В 1531 г. Папа Адриан VI принял это действие как fait accompli и утвердил его. Это принесло короне землю и доходы; однако всего лишь десять лет спустя Карл V последовал примеру своего французского коллеги и решительно запретил иностранцам занимать церковные посты в стране.
Другие права духовенства, такие как апелляция к папе против королевского правосудия, так же были урезаны. Во Франции после окончания Столетней войны Людовик XI запретил инквизиции преследовать еретиков кроме как по его личному указанию. Он настоял, чтобы каждый приговор церковного суда повторно рассматривался парижским парламентом (parlement). Чтобы предотвратить заговоры духовенства против него, Людовик XI запретил священнослужителям выезжать за пределы страны, не получив предварительно разрешения. Франциск I (1515–1547) заставил духовенство присягать ему на верность, так же как это делали все остальные подданные, еще на ступень приблизившись к отмене исключительности их положения. Тем временем в Англии в самом начале правления Генриха VIII впервые за 200 лет была проведена всеобщая перепись, определившая, какая собственность принадлежала, а какая не принадлежала церкви (а также какие церкви имели право предоставлять убежище). Некоторые дела, например, составление и исполнение завещаний, были изъяты из-под юрисдикции церкви. Один вид преступлений, ранее подпадавший под церковную юрисдикцию - а именно, клевета, - был отменен, за исключением случаев, когда она была направлена против короля. Здесь, как и в других случаях, церковные власти отныне полностью зависели от взаимодействия с королевскими чиновниками в отношении исполнения приговоров, которые они выносили в делах, все еще остающихся под их юрисдикцией. Это касалось даже консервативных Португалии и Испании; говорили, что не существовало ни одного института, столь всеобъемлюще подчиненного королевскому контролю, как испанская инквизиция. Так или иначе подходили к концу старые добрые времена, когда каждый верховный прелат и каждый аббат высшего ранга имели собственные тюрьмы.
Еще более важным поворотным пунктом в триумфе монархов над церковью стала Реформация. Одной из причин, по которой, в частности, Лютер, самого начала завоевал гораздо более серьезную поддержку, чем предыдущие реформаторы, было именно его утверждение, что его движение не несло революционных черт; он верил, что религии непозволительно вторгаться в сферу светской власти. Эта позиция привела его к написанию обвинительных трактатов против крестьянской войны 1525 г., и в 1530 г. она была формализована, когда вместе со своим соратником Меланхтоном он написал Аугсбургское вероисповедание и процитировал там слова Христа о том, что Его Царство не от мира сего. Другие ведущие реформаторы, особенно Цвингли, Кальвин, Бусер и Беза, посвящали некоторые или все свои работы светским правителям того времени, надеясь получить помощь в распространении своих взглядов.
Как только улеглись страхи государей, касающиеся политических последствий протестантизма, он быстро распространился. Его победа была, пожалуй, наиболее полной в Шотландии, скандинавских странах и в Англии, хотя в последнем случае процесс занял больше времени и завершился по-другому. Однако он охватил значительные части Германии, Богемии, Польши, Венгрии, Швейцарии, Франции и исторических Нидерландов (включавших территорию современных Нидерландов, Бельгии и Люксембурга). Принимало ли течение форму лютеранства, цвинглианства, кальвинизма, англиканства или (шотландского) пресвитерианства, там, куда оно доходило, его сторонники отрекались от повиновения папе. Кроме того, они распустили монастыри как духовные центры церкви и, осуществив крупномасштабную конфискацию церковной собственности, в большой мере ограничили ее экономическую власть.
Процесс изъятия собственности у церкви принимал различные формы. В Германии целые княжества были подвержены секуляризации. Самый примечательный случай произошел в 1525 г. Альберт Бранденбург-Ансбахский, наняв Лютера в качестве советника, использовал свое положение магистра Тевтонского ордена чтобы полностью присвоить его себе. Так он создал новое политическое образование, которое достигало протяженности 120 на 200 миль и стало известно в истории как герцогство Пруссия. В других местах речь шла в основном об изъятии церковных ценностей, как во время движения "низвержения идолов", охватившего Нидерланды в 1566 г. В Швеции король Густав Ваза постановил, что каждая церковь в стране должна пожертвовать по одному колоколу в пользу казны. Но, что важнее всего, Реформация дала возможность правителям заполучить церковные угодья, которые в некоторых странах насчитывали 25–30 % всей земли. Арендаторы, работавшие на земле, часто содействовали этому, радуясь возможности избавится от монахов и священников, которые славились особой требовательностью в отношении арендной платы и других прерогатив землевладельца. После конфискации угодья продавались за наличные деньги или, хотя и реже, сдавались в аренду подрядчикам. Так или иначе результатом было увеличение королевских доходов - иногда в несколько раз, как это было в Англии, благодаря чему Генрих VIII стал первым монархом, который был богаче, чем все его магнаты вместе взятые, а также обеспечение институциональной поддержки реформ, которые стало гораздо сложнее отменить, как только они стали влиять на наполнение людских карманов.
Более того, хотя десятки тысяч монахов и монахинь были просто выброшены с земель и оставлены без средств к существованию, оставшуюся часть духовенства необходимо было обеспечивать.
Традиционно священники являлись членами особой вселенской организации, которая заботилась о них, раздавая им бенефиции. Теперь они либо становились королевскими слугами, обязанностью которых, в силу обстоятельств, было заботиться о человеческих душах, как это было в лютеранских странах, либо им не позволяли вмешиваться в дела правительства, хотя они и сохраняли некоторую автономию в отношении своей внутренней организации и избрания священников, как это было в кальвинистских странах. В последнем случае правители, хотя они официально не назначали себя главами церкви, возлагали на себя ответственность надзирать за ее деятельностью, включая образование (как мирян, так и священников), обряды и молитвы. В лютеранских странах правительство часто заходило еще дальше и после консультаций с придворными теологами само публиковало новые догматы веры. В Англии Генрих VIII, который был не лютеранином, не кальвинистом, а просто двоеженцем с абсолютистскими склонностями, отменил независимость церкви и выпустил целый сборник обязательных вероучительных положений, которые его подданные должны были изучать и исповедовать. С 1539 г. сомневаться в его намерениях больше не приходилось, когда он обязал духовенство поменять старый перевод Библии на новый, отмеченный королевской печатью. На обложке была изображена группа людей, дружно кричавших vivat rex.
Продолжая признавать авторитет папы, католические правители не заходили столь далеко в этом отношении. Но хотя неприкосновенность духовенства и его судебные права оставались куда более обширными, чем при протестантском правлении, многие из них ужесточили контроль над религией; в Империи право на это было санкционировано Аугсбургским миром (1555). Превратив нужду в добродетель, они использовали необходимость воевать за "истинную" религию как удобный предлог для того, чтобы присоединить церковные феодальные владения, конфисковать собственность и обложить налогами, как сделал Карл V в 1520 г., когда он превратил добровольные взносы tercio reale и Cruzada в постоянные обязательные сборы. Франциск I, в свою очередь, постановил, чтобы все церковные имения стоимостью больше 100 000 ливров были проданы, а доходы от продажи были переданы в королевскую казну. Его преемники превратили вымогательство в искусство. Церковную собственность регулярно конфисковывали и так же регулярно продавали обратно ее первоначальным владельцам; как описал этот процесс Мишель де Лопиталь, канцлер с 1560 по 1568 г., "все, чем оно [духовенство] обладает, принадлежит королю", который может продать это в любое время, "никого не информируя об этом". К концу столетия Филипп II Испанский, образец благочестия, довел кастильскую церковь до бедности, забирая половину ее доходов. Его доход от церкви был равен тому доходу, который он получал от Нового Света в качестве хозяина самой большой и богатейшей заморской империи в истории.
Следуя примеру герцога Баварского, католические правители один за другим учреждали советы, в которых миряне неизменно были в большинстве, для контроля за делами церкви, включая распределение должностей и бенефиций. Да и вопросы веры не были оставлены в покое. Карл V, хотя он и был лично тверд в старой вере, проложил этот путь: между 1520 и 1543 гг. его богословы неустанно находились в поиске доктрины, которая, удовлетворив и католиков, и протестантов, могла бы быть объявлена обязательной для них для всех. Во Франции, имеющей свои независимые традиции, где уже в XIV в. считалось, что по доктринальным вопросам решающее слово принадлежит Сорбонне, попытка Тридентского собора дать новое определение католической религии была встречена с тревогой. Непрерывно росло количество французских книг о соотношении прав короля и церкви. В 1549 г. Пьер Питу в Libertès de I'èglise gallicane объявил, что на территории королевства светская власть папы не имеет силы, а его духовная власть ограничена тем, что получило одобрение короля. Когда Мария Медичи, невеста Генриха IV (1598–1610), попросила его принять постановления Тридентского собора в качестве свадебного подарка, ей было приказано больше никогда не вмешиваться в дела государства. Вернемся к Филиппу II: хотя он и не устанавливал вероучительных принципов, но утвердил свою власть так, что папские буллы не могли быть опубликованы в его многочисленных владениях без его предварительного одобрения.