Некоторые из членов Ганзы забили тревогу, столкнувшись вскоре после 1500 г. с новыми угрозами. Было проведено немало конгрессов, принимались различные схемы реформирования союза и придания ему более централизованного характера, включая создание того, чего ему не доставало больше всего - системы налогообложения и общей армии. Однако этого было слишком мало, и зашевелились они слишком поздно. Германские города, хотя и многочисленные, обычно были меньше, чем итальянские. Окруженные многочисленными мелкими дворянскими угодьями, большинство городов так никогда и не смогло создать основу независимой власти, распространяя свое господство на сельские окрестности. В течение последующих 100 лет некоторые из них были просто аннексированы правителями Дании, Швеции и Пруссии - стран, с которыми ранее эти города могли иметь дело на равных. Другие, хотя и сохранили свой статус независимых вольных городов, однако потеряли политическую (но, как показывают примеры Франкфурта и Гамбурга, не обязательно экономическую) значимость. Тридцатилетняя война ударила по некоторым городам гораздо сильнее, чем по другим; однако, продемонстрировав военную немощь Ганзы, война не стала для нее похоронным звоном. Некоторые попытки возродить союз все же были предприняты после 1648 г., но они не увенчались успехом. Только на востоке Балтийского моря, где короли Польши оказались слишком слабы, чтобы играть роль, аналогичную роли германских князей, некоторые города, такие как Данциг, сохранили свои привилегии до XVIII в.
Города на юге Германии, контролировавшие важные торговые пути между Южной и Северной Европой и зачастую имевшие на своей территории ценные залежи полезных ископаемых, добились больших успехов в поддержании своего процветания, чем северогерманские города. Еще около 1500 г. казалось, что у них есть возможность принять швейцарскую модель, т. е. создать настоящий союз между городом и селом, который помог бы им противостоять вторжениям местных князей. Но, как и в Италии, эти планы были опрокинуты из-за олигархических особенностей мировоззрения местных торговых элит, которые заботились только о своих узко понятых интересах. Крестьянская война 1525 г. напугала южные города Германии. Оставленные императором, чья вовлеченность в множество дел по всему миру, естественно, не позволяла ему защитить германские города, с тех пор они, как правило, стали более склонны к сотрудничеству с князьями.
Как и на севере, некоторые города были полностью включены в состав княжеств и стали подчиняться прямому управлению княжеских назначенцев. Другие, сохраняя свободный или имперский статус, остались за бортом истории, лишившись основных торговых путей, которые переместились в Атлантику. Они погрузились в апатию, длившуюся до Французской революции и даже позже. Возможно, самыми удачливыми из них были те, которые были выбраны в качестве Rezidenz, или столиц новообразованных государств с единой территорией, - это такие города, как Мюнхен, Маннгейм и Кобленц. Вена, откуда Фердинанд I управлял новым объединением наследственных земель, даже смогла достичь политико-экономического господства над всем бассейном Дуная. Однако за это пришлось, как всегда, заплатить свою цену. В 1521–1522 гг. после неудачного восстания привилегии Вены (включая право содержать свой монетный двор) были отменены. Городские выборы прекратились, а бургомистр (некий Зибенбургер) был казнен.
Франция и Испания оказались где-то посередине между этими крайностями. Во Франции отношения между короной и городами очень походили на отношения между короной и знатью. Некоторый прогресс в утверждении королевского контроля над теми и другими произошел в период правления Филиппа IV и позднее. Впрочем, как и в случае с аристократией, французские короли потеряли свои города во время Столетней войны, когда многие из них, оказавшись между двух огней, были вынуждены сами вести переговоры и выбирать наилучшие условия из предложенных. Особенно в критический период войны, с 1415 до 1435 г., многие города вели себя так, как если бы они были самостоятельными политическими образованиями. Оставленные королем, они проводили собственную международную политику и часто применяли собственные вооруженные силы, чтобы защитить себя от мародерства со всех сторон. Но и после 1435 г. этому не было положен конец. Многие города оказались окруженными территорией заново объединенного королевства, и их судьба зависела от милости короля. Однако другие, особенно находившиеся у границ Бургундии, имели возможность продолжать свои старые игры.
С 1439 по 1559 г. французские короли, полностью не отрицая автономию своих bonnes villes, делали все, что было в их силах, чтобы сделать города послушными королевским требованиям, особенно в финансовом отношении. Карл VII сам показал пример, восстановив королевские налоги, такие как талья (прямой налог) и габель (косвенный налог) для коммун, освобожденных от английского владычества, время от времени применяя силу для подавления тех, которые, подобно Лиону, отказывались платить. Подобным же образом поступал Людовик XI, чтобы удостовериться, что города будут подчиняться королевскому суду, снабжать проходящие королевские войска и платить налоги. Учитывая, что его положение было значительно прочнее, чем положение его отца, он иногда заходил столь далеко, что сам назначал магистратов городов. Обычно, впрочем, его метод состоял в том, что совет представлял бальи список из трех имен на выбор. К концу его правления многие городские укрепления превратились в руины, а городские ополчения больше не созывались.
Как и в случае со знатью, французские города на некоторое время получили возможность вернуться к политической жизни в период религиозных войн. Французская Реформация, пришедшая из Женевы, отличалась от германской тем, что так по-настоящему и не затронула сельское население. Она оказала влияние преимущественно на аристократов (в том числе, и в особенности, на женщин благородного происхождения), с одной стороны, и на горожан - с другой. Время от времени католическое большинство, составляющее 90–95 % населения, устраивало большую или малую резню соседей-гугенотов. Вынужденные защищать себя, начиная с 1560 г. последние превратили страну в настоящий архипелаг полунезависимых общин, каждая из которых имела весьма развитые органы правления и вооруженные силы. Как показывает сам термин "Лига", и католические и гугенотские города вступали в союзы друг с другом, а также с аристократами-единоверцами (иногда, когда преобладали корыстные интересы, и с теми, кто исповедовал другую веру). Все они периодически воевали друг с другом, порой вступая в союз с короной, порой борясь против короны, вплоть до заключения короля под стражу. Хотя открытая вооруженная борьба прекратилась при Генрихе IV, подспудно все оставалось по-прежнему. Независимость коммун была упрочена Нантским эдиктом, который, кроме дарования гугенотам свободы вероисповедания, позволил им иметь собственные укрепления и даже вооруженные силы. Эти привилегии объясняют, почему в период смуты с 1610 по 1661 г. города играли роль, подобную роли аристократии, и могли причинить монархии не меньше беспокойства.
В том, что касалось внутреннего управления городами, Генрих IV предпочел не предпринимать никаких революционных изменений. Существовавшая с XV в. система, по которой списки кандидатов на пост мэра представлялись на рассмотрение королю, оставалась в силе. Хотя Генрих мог иногда отвергнуть предложения своих подданных, это не всегда было результатом продуманной политики, поскольку в некоторых случаях было просто результатом неспособности самих городов представить согласованный список кандидатов. Двусмысленная позиция короля нашла отражение в мнении его современников насчет Парижа, самого важного города из всех. Некоторые считали, что Генрих никогда не вмешивался в дела города, другие - что он систематически пытался лишить его независимости. Истина была, скорее всего, где-то посередине. В Париже, как и в других городах, король показывал свою власть, когда того требовали угроза волнений или финансовые нужды. Время от времени он также считал необходимым не допустить занятия должности тем или иным своим известным противником, или же сам использовал должности как способ оказать кому-либо милость без каких бы то ни было затрат со своей стороны. В остальном, он предпочитал не вмешиваться в городские дела.
В долгосрочном плане гораздо большую опасность независимости городов представляли попытки секретаря казначейства Сюлли перевести городские финансы под свой надзор. В качестве условия получения санкции на сбор налогов он требовал от них раз в три года представлять свои финансовые отчеты; со временем это дало бы ему возможность эффективно контролировать городские финансы. Но на деле сложилось так, что и Сюлли, и его господин сошли со сцены до того, как этот контроль был окончательно установлен, оставив эту задачу Мазарини в его поздние годы. Если говорить лишь о некоторых поворотных моментах, в 1655 г. налоговый бунт в Анжере привел к трехмесячной оккупации города королевскими войсками под началом интендантов. Система городских выборов, существовавшая на протяжении веков, была решительно ликвидирована, а мэра и эшевенов заменили королевские назначенцы. Экс-ан-Прованс после бунта 1658 г. разделил судьбу Анжера. Когда в том же году восстал Марсель, Мазарини обошелся с ним почти как с оккупированным городом; в нем расположились войска, часть стен была разрушена, городское ополчение распустили, горожан разоружили, построили новую цитадель, и сам титул консула, который традиционно носили избранные магистраты, был отменен. В 1692 г. Людовик XIV завершил этот процесс, положив конец выборам магистратов во всех французских городах. С тех пор городами правили интенданты.
В Испании, во многом благодаря войнам с мусульманами, вынуждавшим королей обращаться за поддержкой к городам, традиция городского самоуправления была столь же сильной, как везде. Однако в последние десятилетия XV в. эти войны подошли к концу. Католические короли озаботились уменьшением независимости городов; города, в свою очередь, устали от анархии и были готовы к тому, чтобы ими управляли. Уже с XIV в. периодически в некоторые кастильские города направлялись коррехидоры, которые надзирали за городскими делами: в те дни, как и сегодня, произнесенная на любом языке фраза "Я послан правительством, и я здесь, чтобы помочь вам" была величайшей ложью. В 1480 г. было принято решение направить их во все города, где их еще не было, сделав эту должность постоянной. Будучи первоначально судебными должностными лицами, коррехидоры впоследствии получили вдобавок административную власть. Они действовали де-факто как королевские губернаторы, контролируя все аспекты деятельности городской администрации, включая, в частности, финансы. Пока Фердинанд и Изабелла были живы, такая система удовлетворяла обе стороны. Однако после их смерти Карл V во время его первого короткого пребывания в Испании в 1516–1519 годах использовал ее для награждения своих фаворитов, большинство из которых были иностранцами и плохо подходили для этой деятельности. Неудивительно, что в городах стало расти недовольство.
Когда Карл, стремясь добиться императорской короны, в 1519 г. повернулся к Испании спиной, города решили, что их время пришло. Среди средних классов и ремесленников десятилетиями назревало сопротивление аристократическому вмешательству; теперь же новые королевские налоги стали основанием для новых обид. Знак к восстанию был подан в мае 1520 года, когда Толедо изгнал своего коррехидора. В следующем месяце бунт распространился на большинство городов Старой Кастилии. Один за другим они изгоняли королевских чиновников и сборщиков налогов (некоторые особо неудачливые по ходу дела были убиты) и провозгласили comunidad. В июле представители четырех городов встретились в Авиле. Они учредили революционную хунту, которая изгнала регента Адриана Утрехтского из Вальядолида и поставила альтернативное правительство. Движение достигло кульминации в сентябре, когда хунта, на тот момент представленная 14 городами из 18 и опиравшаяся на собственную армию, провозгласила, что королевство выше короля и что они сами представляют королевство. После некоторых колебаний регент отреагировал тем, что кооптировал представителей высшей знати в правительство. Мобилизовав их силы, а также свои собственные, он нанес поражение восставшим в битве при Вильяларе в апреле 1521 г. Города по очереди были подвергнуты осадам пока, наконец, сам Толедо не был вынужден сдаться в октябре 1521 г.
Одновременно с кастильским движением комунерос в Арагоне действовали германиас (народные ассоциации), которые стремились вырвать контроль над городами из рук властей, хотя эти два движения никогда не взаимодействовали между собой. Как и в Кастилии, бунт в основном был поднят средним классом и был направлен в равной степени против возрастающей власти аристократии и против короны. И так же, как в Кастилии, когда движение было подавлено, победителем из схватки вышла корона. Однако испанская королевская власть меньше, чем французская, преуспела в установлении равновесия между знатью и городами. В Арагоне города практически полностью были оставлены на милость грандов, которые на протяжении нескольких веков делали все возможное, чтобы превратить страну в средиземноморскую Польшу. В Кастилии поражение сделало их бессильными, дав Карлу V и Филиппу II возможность выжать из них все соки при помощи королевских монополий, экспортных пошлин, принудительных займов и неоднократных изъятий ввозимых драгоценных металлов. Кастильскую экономику, за счет ресурсов которой велись многолетние испанские военные кампании в Средиземноморье, а впоследствии и в Нидерландах, не мог спасти даже возрастающий приток серебра из Нового Света. В 60-е годы XVI в. стали заметны первые признаки упадка городов, во многом обусловленного невыполнимыми требованиями королевского налогообложения, которому города не могли сопротивляться. Их жалобные просьбы о послаблении ни к чему не приводили. Между 1600 и 1700 г. городское население Кастилии (кроме населения Мадрида) сократилось более чем наполовину, тем самым поставив Испанию на путь экономической и социальной отсталости, от которой она начала оправляться только после наполеоновского завоевания, а по большому счету - лишь в конце XX в.