Не хотя приобщиться к римской вере, он из Рима переехал в венецианский город Бадов и там три года учился философским наукам и лекарскому учению. А из Бадова он пришел в Царьгород к брату своему, архимандриту Афанасию, и желал постричься. Но постричь его не хотели, думая, что он в римской вере, и он сказал, что ни в Риме, ни в Венеции не бывал в римской вере, и пред всеми ту римскую веру проклял трижды. Братья хотели его женить, но он не согласился и постригся 23 лет. На другой год поставлен в диаконы, а вскоре за тем в попы от Ларийского епископа Каллиста. После того вскоре тот же епископ поставил его на Кяфе острове в Богородицкий монастырь игуменом, и был он там игуменом шесть месяцев. Из монастыря ездил он, Арсений, в город Хию купить книг о седми Соборах, но книг не добыл, и отправился в Царьгород, и, находясь у одного великого человека, грека Антония Вабы, учил сына его грамматике. Из Царьгорода приехал в Мутьянскую землю к воеводе Матвею и жил у него три месяца. От Матвея воеводы приехал в Молдавскую землю к воеводе Василию и жил у него два года. Из Молдавии переехал в Польшу, в город Львов, и тут ему сказали, что есть школа в Киеве, только без королевской грамоты его в ту школу не примут. И он, Арсений, ездил о том бить челом к королю Владиславу в Варшаву. Король был тогда болен каменною болезнию, и Арсений, которого рекомендовали королю как искусного врача, вылечил его, и Владислав дал в Киев к митрополиту Сильвестру Коссову от себя грамоту, чтобы Арсения в школу приняли. Арсению сказали: государю сделалось известным, что он, Арсений, был униатом и, оставя чернечество и иерейство, был бусурманом, а из бусурманства был опять в униатстве, и он бы ныне про то сказал правду. Арсений: то про него кто-то говорит неправду: униатом и бусурманом он не бывал. А если кто уличит его, что он был униатом и бусурманом, тогда пусть царское величество велит снять с него кожу – милости в том он у государя не просит. Арсению заметили, что бусурманство свое он, без сомнения, таит, а когда оно обнаружится, ему нечем будет оправдаться. Арсений повторял прежние свои речи и продолжал: был тогда в Царьграде патриарх Парфений, который хотел поставить его, Арсения, епископом над двумя епископиями, Мофонскою и Корейскою. Но визирь, узнав, что он, Арсений, долгое время жил в Венеции и будто привез оттуда многую казну, чтобы купить себе у патриарха те епископии и с ними приложиться к венецианам, с которыми у султана начиналась тогда война, велел схватить его, Арсения. И было ему многое истязание, и платье с него сняли и камилавку, надели на него чалму и вкинули его в тюрьму. Сидел он в той тюрьме недели с две и ушел из нее в Мутьянскую землю, а бусурманом не бывал. Тогда Арсению объявили, что о его униатстве и бусурманстве писал государю и святейшему Иосифу сам патриарх Паисий, который слышал о том от киевских старцев, пришедших от гетмана. Арсений: те киевские старцы сказывали про него патриарху Паисию ложь. Он униатом и бусурманом не бывал, а как он по наносу на него визирю сидел в тюрьме и там было ему мученье, о том он рассказал патриарху Паисию и во всем ему исповедовался, и патриарх его во всем простил. Арсению возразили, что патриарх Паисий вовсе о том доселе не знал, как сам пишет, а если бы знал, то он бы его, Арсения, для риторского учения в Московском государстве не оставил. Арсений: в том он пред Богом грешен и пред государем виноват, что такова дела царскому величеству не известил, а обусурманен-де он неволею. Когда же он после того пришел в Волошскую землю, то митрополит Янинский Иоасаф его, Арсения, в вере исправил и миром помазал. Да и патриарху Паисию он про то объявил же и покаяние принес. И патриарх в том его простил, и благословил, и грамоту прощальную и благословенную ему дал, и та грамота патриархова и ныне у него, Арсения. А государя он не известил потому, что его Паисий патриарх простил и служить ему велел. На Москве ж остался он не своею волею – про то известно великому государю. Тем и окончилось расспросное дело Арсения Грека, которое мы намеренно привели целиком, чтобы всякий мог судить, насколько Арсений виновен. Хотя и вероятно, что он принял унию в Риме, как должны были принимать ее все греки, обучавшиеся в Римской греческой коллегии, но сам он в этом не сознался и по возвращении на родину трикратно пред всеми проклинал римскую веру. Если он и был обусурманен, то обусурманен неволею и потом покаялся в этом, был присоединен к Церкви чрез миропомазание Янинским митрополитом и от самого патриарха Паисия получил прощальную и благословенную грамоту. В Москве, однако ж, этим не удовольствовались. Июля 27-го по указу государя описана была вся рухлядь Арсения на Ростовском подворье, где он остановился, в том числе были многие греческие печатные книги, богослужебные, святых отцов – Кирилла Иерусалимского, Златоуста, Иоанна Дамаскина, древних писателей – Гомера, Аристотеля и учебные – грамматика, лексикон и др. И того же числа дан был указ боярину и дворецкому князю Алексею Михайловичу Львову сослать греческого старца Арсения в Соловецкий монастырь "для исправленья православной греческой веры", а 30 июля послан был от царя указ в Соловецкий монастырь, чтобы, когда будет привезен туда грек старец Арсений "для исправленья православной христианской веры", то отдали бы его под крепкое начало уставщику Никодиму и береженье к нему велели держать большое, из монастыря его никуда не выпускали, а пищу, и одежду, и обувь давали ему братскую. От 3 сентября игумен и братия Соловецкого монастыря известили государя, что старец Арсений Грек к ним прибыл и воля государева будет исполнена.
В Соловецком монастыре за Арсением внимательно следили, подробно его расспрашивали и составили о нем краткое биографическое известие. Оказывается, что он в молодые годы, когда обучался в латинских училищах, действительно переменял веру и был в унии, как сознался на исповеди духовнику своему священнику Мартирию, потому что иначе не принимали в те училища. Но, возвратившись в Грецию, снова принял православие и даже посвящен был во священника, постригшись в монашество. В Соловках прожил Арсений около трех лет "в добром послушании у инока Никодима" и успел научиться славянской грамоте и русскому языку. После столь продолжительного испытания иноки соловецкие убедились, что Арсений вовсе не еретик и "что в нем обрели здраво, в том его и похвалили: обрели в нем здравое исповедание веры, без приложения и без отъятая". Но заметили, что он плохо исполнял внешние обряды: поклоны, посты и пр. Он даже будто бы молился не тремя, а двумя перстами, как молились тогда иноки соловецкие, и вообще восхвалял русские церковные обряды, а о греках говорил: "У нас много потеряно в неволе турецкой... нет ни поста, ни поклонов, ни молитвы келейной..." Такие добрые отзывы о вере Арсения Грека Никон мог услышать в самом Соловецком монастыре, когда приходил туда за мощами святителя Филиппа, и потом мог передать и государю. Да и власти монастырские обязаны были донести в Москву, каким нашли Арсения, который прислан был оттуда в их обитель собственно на испытание. Наконец, и сам Арсений Грек бил челом государю: сослан-де он в Соловецкий монастырь, и, по правилам св. отец, урочные лета в запрещении ему прешли, по Второму Поместному Собору, и государь бы пожаловал велел его из-под начала свободить и быти в монастыре, где государь укажет. Неудивительно, если Никон, основываясь на свидетельстве соловецких иноков о правоверии Арсения после трехлетнего его испытания, лишь только сделался патриархом, решился с соизволения государя вызвать Арсения к себе как человека ученого, правоверного и способного послужить своими знаниями на пользу Церкви; дал ему келью в своем патриаршем доме, сделал его библиотекарем своей патриаршей библиотеки и одним из справщиков и переводчиков книг с греческого языка. А Неронов, может быть не зная об этом свидетельстве о правоверии Арсения или по одному лишь озлоблению против Никона, уже в 1654 г. ставил ему в укор, зачем он взял к себе в справщики книг грека Арсения, которого патриарх Паисий назвал будто бы еретиком. Надобно присовокупить, что для удобнейшего наблюдения за печатанием новоисправленных книг царь приказал еще в 1654 г. передать Печатный двор со всеми его учреждениями и справщиками книг, доселе находившийся в ведении Приказа Большого дворца, патриарху Никону в его непосредственное и полное распоряжение.
Весьма важным обстоятельством для Никона в деле исправления книг послужило последовавшее тогда прибытие в Москву двух новых патриархов: Антиохийского Макария и Сербского Гавриила. Макарий еще в 1653 г. от 15 марта писал царю Алексею Михайловичу, что прибыл в Молдавию и проживает у молдаванского воеводы Иоанна – Василия, а после Пасхи, если даст Бог здоровье, намерен отправиться в Россию, почему и просил, чтобы государь разрешил ему это и приказал путивльским воеводам принять его и проводить к Москве. В феврале следующего года в Москве получена была весть, что патриарх Макарий находился уже в Мутьянской земле у воеводы Матфея, что туда же прибыл патриарх Сербский и Болгарский, архиепископ Пекский Гавриил и оба патриарха живут в одном монастыре. Здесь они познакомились и положили между собою, чтобы прежде ехал к царю Сербский патриарх. К 1 мая 1654 г. он уже приехал в Путивль и, называя себя ватопедского Вознесенского монастыря архиепископом, патриархом Сербским и Болгарским, объявил, что едет в Москву за милостынею по жалованной грамоте царя Михаила Федоровича, данной означенному монастырю еще в 1641 г., почему немедленно и был отпущен из Путивля в Москву воеводою Степаном Пушкиным. Но когда известие об этом получено было в Москве, то отсюда послан был путивльскому воеводе указ, чтобы он впредь никого из греческих властей в Москву не пропускал, потому что государя нет в Москве, он пошел на войну против своего недруга, польского короля, а навстречу Сербскому патриарху Гавриилу отправлен был толмач Посольского приказа Афанасий Букалов, чтобы остановить его и воротить в Путивль. Из Путивля Гавриил обратился с просьбою к патриарху Никону и только по его ходатайству получил позволение ехать в Москву, куда и прибыл к 28 мая. Затем 5 июня в Посольском приказе патриарх Гавриил объявил, что в области его было 8 митрополитов и 32 епископа; выехал он из своей земли от насилия неверных на житье в Россию, и теперь место его никем не занято; привез он с собою грамоты к царю и патриарху Никону от Антиохийского патриарха Макария и от гетмана Хмельницкого да кроме того привез письменные книги – Типик и Сборник патриарха Цареградского Михаила Кавасилы на латинскую ересь да жития и повести святых сербских царей и патриархов с целию, не найдет ли патриарх Никон полезным напечатать эти книги; еще привез три книги, которыми кланяется латриарху Никону: свиток житий святых сербских, тетради Кирилла, философа и учителя славян, и книгу святого Василия Великого с тремя напечатанными литургиями. Государя в Москве Гавриил действительно уже не застал, а через полтора месяца с небольшим по случаю открывшегося в Москве морового поветрия удалился из нее и Никон с царским семейством. Гавриилу пришлось здесь быть свидетелем того страшного опустошения, какое производила свирепствовавшая эпидемия. В числе других жертв она похитила и многих из духовенства, так что некоторые церкви оставались без пения. За отсутствием Никона стали обращаться с просьбами к Сербскому первосвятителю, чтобы он ставил новых попов и диаконов. Он отнесся к Никону, и Никон прислал ему (в декабре 1654 г.) грамоту, которой уполномочивал его рукополагать ставленников в попы и диаконы согласно с действовавшими в Москве патриаршими указами. К 20-му числу июля того же 1654 г. прибыл в Путивль и Антиохийский патриарх Макарий и чрез несколько дней отправился далее. Но когда он проехал уже Калугу, его встретил присланный из Москвы переводчик Посольского приказа Иван Боярчиков, объяснил ему, что в столице свирепствует поветрие и от имени государя просил остановиться на время в Коломне, а между тем от 4 августа государь дал указ приготовить в Коломне для помещения Антиохийского патриарха и его свиты "Коломенского епископа двор" и давать патриарху и его свите "хлебные и рыбные запасы из запасов Коломенского епископа". Прожить в Коломне патриарху пришлось более пяти месяцев. И так как в городе этом не было тогда своего епископа (Павел был уже сослан в заточение), то патриарх Макарий часто совершал службы в коломенских церквах, а по прекращении эпидемии, которая опустошила и Коломну с ее округом, рукоположил многих священников и диаконов для Коломенской епархии. В Москву прибыл Макарий только 2 февраля 1655 г., за восемь дней до возвращения в нее государя из Литовского края. По назначению царя Алексея Михайловича оба патриарха представлялись ему в один и тот же день – 12 февраля. Сначала представился Антиохийский Макарий, и принят был в Золотой палате с величайшими почестями, как прежде принимались Иерусалимские патриархи Паисий и Феофан, и тут же получил от государя разрешение идти для представления к патриарху Никону. После Макария представился государю и патриарх Сербский Гавриил, но принят был так, как прежде принимались митрополиты и архиепископы, и такие же получил от государя дары, а затем пошел также явиться Никону и еще застал у него Макария. Здесь все трое вместе приглашены были они к царскому столу по случаю бывших в тот день именин царевича Алексея Алексеевича. Антиохийскому патриарху, естественно, оказывали у нас полное предпочтение пред Сербским, так как последний не был признаваем в патриаршем достоинстве всею Восточною Церковию. Оба патриарха, Антиохийский и Сербский, оставались у нас долго; оба с позволения государя путешествовали в Троице-Сергиев и другие монастыри, а также в Новгород; оба весьма часто приглашаемы были Никоном совершать с ним богослужения. Но, самое важное, оба, особенно же Антиохийский, послужили Никону как могли в деле исправления церковных книг и обрядов.