Общий вид Чертомлыцкой Сечи представлен на одной весьма интересной гравюре, хранящейся в Санкт-Петербургской императорской публичной библиотеке, в отделении портретов Петра Великого, работы известного в XVII веке гравера Иннокентия Щирского. Она сделана на холсте, длины 12, ширины 7/2 четвертей и имеет в самом верху надпись: "Богословский и философский тезиз, поднесенный киевскою духовною академией царям Иоанну и Петру Алексеевичам 1691 года". Лицевая сторона гравюры вся исписана ликами, разделяющимися на шесть рядов и помещенными один ниже другого, сверху донизу. В первом ряду представлена Богоматерь; во втором – святой князь Владимир и ниже его – двуглавый орел, а по бокам Богоматери и Владимира – 12 фигур разных святых, кроме фигур Спасителя и Бога Отца; в третьем ряду представлен вид города Киева; в четвертом изображены – с левой стороны будинок, где сидят запорожцы и рядом с ними турки или татары на общей раде, посредине – группа казаков, размеряющих копьями землю, а с правой стороны – Запорожская Сечь с клубами дыма над ней. Сечь обнесена высоким валом, на котором стоят три пушки на колесах, за валом виднеются шесть куреней, а среди куреней возвышается маленькая трехглавая церковца. Ниже Сечи идет последний ряд фигур – византийских императоров Аркадия и Гонория, Василия и Константина и русских царей Иоанна и Петра. Мысль, вложенная мастером в картину, очевидна: он представил главные моменты из истории Киевской Руси, в связи с историей запорожских казаков, и изобразил современное ему царское двоевластие в России, подкрепив последнее примером Византийской империи.
Причина перенесения Сечи с Микитина Рога на устье Чертомлыка, как кажется, стоит в зависимости от большого удобства местности при реке Чертомлыке сравнительно с местностью при Микитине Роге. Дело в том, что местность Микитина Рога, довольно возвышенная и с трех сторон совершенно открытая, представляла большие неудобства в стратегическом отношении: татары, кочевавшие у левого берега Днепра, прямо против Сечи, могли следить за каждым движением запорожских казаков и предугадывать все планы их замыслов. Это-то неудобство и могло быть причиной того, что казаки оставили свою Сечь на Микитином Роге и перенеслись пониже, на речку Чертомлык, где представлялись гораздо большие удобства в стратегическом отношении, чем у Микитина. Как говорится в "Актах Южной и Западной России": "А неприятельского приходу к нему [к укреплению на Чертомлыцкой Сечи] летом чаять с одну сторону полем, от крымской стороны, от реки Базовлука, а с трех сторон, за реками, некоторыми мерами промыслу никакого учинить под ним нельзя. А в зимнее время на тех реках лед запорожцы кругом окалывают беспрестанно и в осадное время Сечь-город шести тысячам человек одержать мочно, а что людей и всяких запасов и пушек будет больше, то и неприятелю будет страшно. А многолюдных турков и татар до Сечи перенять не мочно, потому что прилегла степь и в степи их не удержать".
Чертомлыцкая Сечь считалась Сечью преимущественно пред другими, оттого исходившие из этой Сечи бумаги редко подписывались с обозначением ее места: "Дан в Сечи при Чертомлыке", "дан в Чертомлыцкой Сечи", большей же частью вовсе без обозначения места: "3 Сечи Запорожской", "Дан на Кошу Сечи Запорожской", "Писано на Кошу запорожском", "3 Коша Запорожского", причем под Сечью разумелась именно Чертомлыцкая Сечь.
Чертомлыцкая Сечь существовала в течение 57 лет (1652–1709) и по справедливости считалась самой знаменитой из всех Сечей Запорожских: существование этой Сечи совпадало с самым блестящим периодом исторической жизни запорожских казаков – с тем именно периодом, когда они и "самому Царю-городу давали нюхать казацкого пороху. Из этой Сечи "разливалась слава о казацких подвигах по всей Украине"; в этой, именно в этой Сечи подвизались такие богатыри, как "завзятый, никем не донятый, закаленный, никем не побежденный" кошевой Иван Сирко – тот Сирко, который был грозой турок, страхом ляхов, славой и гордостью запорожских казаков; тот Сирко, который, по преданию, родился с зубами, чтобы всю жизнь свою грызть врагов русской народности и православной веры; тот Сирко, именем которого татарки пугали своих непослушных детей; о погибели которого султан особым указом повелевал правоверным молиться в своих мечетях; тот Сирко, кости которого запорожцы, после его смерти, как гласит предание, пять лет возили в гробу, а потом, отрезав у него руку и засушив ее, выставляли на страх врагам; тот Сирко, именем которого часто называли и самую Чертомлыцкую Сечь – "Сечь кошевого Сирко". В этой Сечи часто завязывались такие дела, которые потом развязывались в соседней запорожцам Украине, в русской Москве, польской Варшаве и турецком Стамбуле. Из этой Сечи запорожцы ходили на Украину и Польшу за Богдана Хмельницкого под Желтые Воды, Батогу и Жванец; в этой Сечи они присягали на верность русскому престолу и потом горько оплакивали смерть "старого Хмеля"; из этой Сечи они ходили за сына Богдана Хмельницкого, Юрия Хмельниченка; отюда они много раз выступали в поход под начальством Якова Барабаша, Ивана Сирко, Мартына Пушкаря и других малороссийских вождей против злейшего их врага, лжеца и ябедника – гетмана Ивана Виговского, вилявшего между Москвой и Польшей, в одно и то же время клеветавшего московскому царю на запорожцев и запорожцам на московского царя. Отсюда же они выходили против самого Хмельниченка, изменившего под конец русскому престолу, громили его преемников, сегобочного гетмана Якова Сомка и тогобочного Павла Тетерю. Из этой же Сечи, в 1663 году, они ходили на Украину и произвели здесь так называемую черную раду, которая собрана была малороссийской чернью, казнившей Сомка; отсюда же запорожцы не раз и небезуспешно предпринимали походы, заодно с московским воеводой Косаговым, против гетмана Дорошенко и знаменитого польского наездника Чарнецкого. Из Чертомлыцкой Сечи запорожцы возбуждали украинцев против московских воевод и бояр за их поборы, налоги и притеснения малороссийского народа. В этой же Сечи запорожцы, в 1675 году, выбили около 14 000 человек турецких янычар и потом, под предводительством славного кошевого Ивана Сирко, совершили блестящий поход в самый Крым, захватив там множество пленников и добычи. Из Чертомлыцкой Сечи запорожцы в 1677 году ходили на помощь украинцам во время так называемого первого Чигиринского похода турок; отсюда в 1687 и 1688 году они выступали в оба похода на Крым под общим начальством князя Василия Голицына, Ивана Самойловича и Ивана Мазепы; отсюда же, в 1701 году, ходили походом под Исков в помощь русскому войску Петра I против шведов; наконец, из этой же Чертомлыцкой Сечи, за все время ее существования от 1652 по 1709 год, запорожцы много раз "чинили промыслы" в татарских и турецких землях у Перекопа, Очакова, Кизыкерменя, Тавани, Кинбурна, Тягинки, Гнилого моря и других местах и городах татарского ханства и турецкого царства.
После пятидесяти семи лет существования Чертомлыцкая Сечь была разрушена войсками русского царя Петра I в знаменательный для России 1709 год. Вот как это произошло по словам летописцев и историков. Когда малороссийский гетман Иван Мазепа отступился от русского царя, тогда и запорожцы, забыв свою недавнюю неприязнь к Мазепе, горя ненавистью к Москве за порядки, заведенные ей на Украине, и за постройку русских городков в самом Запорожье, на речке Самаре и на урочище Каменный Затон, а главное – желая видеть, как говорится в "Истории Малороссии" Маркевича, "свою отчизну, милую матку, и войско запорожское, городовое и низовое, не только в ненарушимых, но и в расширенных и размноженных вольностях кветнучую и изобилуючую", решились отдаться в "непраламанную оборону найяснейшаго короля, шведского Карла" и выступить против русского царя Петра. На ту пору у них был кошевым атаманом Константин Гордиенко, иначе Гординский, еще иначе Головко, а по казацкому прозвищу – Крот, человек бесспорно храбрый, решительный, по своему времени образованный – учившийся в Киевской академии и свободно изъяснявшийся по-латыни, любимый казаками и пользовавшийся громадным влиянием и популярностью среди украинской черни. Побуждаемые этим самым кошевым атаманом Гордиенко, запорожцы написали в 1708 году, 24 ноября, письмо Ивану Мазепе, в котором просили прислать к ним гетманских и королевских полномочных, чтоб через них условиться, за кем им быть во время предстоящей войны; кроме того, они домогались от королей, шведского и польского, войсковых клейнотов и вспомогательного войска для разорения московской крепости у Каменного Затона, стоявшей в виду самой Сечи, после чего обещали поспешить на помощь союзникам. Между тем Петр, узнав о переворотах запорожцев с королями и гетманом, а также убедившись доподлинно в огромном влиянии их, в особенности же кошевого Гордиенко, на малороссийскую чернь и украинских казаков, решил во что бы то ни стало склонить запорожцев на свою сторону; с этою целью уже тотчас после предания проклятию Мазепы и после избрания новаго гетмана Ивана Скоропадского царь писал в Сечь письмо, в котором увещевал запорожцев пребыть верными русскому престолу и православной вере, за что обещал "умножить к ним свою милость" и немедленно прислать, кроме обычного годового жалованья, на каждый курень по 1500 украинских злотых. С этим вместе царь уверял запорожцев, что если он раньше удержал в Москве следуемое казакам войсковое жалованье, то сделал это вследствие клеветы на низовое товарищество гетмана Ивана Мазепы, который часто писал царю в Москву, обвиняя запорожцев в неверности русскому престолу.
К запорожцам отправлены были от царя стольники Гавриил Кислинский и Григорий Теплицкий, с грамотой и деньгами – 500 червонцев кошевому, 2000 старшине и 12 000 куреням; кроме того, через тех же послов обещано было, в знак особой царской милости, прислать в Сечь войсковые клейноты – знамя, пернач, бунчук, литавры и трости кошевому атаману и судье. Одновременно с царскими послами посланы были от гетмана Скоропадского лубенский сотник Василий Савич и от киевского митрополита, для увещания, иеромонах Иродион Жураховский. В самой Сечи в то время образовались две партии: партия старых, опытных казаков и партия молодых, горячих голов; первая стояла на законной почве и советовала держаться русского царя; эта партия, на некоторое время взявшая верх над другой, заставила отправить к Мазепе письмо, в котором запорожцы, называя себя войском его царского пресветлого величества, объявляли, что они готовы стоять за русского царя и за весь украинский народ против ворвавшихся на Украину иноплеменников. Но против благоразумных и опытных лиц запорожского товарищества выступила зеленая молодежь, которой руководил кошевой Константин Гордиенко, фанатически ненавидевший все исходившее от Москвы. Сила оказалась на стороне молодых, и тогда запорожцы отобрали у прибывших в Сечь послов деньги, а самих их стали ругать и бесчестить; иеромонаха называли шпионом и грозили сжечь его в смоляной бочке, других грозили заколоть или утопить в воде; и вслед за этим на грамоту Петра написали письмо, в котором, не щадя царя за прежние его к ним враждебные отношения, "чиня, – как говорится в "Истории Малороссии" Маркевича, – досадительные укоризны и угрозы, многие неприличные запросы, с нареканием и бесчестием на самую высочайшую особу царя", требовали от него: 1) чтобы всем малороссийским полковникам быть на Украине; такой же вольнице, как и в Сечи: 2) чтобы все мельницы по речкам Ворскле и Псёлу, а также перевозы через Днепр у Переволочной запорожцам отдать и 3) чтобы все царские города на Самаре и на левом берегу Днепра у Каменного Затона срыть. Отправив царю письмо, запорожцы в это же время задержали у себя гетманскаго посланца, ехавшего в Крым с известием об избрании на Украине нового гетмана Скоропадского, и, избив его до полусмерти на Раде, отправили к Мазепе, а другого посланца, отправленного в Чигирин, сотник Чигиринский Невинчанный совсем убил и сам в Запорожье бежал. Тогда царь написал два письма, одно за другим, князю Меншикову, руководившему в то время военными действиями на Украине и жившему в городе Харькове; в этих письмах он извещал князя, что запорожцы собрались близ крепости Богородицкой на реке Самаре и что он опасается, как бы они чего не сделали над ней, а также чтобы они кошевым и судьей не были проведены через Переволочну к шведам, и потому приказывал князю поставить в удобном месте Ингерманландский полк, чтобы "иметь око на их поход", также, если возможно, прибавить людей в Богородицкую крепость, в Каменный Затон послать полка два или больше гарнизонного войска, в самой же Сечи постараться переменить, через миргородского полковника Апостола, главную старшину – кошевого атамана и войскового судью. Тогда, по распоряжению Меншикова, отправлены были Даниилом Апостолом несколько человек из Миргородского полка, бывшей запорожской войсковой старшины, с немалым количеством денег, в Сечь, чтобы свергнуть кошевого и судью "и во всех противников учинить диверсию". Посланные должны были публично, на войсковой раде, объявить запорожцам, что кошевой и судья перешли на сторону Мазепы не потому, чтобы находили свое дело правым и законным, а потому, что были подкуплены изменником. Вслед за этим Петр снова писал Меншикову; он приказывал ему все еще стараться о том, чтобы расположить в свою сторону запорожских казаков, действуя на них добрым словом, и только в крайнем случае оружием. Как цитирует Соловьев в своей "Истории России": "В Каменном Затоне учинить командира из бригадиров кто поумнее, ибо там не все шпагою, но и ртом действовать надлежит; полагаюсь на вас, пункты посылаю при сем, токмо едина материя суть, чтоб смотреть и учинить запорожцев добром по самой крайней возможности: буде же оные явно себя покажут противными и добром сладить будет невозможно, то делать с оными, яко со изменниками".