Чтобы компенсировать неблагоприятные для России последствия Крымской войны, в ходе которой русская армия потерпела поражение, была выдвинута идея "формирования сферы собственных интересов в Святой Земле". Удобным средством для этого как раз и стало развитие и организация массового паломничества к святыням Палестины. Эти идеи были разработаны и выдвинуты великим князем Константином Николаевичем, выдающимся отечественным реформатором и сподвижником императора Александра II Николаевича Освободителя в деле государственных преобразований в России. В окружении великого князя в 1856 году был разработан масштабный проект по созданию российской инфраструктуры в Святой Земле для развития русского паломничества и поддержки Православия на Ближнем Востоке. Уже в 1856 году было создано Русское Общество пароходства и торговли, занимавшееся перевозкой русских паломников из Одессы в Яффу. В 1857 году возобновляется деятельность Русской духовной миссии (РДМ) в Иерусалиме, которая была создана ещё в 1847 году, но из-за военных действий в период Крымской войны была эвакуирована из Палестины. В 1858 году в Иерусалиме впервые было открыто российское дипломатическое консульство.
Первым русским августейшим паломничеством в Святую Землю стало прибытие в Иерусалим великого князя Константина Николаевича с семьёй в 1859 году. Вах К.А. писал об этом историческом событии следующее: "Сам факт паломничества членов Православного Царствующего Дома произвёл неизгладимое впечатление на всём Христианском Востоке. В стенах Иерусалима последним таким паломником был византийский император Ираклий в 629 году, т. е. ровно за 1230 лет до великого князя. Вступление в Святой Град Константина Николаевича стихийно превратилось в триумфальное шествие. Никто не ожидал, что появление князя из Русского Императорского Дома будет воспринято как, пусть и краткое, но возвращение православной императорской власти в пределы древней Византии. Престарелый Патриарх Иерусалимский (специально вернувшийся из Константинополя) выехал встречать августейшую чету далеко за город и плакал, благословляя их прибытие. Представители всех христианских конфессий (греки, армяне, копты, сирийцы, абиссинцы) и даже мусульманское и еврейское духовенство поспешили приветствовать брата русского царя. Губернатор Иерусалима, европейские консулы и протестантский епископ и, конечно, бывшие в городе русские паломники сопровождали вступление великокняжеского каравана в Святой Град. Епископ Русской Духовной Миссии преосвященный Кирилл (Наумов) встречал августейших паломников у Яффских ворот с крестом и святою водою. Жители города устлали путь великого князя ковром из палестинских цветов, которые в изобилии распускаются в Палестине повсюду в это время года".
Важнейшей целью приезда брата русского императора в Иерусалим было решение вопросов, связанных с приобретением Россией участков земли для возведения комплекса построек: зданий дипломатического консульства и Духовной Миссии, Троицкого собора, мужского и женского паломнических подворий и больницы. Августейшее паломничество 1859 года оказалось поворотным моментом во внешней политике России в Палестине – наше государство стало иметь на Ближнем Востоке "собственные интересы", то есть приобрело крупные земельные участки, на которых возводило храмы и подворья для русских православных паломников.
В 1859 году в Петербурге был образован "Комитет для принятия мер по устройству богоугодных заведений для православных поклонников" (Палестинский комитет), преобразованный в 1864 году в Палестинскую комиссию при Азиатском департаменте МИД России.
Не меньше для развития паломничества сделала РДМ и особенно один из её начальников архимандрит Антонин (Капустин), выдающийся церковный дипломат, писатель и ученый. Он был начальником РДМ в 1865–1894 годах и более сорока лет отдал служению интересам России на Православном Востоке. Трудами архимандрита Антонина были приобретены и обустроены 14 земельных участков. Их суммарная стоимость оценивалась в конце XIX века в 1 млн. золотых рублей. На этих участках по его проектам были воздвигнуты три храма (Вознесенский – на Елеоне, Казанский – в Горнем, святого Апостола Петра и праведной Тавифы – в Яффе), построены шесть странноприимных домов для русских паломников (Хевроне, Иерихоне, Тивериаде, на Елеоне, в Горнем и Яффе), в Горнем и на Елеоне основаны женские монастыри. Стараниями архимандрита Антонина русским достоянием стал один из важнейших библейских символов – Мамврийский дуб в Хевроне.
В октябре 1872 года в ходе длительной ознакомительной поездки по Османской империи Святую Землю посетил великий князь Николай Николаевич Старший, будущий герой освободительной Русско-турецкой войны 1877–1878 годов. Паломничество великого князя сыграло важную роль: были проведены важные переговоры с султаном Османской империи Абд аль-Азизом, укрепившие русское влияние в Палестине, освящён Троицкий собор и тем самым в целом завершён процесс строительства Русских Построек в Иерусалиме. С тех пор паломники из России могли слушать богослужение на привычном церковнославянском языке.
Особое значение имело августейшее паломничество в Святую Землю великих князей Сергея и Павла Александровичей и их двоюродного брата, великого князя Константина Константиновича 21–31 мая 1881 года. Между великими князьями и архимандритом Антонином сложились тёплые и доверительные отношения. Искренний интерес Сергея Александровича к русско-палестинским проблемам позволил в следующем году создать в Петербурге под его председательством Православное Палестинское Общество, впоследствии получившее почётное добавление к названию – Императорское. За несколько лет интенсивной и продуктивной деятельности ИППО успешно реализовало ряд важных научных, паломнических и строительных проектов. Поэтому 24 марта 1889 года Указом императора Александра III Александровича Палестинская комиссия при Азиатском департаменте МИД была упразднена, её функции, капиталы и имущества – в том числе подворья в Иерусалиме и другая российская недвижимость в Святой Земле – переданы ИППО. Таким образом, взамен не всегда согласованной деятельности разноведомственных учреждений: Духовной миссии, Консульства и Палестинской комиссии – была создана новая, более удобная и отвечающая потребностям времени организационная система обеспечения русских паломников в Святой Земле.
ИППО уникально по своему значению в истории отечественной и зарубежной культуры. Уставные задачи Общества – содействие паломничеству в Святую Землю, научное палестиноведение и гуманитарно-просветительное сотрудничество с народами стран Библейского региона, поддержка Православия на Ближнем Востоке – тесно связаны с традиционными духовными и культурными ценностями русского народа и приоритетами российской внешней политики. Одним из главных источников финансирования Общества был так называемый Вербный сбор, то есть церковные пожертвования верующих, проходивший ежегодно во всех храмах России.
К 1914 году в ИППО состояло около 3 тыс. членов, его отделы действовали в 52 епархиях Русской Православной Церкви. Обществу принадлежало 28 земельных участков (26 – в Палестине и по одному – в Ливане и Сирии), общей площадью более 23,5 га. В 24 учебных заведениях Общества в Палестине обучалось 1576 человек, в 77 школах Сирии и Ливана – 9974 ученика. Подворья и странноприимные дома, принадлежавшие Обществу в Палестине, одновременно вмещали до 6–7 тыс. паломников.
Маршрут паломников, направлявшихся в Святую Землю по морю как правило из Одессы, обязательно проходил через Константинополь и Афон, в которых они обязательно поклонялись святыням. Особенно Афон притягивал русских поклонников, которые хотели в тишине и безмолвии помолиться у святогорских святынь, приобщиться к высокому духовному напряжению, многовековой христианской мудрости и строгой монашеской жизни. Большинство богомольцев стремились попасть в Пантелеимонов монастырь, принадлежавший Русской Православной Церкви, а также – в наши четыре скита: Андреевский, Ильинский, Кромница и Новая Фиваида. При этом немало русских паломников посещало и другие афонские обители для поклонения находившимся там святыням.
В конце XIX – начале XX веков за несколько десятилетий до начала Первой мировой войны произошёл всплеск богомольного интереса русских православных паломников к святыням Вселенского Православия, находившимся в Европе, в первую очередь, в Италии. Талалай М.Г. писал, что до этого периода "паломничества на Запад были единичны и выбивались из общего русла благочестивых путешествий россиян. Христианский Восток воспринимался своим, единоверным (с рядом оговорок), чего нельзя было сказать о католическом и тем более о протестантском Западе. Даже путеводители по святым местам Европы появились только на рубеже XIX-ХХ вв., причём их составителям приходилось проделывать кропотливый труд по выявлению истинно "православных" святынь. Однако к началу ХХ в. естественное влечение православных христиан к множеству святынь, находящихся на италийской земле, вылилось в массовое паломничество". При этом надо заметить, что ИППО также, как и на Ближнем Востоке, оказывало помощь русским богомольцам и в Италии, в частности в Бари, где под его попечением накануне Первой мировой войны было построено православное подворье с храмом во имя святителя Николая Чудотворца и странноприимным домом.