Александр I выдвинул против Наполеона в Восточную Пруссию 22 октября (3 ноября) 1806 года армию генерала Беннигсена Л. Л. Но на предложение царя о совместных действиях, Лондон и Вена ответили отказом, и Россия одна вступила в новую войну с Наполеоном. Беннигсен в своих "Записках о войне с Наполеоном 1807 года" пишет: "Правительство обратилось к народу, который с величайшей готовностью и даже воодушевлением содействовал образованию ополчения в 612 тысяч человек.… В манифесте, изданном в Петербурге ("О составлении и образовании поместных временных ополчений или милиции" от 30 ноября 1806 г. – авт.), изложен порядок формирования этого ополчения и распределения его по разным губерниям государства. Впоследствии нашли, что назначенная цифра слишком значительна, и, уволив некоторую часть собранных ратников, уменьшили численность ополчения до 215 тысяч человек, действительно выставленных народом. Но отдалённость многих губерний нашей обширной империи не дала им возможность прибыть вовремя к армии".
Русская армия быстро училась на своих поражениях 1805 года, когда остро не хватило казачьих частей для разведки, охранения армий и сокрытия движений корпусов. Поэтому: "Ещё накануне объявления войны Франции, 9 ноября 1806 г., Александр I повелел министру военных сухопутных сил С. К. Вязмитинову сформировать два уральских казачьих, два оренбургских казачьих, ставропольский калмыцкий, десять башкирских и один тептярский полки. Все эти полки формировались по образцу донских.
29 ноября 1806 г. император повелел астраханскому губернатору и главнокомандующему в Грузии и на Кавказе графу И. В. Гудовичу сформировать десять полков из калмыков Астраханской, Саратовской и кавказских губерний, а также живших на территории Войска Донского (не причисленных к казакам). Сформировать и привести в армию полки из калмыков оказалось более трудной задачей, служить в армии русского царя они явно не хотели. Два калмыцких полка, которыми командовали офицеры майор Корнеев и войсковой старшина Гнилозубов, взбунтовались на пути в армию, находясь в Старобельском уезде. Калмыки бежали в свои улусы вместе с полковыми знамёнами. Их поимкой на Дону занимался старший судья Донецкого сыскного начальства П. М. Греков 8-й, будущий герой 1812 года. Затем бежали калмыки из полков майора Крюкова и войскового старшины Харитонова. Оказывая сопротивление, они пытались пробиться за Дон, но большинство из них так и не дошло до своих улусов. Из калмыцких полков к армии прибыл только Ставропольский калмыцкий полк (из крещённых калмыков-авт.) под командой войскового атамана майора Баглюнова".
Башкиры к этой войне уже имели опыт 250-летнего военного служения Московскому царству и Российской империи, поэтому они, как обычно, быстро соорганизовались и выступили в поход. "Первыми в 9-м башкирском кантоне были сформированы две пятисотенные команды, вышедшие в поход 27 декабря 1806 г. В своём рапорте командир этих команд Рыльского мушкетёрского майор Данисьев указал, что в них "люди молодые и могут быть к службе расторопные, и вооружены по их обыкновению саблями, стрелами и копьями, каждый о дву конь…". Это были 1-я команда кантонного начальника поручика Бурангула Куватова, состоявшая из кантонного начальника старшины, 5 есаулов, 5 сотников, 5 хорунжих, квартирмейстера, писаря, муллы, 10 пятидесятников, 490 рядовых, 1004 лошади; и 2-я старшины Айсувака Узенбаева, состоявшая из старшины, такого же числа чиновников и 469 рядовых на 962 лошадях. 3, 4 и 9-ю возглавил Уфимского мушкетёрского полка майор Кандауров. Московский комендант произвёл им 25 февраля смотр, отметив, что "люди довольно хороши и здоровы, но лошади с форсированных маршей тощи, но впрочем здоровы". 8-ю команду возглавлял капитан Украйнцов, 10-ю – майор Феофилатьев. Все 10 башкирских команд подчинялись, вместе с калмыками, полковнику князю Уракову А. В., шефу Ревельского мушкетёрского полка, до этого времени служившего в полках Оренбургской инспекции.
Затем 24 января 1807 г. последовал указ императора об отправке ещё 10 пятисотенных башкирских команд, то есть 5 тыс. человек, это были так называемые "команды второго наряда". Генерал-губернатор Волконский в качестве сопровождающих прикрепил к командам штаб– и обер-офицеров регулярных частей Оренбургской инспекции. Команды "второго наряда" возглавляли: 11-ю – капитан Тимиров; 12-ю – поручик Янышев; 13-ю – майор Моисеев; 14-ю – поручик Усревецкий; 15-ю – майор Шефлеров; 16-ю – капитан Некрасов; 17-ю – капитан Петровский; 18-ю – майор С. А. Вильчик; 19-ю – майор Руднев; 20-ю – поручик Мальковский. 11 – 20-я башкирские команды вышли в поход в апреле 1807 г.".
Сражение под Пултуском 14(16) декабря 1806 г. закончилось вничью. Тяжёлое сражение с армией генерала Беннигсена Л. Л., произошедшее 27 января (8 февраля) 1807 г. под Прейсиш-Эйлау, закончилось истощением сторон, т. е. опять вничью. Участник сражения Давыдов Д. В. пишет: "Урон наш в этом сражении простирался почти до половинного числа сражавшихся, то есть до 37 тысяч человек убитых и раненых: по спискам видно, что после битвы армия наша состояла из 46800 человек регулярного войска и 2500 казаков. Подобному урону не было примера в военных летописях со времени изобретения пороха. Оставляю читателю судить об уроне французской армии, которая обладала меньшим числом артиллерии против нашей и которая была отбита от двух жарких приступов на центре и на левом фланге нашей армии. Трофеи наши состояли в девяти орлах, исторгнутых из рядов неприятельских, и в двух тысячах пленных. Прусский корпус взял два орла" Но Беннигсена решил отступить к Кёнигсбергу, поэтому французские историки считают, что Наполеон выиграл это сражение. По Урланису французские потери в сражении составили 45 тыс. убитыми и раненными, а русские – 26 тысяч. По Безотосному русские потери почти совпадают: 7 тыс. убитыми и 18 тыс. ранеными, а по французам нет – свыше 2 тыс. убитых и 18 тыс. раненых. Но Безотосный В. М. сам пишет, что эти данные занижены.
Англичанка Вильмот, находившаяся при княгине Дашковой, видела башкирский полк в Москве 23 февраля 1807 года и оставила его описание: "Сегодня мы ходили смотреть на башкирский полк, вступающий в город. Этот дикий с виду народ живёт на окраине Сибири. Их пёстрые одеяния привычны им, просторны и удобны. За спиной на кожаном ремне башкиры вешают луки и колчаны со стрелами, а ещё они вооружены пистолетами, ружьями и длинными пиками, причём пики эти привязаны к правой ноге ремнями и, видимо, не доставляют владельцам особых неудобств. Их походные мешки наполнены всем необходимым, сёдла увешаны снаряжением и провизией, а когда провизии нет, они с большим удовольствием едят сырую конину. …Полк состоит из 1047 человек. Он разделён на роты, и во главе каждой шёл устрашающий оркестр, издававший пронзительные и монотонные звуки. Но музыкальных инструментов у них не было (кураи, англичанка, конечно, не заметила или посчитала за обычные палки – авт.). Башкирские шапки очень тёплые и самых разнообразных форм и расцветок: одни в форме сахарной головы, другие круглые, третьи – квадратные, но все с бархатной тульей и оторочены мехом; носят их низко надвинутыми на уши. Лошадки у башкир очень маленькие, но сильные и выносливые. Княгиня говорила с одним из воинов и просила доставить Буонапарте в Москву пленником. Он отвечал с большим достоинством: "дайте нам только добраться до него, а об остальном не беспокойтесь". Их офицеры отличаются от солдат лишь одеждой – она напоминает старые балахоны". Башкирский плащ, прообраз нынешних офицерских плащ-палаток, действительно напоминает балахон, если в него плотно закутаться.
Несмотря на поздний призыв, шесть башкирских пятисотен/полков успели принять участие в военных действиях на территории Пруссии и Польши. Две башкирские пятисотенные команды прибыли в корпус графа Толстого на Нареве в середине мая: одну из команд разделили на сотни, которые придали донским полкам. 4 июня ещё две пятисотенные команды башкир прибыли к главной армии, где их присоединили к корпусу Платова. Два башкирских полка вместе с 1-м и 2-м оренбургскими казачьими полками под командованием полковника В. А. Углицкого, находясь в составе армии генерал-лейтенанта Л. Л. Беннигсена, с 10 мая 1807 года участвовали в боевых операциях, составляя "передовую цепь против генералов Массена и Вреде".
Командующий левофланговым корпусом П. А. Толстой приказал атаковать лагерь бригады Клапареда в Борках. "Отряд Витгенштейна в очередной раз овладел переправой через Омулев в Дрензеве и переправился на правый берег. Атака лагеря была произведена 30 мая, в плен захватили 2 офицера и 28 рядовых. У Витгенштейна было три полка регулярной кавалерии, полк Кутейникова 2-го, часть полка Карасёва и отряд башкир. К тому времени к корпусу Толстого уже присоединились две башкирские пятисотенные команды, которые распределили между казачьими полками. Во время атаки лагеря в Борках двести башкир были прикомандированы к полку Чернозубова, сто – к полку Карасёва.
Конные казаки-башкиры на бивуаке. Худ. А. О. Орловский. 1800-1801 гг. Третьяковская галерея.
В представлении к наградам за атаку лагеря в Борках 30 мая и 1 июня Витгенштейн писал: "Войска Донского полковник Кутейников – командуя 30 мая имени своего казачьим полком и башкирцами, по открытии пушечного сигнала бросясь с оными впереди гусар, шибко прискакал к броду реки Омулева, и перейдя его, повёл их в рассыпной атаке неустрашимо на все посты неприятельские и на лагерь при селении Борках, тот же час рассыпанные его команды первые начали брать пленных из постов ретирующихся, а по сближению к лагерю, способствовал с гусарами егерям выжать из оного неприятеля, который как вдался в ретираду, то он обратил свои команды на преследование его, в коем поражая неприятеля мили две по разным дорогам, покоряющихся брал в плен. 31-го же числа мая, когда чрез селение Степно намеревался неприятель ворваться в занятый от них лагерь, то он отряжённою командою казаков, подкрепив егерских стрелков, опрокинул неприятеля и в лагерь не впустил. А 1-го июня, содержа пикеты в лагере и позиции овладённой, дал знать заблаговременно о наступлении неприятельском в знатной его силе, по предосторожности коей взяты меры к отступлению без урону и он сей день прикрывал ретираду рассыпанных стрелков от егерей до вступления их в свои места". Кутейников 2-й за отличие был награждён прусским орденом "За заслуги" (пурламеритом). В представлении к наградам перечислены и офицеры полка Карасёва со ссылкой на свидетельство Кутейникова".
В июне 1807 года Наполеону в тяжёлом и упорном сражении при Фридлянде удалось разбить русскую армию, потеряв 32 тыс. убитыми и ранеными, а русские потери по Урланису составили 15 тысяч. У Безотосного "урон французов оценивался в 8-10 тыс. человек". Но опять без ссылок на первоисточники. Академик Тарле Е. В. так описывает это поражение: "Несмотря на храбрость русских войск, роковая ошибка главнокомандующего Беннигсена погубила их окончательно: Русские войска должны были бросаться в реку, чтобы уйти от огня французской артиллерии. Часть их побежала вдоль реки, часть сдалась в плен, но сдавшихся оказалось немного, потонувших было гораздо больше. Почти вся русская артиллерия попала в руки Наполеона. После утраты своей артиллерии и страшных потерь (больше 25 тысяч убитыми, ранеными и пленными) Беннигсен быстро отступил к реке Прегель, теснимый французами. Единственный шанс спасения от полного истребления заключался в бегстве. Сейчас же после битвы при Фридланде маршал Сульт вошёл в Кёнигсберг, где захватил огромные боевые запасы, хлеб, одежду – всё это как раз только что было привезено с моря англичанами, не предвидевшими такой близкой катастрофы. Армия Наполеона подошла к Неману 19 июня (по новому стилю – авт.), через пять дней после битвы под Фридландом. Остатки русской армии успели переправиться через реку. Наполеон стоял на границе Русской империи, у Тильзита".
В корпусе атамана Платова с 4 июня 1807 года находились два других башкирских полка и ставропольский калмыцкий полк под командованием князя Уракова. В полдень 4 июня неприятель во многих местах переправился через реку по понтонам. Кавалерия дивизионного генерала Груши пошла вверх по берегу р. Прегель с намерением атаковать левый фланг казаков. В этот момент, по словам Чуйкевича П., "Платов, уступая рвению кантонных начальников башкирских команд, приказал князю Уракову напасть с ними на французов. Башкирцы чувствительны были к сему назначению и выполнили приказание с отличным мужеством. Они, применяя тактику заманивания, подпустили противника на довольно близкое расстояние и выпустили сотни стрел, а засадная команда сделала быстрый поворот налево и ударила копьями во фланг врага, который не мог устоять, "будучи изумлен и замешан новостью оружия, с чем против него действовали". Башкиры гнали неприятельскую кавалерию, "которой они не давали пощады", до расположения французской пехоты. Башкирские полки, прибывшие в район боевых действий после Фриндландского сражения, прикрывали отход армии к реке Неман и в начале июня 1807 г. вели арьергардные бои в районе Тильзита с кавалерией генерала Мюрата.