По поводу передачи Луцкой епархии в управление Иосифу пропойский староста Василий Красенский в августе 1685 г. писал Гедеону Четвертинскому, что она отдана "не волку, но змию в руце". Кроме того, Красенский сообщал, что после отъезда Гедеона в Россию Речь Посполитая якобы "в великом была страхе", опасаясь, что епископ будет просить русских царей вступиться за православных в Польше и Литве. Однако когда "отмщения" не последовало, поляки "почали наругатца над всяким народом нашим и всех называют и почитают за изменников, а наипаче все мне". В конце письма пропойский староста просил Гедеона "иметь радение о всем православии" в Речи Посполитой. "Не о себе молю, но о всем народе", – заканчивал он свое послание. В доказательство усиления гонений на православных Литвы Красенский пересылал адресованное ему письмо Яна Собеского с требованием не препятствовать деятельности Киприана Жоховского и некоего бобруйского протопопа по приведению к "святому соединению" (т. е. к унии) желающих того священников пропойской протопопии. А в письме к украинскому гетману И. Самойловичу В. Красенский и вовсе советовал русским царям "отыскать свое древнее, как Лвов и Ярославль, Покутье и иные, а те належали исконно к Киеву, к московскому государству, которые все дожидаются с верным подданством". Греки, рассуждал он, в свое время начали войну с Троей из-за одной царицы Елены, "а мы за толико великую обиду Божию и подумати не хощем, боюся крепко, дабы за то Господь Бог нас не наказал […] и то можно разсудить, что во время покою пропало от Стенки Разина болши, неже в войну". Красенский опасался, что польский король Ян III и император Леопольд I, заключившие между собой союз, "желают под покровом истинной милости, чтоб церквей Божиих и веры православной и слуху не было". Пропойские жители, духовные и светские, в своей челобитной гетману называли Василия Красенского единственным защитником православия в Пропойске от "волков, не щадящих стадо Христово" и сетовали, что не имеют "пастыря овцам стада Христова".
В 1680-е гг., когда униатскую митрополичью кафедру занимал Киприан Жоховский, горячий сторонник унии, активно использовавший в борьбе с православием самые различные методы, в том числе и насильственные, православным Великого княжества Литовского приходилось нелегко, в особенности жителям Полоцка и Витебска, где отношения между православием и унией и ранее были достаточно напряженными. Еще во время сейма 1635 г. Владислав IV издал универсал (привилей), запрещавший православным иметь церкви в этих городах. Запрет был установлен в наказание за убийство в 1623 г. горожанами Витебска униатского полоцкого архиепископа Иосафата Кунцевича. Однако еще в 1633 г. в ответ на просьбы православной шляхты король разрешил построить в Полоцке православную церковь Богоявления и при ней монастырь, утвердив "фундушовую запись" браславского земского судьи Севастьяна Мирского, жаловавшего этому монастырю землю в Полоцке. Еще в более трудном положении находились витебские мещане, долгое время вынужденные отправлять богослужения за городом, в специально построенных "шалашах". На помощь им пришел Л.С. Огинский, основавший недалеко от Витебска Марков монастырь. Под влиянием побед повстанцев Б. Хмельницкого в 1650 г. был издан новый королевский привилей, позволявший православным иметь два храма в Витебске и один в Полоцке, но в жизнь он воплощен не был. На сейме 1676 г. по просьбе униатского митрополита Киприана король подтвердил все права униатов и в том числе запрет православным иметь церкви в двух упомянутых городах. Таким образом, к 80-м гг. XVII в. Марков и Богоявленский монастыри были единственными оплотами православия в Полоцке и Витебске. Это вызывало недовольство униатских владык, не оставлявших попытки закрыть их.
Конфликт между униатским митрополитом и полоцким архиепископом Киприаном Жоховским, с одной стороны, и полоцким Богоявленским монастырем – с другой, зашел так далеко, что в него вынужден был вмешаться польский король Ян Собеский, принявший сторону православных монахов. В мае 1681 г. он потребовал от Киприана и полоцких иезуитов под угрозой крупного денежного штрафа прекратить гонения на православных, не чинить препятствия публичному отправлению ими обрядов, не угрожать захватом монастыря.
Однако Киприан не прекратил борьбы с Богоявленским монастырем. В феврале 1682 г. он подал на православных монахов и мещан жалобу в полоцкий магистрат, обвиняя их в намерении построить новую церковь в своем монастыре. Митрополит ссылался на известный "диплом" короля Владислава от 1635 г. По сведениям Киприана, богоявленские монахи скупали в Полоцке и окрестностях земельные участки, "aby wkorzenili się tym gruntowniej", заготовляли и сплавляли лес для строительства нового храма. Митрополит свидетельствовал, что полоцкие прихожане угрожали ему смертью, и требовал не допустить постройки "дизунитской" церкви. Он обвинял православных в покушении на свою жизнь, заявляя, что они устраивают на него засады с оружием возле своего монастыря, а также в том, что они в декабре 1681 г. якобы умышленно подожгли "порох и фейерверк", приготовленные для празднования непорочного зачатия Девы Марии, чем нанесли травмы людям, готовившим фейерверк, и едва не спалили стоявший рядом дом. По решению полоцкого земского суда лес, приготовленный богоявленскими монахами для строительства церкви, был арестован.
На этот раз Ян Собеский оказался на стороне Киприана. В апреле 1683 г. он направил настоятелю Богоявленского монастыря отцу Игнатию Цыклеру-Зигмунтовичу письмо, запрещая строить новую церковь. За такое намерение, а также за "злоумышление" на жизнь Жоховского король грозил богоявленским монахам штрафом в 3 тыс. червонных злотых.
17 июня 1683 г. Богоявленскую обитель постигло новое несчастье – сгорела монастырская церковь. Православным, однако, удалось спасти главную святыню монастыря – чудотворную икону Пресвятой Богородицы. На следующий день собравшиеся прихожане и монашествующие заложили на месте сгоревшей церкви из "подаренных" им бревен часовню для спасенной иконы. В это время появились униатские монахи. Они смеялись над православными, называя заложенную часовню "псарней", грозя снести ее, а чудотворную икону забрать себе. 19 июня, заручившись поддержкой митрополита Киприана Жоховского, вооруженная толпа, состоявшая из униатского и католического духовенства, шляхты и мещан, ворвалась в Богоявленский монастырь и начала грабить имущество монастыря и избивать православных. Остановить побоище и спасти часовню от разорения, а вместе с ней икону Богородицы богоявленским монахам удалось лишь благодаря вмешательству католиков – жителей Полоцкого воеводства, съехавшихся в город на католический праздник Божьего Тела. Однако нападавшие удалились, угрожая вернуться и довершить начатое, истребив монастырь "до основания". Так события изложены в жалобе игумена полоцкого Богоявленского монастыря отца Игнатия, вписанной в гродские книги Полоцкого воеводства. Совершенно иначе дело происходило, если верить содержащейся в тех же книгах записи, внесенной от имени Киприана Жоховского представителями униатского духовенства. Согласно этому свидетельству, униаты явились в Богоявленский монастырь с протестом против возведения новой церкви взамен сгоревшей. Они ссылались на привилей 1635 г. Оказалось, что православные уже положили несколько венцов нового храма. В ответ на требование прекратить строительство собравшиеся несколько тысяч "схизматиков", вооруженные чем попало, кинулись избивать униатов, угрожая лишить жизни не только их, но и самого митрополита Киприана, а также выбросить прах Иосафата Кунцевича из Софийского собора в Двину. По прошествии веков уже трудно судить, чье описание произошедшего в Полоцке инцидента более соответствовало действительности. Однако и то и другое свидетельство недвусмысленно указывают на крайнюю напряженность отношений между последователями православия и унии в 1680-е гг. в землях Великого княжества Литовского.
Кроме полоцкого Богоявленского монастыря, Киприан Жоховский вел неустанную борьбу и с Марковым монастырем. В 1672 г., еще будучи епископом Витебским и Мстиславским, Киприан требовал от бургомистров и ратманов г. Витебска не допускать простой народ в монастырь.
25 сентября (н. с т.) 1684 г. в городские книги Витебского воеводства была вписана жалоба униатского митрополита на игумена Мелетия Хлевинского и марковских монахов. Он обвинял братию в том, что они, "не разсуждая права общего, ни уложения в постановлении комисарском о убиении святаго Езафата владыки витебского", подтвержденного соответствующей сеймовой конституцией, "построив себе тот монастырь зде под Витебском на искоренение веры, в унеи святой обретающейся, бунтуя овцы пастырства моего, как в город ездя, так и пеши ходя, також де по разным селам во всем воеводстве витебском к благочестию приводят и от святой унеи отводят, что им ничего не належит, и исповедают людей, и безбожие к себе прикланяют, по украински меж чернью чинят бунты в городе Витепску и по иным местечкам и селам". По свидетельству митрополита, 15 сентября, когда он плыл Двиной из Витебска в Полоцк, марковские монахи, собрав 200 человек "различных, имяны и прозвищи ведомых […] с мушкеты и иными оружии" ожидали, когда мимо православного монастыря проплывет Киприан, чтобы убить его, "учиня различные залоги". Однако некие "добрые люди" помешали этому.
Спустя три дня после происшествия на реке Киприан написал марковским монахам письмо, заявляя, что прощает им покушение на свою жизнь, но предостерегал, чтобы они "украинских не чинили бунтов […], но во всем пребывали тихомирны, не присвоялися з Божественными тайнами к овцам моим витепским, как в городе, так и за городом и по селам обретающимся, что немощно вам чинить для пролития крови, чрез благочестивых ваших над благословенным мучеником Иасафатом, только что б чрез моих унияцких священников то чинилось". Киприан грозил православным смертью, если его витебский эконом, Самойло Жоховский, который должен всячески "стеречь" марковских монахов, увидит хоть кого-нибудь из них, "вредящих ересью" в Витебске и его окрестностях: "а я не буду виноват, естьли противно вам что учинится, подлинно не будет мученик Христов ни един от вас, хотя которой по приговору Речи Посполитой и убит будет".
Единственная православная обитель в Вильно братский монастырь Св. Духа имел давние связи с Россией. В 1679 г. священник Благовещенского храма в Чернигове по фамилии Домонтович "по своему обещанию приклонения ради чюдотворному образу пресвятыя Богородицы до Нового Двора в литовские страны ездил". Приехав в Новый Двор (городок недалеко от Волковыска), он встретился там с виленскими братчиками – мещанином Кочарским и проповедником (казнадеей) Кодрицким. Кочарский сообщил Домонтовичу, что "де все мы Бога молим так духовные, яко и мирские, чтоб царское величество с салтаном турским помирился, а поляком бы бок набить, ибо они ничего доброго не желают, еще и насмеваютца, что денги взяли у царского величества, за теж де денги [хотят] нанят служивых людей и воевати Москву". Говоря о деньгах, Кодрицкий имел в виду русско-польский договор 1678 г., по которому Россия выплачивала Речи Посполитой 200 тыс. руб. и возвращала три пограничных города за продление перемирия. Он сетовал, что "король и все сенаторы" "совершенно" решили всех православных Речи Посполитой привести к унии.
В декабре 1683 г. произошла стычка прихожан и монахов виленского братского монастыря Св. Духа со студентами Виленской иезуитской академии. Последние жаловались, что, когда они пришли в Святодуховскую церковь, по ним умышленно выпустили несколько ракет, предназначенных для фейерверка, а затем избили палками. В ходе драки православные якобы кричали: "jeszcze napijemy się krwie lachowskiej i studentskiej". То, что иезуиты по меньшей мере лукавили, изображая себя невинными жертвами, свидетельствует адресованное виленскому епископу Стефану Пацу и жмудскому каштеляну Станиславу Орде королевское распоряжение успокоить рвение студентов виленской академии, приняв меры к прекращению их конфликта со святодуховскими монахами и братчиками.
Развернувшееся с конца XVI в. на землях Речи Посполитой наступление католиков и униатов на религиозные и сословные права православного населения побуждало православных с особой заботой относиться к поддержанию традиционных связей с единоверцами в России и искать поддержки и защиты в правящих кругах Московского государства. На протяжении XVII в. и особенно второй его половины русскую столицу регулярно посещали представители православных монастырей, разбросанных по самым разным уголкам украинских и белорусских областей Речи Посполитой. В основном они приезжали с просьбой о милостыне (материальной помощи), о богослужебных книгах, церковных сосудах и др. утвари, но не только за этим.