С выходом противника на южное побережье Финского залива создалась реальная и непосредственная угроза активных десантных операций против острова Котлин. Создается сухопутная и противодесантная оборона по плану, утвержденному ВС КБФ 7 сентября 1941 г. Принимались меры по укреплению обороны Кронштадта с юго-восточного направления. Это должно было позволить более действенно поддерживать огнем войска на Ораниенбаумском плацдарме и успешнее вести контрбатарейную борьбу с настолово-беззаботинской группировкой артиллерии гитлеровцев. В течение сентября - ноября 1941 г. в Кронштадте установили десять батарей среднего и крупного калибров. Вошли также в строй несколько батарей среднего калибра в Ижорском УС.
После того, как немецкие войска перерезали железные дороги, связывающие Ленинград с остальной страной, город, фронт, а также и флот стали испытывать недостаток в продовольствии, боезапасе и топливе. 4 сентября Главнокомандующий Северо-Западным направлением подписал приказ, в котором говорилось: "В связи с тем, что общие запасы боеприпасов для тяжелой морской артиллерии ограничены, а также во избежание преждевременного износа материальной части прекратить расточительный расход боезапаса". Теперь орудия 180-мм и большего калибра могли использоваться только по тяжелым батареям и скоплениям танков, 152-мм орудия - по батареям противника, группам танков и оборонительным сооружениям, 100 - 130-мм - по скоплениям пехоты. Приказом были также назначены нормы среднего расхода боезапаса при стрельбе морской артиллерии по сухопутным целям
Стрельба морской артиллерии с полной скорострельностью могла вестись не более 2 минут. При необходимости длительного обстрела цели допускается следующая скорострельность орудий: 356- и 305-мм - 1 выстрел в 15 мин., 180-мм - 2 - 3 орудийный залп в 15 мин., 100 - 130-мм - 1 залив 15 мин.
Уже с 10 сентября 1941 г. решением ВС КБФ среднесуточный отпуск бензина был ограничен и составлял для бригады торпедных катеров 2 т, для ОВРа - Ют (полный запас топлива "малого охотника" типа МО-4 - 6 т).
7 сентября наступавший с юго-западного направления противник вошел в зону огня корабельной артиллерии. В этот день открыли огонь крейсера "Максим Горький" и "Петропавловск" (немецкие пушки обрушили на немецкие войска снаряды, изготовленные в Германии). С 7 по 17 сентября, в наиболее критические дни напряженных боев, они систематически обстреливали наступавшие вражеские войска в районе Красное Село, Тайцы. 9 сентября линкор "Марат" открыл огонь главным калибром, а через шесть дней - противоминным (120-мм). Стрельбы по наступающим войскам противника велись ежедневно, по нескольким целям, и ежесуточный расход 305-мм выстрелов достигал 177.
Особенно напряженным был день 11 сентября, когда главный калибр крейсера "Максим Горький" выполнил 10 стрельб, выпустив 285 180-мм снарядов по наступающим немецким войскам 11 сентября, после того как было выпущено 124 снаряда главного калибра, разорвало среднее орудие первой башни "Марата". В тот же день произошел взрыв снаряда в стволе левого орудия первой башни "Петропавловска" (вот вам и хваленое немецкое качество). Теперь главный калибр крейсера состоял из трех 203-мм орудий. Всего за 10 дней корабль выполнил 40 стрельб, израсходовав 676 снарядов.
В то время как корабли, стоявшие в Ленинградском порту, вели огонь по районам на подступах к Ленинграду с юга и юго-запада, эсминцы "Стройный", "Строгий", канонерские лодки "Сестрорецк", "Зея", бронекатера отряда кораблей р. Нева, орудия НИМАПа своим огнем не допускали переправ противника через Неву и обороняли подступы к Ленинграду с юго-востока. Для усиления артиллерийской обороны по постановлению ВС Ленинградского фронта была оборудована Невская Укрепленная Морская позиция (Невский укрепленный сектор, Укрепленный сектор р. Нева). В сентябре в районе Невской Дубровки на правом берегу Невы была установлена батарея из четырех 180-мм орудий, восемь 130-мм орудий, шесть - 100-мм, а также восемь снятых с линкоров "Марат" и "Октябрьская Революция" 120-мм орудий. Был сформирован Невский укрепленный сектор, командир генерал-майор И.А. Кустов.
Для борьбы с огнем нашей корабельной и береговой артиллерии противник перебросил с других участков фронта в район Красного Села тяжелую артиллерию. После выхода противника к побережью Финского залива его артиллерия приступила к интенсивному обстрелу кораблей, стоявших в Морском канале и Ленинградском торговом порту.
К середине сентября линия фронта настолько приблизилась к городу, что артиллерия противника получила возможность вести огонь прямой наводкой по неподвижным кораблям
Наиболее интенсивный огонь батареи противника вели но территории торгового порта и по кораблям, стоящим на позициях в Морском канале с 13 по 17 сентября, выпустив более 900 тяжелых снарядов. Одновременно с артиллерийскими обстрелами немецкие самолеты бомбили корабли, стоявшие в порту и в Морском канале.
15 сентября снаряд попал в эсминец "Опытный", разрушив второе котельное отделение.
Артиллерия противника хорошо пристрелялась по "Марату", "Петропавловску" и "Максиму Горькому". 14 и 15 сентября в линкор "Марат", стоявший в ковше Морского канала, попали девять 150-мм снарядов, по существенных повреждений кораблю они не нанесли. 16 сентября снаряд угодил в носовую автоматную площадку "Марата" и вывел из строя сразу три 37-мм зенитных автомата. Это имело для корабля тяжелые последствия, так как в тот же день он подвергся атаке 24 бомбардировщиков, которые атаковали двумя группами, заходя с носовых и кормовых курсовых углов. И если группу самолетов, заходивших с кормы, удалось рассеять зенитным огнем, то другая сумела сбросить свой смертоносный груз на корабль. В результате две 250-кг бомбы угодили в правый шкафут, одна такая же бомба разорвалась на юте, и последняя, срезав ствол 120-мм орудия № 13, взорвалась у борта. Ни одна бомба в жизненно важные помещения не проникла. Однако в результате мощного сотрясения корабля от взрыва и осколками были выведены из строя кормовые 76,2-мм орудия, получили различные повреждения четвертая башня главного калибра, некоторые 120-мм орудия, а также ряд вспомогательных механизмов. Погибло 25 человек. Сразу после окончания налета авиации "Марат", снявшись с бочек и якоря, своим ходом ушел на Малый Кронштадтский рейд, ведя при этом интенсивный огонь по видимым береговым целям противника на южном берегу Финского залива.
16 сентября в "Максим Горький" попал один 127-мм снаряд. 17 сентября противник усилил обстрел крейсеров. В "Максим Горький" попали четыре снаряда. Два пробили верхнюю палубу и надводный борт, третий - трубу, а четвертый попал в надстройку. 7 моряков были убиты, 28 ранены, возникшие пожары быстро ликвидированы. Чтобы корректировать огонь своей артиллерии по кораблям, немцы в этот день в районе Красного Села подняли аэростат с наблюдателями. Артиллеристы крейсера сделали по нему несколько выстрелов, после чего аэростат взмыл вверх и исчез (вероятно, был перебит привязной трос). "Максим Горький" в 15.00 снялся и переменил позицию.
В неподвижный "Петропавловск" попало несколько 210-мм снарядов. Системы пожаротушения и водоотливная не были до конца смонтированы, поэтому корабль заполнился водой, получил крен 8 - 10º на левый борт и сел на грунт. Его башни не могли вести огонь, команда с него снята. В 1942 г. "Петропавловск" был поднят и до января 1944 г. использовался как плавбатарея.
"Марат" 18 сентября с помощью буксиров вошел в гавань и встал у стенки Усть-Рогатки для исправления боевых повреждений и текущего ремонта Восстановительные и ремонтные работы пришлось вести в условиях ежедневных массированных налетов авиации противника. Вместо "Марата" из гавани на Петергофский рейд вышел линкор "Октябрьская Революция".
Уже в ходе отражения сентябрьского штурма позиции в Ленинградском порту заняли лидер "Ленинград" и эсминцы "Сметливый", "Стойкий" и "Свирепый".
Всего с 11 по 17 сентября - в наиболее критические дни напряженных боев, когда враг рвался к Ленинграду через Пулковские высоты, - морская артиллерия выпустила но вражеским войскам 3603 снаряда калибра от 130 до 305 мм. В том числе линкоры "Марат" и "Октябрьская Революция" - 812 снарядов, крейсер "Петропавловск" - 290, "Максим Горький" - 656, эсминцы и батареи - 1845. О нормах расхода боеприпасов в эти дни не думали.
За время отражения сентябрьского штурма артиллерия КБФ 1994 раза открывала огонь по противнику и израсходовала более 25 000 снарядов крупного калибра, чем способствовала стабилизации линии фронта под Ленинградом.
21 сентября в крейсер "Максим Горький" попали три тяжелых снаряда, в результате был разбит ходовой мостик, 9 моряков были убиты и 7 ранены. Дальнейшая стоянка на открытой позиции грозила кораблю гибелью. Командир крейсера капитан 1-го ранга А.Н. Петров с разрешения штаба эскадры сменил огневую позицию. Так как крейсер не мог развернуться в акватории порта, то он задним ходом, без помощи буксиров, против течения, прошел Морским каналом и укрылся в Гутуевском ковше, затратив на переход и швартовку всего 20 минут. Это был маневр, на который едва ли кто-нибудь отважился бы в мирное время.
На следующий день буксиры вывели его в Неву, поставив к стенке завода № 189 для ремонта. Устранение повреждений продолжалось до 8 октября, но уже 3 октября буксиры перевели "Максим Горький" от завода к Железной стенке торгового порта вблизи устья Фонтанки.
22 сентября лидер "Ленинград" (на позиции в Лесной гавани Торгового порта) получил повреждения корпуса, механизмов и некоторых приборов от взрыва одного из снарядов противника вблизи борта корабля. Лидер перевели к Канонерскому острову, но и на этой позиции он подвергался обстрелам.
Огнем артиллерии флота, совместно с действием сухопутных войск, наступление противника на Ленинград 18 сентября было остановлено на рубеже Петергоф, Стрельна, Володарская, Лигово, Паново, Виттолово, Детское Село, Р. Тосно, Ивановские пороги.
Германская авиация в период наступления войск группы "Север" на Ленинград в основном наносила бомбовые удары по переднему краю обороны и лишь периодически - по объектам в самом городе, а также по кораблям, поддерживающим войска из района Ленинградского порта. Начиная с 8 сентября, она начала наносить удары собственно по Ленинграду. При этом до 19 сентября в Кронштадте обстановка была относительно спокойной.
Корабли, оказывая эффективную поддержку частям Красной Армии, наносили противнику большие потери в технике и живой силе. И тогда немцы бросили на корабли и Кронштадт авиацию, причем основными объектами атак являлись корабли, и особенно линейные.
Основные силы авиации флота действовали под Ленинградом, нанося удары по наступающим войскам противника. На аэродроме Бычье Поле в Кронштадте дежурили всего 5 - 6 истребителей. Ввиду нехватки истребителей, которые противник мог связать боем, основная тяжесть отражения налетов легла на зенитную артиллерию.
Диспозиция зенитных батарей 1-го зенитного полка в Кронштадте не обеспечивала одинаковой плотности огня со всех направлений. Наиболее надежно база прикрывалась с северо-запада, а с юго-востока - с тыла - наоборот, слабо. Не обеспечивались непосредственным прикрытием огнем места стоянок кораблей в гаванях и на рейдах, особенно Восточном, где сосредоточились почти все крупные боеспособные корабли.
Первый воздушный налет был совершен 19 сентября, в нем участвовало 15 "хейнкелей". В этот день корабли вели огонь но скоплениям противника в районах Белоострова, пос. Володарского и т.д. Воздушная тревога была объявлена в 16.12. Бомбы упали в Средней гавани, в районе Морского завода, госпиталя, нанеся незначительные повреждения. В отражении налета участвовали зенитные орудия 1-го полка, фортов и кораблей. Впервые после таллинского перехода открыла огонь по самолетам противника зенитная артиллерия крейсера "Киров". Стоявший на Петергофском рейде линкор "Октябрьская Революция" успешно отразил атаки авиации противника. Истребители в отражении налета не принимали участия.
Небольшая группа самолетов нанесла удар по гавани Ораниенбаума, где стоял крейсер "Аврора". Орудия главного калибра корабля еще в июле были отправлены на позиции у Дудергофа. Но на нем оставались зенитные орудия, встретившие огнем немецкие бомбардировщики.
Но этот налет был разведочным, его целью было определить места стоянки кораблей и расположение зенитных батарей базы.
21 сентября было совершено три дневных и один ночной налета с 11.20 до 21.44. Всего в налетах участвовали от 175 до 190 самолетов. Десятки бомбардировщиков волна за волной совершали налеты на гавани и рейды. Если в Таллине корабли могли маневрировать на рейде, уклоняясь от атак авиации, то в Кронштадте они стояли в гавани с холодными машинами или находились на рейдах, стоя на якоре. На этот раз в налете участвовали бомбардировщики Ю-88 и пикировщики Ю-87, которые сопровождали истребители Ме-109. При входе в зону огня зениток они разделялись на группы. Над целью группы выстраивались в так называемую "карусель", из которой по одному или парами пикировали на цель.
С 11.20 но 11.30 25 самолетов атаковали корабли на Восточном рейде. На линкор "Октябрьская Революция" они сбросили около 100 бомб. Три из них попали в носовую часть корабля, пробили верхнюю палубу и разорвались, разрушив шпилевое отделение и другие помещения. Для уклонения от последующих атак линкор дал ход. Поскольку шпили были разрушены, выбрать якоря не было возможности, и корабль шел на Малый рейд, волоча якоря по дну.
Линкор "Марат" подвергся пяти ударам с воздуха, в каждом из которых участвовало 20 - 40 бомбардировщиков. Все воздушные атаки "Марат" успешно отразил, и ни одна из многочисленных бомб, сброшенных на него, никакого ущерба не нанесла.
Эсминец "Стерегущий" находился на Петергофском рейде и вел огонь по береговым позициям противника. В 11.05 с эсминца обнаружили вражеские самолеты, шедшие к Кронштадту. На корабле сыграли боевую тревогу и дали ход. Группа бомбардировщиков из 12 - 16 "юнкерсов" атаковала эсминец. Самолеты пикировали на корабль группами по 3 - 4 машины и за 7 - 8 минут сбросили не менее 60 бомб весом от 50 до 250 кг. "Стерегущий" получил три прямых попадания, кроме того, эсминец поразило большое количество осколков и пуль, что привело к большим потерям в личном составе. Самые тяжелые последствия вызвал взрыв в 1-м машинном отделении. Механизмы сорвало с фундаментов, возник пожар, но огонь был залит хлынувшей через пробоины водой. Образовался сильный крен на правый борт. Несмотря на быстрое падение давления пара, эсминец сумел на одной турбине дойти до отмели. Объем разрушений не оставлял надежды на спасение корабля. Через четверть часа после начала налета эсминец повалился на правый борт и затонул на глубине 5,5 м (в 1944 г. эсминец был поднят и после ремонта введен в строй).
Бомбы упали вблизи "Кирова", зенитчиками крейсера был сбит Ю-87. Эсминец "Гордый" получил осколочные повреждения от близких разрывов бомб. Эсминец "Славный" на Большом рейде получил повреждения от близко разорвавшихся бомб, от сотрясения вышли из строя два котла. Бомба попала в эсминец "Грозящий", стоявший в доке "Трех эсминцев". От близких разрывов бомб на минном заградителе "Марти" вышли из строя три орудия. Во время ночного налета была повреждена канонерская лодка "Пионер".
Были потоплены транспорты "С.А. Леваневский", "Барта" и "Мария". Несколько малых кораблей и судов, маневрируя, пытаясь уклоняться от бомб в гаванях, столкнулись и получили повреждения. На берегу был уничтожен завод приборов, повреждения получил Морской завод. В Кронштадте были разрушены несколько жилых домов, выведены из строя городская водопроводная и электрическая станции. Погибли 18 жителей города.
22 сентября произведено два налета, в них участвовали 38 "юнкерсов". Был поврежден эсминец "Сильный", стоявший на Восточном рейде. На корабль в 13.15 спикировали 9 "юнкерсов". Один самолет был сбит зенитным огнем, но попаданий избежать не удалось: 100-кг бомба угодила в кормовую надстройку, еще несколько разорвались в 10 - 15 м от корабля, осыпав его осколками. Кормовая часть корпуса получила повреждения, вспыхнул пожар. 7 человек погибли, 27 ранило. Во избежание взрыва кормовые погреба боезапаса немедленно затопили, затем потушили пожар. Вечером эсминец перешел с рейда к стенке Морского завода.
Вторично был поврежден "Грозящий", находившийся в доке. Были потоплены баржа и буксир, стоявшие у борта линкора "Марат". В 15.00 от полученных пробоин затонул стоявший в ремонте у Морского заводе сторожевой корабль "Вихрь" (впоследствии был поднят, отремонтирован и в сентябре 1943 г. вошел в строй).
23 сентября немецкие бомбардировщики совершили пять дневных налетов (более 100 самолетов) и один ночной с 11.45 до 23.37. В этот день пикировщики Ю-87 впервые применили по кораблям 1000-кг бомбы, только накануне доставленные на аэродром
Этот день стал роковым для "Марата". То утро выдалось на редкость ясным, с отличной видимостью и началось с разведывательных полетов врага и барражирования советских истребителей над Кронштадтом. В одиннадцатом часу на дистанции свыше 300 каб. в направлении Петергофа обнаружили группу самолетов противника в количестве 46 бомбардировщиков. По боевой тревоге "Марат", как и все корабли, приготовили к бою, и дальномерные посты начали выдачу дистанции и курсового угла на орудия всех калибров линкора. По первой группе самолетов произвели выстрел шрапнелью из первой башни главного калибра. Снаряд разорвался с недолетом, но бомбардировщики противника сначала разделились на две группы, а затем, резко изменив курс, устремились на Кронштадт. Несмотря на интенсивный огонь всех зенитных средств кораблей и базы, уже в первой атаке два Ю-87, спикировав на линкор, достигли прямых попаданий. Обе бомбы по 1000 кг разорвались с интервалом в доли секунды - одна в нос, а другая в корму от фок-мачты - и вызвали детонацию боеприпаса первой башни главного калибра. Взрыв почти полностью перебил корпус линкора в районе 45 - 57-го шп., разрушил и сбросил с корабля в воду первую башню, фок-мачту с носовой надстройкой и первую трубу. Днищевые конструкции в этом районе надломились, и носовая оконечность легла на грунт.
Смертью храбрых погибли на своих командных пунктах и боевых постах командир корабля капитан 2-го ранга П.К. Иванов, старший помощник капитан 3-го ранга B.C. Чуфистов и еще 324 человека. Линейный корабль "Марат" как боевая единица перестал существовать.
Борьба за живучесть корабля продолжалась в течение двух часов, после чего, когда окончательно разрядились аккумуляторы аварийного освещения, была дана команда "покинуть корабль". Расчеты 76,2-мм зенитных установок, расположенных на крыше четвертой башни, так и не покинули корабль, продолжая отражать очередные атаки самолетов противника. В этот день зенитчики линкора выпустили рекордное для него за всю войну количество боеприпасов: 1002 76-мм и 528 37-мм снарядов и 6584 12,7-мм патронов.
К вечеру того же дня, когда организовали подачу электроэнергии с берега, часть экипажа вернулась на корабль и возобновила борьбу за живучесть. К сожалению, предпринятые меры не увенчались успехом, и к утру 24 сентября "Марат", приняв около 10 000 т воды, окончательно лег на грунт, при этом уровень воды во внутренних помещениях достиг примерно половины высоты пространства между средней и нижней палубами, т.е. не затопленными остались преимущественно жилые помещения.