На греческую военно-морскую организацию экипажа в виде гребцов, матросов и офицеров была нанесена римская военная структура, которая напрочь устраняла их различия. Экипаж каждого военного корабля, независимо от размеров, образовывал одну centuria (центурию) под командованием ее centurio (флотского центуриона) по образцу центурии легиона. В этой centuria каждый член экипажа занимал свое место: помощники, медики и даже кормчие идентифицируют себя как milites (военные) и причисляют себя к корабельной центурии. Один gubernator (кормчий) установил собственную статую с мечом на боку. Ульпиан не нашел ничего лучшего, как следовать адмиралтейским таблицам организации, когда заявлял, что "in classibus omnes remiges et nautae milites sunt" ("во флоте все гребцы и матросы являются военными"). Сами моряки называли в надписях свой корабль или следовали военному обычаю упоминания своего центуриона. Пометка символом q центурии перед названием корабля, например q quadrieri Fide, была частым явлением, указывающим на двойственные функции моряков. В любом случае они ревностно отстаивали свое законное звание солдат, и лишь в одной надписи автор действительно называет себя nauta (моряк) вместо miles (солдат) и manipularis. Хотя униформа на борту корабля была без рукавов, короткая туника, на морских памятных плитах III века в Афинах моряки носят легкий дротик или hasta вместе с круглым щитом и, как правило, мечом. Кроме того, при них был sagum или paenula (короткий плащ).
Устройство экипажа как боевой единицы, конечно, сопутствовало осуществлению Августом программы создания постоянных флотов. Во время гражданских войн он продолжил практику Цезаря, заключавшуюся в назначении центурионов и солдат легиона на корабельную службу. Но этих морских пехотинцев отзывали, когда отпадала необходимость назначения. Тем не менее флот оставался частью военной структуры империи, и военная необходимость могла потребовать совместных действий всего экипажа. Поскольку в Италии не было легионов, способных обеспечить флот морскими пехотинцами, морская центурия стала неизбежной ступенью военной организации. То есть имперский флот вернул себе дух Афинского флота времен Перикла, когда каждый матрос был одновременно солдатом. Хотя исчерпывающих сведений о флотах в период Августа не хватает, vigiles (временные отряды кораблей), которые были сродни всему флоту, организовывались в центурии с самого начала же в 6 году н. э. Римский разум не знал иного способа военной организации, кроме как полуварварского. В рассказе о смерти Агриппины в 59 году Тацит упоминает как центуриона, так и триерарха, в то время как надпись за несколько десятилетий до 71 года указывает на отождествление корабля и центурии.
Поскольку кормчие и другие морские офицеры не имели времени или способностей освоить хорошо две профессии сразу, такая организация морских центурий решала две задачи. Она должна была привести на практике не только к общему освоению всеми моряками пользования оружием, но также к специальной подготовке некоторой части экипажа к ведению боевых действий против пиратов или десантным операциям. Афинская триера в начале IV столетия до н. э. имела на борту около десяти морских пехотинцев, а Коанская квадрирема в 84–82 годах до н. э. двадцать таких воинов. Однако свидетельства о таких бойцах в Римском имперском флоте сводятся к различению Тацитом матросов и морских пехотинцев в Германском флоте. Имеется соблазн видеть в тех, которые называли себя manipulares, часть военного контингента корабля более определенно, но это слово скорее просто синоним miles, которое довольно часто употреблялось в регионе, связанном с Мизенским флотом. Единственный моряк Равенны, который так именовал себя, был захоронен близ Неаполя. Во всяком случае, формальное, резкое различение между гребцами и морскими пехотинцами, которое имело место в республике, должно быть, исчезло в империи, ибо это было несовместимо с организацией центурии.
Успешное приспособление римлянами своей типовой боевой единицы для действий в особых морских условиях свидетельствует об их военном гении. Поскольку каждый корабль являлся самодостаточной боевой единицей и случаи, когда экипажи нескольких судов действовали вместе, были редки, не было необходимости организовывать центурии в когорты. Реально такая мера была бы особенно трудной в связи с тем, что центурия в квинквиреме была гораздо сильнее той, что в либурне. Скрупулезная иерархичность центурии была урезана, чтобы соответствовать нуждам более простой корабельной единицы. Из трех главных principales центурии signifer, optio и tesserarius морская центурия требовала постоянно лишь optio или заместителя командира. Поскольку отдельный корабль с его tutela (оберегом) и особыми характеристиками не испытывал большой нужды в signum или штандарте, единственный до сих пор известный signifer, вероятно, был знаменосцем всего флота. И колонна Траяна, и литературные источники показывают, что praetoria navis (флагманский корабль) адмирала обозначался по ночам фонарями, а в дневное время – флагом.Tesserarius (тессерарий, передававший боевые приказы военачальника) на дежурстве использовался только на берегу, а один известный морской tesserarius происходил из отряда Равеннского флота, действовавшего на суше против разбойников Умбрии. Военные музыканты не играли большой роли на борту корабля, и их звания упоминаются редко. Известны один cornicen и два bucinatores, однако tubicen (трубач) пока не появлялся, хотя Лукан указывает, что tuba (труба) использовалась для сигнала к отплытию.
Военные вопросы передавались почти целиком на усмотрение центуриона, ибо триерарх формально даже не носил меча. Центурион следил за подготовкой моряков armaturae (солдатами), командовал военными операциями и наказывал подчиненных лозой, признаком власти центуриона. Этот пост являлся вознаграждением за долгую умелую службу и часто давался уроженцам внутренних областей, в отличие от должности триерарха. Так, С. Эмилий Север, из Паннонии, умер центурионом равеннской триремы Hercules после двадцатидвухлетней службы. Чувство гордости, которое побудило украсить виноградной лозой надгробную плиту, возможно, объясняет то, что моряки обращались скорее к триерархам и optiones (сотникам), чем к центурионам, когда хотели, чтобы какой-нибудь офицер размечал их могилы. Тем не менее расхождение между центурионом и солдатом, хотя и велико, все-таки является в центурии менее глубоким, чем в легионах. Обсуждение в следующей главе условий службы моряка будет распространяться на центуриона и всех младших офицеров. Сложная схема карьерного роста центурионов легиона отсутствовала во флоте. Особо квалифицированные центурионы, вероятно, занимали должности триерархов, хотя есть подозрение, что gubernator гораздо чаще обладал необходимой квалификацией для занятия более высокого поста.
Центуриону подчинялась небольшая группа офицеров. Главный помощник, optio, обычно мог претендовать на повышение до поста центуриона. В качестве помощника, который располагал широкими полномочиями на службе в сухопутных силах, во флоте он известен лишь как исполнитель одной функции – ухода за больными. Следующим помощником был suboptio, который не встречается в других видах вооруженных сил. Возможно, optio и suboptio делили между собой командование над морпехами носа и кормы корабля, в то время как центурион осуществлял общее командование.
Единственным офицером с чисто административными функциями на борту корабля являлся armorum custos, который хранил и чинил оружие команды, в то время как она действовала в качестве гребцов. О важности этого поста свидетельствуют зрелый возраст, в котором человек его занимал, и частота, с которой он упоминается на памятниках. Одна надпись предполагает, что в квадриремах и квинквиремах с их большими командами имелось два таких офицера. О других должностях сведений немного. В зачаточной корабельной центурии военные функции не прошли глубокой специализации, и уже упомянутые младшие морские офицеры приняли на себя многие обязанности, которые выполнялись в административных и снабженческих структурах легиона.