Сначала контакты развивались по линии торговли. Японцев интересовали новинки европейской науки и техники, особенно огнестрельное оружие. Первые португальцы привезли в Японию аркебузу - стрелковое оружие, заряжавшееся через дуло. Аркебуза, поражающая цель на дальнем расстоянии, привела японцев в восторг. Впоследствии они очень эффективно использовали европейскую новинку в феодальных войнах. Воины Ода Нобунага, применив в сражении 1575 года против конницы князя Такэда мушкеты, выиграли его, уничтожив ружейным огнем лучшую часть конных самураев противника.
Но почти одновременно с торговцами на острова стали прибывать христианские миссионеры - проповедники римской католической церкви, в частности, священнослужители из монашеского ордена иезуитов (от латинского самоназвания Societas Jesu - Общество Иисуса), задачей которых было распространение католицизма, защита и упрочнение власти папства. Иноземных священнослужителей-католиков, принесших на острова христианство (кирисутокё), японцы начали называть "батэрэн", от португальского "падре". Первым в Японии начал читать проповеди испанец Франциск Ксавье (Франциско де Джавье, 1506–1552) с двумя братьями-иезуитами. Его католическая миссия (каторикку сэнкёси) была основана на юге Кюсю и просуществовала на островах с 1549 по 1551 год. Впоследствии христианские общины были основаны на Хонсю, но наиболее активно миссионеры действовали на юге Японии, особенно в городе Нагасаки.
У португальцев и испанцев был богатый опыт приобщения с помощью католических миссий других народов к христианству, с последующей организацией колоний на земле обращенных в свою веру, чем они вознамерились заняться и в Японии. Первоначально распространение христианства на Японских островах было затруднено в связи с языковым барьером, но очень скоро это препятствие было с успехом преодолено миссионерами. Христианская религия столь активно и напористо осуществляла свою пропаганду в Японии, что примерно до начала XVII века в католицизм было обращено около трехсот тысяч японцев.
На протяжении всего периода Эдо военное правительство всячески поддерживало буддизм как противника католицизма. Буддийским храмам вменялось в обязанность приписывать к ним всех жителей именно как буддистов. В компетенцию храмов и буддийских священнослужителей этой эпохи входила и регламентация социальной жизни японского населения, а именно регистрация рождений, браков, поступление на работу, перемена места жительства. Такой контроль эффективным образом препятствовал распространению и развитию христианства.