Управление монгольскими войсками осуществлялось в строго централизованном порядке. Чингисхан все монгольские племена подразделил на военно-административные единицы. За них отвечали нойоны, получавшие эти единицы вместе с землями. Административные единицы назывались тысячами (минган), так как каждая единица должна была выставлять в войско хана по тысяче конных воинов. Военно-административные единицы строились по десятичной системе. Тысячи подразделялись на сотни (джэгун), сотни на десятки (арбан). В свою очередь, тысячи объединялась в "тьму" (тумэн), тумэн состоял из 10 минганов. Все войсковые подразделения монгольской армии, большие или малые, являлись как единицами учета, так и частями, которые могли самостоятельно выполнять боевые задачи.
После покорения каждой новой страны армия монголов численно увеличивалась. Но ядро армии хана всегда было монгольским. Вокруг правящего меньшинства войска монголы выстраивали военную иерархию из покоренных народов. Обычным для монголов при осадах городов было использование труда пленных, засыпавших оборонительные рвы под огнем противника. Пленные служили монгольским воинам и живым прикрытием во время атак.
Чингисхан понимал, что успеха может добиться только дисциплинированное и управляемое военачальниками войско. Поэтому дисциплина в монгольской армии была строжайшей и жестокой. Оружие и военное снаряжение воина всегда должно было находиться в полном порядке. За этим следили специально приставленные к каждому подразделению люди. Малейшее неповиновение начальнику или отступление от установленных правил службы немедленно влекло за собой смерть провинившегося воина. При любых обстоятельствах нельзя было оставлять в беде боевых товарищей и, тем более, командиров. За трусость и бегство с поля боя одного воина наказанием смертью подвергался весь десяток, к которому этот воин причислялся. Напротив, смелость и отвага ценились высоко и поощрялись материальными наградами и чинами.
Основу войска Чингисхана составляла многочисленная конница из аратов-скотоводов, которые отличались большой выносливостью и сутками могли находиться в седле. Кавалерия подразделялась на легкую и тяжелую. Вооружением легкой кавалерии были сабли, луки и стрелы разного назначения (для ближнего и дальнего боя). Луки монгольского типа являлись для своего времени в высшей степени эффективным оружием, имевшим большую убойную силу. С помощью сложных составных луков конники могли поражать врага на расстоянии почти в 200 метров. Тяжеловооруженные конные воины были снабжены пиками.