Активными помощниками Ёритомо в борьбе с Тайра были его брат Нориёри и брат по отцу Ёсицунэ, в детстве известный как Усивакамару Его личность была настолько популярна в народе, что уже при жизни о нем начали слагать легенды, порой фантастические. Ёсицунэ слыл в среде воинов непревзойденным мастером боевых искусств и незаурядным стратегом. По одной из легенд, он обучался искусству владения мечом у тэнгу, духов лесов и гор, полулюдей-полуптиц с красным лицом, белыми волосами и длинным носом, напоминающих леших (другая разновидность тэнгу имела птичий клюв вместо носа). Считалось, что в результате этого обучения Ёсицунэ стал мастером фехтования на самурайских мечах. Кроме того, говорили, что он, прочитав и освоив мистические трактаты по воинским искусствам, научился совершать огромные прыжки, которые были не под силу обычным людям. По другой очень известной в Японии легенде, Ёсицунэ победил на мосту Годзё в городе Киото объявленного вне закона воина-монаха силача Бэнкэя Мусасибо (? - 1189), вознамерившегося отнять у Ёсицунэ меч для своей коллекции. Бэнкэй, признавший свое поражение, позднее стал верным вассалом Ёсицунэ. Как и Ёритомо, Ёсицунэ вынужден был первоначально скрываться от притеснения рода Тайра на севере Хонсю в области Осю, под защитой Фудзивара-но Хидэхира.
Первые сражения с Тайра Минамото проиграли. Сначала было поражение на реке Удзи, недалеко от Киото. Претендент на японский престол принц Монтихито и выступивший на его стороне Минамото-но Ёримаса были убиты. Разделавшись с принцем и предчувствуя грядущие неприятности со стороны Минамото, Киёмори спешно отдал приказ о поимке Ёритомо. Но исправить ошибку двадцатилетней давности ему не удалось. Ёритомо со своими отрядами выступил против Тайра летом 1180 года и потерпел поражение в сражении при Исибасияме. Ёритомо бежал в Камакура, где основал свою ставку. Собрав через некоторое время 200-тысячную армию, Ёритомо исправил положение и одержал победу при Фудзигава в провинции Суруга (современная префектура Сидзуока). С этого времени неудачи у Тайра следовали одна за другой. Минамото-но Ёритомо вместе с братьями Нориёри и Ёсицунэ в период с 1180 по 1183 год окончательно овладели восточными территориями и нанесли Тайра еще несколько поражений.
В 1183 году двоюродный брат Ёритомо Минамото-но Есинака, грубый провинциальный самурай из Синано (современная префектура Нагано), мечтавший о главенстве не только в роде Минамото, но и в Японии в целом, самостоятельно выступил против Тайра и наголову разбил их войска в северной части Центральной Японии. Через некоторое время Есинака приблизился со своей дружиной к Киото. Тайра бежали из столицы вместе с шестилетним императором Антоку. Минамото-но Ёритомо воспользовался бегством из столицы императора и провозгласил новым правителем Японии Го-Тоба (Готоба), которому было тогда три года. Утверждение нового императора было вполне логичным, так как бежавший властитель, по законам феодальных времен, автоматически терял свое место. После вступления в Киото войск Минамото между Ёритомо и Есинака начали расти отчуждение и подозрительность. К тому же Есинака со своими людьми начал разорять город и поднял мятеж против главы рода. Но внутренние распри на общий ход событий существенного влияния не оказали. Посланные против мятежников войска Нориёри и Ёсицунэ в конце февраля 1184 года разбили отряд Есинака. Сам Есинака погиб в завершающей схватке с самураями Ёритомо в окрестностях Киото.