Ещё раньше в своём "Антидоте", который был ответом на книгу аббата Шанпа "Путешествие в Сибирь", вышедшую в Париже в 1768 году, Екатерина пыталась представить всё дело с политическим розыском в России таким образом, что будто после уничтожения Тайной канцелярии не стало политического органа её заменившего: "Французский король и даже его министры сажают в Бастилию и там подвергают судилищу, на это устроенному, или суду какой-нибудь комиссии, кого им вздумается; у нас Тайная канцелярия делала то же самое, но с 1762 года она уничтожена, а ваша Бастилия существует".
Совершенно бездоказательны также рассуждения Екатерины относительно суда в России и соблюдения законов. "Я знаю, – писала императрица, – что во многих странах господствует заблуждение, будто в России заговоры столь же обыкновенны, как грибы после дождя". Это основано, по её словам, на неправильном представлении о Тайной канцелярии и её деятельности… "Публика, не зная законов и редко имея сведения о прямых приказаниях, иногда отдаваемых этому судилищу втайне, заключала, что всё происходящее там весьма важно, между тем как там часто судились лишь мелочи. И как скоро была упразднена эта канцелярия, все мнимые или предполагаемые заговоры тотчас прекратились. Невозможно, чтобы вещи изменялись в столь короткое время; они остались приблизительно такими же, какими были прежде, а, однако, те события ясно показывают, что эта канцелярия была пугалом, бесполезным для страны и весьма вредным относительно чужих краёв, в которых она посеяла заблуждение о непрочности правительства".
Через несколько лет императрица официально признала, что телесные наказания в Тайной экспедиции применялись. В указе 1 января 1782 года "О нечинении подсудимым при допросах телесных наказаний" констатировалось, что в некоторых губернских канцеляриях и подчинённых им учреждениях "для дознания по показаниям преступивших о действиях их истины расспрашивали не только самих преступников, но и оговариваемых ими под плетьми". Указ предписывал, чтобы "ни под каким видом при допросах никаких телесных истязаний никому делано не было, но в изыскании истины и облики поступало было, как в помянутом нашем указе сказано, по правилам X главы Комиссного наказа".
Показания современников тоже говорят, что телесные наказания в Тайной экспедиций применялись. Потёмкин, встречаясь с Шешковским, спрашивал его, как он "кнуто-бойничает".
В делах Тайной экспедиции имеются прямые указания на применение пытки к подследственным. Так, например, поприказу Екатерины в 1762 году был ей подвергнут "для изыскания истины с пристрастием под батожьём расспрашивай" Пётр Хрущёв, а потом и Семён Гурьев.
На сознание и "раскаяние" людей, попавших в Тайную экспедицию, должна была также оказывать сильное влияние вся та атмосфера, в которой протекала деятельность экспедиции, та репутация, которой она пользовалась у населения.
Всё следствие протекало в обстановке большой таинственности с угрозами и запугиванием, у подсудимого и свидетелей бралась подписка, что они никогда, никому, ни при каких обстоятельствах не будут рассказывать, что слышали и о чём говорили. Ни защитника, ни прокурора, ни судей обвиняемые не видели. По окончании следствия им сообщался приговор, вынесенный генерал-прокурором.
Из многих отзывов о Тайной экспедиции современников, познавших на себе её силу и воздействие, приведу слова В.В.Пассека. Описывая своё освобождение в марте 1801 года, он рассказывал, что встретил в Петербурге двух лиц (А,С.Макарова и Е.Б.Фуиса), "облегчавших, сколько было в силах их, впадавших оклеветанными в ужасную и самую невинность в содрогание приводящую тайную эксибдицию. Сей гидры главы я нашёл уже отсечёнными и превращёнными в прах божеством севера".
Практика Тайной экспедиции очень рано выработала стереотипную норму приговора. Начиная с даты ссылки на высочайшее повеление и указания на лиц, его постановивших (Глебов и Панин, Вяземский и Панин и т. п.), приговор обычно в очень сильных выражениях изображал вину осуждённого, однако в очень общей форме, без указания на конкретные деяния, место, время и обстановку их совершения; в ряде случаев сущность вины того или другого осуждённого и совсем не объявлялась. Так, тот же Пассек был сослан в Казань по обвинению "в признании важных непристойных слов, о коих Её Императорскому Величеству известно".
Не случайно именно Тайная экспедиция и её московская контора возглавили розыск по делам участников пугачёвского восстания, которым они исключительно занимались в течение всего 1774 и большей части 1775 года. Этим же розыском занимались и другие учреждения – губернские канцелярии, главным образом, районов, охваченных движением, и временные секретные комиссии из гвардейских офицеров, названные Оренбургской и Казанской. В состав комиссий наряду с гвардейскими офицерами входили и чиновники Тайной экспедиции. В этих комиссиях на следственные дела составлялись экстракты, которые направлялись в Сенат, где по ним в Тайной экспедиции выносились решения после получения соответствующих указаний от Екатерины, которая принимала самое деятельное участие в розыске. Приговоры Тайной экспедиции приводились в исполнение секретными комиссиями на месте. Все остальные дела участников восстания, не попавшие по тем или иным причинам в сферу деятельности этих секретных комиссий, рассматривались в обычном порядке в Тайной экспедиции.
Первым по времени, судя по протоколам, было дело лейб-гвардии сержанта Петра Бабаева. Он обвинялся в том, что при взятии Сорочинской крепости войсками восставших публично именовал Пугачёва "Величеством Петром Фёдоровичем… целовал у него руку. А после, смотря на него пристально и по разным сходным с покойным государем Петром приметам, признал его точно за истинного Петра, о чём всюду и всем сказывал и уверял".
Комиссия "всячески старалась извлечь из него признание, увещевала его сама и через священника и, наконец, водила в застенок для устрашения пыткою, но ни тем, ни другим до желаемого сведения он не был доведён, а утвердился на своём показании". Трудно сказать, что побудило старого солдата стоять на своём. Возможно, здесь сказалась огромная вера в справедливого "надежду-государя". По приговору Тайной экспедиции, утверждённому Екатериной, Бабаев был наказан кнутом в "четырех местах, в том числе напоследок в Сорочинской крепости, где от него вышесказанное разглашение последовало".
Москва в 1774 году полна была слухами о Пугачёве. В такой напряжённой обстановке Тайная экспедиция, и особенно её московская контора, развернули активную деятельность против всяких проявлений сочувствия к восставшим. К 1774 году относится много дел о привлечении к следствию дворовых, ремесленников и другого люда за распространение слухов. В апреле в розыск был взят крестьянин Панкрат Абакумов, говоривший: "…был он на низу, и что Томского полку целая половина пропала, а оставшаяся половина супротивляется".
Тогда же производился розыск по делу Федора Гориянова, дворового человека отставного поручика Усова. На вопрос целовальника: почему у него, Гориянова, сапоги худы, Гориянов убеждённо отвечал: "Дай Бог здоровья Петру Фёдоровичу, а у него сапоги будут". Во время розыска выяснилось, что и другие дворовые часто говорили между собой о Пугачёве, что он подлинно Пётр III, что у него много войска, что он скоро будет в Москве и "они все будут за него стоять, и если бы они были отданы в солдаты, то они бы все пошли к нему на службу". Повар Ремесленников добавлял, что Пугачёв не только скоро будет в Москве, но что он ещё "белопузых дворян всех перерубит". Дворовых людей били плетьми.
В июне 1774 года Тайную экспедицию поступил донос от отставного прапорщика Зубова на крестьянина Петра Пономарёва, работавшего у него плотником. На вопрос Зубова, почему он в худом кафтане, плотник ответил, что "взять негде, потому что часто с него на казначейские расходы сходится по рублю. Вот уж придёт государь, то что-то им будет", – добавил он. На вопрос, какой государь придёт, Пономарёв отвечал: "Государь наш и новый царь".
Солдаты Нарвского пехотного полка Ларион Казаков и Никита Копнин в мае 1774 года были осуждены Тайной экспедицией к наказанию шпицрутенами "через полк шесть раз", что фактически означало верную смерть, за намерение бежать из полка к Пугачёву.
Солдаты Преображенского полка, расположенного в Петербурге, Ляхов, Мясников и Филиппов были пойманы уже в Новгородской губернии. В Тайной экспедиции они сознались в намерении "идти на службу… к Пугачёву… чая получить от него… награждение". Они были наказаны в экспедиции плетьми и отправлены на каторгу в Таганрог, где должны были употребляться "в тяжких казённых работах".
Оброчный крестьянин Пётр Емельянов, находясь по торговым делам своего помещика в Голубенской станице на Дону, говорил местным крестьянам: "У нас де ныне большая попутка, разве у вас не слышно, что государь Пётр Фёдорович явился в Оренбург и набрал до семисот тысяч. Пишет он, чтобы государыня не дожидалась его, а шла в монастырь. А крестьян он всех хочет от бояр отобрать и иметь их только своим именем". Схваченный за такие разговоры в Воронеже, Емельянов был доставлен в Казанскую секретную комиссию и умер под кнутом.
Те же надежды высказывал и другой крестьянин Ульян Филатов, называя Пугачёва государем и говоря: "Он всех бояр будет казнить, и ежели бы де была его, Филатова, воля, и он бы боярский род перевёл". По розыску стало известно, что подобные разговоры Филатов вёл уже несколько недель. В последнем разговоре он делился: "Слава де Богу, недолго нам за господами жить, потому что ныне идёт к нам Пётр Фёдорович и всех крестьян отпишет на себя, а господ перевешает".
Распространение крестьянской войны на внутренние губернии и успехи повстанцев вызвали панику среди правящих кругов России.
"Мысли о Пугачёве не выходят у всех у нас из головы, – писал Андрей Болотов, – и мы все удостоверены были, что вся… чернь, а особливо все холопство и наши слуги, когда не въявь, так втайне, сердцами своими были злодею сему преданы, и в сердцах своих вообще все бунтовали, и готовы были при малейшей возгоревшейся искре произвести огонь и пламя. Пример бывшего незадолго в Москве страшного мятежу был у нас ещё в свежей памяти, мы не только подобного тому опасались, но и ожидали того ежеминутно… Мы на верность и самих наших слуг не могли никак полагаться, а паче всех их, и не без основания, почитали ещё первыми и злейшими нашими врагами, а особливо, слыша, как поступили они в низовых местах со своими господами, и как всех их либо сами душили, либо предавали в руки и на казнь…"
В сентябре 1774 года после поражения крестьянской армии у Сальникова завода Воронежской губернии был пойман крестьянин дворцового села Кирсанова Тамбовского уезда Иов Мосякин, выдававший себя за Петра III, и группа его сторонников: отставной капрал Иевлев, однодворец Алексеев, священник Фёдор и другие. Называя себя Петром III, Мосякин выдавал крепостным вольные от помещиков. Дело это рассматривалось Тайной экспедицией как имеющее крупное политическое значение, к розыску было привлечено много лиц, о нём докладывалось Екатерине. Приговор, вынесенный Мосякину, был жесток – "оного злодея казнить в Воронеже отрублением наперёд рук и ног, а потом головы и положить злодейский труп его на колесо, а голову и руки, и ноги отослать в село на колесе, воткнуть на спицы".
В июне 1774 года из села Долгие Колодцы Ливенского уезда от своего помещика к Пугачёву бежала группа крепостных. И "пришли к городу Казани дня за два до разорения того города, – показал один из них, Неустроев, после поимки. – Пугачёв дал им каждому по два пистолета, по сабле и по казачьему платью, да денег по 20 рублей" и послал "его, Неустроева, и ещё помещичьих беглых людей шесть человек в разные места с письмами уговорить народ, чтобы собирались и приходили к нему. Почему они все семь человек и поехали, а именно: первый – в Малороссию с письмом от Пугачёва и от майора Савенкова, а к кому – не знает, второй – к Тамбову в деревню помещика Исакова, третий – в Воронеж к однодворцам, четвёртый – в Орловский уезд в деревню прапорщика Скорятина, пятый – в Рыльский уезд, шестой – в Чугуевский и Изюмский уезды в слободу Гнилую к сотнику Жирошкину. А он, Неустроев, поехал с такими же письмами в Полтаву". Находясь на Украине, Неустроев "встречающимся людям в разговорах сказывал, чтобы шли к Пугачёву, уверяя их, что там и денег много дают и будет всем воля, чем и сманил трёх человек".
Сыск по этому делу не был закончен полностью – Неустроев умер под пытками. Тайная экспедиция ограничилась посылкой извещений "о посланных от… Пугачёва с письмами людях" воронежскому и белгородскому губернаторам, в Малороссийскую коллегию, графу Панину и к князю Долгорукову.
Не все агитаторы Пугачёва кончали свою жизнь в застенках. Многие из них, успешно выполнив свою задачу, бесследно растворялись в народной массе. Об одном таком агитаторе Тайная экспедиция получила известие в марте 1774 года во время розыска по делу Ивана Козмина – дьячка Архангельской церкви села Семеновского Владимирского уезда. Козмин обвинялся в том, что, получив от едущего из Казани незнакомого ему серпуховского купца "известную выдуманную злодеем Пугачёвым бумагу и видя во оной злой Пугачёва вымысел, он не только оного купца не задержал, но ещё с самой той мерзкой бумаги списывал копию и читал при крестьянах…" Дьячок отделался неожиданно лёгким приговором. Ему было зачтено в наказание "крепкое в заключении более четырех месяцев содержание", потому что "по следствию открылось, что та бумага не самим им выдумана, но подлинно списана по глупому его любопытству". Дьячок был из-под караула освобождён. "А самого того бездельника, – с сокрушением отмечается в протоколе экспедиции, – у которого он (Козмин) ту бумагу списывал копию, не сыскано".
После подавления крестьянской войны и казни Емельяна Пугачёва Тайная экспедиция развернула широкую карательную деятельность. С 1774 года в Тайную экспедицию из Оренбургской и Казанской секретных комиссий начали доставляться протоколы; и розыскные дела. За это время экспедиция вынесла решения по 685 розыскным делам участников мятежа. Из них 177 были делами крестьян, 24б делами казаков, 22 – работных людей (преимущественно молотовых рабочих), 55 – башкир, татар, чувашей и других инородцев, 13 – солдат, 140 – священников и 29 – дворян (главным образом офицеров).
В том числе приговоры были вынесены по делу Юлая Азналина и Салавата Юлаева, пугачёвских полковников и есаулов. За исключением 109 человек яицких казаков во главе с Петром Булдыгиным, освобождённых от наказания, потому что они "не только сами явились, но и привезли его (Пугачёва) с собой в Уральск, предали правосудию", т. е. в руки правительства, почти все руководители восставших были казнены. Что же касается рядовых участников восстания, то они были подвергнуты различным наказаниям. Крестьян обычно после наказания кнутом или плетьми отправляли к их помещикам или на каторгу в Таганрог и Рогервик, где их должны были "во всю жизнь содержать в оковах", или в Сибирь на поселение.
Такой же расправе подвергались и работные люди, принимавшие участие в крестьянской войне. В числе их жестоко был наказан плетьми и сослал "в тяжкую каторжную работу" предводитель отряда работных людей Боткинского завода молотовный мастер Семён Пономарёв. В отдельных случаях работные люди после наказания посылались на различные заводы, причём мастера – в качестве простых рабочих с условием, "что в мастера всю жизнь их не произведут".
Священников, как правило, не подвергали телесным наказаниям, но в большинстве случаев "лиша священства, посылали в Нерчинск на каторжную работу вечно". Иногда священников после лишения сана отправляли в солдаты, "а буде негодны, то положив в подушный оклад, причисляли во крестьянство".
Жестоко расправлялась Тайная экспедиция с теми из дворян, которые изменили интересам своего класса или недостаточно их защищали. В феврале 1774 года экспедиция осудила к лишению всех чинов и дворянского звания, записанию в солдаты и наказанию шпицрутенами поручика Илью Щипачева, прапорщика Ивана Черемисова, подпрапорщика Богдана Буткевича; первого – за то, что, оставшись старшим офицером Самарской крепости, сдал её без сопротивления повстанцам и присягнул Пугачёву, второго – за сдачу повстанцам без сопротивления отряда пленных польских конфедератов и также за присягу Пугачёву, третьего – тоже за присягу Пугачёву.
Рассматривая и окончательно решая эти дела, Тайная экспедиция совершенно не интересовалась выяснением причин участия в крестьянской войне того или иного обвиняемого. У чиновников не было сомнения, что война являлась "неестественным" возмущением крепостных против своих "законных" господ. Они ограничивались лишь установлением степени участия обвиняемого в восстании и добровольным ли это участие было.
Тайной экспедиции также долго пришлось вести борьбу с разными слухами, главным образом о том, что Пугачёв жив. В мае 1775 года за слова, что "хотя перепела и поймали, но соловушка ещё жив", был схвачен и доставлен в Тайную экспедицию яранский купец Матвей Поте-хин. Примерно в то же время кунгурский татарин Шун-карь Андрюшин "разглашал, что якобы "злодей не пойман". В июле того же года в "Переволочинской округе бродя по селениями малороссиянин Попович произносил между простолюдством разглашение… Сказывал, будто бывший третий император Пётр Фёдорович под именем казнённого Пугачёва жив и находится на море между войсками, который-де там обретается в образе называемого простым народом Метлы. А сам он, Попович, послан в здешний край от Пугачёва для разведывания, какое, где об нём эхо происходит. И будет до вскорости много беды некоторым господам и священникам, позабудут они бедный народ забижать". За эти слова Попович был наказан плетьми и сослан на каторгу.
Уже спустя много лет по окончании крестьянской войны, в 1786 году, тобольский губернаторский прокурор сообщал в Тайную экспедицию о розыске по делу беглого крестьянина Петра Хрипунова в подговоре им к бегству дворового человека Фёдора Алексеева. Хрипунов подговорил Алексеева бежать с ним в Барнаул, рассказав, что он, Хрипунов, "был на линиях Иртышских пять лет и что-де около Барнаула, в степи, верстах в 100, стоит лагерем на 80 вёрст великая команда, при коей и царь Пётр Фёдорович". Сообщив, что в своё время он был у Пугачёва атаманом "и чин его в команде не потерян", Хрипунов обещал Алексееву, что когда они придут к государю, то "ты-де будешь со мною дома и холопом не будешь, да и все холопы будут вольные".
В связи с крестьянской войной Тайная экспедиция уделила значительное внимание выявлению родственников Пугачёва. В августе 1776 года киевским генерал-губернатором Байковым в Тайную экспедицию был прислан брат Емельяна донской казак Дементий Пугачёв. Во время розыска было установлено, что Дементий "с Пугачёвым ни малейшего в действиях его участия не имел и служил во время турецкой войны порядочно, с должною верностью". Тайная экспедиция приговорила освободить брата Пугачёва и отправить его в войско донское, но с тем, "чтобы его впредь в войске Пугачёвым не называть, а именовать Дементием Ивановым… Ему же, Иванову, за доброе его поведение и верную службу выдано в награждение сто рублей". Известно, что ЕЛугачева допрашивали несколько раз, сперва в Яицком городке, а затем в Москве. Однако наиболее исчерпывающим, с точки зрения Екатерины II, был допрос, сделанный фактическим главою Тайной экспедиции С.И.Шешковским.