Война 1654 года шла так успешно, как ни одна из прежде бывших войн с Польшею и Литвою; но благодушная натура Алексея Михайловича неприятно сталкивалась с обычным лукавством, приросшим московскому характеру окружавших его лиц. Сам царь сознавал это и писал Трубецкому: "С нами едут не единодушием, наипаче двоедушием как есть оболока: овогда благопотребным воздухом и благонадежным и уповательным явятся, овогда паче же зноем и яростью и ненастьем всяким злохитренным обычаем московским явятся… Мне уже Бог свидетель, каково ставится двоедушие, того отнюдь упования нет… все врознь, а сверх того сами знаете обычаи их". Но более всего смущало царя то, что, пока он находился в войске, осенью распространилась по Московскому государству зараза. Царица с детьми бежала из Москвы в Калязин монастырь. В Москве свирепствовала страшная смертность. Зараза уничтожила большую часть жителей во многих городах. Люди от страху разбегались куда попало, а другие, пользуясь общим переполохом, пустились на воровство и грабежи. Бедствия этим не кончились. Зараза появлялась и в следующие два года; правительство приказывало устраивать на дорогах заставы с тем, чтобы не пропускать едущих из зараженных мест, но это мало помогало, так как всякого пропускали на веру, хотя за обман положена была в этом случае смертная казнь, как равно и за сообщение с зачумленными. По смерти зачумленных, сжигали их платье и постели; дворы, где случалась смертность, оставляли на морозе, а через две недели велели топить можжевельником и полынью, думая, что этим разгоняется зараза.
Война продолжалась успешно и в следующие годы. Польше, по-видимому, приходил конец. Вся Литва покорилась царю; Алексей Михайлович титуловался великим князем литовским; непрошеный союзник, шведский король Карл-Густав, завоевал все коронные польские земли. Вековая распря Руси с Польшею тогда разрешалась.
Польшу спасти можно было только перессоривши ее врагов между собою и склонивши одного из них к примирению с поляками. За это дело взялась Австрия, которая, как католическая держава, вовсе не хотела, чтобы католическая Польша сделалась добычею протестантов и схизматиков. Между царем и Швецией возникали уже недоразумения, и, еще до начала войны, московское правительство не могло быть довольно поведением шведского по отношению к самозванцу Тимошке Анкудинову.
Этот искатель приключений, родом из Вологды, московский подьячий, вздумал повторить старую историю самозванцев; вместе с товарищем своим Конюховским убежал он из Москвы в Литву, а оттуда в Константинополь и назвался Иваном, небывалым сыном царя Василия Шуйского. Не нашедши помощи у турок, Тимошка ушел в Италию, был в Риме, прикидывался ревностным католиком. Но и в Италии ему не было удачи. Пошатавшись по разным землям, Тимошка Анкудинов пристал к Хмельницкому, проживал сначала в Чигирине, а потом в лубенском Мгарском монастыре, пользуясь тем покровительством, какое казаки оказывали всегда бродягам. В 1651 году Тимошка, из опасения, чтобы Хмельницкий его не выдал, оставил Малороссию и очутился в Стокгольме. Московское правительство узнало об этом и требовало от шведского выдачи самозванца, но безуспешно. Русский посланник Головин, посредством русских торговых людей, захватил было товарища Тимошки, Конюховского; но королева Христина приказала его выпустить. Через несколько времени другому русскому гонцу Чилищеву удалось поймать Конюховского в Ревеле и привезти в Москву, но Тимошку шведы укрыли; Тимошка ушел в Голштинию, и только тамошний герцог Фридрих приказал его выдать. Его четвертовали в Москве в конце 1653 года.
Другого рода недоразумения между Москвой и Швецией, поважнее прежних, возникли при Карле-Густаве, преемнике Христины. В тo время, когда Алексей Михайлович считал себя полным обладателем Литвы и титуловался великим князем литовским, гетман литовский Януш Радзивилл отдался шведскому королю в подданство, а шведский король обещал возвратить ему и другим панам литовским их владения, уже занятые московскими войсками. Это сочтено было за покушение отнять у русских их достояние, приобретенное оружием, покушение, которое могло, как тогда казалось, повториться и в будущем. Кроме того, шведский полководец Делагарди, призывая литовцев к подданству шведскому королю, отзывался неуважительно о царе. В конце 1655 года в Москву приехал императорский посланник Алегретти, человек очень ловкий, родом рагузский славянин, знавший по-русски, прибыл, как видно, с придуманною заранее целью произвести раздор между Россией и Швецией.
В то время, в ноябре, царь возвратился из похода. Его въезд в Москву и на этот раз послужил поводом к торжеству. Патриарх, в сопровождении двух гостей: александрийского и антиохийского патриархов, с собором духовенства, со множеством образов, встречали царя, который шел пешком по городу в собольей шубе, с белою покрышкою без шапки, с одной стороны сопровождаемый сибирским царевичем, а с другой – боярином Ртищевым и предшествуемый множеством юношей, которые держали в руках листы бумаги и пели. Так государь, при колокольном звоне и выстрелах из пушек, отнятых у неприятеля, достиг лобного места и приказал спросить весь мир о здоровье. Вся густая толпа народа закричала "многие лета" государю и поверглась на землю.
В эти-то дни царского торжества ловкий императорский посланник подействовал на бояр и раздражил их против Швеции. Он представлял, что шведский король уже и тем показал свое нерасположение к царю, что напал на поляков в то время, когда царь воевал с ними. Алегретти вооружал русских бояр и против Хмельницкого, намекал, что рано или поздно Хмельницкий изменит и отдастся Швеции, потому что и теперь уже находится в приязни с шведским королем. От имени своего государя Алегретти предлагал свое посредничество в примирении с Польшею и, вместе с тем, делал замечание, что папа, цезарь, французский и испанский короли и все государи католической веры вступятся за единоверную Польшу, если придется спасать ее существование. Представившись государю 15 декабря, Алегретти, между прочими дарами, поднес ему миро Св. чудотворца Николая.
Наущения и советы Алегретти оказали действие: окольничий Хитров и думный дьяк Алмаз Иванов, в переговорах с приехавшим польским послом Петром Галинским, дали обязательство, из уважения к просьбе императора Фердинанда, прекратить войну с Польшей, назначить съезд для мирных переговоров и объявить войну Швеции, если шведский король будет нарушать мирный договор. Шведский посол Густав Бельке с товарищами с конца 1655 по 1656 год жил в Москве безвыездно, стараясь устранить недоразумения; но бояре с своей стороны придирались к нему всеми способами, с явным намерением довести дело до войны, упрекали короля за принятие литовских городов, доставшихся царю, за сношения с казаками будто с целью отвлечь их от царя и привлечь в подданство Швеции и пр. В мае 1656 года в Москве стали умышленно стеснять шведское посольство и держать как в плену, а наконец 17 числа объявили, что мирное докончание нарушено с шведской стороны. Царя Алексея Михайловича более всего расположило к войне с Швецией то, что и патриарх Никон был за эту войну из вражды к протестантству.
Война с Швецией началась удачно в Ливонии; русские взяли Динабург, переименовавши его в Борисоглебов, взяли Кокенгаузен и переименовали его в Царевичев-Димитриев; взяли, наконец, Дерпт, но не могли взять Риги, потерпели поражение и после двухмесячной осады, при которой находился сам царь, удалились из Ливонии. Между тем в Вильне еще с июня начались переговоры с Польшей. Московские политики думали, что теперь путем переговоров можно с Польшей сделать все, что угодно; от царского имени велено было разослать по Литве грамоту о собрании сеймиков, на которых, при рассуждении о делах, иметь в виду, что царь не уступит великого княжества литовского, и стараться непременно, чтобы, после Яна Казимира, избран был польским королем московский государь или его сын. С такими требованиями явились на виленский съезд московские послы – князь Никита Иванович Одоевский с товарищами. Цезарский посланник Алегретти был на этом съезде в качестве посредника и оказался совершенно на стороне Польши; он отклонял поляков от избрания царя. Поляки со своей стороны стали смелее, когда увидали, что их враги поссорились между собою. Наконец, в октябре, виленская комиссия постановила договор, по которому поляки обещали добровольно избрать Алексея Михайловича на польский престол, а царь обещал возвратить земли, отлученные от Речи Посполитой, кроме тех, которые прежде принадлежали московским государям. Ничто не могло быть неразумнее этого договора: Московское государство разом лишало себя того, что уже было в его руках. Поляки никогда не думали искренно избирать московского государя на свой престол: московский государь и шведский король перестали быть им страшны в той мере, как прежде; вдобавок виленский договор произвел разлад между Москвою и Малороссиею. Сам Хмельницкий, хотя не отпал совершенно от царя, но был так сильно огорчен и раздражен, что умер от огорчения. В Малороссии распространилось недоверие к московскому правительству. Виленский договор не мог иметь силы: прежде чем он был утвержден сеймом, поляки умышленно тянули окончание этого дела, пока наконец в сентябре 1659 года преемник Хмельницкого, Выговский, заключил договор с Польшей в ущерб Москве. Надеясь теперь снова прибрать казаков в руки, поляки перестали уже манить московского царя лестными обещаниями. Комиссары с обеих сторон снова съехались в Вильне, толковали о мире, но соглашались мириться с Москвою не иначе, как только на основании поляновского договора, и в то же время польские войска начали неприязненные отношения против русских.
В литовских областях эта война сначала пошла неудачно для поляков. Князь Юрий Долгорукий победил и взял литовского гетмана Гонсевского. Затем и в Малороссии дела пошли не "на корысть полякам". Выговскому хотя и удалось было, при помощи крымцев, разбить московское войско под Конотопом, но народ малорусский не разделял планов Выговского и его соумышленников, прогнал Выговского и избрал нового гетмана Юрия Хмельницкого на условиях повиновения московскому государю. То было в 1659 году, но с 1660 года начались несчастья для Московского государства с двух сторон. В Литве московский военачальник, князь Иван Хованский, 18 июня был поражен наголову, потерял весь обоз и множество пленных. Литовские города, находившиеся уже в руках московских воевод, один за другим сдавались королю. Сам Ян Казимир осадил Вильну: тамошний царский воевода князь Данило Мышецкий решился лучше погибнуть, чем сдаться, но был выдан своими и казнен королем за жестокости, как повествуют поляки. Еще хуже шли дела в Малороссии: в октябре боярин Василий Васильевич Шереметьев был разбит, взят в плен поляками и изменнически отдан татарам. Современники поляки заявляли, что если бы тогда в польском войске была дисциплина и, вообще, если бы поляки действовали дружно, то не только отняли бы все завоеванное русскими, но покорили бы самую Москву.
Нелепая война с Швецией приостановилась еще в 1657 году. Сам Карл-Густав, через своих послов, задержанных в Москве перед объявлением войны, предлагал Алексею Михайловичу мир и соглашался титуловать его великим князем литовским, волынским и подольским. Московское правительство приостановило военные действия против шведов, но не вступало в переговоры с ними до весны 1658 года; наконец оно назначило для этой цели боярина князя Ивана Прозоровского и думного дворянина Афанасия Лаврентьевича Ордын-Нащокина. Последний был официально товарищем Прозоровского, но пользовался особенным доверием государя. Царь поручал ему лично вести все дело и сообщаться с ним тайно через приказ тайных дел. Русские послы более двух лет тянули дело. Они то спорили со шведскими послами о месте переговоров, то ссорились между собою. Нащокина не терпели ни его главный товарищ Прозоровский, ни воевода Хованский, которому надлежало с войском охранять посольский съезд: шведы также не любили Нащокина, потому что не надеялись от него уступчивости и считали его приверженцем поляков. Между тем шведский король Карл-Густав умер, а преемник его, KOроль Карл XI, в мае 1660 гола поспешил заключить мир с Польшей в Оливе, по которому Польша уступила Швеции Ливонию. Понятно, что после того шведы стали неуступчивее, а военные дела Москвы с Польшей пошли как нельзя хуже для первой. Нащокин, по царской милости, уже не занимал второстепенного места в посольстве, но получил звание великого посла и начального воеводы. Он, однако, уклонился от дела, которое не могло быть окончено с пользою для государства, и боярин князь Иван Прозоровский, назначенный вновь главным послом, заключил в июне 1661 года вечный мир в Кардиссе (между Дерптом и Ревелем), по которому уступил Швеции взятые Московским государством города в Ливонии; затем отношения Москвы к Швеции возвратились к условиям Столбовского мира.
Война со Швецией не принесла никакой выгоды и, напротив, сбила Московское государство с того пути, по которому оно так удачно пошло было в деле векового спора за русские земли, захваченные Польшей.