Вскоре после бракосочетания царя последовал указ Филарета такого содержания: в марте 1625 года прибыл в Москву посланник шаха Аббаса, грузинец Урусамбек, и привез золотой, осыпанный драгоценными каменьями ковчег, в котором находился кусок старой льняной ткани, выдаваемой персидским шахом за срачицу Иисуса Христа. Так как признать на веру справедливость свидетельства иноверного государя казалось соблазнительным, то Филарет, для узнания истины, прибегнул к такому способу: наложил на неделю пост, повелел носить присланную святыню к болящим и наблюдать: будут ли чудеса от этой ризы Господней? От марта до сентября 1625 года оказалось 67 чудес, а от сентября до марта 1626 года – 4 чуда. На этом основании риза признана подлинной; учреждено было празднество в честь ее 27 марта; начались строиться церкви во имя Ризы Господней.
Время от второго бракосочетания царя до второй польской войны ознаменовалось некоторыми законодательным мерами к исправлению делопроизводства и к устройству благочиния. Самой важнейшей из этих мер было возобновление в 1627 году губных старост. Это учреждение, общее в XVI веке, не было формально уничтожено, но значение его упало; уже во многих местах не было вовсе губных старост, в других они были, но часто не по выбору, а по назначению, и возбуждали против себя жалобы за свои злоупотребления: выпускали за взятки воров и разбойников, научали колодников оговаривать невинных. Между ними и воеводами происходили пререкания: губные старосты обличали воевод, а воеводы-губных старост в вопиющих злоупотреблениях. Власть их вообще была не разграничена от власти других должностных лиц. Часто по возникавшим уголовным делам посылались из Москвы нарочные сыщики, ненавидимые народом за свои злоупотребления и насилия. Разбои не прекращались. Теперь ведено было во всех городах произвести выбор (людьми всех званий) губных старост из зажиточных дворян, хорошего поведения и умеющих грамоте, "которым бы можно в государевых делах верить": им поручалось сыскивать всякие уголовные дела, но отписывать об них в Москву. Затем постановлено было не рассылать более сыщиков по уголовным делам. Но восстановление значения губных старост не удовлетворило, однако, вполне общественной безопасности. Суд губных старост не был независим: они должны были относишься за решением дел в Москву, в разбойный приказ; раз выбранные. они могли быть сменяемы, не иначе как по воле правительства; иногда даже они (как делалось перед тем) назначались без выбора; наконец, в их дела и управление вмешивались воеводы. Неточность в разграничении обязанностей была делом обычным в М оско веком государстве. Иногда, вместо губного старосты, заведывал уголовным делом воевода, а в другом месте губным старое IBM поручались неуголовные дела. Были случаи (напр. в 1644 г. в Дмитрове и Кашине), что жители жаловались правительству на губных старост и просили быть у них, вместо старост, воеводам.
Жалобы на разбои не прекращались после этого учреждения. В особенности разбойничали люди и крестьяне дворян и приказных людей, а владельцы их укрывали. Подобное случалось тоже и в тяглых обществах. Поэтому, через несколько лет после учреждения губных старост, правительство установляло брать пени с обществ, сотен, улиц, сел и пр. в таких случаях, когда жители покажут, что у них нет разбойников, а разбойники окажутся; или же когда будет дознано, что люди не поспешили на крик людей, разбиваемых разбойниками. Но у людей того времени господствовали старинные сбивчивые понятия о преступлениях: на уголовное дело смотрели, как на частную обиду; родственник, подавший иск на убийцу своего кровного, зачастую заключал с ним мировую, и дело прекращалось. Такие мировые и прежде запрещались законом, но продолжали совершаться. Новое запрещение последовало при Михаиле Федоровиче, но и после этого вторичного запрещения видны примеры старого обычая. За убийство и разбои обыкновенно казнили смертью; тому же подвергались церковные воры, а равным образом и всякий вор, трижды попавшийся в краже. (За вторую и первую кражу обыкновенно отсекали руку.) Но были случаи, когда убийство не влекло за собой казни: дворянин, сын боярский или их приказчик, убивши чужого крестьянина и сказавши под пыткой, что он убил его неумышленно. отвечал за убийство не сам; из его поместья брали лучшего крестьянина и отдавали тому, у кого убит крестьянин. Боярский человек, убивший чужого боярского человека, отдавался с женой и детьми господину убитого. В 1628 году было установлено, чтобы кабалы, даваемые людьми на себя, были действительны только в продолжение пятнадцати лет, а рост на занятые деньги только в продолжение пяти лет, потому что в этот срок проценты равнялись занятому капиталу. Относительно правежа сделано было распоряжение, указывающее замечательную черту тогдашних нравов. Многие, задолжавши, хотя владели имениями, но соглашались лучше подвергать себя правежу и позволять себя бить палками, чем отдать за долги свое имущество; и правительство постановило, чтобы впредь таких должников не держать на правеже более месяца, а сыскивать долги на их имениях. Новые меры против пожаров предприняты были после того, когда Москва два раза в 1626 и 1629 годах подверглась опустошительным пожарам, но эти меры, однако, были мало действительны, так как пожары и после того повторялись и в Москве, и в других местах.
В это время сложилась и развилась правильная система государственного управления посредством приказов; по крайней мере, с этих годов постоянно упоминаются многие приказы, о которых прежде нет известий.
Срок перемирия с Польшей истекал, и в 1631 году правительство начало готовиться к войне, так как во все прежние годы беспрерывные недоразумения с Польшей показывали, что война неизбежна. Ведено было дворянам и детям боярским быть готовыми. С монастырских имений, со всех вотчин и поместий за даточных людей положены были деньги: по 25 р. на конного и по 10 р. на пешего. Между тем сознавалась потребность водворения правильного обученного войска на иностранный образец, и так как из русских людей такого войска нельзя было составить в скором времени, то поневоле решено было пригласить иностранцев. Узнавши об этом желании, начали являться в Россию разные иноземцы с предложениями нанимать за границей ратных людей. Правительство дало поручение такого рода полковнику Лесли и подполковнику Фандаму, служившему некогда французскому королю; правительство приказало им нанять за границей полк ратных людей всяких наций, но только не католиков, с платой вперед на 4 месяца и с правом, по желанию, удалиться в отечество, оставивши, однако, в России свое оружие; раненым обещана была награда. Лесли и Фандам, кроме наема людей, имели также поручение купить за границей 10000 мушкетов с фитилями, для вооружения иноземных солдат. Кроме того, выписано было из Голландии несколько людей, знающих городовое дело, и сделана была закупка пороху, ядер и сабельных полос. Правительство так дорожило наемными иноземными воинами, что, заслышав о прибытии Лесли с ратными людьми, выслало им навстречу воеводу Стрешнева с приказом продовольствовать их харчевникам на пути пивом и съестными припасами; велело выбрать особых целовальников для наблюдения, чтобы харчевники не брали с них лишнего.
В апреле 1632 года скончался польский король Сигизмунд. В Польше принялись за избрание нового короля. Пользуясь междуцарствием, которое у поляков всегда сопровождалось беспорядками, царь и патриарх приказали начать неприязненные действия против Польши и прекратить сношения с Литвой, из опасения какого-нибудь зла от литовских людей. Не ведено было покупать у них хмель, потому что "баба-ведунья наговаривает на хмель и они провозят моровое поветрие".
Созван был земский собор. На нем решено было отомстить полякам за прежние неправды и отнять у них города, неправильно захваченные ими у русских. На жалованье ратным людям положено собрать по-прежнему с гостей и торговых людей пятую деньгу, а бояре, окольничьи и думные люди, стольники, дворяне и дети боярские, дьяки, архиереи и все монастырские власти обязались давать, смотря по своим пожиткам, вспоможение, которое называлось "запросными деньгами", и доставлять в скором времени в Москву князю Пожарскому с товарищами, которым поручен был этот сбор. Главное начальство над войском в 32000 человек поручено было боярину Михаилу Борисовичу Шеину и окольничьему Артемию Измайлову (всего войска было более 66000 и 158 орудий). Шеин и Измайлов должны были идти добывать Смоленск, а прочие воеводы-другие города. Дела пошли удачно для Московского государства; воеводы успели захватить несколько городов и посадов; сам Шеин окружил себя окопами под Смоленском на Покровской горе. Поляки в Смоленске отбивались 8 месяцев и уже, по недостатку припасов, готовились сдаться, как в августе 1633 года, в ту пору неожиданно, подошел к городу Владислав с 23 000 человек войска. В это время, по наущению Владислава, казаки и крымцы напали на украинные города Московского государства. Услыхали об этом служилые люди, помещики украинных городов, бывшие в войске Шеина, вообразили себе, как в их отсутствие враги станут убивать и брать в плен жен и детей, и стали разбегаться. Войско Шеина значительно уменьшилось; он не мог устоять против Владислава на Покровской горе, отступил и заперся вблизи в острожке. Поляки осадили его. Шеин выдерживал осаду до февраля 1634 года. Войско его страдало от цынги. Сделался мор, а из Москвы не посылали ему ни войска, ни денег. Царь, 28 января 1634 года, узнавши о бедственном состоянии Шеина, снова созвал земский собор и жаловался, что сбор запросных и пятинных денег шел хуже, чем в прежние годы, хотя русская земля с тех пор и поправилась. Собор постановил новый сбор запросных и пятинных денег, который и поручен был боярину Лыкову. Но пока могли быть собраны эти деньги и доставлено продовольствие Шеину, его войско под Смоленском пришло в крайнее положение. Между тем иностранцы, бывшие при Шеине, начали сноситься с королем. Это побудило наконец Шеина испросить у царя дозволение вступить в переговоры с поляками о перемирии. Шеин заключил условие, по которому русскому войску дозволялось беспрепятственно вернуться в отечество, с тем оружием, какое оно имело на себе, положивши все пушки и знамена перед королем, а желающим предоставлялось вступить в польскую службу: но из русских людей нашлось таких только 8 человек, а иноземцев перешло довольно. 2 004 человека больных воинов было оставлено под Смоленском. С Шейным ушло 8056 человек. Шеин с товарищами вернулся в Москву.
В то время когда Шеин стоял под Смоленском, в Москве произошли большие перемены. Филарет скончался в октябре 1633 года. Вместо него возведен был на патриаршеский престол псковский епископ Иосиф, прежде гонимый Филаретом, а под конец назначенный им самим себе в преемники. С кончиной Филарета подняли голову бояре, которые до того времени боялись строгого патриарха, но нисколько не боялись добродушного царя. Немедленно возвращены были Салтыковы и снова стали близкими к царю людьми.
Бояре вообще ненавидели Шеина. Он раздражал их своей гордостью, озлобил заносчивостью: Шеин, где только мог, не затруднялся выказывать свое превосходство перед другими и выставлять неспособность своих товарищей; Михаил Борисович не считал никого себе равным. Летописцы говорят, что и в войске, как начальник, он не был любим ратными людьми за то, что обращался с ними надменно и жестоко. Бояре увидали случай отомстить ему за все оскорбления, которые он дозволял себе по отношению к ним. Царь Михаил Федорович, по смерти родителя, не имел силы воли противостать боярам, а может быть, и сам находился под их влиянием. Над Шейным и его товарищами произвели следствие и 23 апреля 1634 г. в приказе сыскных дел приговорили казнить смертью Михаила Шеина, Артемия Измайлова и сына последнего, Василия.
Когда осужденных вывели за город на "пожар", место казни преступников, то дьяк Дмитрий Прокофьев всенародно прочитал приговор, подробно исчислил воровство и измену приговоренных к смерти. Прежде всего поминалось большое жалованье царское бывшему боярину Шеину: царь, пред отправкой его в поход, дал ему из дворцовых волостей большое село Голенищево с проселками и деревнями и не велел брать никаких податей с поместий и вотчин Шеина и Измайлова. Шеину поставили в первую вину то, что, еще не уходя на службу, он пред государем исчислил с большой гордостью свои прежние заслуги и выразился о других боярах, что в то время, когда он служил, они "за печью сидели и сыскать их нельзя было". Царь для своего государского и земского дела не хотел его оскорбить и смолчал, а бояре, слыша такие грубые и поносные слова и видя, что государь к нему милостив, не хотели государя раскручинить. Здесь проглядывает настоящая причина злобы против Шеина: опираясь на покровительство сильного Филарета, он был слишком смел, и в то же время, отправляясь на войну, слишком надеялся на самого себя: вышло ему назло: он проиграл в войне, а Филарета не стало, и некому было защитить его. Ему с Измайловым поставили в вину разные военные распоряжения, между прочим и то. что они велели свести в один острожок ратных людей, находившихся по разным острожкам, отдали королю пушки и обесчестили имя государя тем. что клали перед королем царские знамена. Припомнили Шеину, как он, пятнадцать лет тому назад, воротившись из Полыни, где был пленником, не объявил государю о том. что целовал крест польскому королю. Его поступок под Смоленском толковался так, как будто Шеин хотел исполнит ь свое прежнее крестное целование королю. Сын Артемия Измайлова, Василий, был обвинен в том, что пировал с поляками и русскими изменниками, находившимися у Владислава, и произносил такие слова: "Как может наше московское плюгавство биться против такого монарха? Каков был царь Иван, да и тот против литовского короля своей сабли не вынимал!" Им троим отрубили голову 27 апреля. Другого сына Измайлова и с ним двух человек наказали кнутом и сослали в Сибирь в тюрьму за произнесение перед литовскими людьми непристойных слов. Сослан был сын Шеина и через несколько. дней умер. Ссылка постигла совершенно безучастного в этом деле брата Измайлова Тимофея, единственно за измену Артемия.
Трудно решить: были ли виноваты Шеин и его товарищи в ошибках, в которых обвинялись. Мы не знаем, что представляли они в свое оправдание, но, без сомнения, измены за ними не было, иначе они бы и не воротились в Москву. Шеин заключил перемирие не добровольно, а с дозволения царя. Невозможность спасти пушки объясняется крайним положением войска. Приговор, произнесенный над Шейным, противоречит фактам; Шеина обвиняли в том, что он стянул все войско в один острожок, а между тем царь за это хвалил Шеина в свое время.
Несчастье под Смоленском, за которое поплатился Шеин с товарищем, оказало печальные последствия. Московскому государству теперь уже чрезвычайно трудно было собрать ратные силы и деньги для ведения войны. Оставалось просить мира, но, к счастью, Польша предупредила в этом Москву. Король из-под Смоленска отправился к Белой и никак не мог взять ее, а между тем в его войске открылся большой недостаток жизненных запасов: в то же время к королю приходили угрожающие вести, что турецкий султан намеревается напасть на Польшу, а с другой стороны, шведы хотят отказаться от участия в немецкой традцатилетней войне и устремиться на Пруссию, принадлежавшую в то время Польше. Поэтому польские сенаторы первые прислали русским боярам предложение о мире. Тогда из Москвы отправлены были в марте 1644 года боярин Федор Шереметев и Алексей Львов-Ярославский. Они съехались с польскими комиссарами: хельминским епископом Яковом Жадиком и другими панами, на речке Поляновке. Переговоры затянулись до 4 июня. Поляки хотели сорвать с Московского государства 100000 рублей за отказ Владислава от царского титула. Московские послы долго упирались, наконец согласились дать 20 000 рублей. На этой сумме и порешили. Обе стороны согласились заключить "вечный мир". Поляки добивались самого тесного союза, предлагали проект, чтобы по смерти короля избрание совершалось вместе с чинами Московского государства, чтобы царь был избран польским королем и, в знак совершенного равенства, короновался отдельно в Москве и Польше, но так, чтобы польский посол возлагал на царя в Москве корону московскую, а московский в Польше – польскую, наконец, чтобы царь, для соблюдения равенства между его державами, жил попеременно по году в Москве, Польше и Литве. Московские послы отклонили эти предложения. Поляки просили дозволить строить в Московском государстве костелы, подданным обоих государств вступать между собой в брак и приобретать вотчины полякам в Московском государстве, а русским в Польше. Московские послы наотрез отказали, понявши, вероятно, 410 поляки этими путями хотели всосаться в Московскую Русь и мало-помалу приобресть там нравственное господство, как это сделалось в западной и южной Руси. Составили договор, по которому царь уступал Польше навсегда земли, находившиеся у поляков по Деулинскому договору. Обе стороны постановили не помогать врагам которой-либо из двух держав, решили дозволить свободную торговлю в обоих государствах, выпустить обоюдно всех пленных и вперед выдавать беглых преступников. Польский король признавал Михаила Федоровича царем и братом.